Optimisation des cartes de liaison dans JMP® Genomics pour améliorer les cultures agronomiques
Kelci Miclaus et Rebekah Oliver, SAS Institute Inc. ; et Eric Jackson, USDA-ARS
Une carte de liaison bien construite, positionnant les marqueurs génétiques les uns par rapport aux autres, est essentielle à l'analyse des locus de caractères quantitatifs (QTL) chez de nombreuses espèces végétales et animales. Relier les marqueurs ADN aux caractères génétiquement hérités améliore l'efficacité de la recherche agronomique sur les cultures en permettant l'utilisation d'approches de sélection assistée par marqueurs pour sélectionner des plantes présentant des caractéristiques souhaitables, telles qu'une meilleure résistance aux maladies et un rendement accru. Une carte de liaison est construite à partir des génotypes de marqueurs ADN d'échantillons issus d'une population expérimentale de lignée connue. Les marqueurs sont assignés à des groupes de liaison en fonction de leur degré de liaison, mesuré par leur taux de recombinaison. L'ordre optimal des marqueurs au sein des groupes est déterminé pour calculer la carte de distance génétique la plus courte. Les nouvelles fonctionnalités de JMP Genomics 5.1 calculent les groupes de liaison et déterminent une carte de marqueurs ordonnée de manière optimale grâce aux routines d'optimisation de PROC OPTMODEL de SAS/OR. Nous mettons en évidence ces nouvelles fonctionnalités dans l'analyse des marqueurs ADN de plants d'avoine issus de lignées consanguines recombinantes, dans le cadre de recherches en cours menées par la Collaborative Oat Research Enterprise (CORE).
