チャイニーズハムスター卵巣細胞発酵からの代謝物データの多変量時系列解析 チャイニーズハムスター卵巣細胞発酵からの代謝物データの多変量時系列解析
フロリアン・リップスマイヤー博士、科学者、製薬研究および早期開発情報科学部門、ロシュ・ダイアグノスティクス GmbH
チャイニーズハムスター卵巣 (CHO) 細胞は、抗体などの治療用タンパク質の大規模生産における現代のバイオテクノロジーの「主力」の 1 つです。CHO 細胞の集団は、明確に定義された培地で、発酵槽内で明確に定義された条件下で成長します。CHO 細胞の発酵中は、少量のオンライン データが常に記録され、個別のサンプル セットがプロセス全体に均等に分散して採取されます。これらのサンプルは主に代謝物含有量について分析され、いわゆるオフライン測定を表します。発酵中の条件はほぼ一定ですが、細胞の成長、プロセスの安定性、タンパク質生産にはかなり大きな変動が生じる可能性があります。これは、生産されるタンパク質の違い、発酵前の前培養条件の違い、突然変異、またはその他の未確認の要因が原因である可能性があります。私たちは、多変量時系列データの分析によってこれらのトピックに関するさまざまな質問に対処するために、JMP で分析プラットフォームを開発しています。このコンテキストで使用する主なツールは、JMP が提供する主成分分析やクラスタリングなどの多変量解析手法、および効果スクリーニング、パーティショニング、ニューラル ネットワークなどのモデリング手法を主に採用しています。これらの手法は、たとえば、JMP スクリプト言語を使用して現在の文献からさまざまな時系列類似性尺度を実装したり、JMP と R の接続を介して既存の R パッケージを使用したりすることで補完されます。
