중국 햄스터 난소 세포 발효의 대사체 데이터에 대한 다변량 시계열 분석
Florian Lipsmeier, 박사, 과학자, 제약 연구 및 초기 개발 정보학 부문, Roche Diagnostics GmbH
중국 햄스터 난소(CHO) 세포는 항체와 같은 치료용 단백질의 대량 생산을 위한 현대 생명공학의 "일꾼" 중 하나입니다. CHO 세포 집단은 잘 정의된 배지와 발효기에서 잘 정의된 조건에서 자랍니다. CHO 세포 발효 중에 소규모 온라인 데이터 집합이 지속적으로 기록되고 개별 샘플 집합이 전체 프로세스에 균등하게 분포되어 수집됩니다. 이러한 샘플은 주로 대사산물 함량에 대해 분석되며 소위 오프라인 측정을 나타냅니다. 발효 중 거의 일정한 조건에도 불구하고 세포 성장, 프로세스 안정성 및 단백질 생산에 상당히 높은 변동성이 있을 수 있습니다. 이는 생성된 단백질의 차이, 발효 전 배양 전 조건의 차이, 돌연변이 또는 기타 잠재적으로 식별되지 않은 요인 때문일 수 있습니다. 우리는 다변량 시계열 데이터를 분석하여 이러한 주제에 대한 다양한 질문을 해결하기 위해 JMP에서 분석 플랫폼을 개발하고 있습니다. 이 맥락에서 우리가 사용하는 주요 도구는 주로 JMP가 제공하는 다변량 분석 방법(주성분 분석 및 클러스터링)과 효과 스크리닝, 분할 또는 신경망과 같은 모델링 방법을 사용합니다. 이러한 방법은 예를 들어 JMP 스크립팅 언어로 현재 문헌의 다양한 시계열 유사성 측정을 구현하고 JMP 및 R 연결을 통해 기존 R 패키지를 사용하여 보완됩니다.
