Optimierung der Linkage Map in JMP® Genomics zur Verbesserung des landwirtschaftlichen Anbaus
Kelci Miclaus und Rebekah Oliver, SAS Institute Inc.; und Eric Jackson, USDA-ARS
Eine gut konstruierte Kopplungskarte, die genetische Marker in Bezug zueinander positioniert, ist für die Analyse quantitativer Merkmalslokus (QTL) bei vielen Pflanzen- und Tierarten von entscheidender Bedeutung. Die Zuordnung von DNA-Markern zu genetisch vererbten Merkmalen verbessert die Effizienz der agronomischen Pflanzenforschung, indem markergestützte Züchtungsmethoden die Selektion von Pflanzen mit wünschenswerten Eigenschaften wie verbesserter Krankheitsresistenz und höherem Ertrag ermöglichen. Eine Kopplungskarte wird anhand von DNA-Marker-Genotypen für Proben aus einer experimentellen Population mit bekannter Abstammung erstellt. Die Zuordnung der Marker zu Kopplungsgruppen erfolgt anhand ihrer engen Verknüpfung, gemessen an ihren Rekombinationsraten. Die optimale Reihenfolge der Marker innerhalb der Gruppen wird ermittelt, um die kürzeste genetische Distanzkarte zu berechnen. Neue Funktionen in JMP Genomics 5.1 berechnen Kopplungsgruppen und ermitteln eine optimal geordnete Markerkarte mithilfe von Optimierungsroutinen in PROC OPTMODEL aus SAS/OR. Wir heben diese neuen Funktionen bei der Analyse von DNA-Markern von Haferpflanzen aus rekombinanten Inzuchtlinien im Rahmen der laufenden Forschung des Collaborative Oat Research Enterprise (CORE) hervor.
