この問題は長期にわたる混乱を引き起こしており、根本的な解決には至っていません。
0. 分散分析の結果は、分散成分の結果が異なることを除いてまったく同じです。ただし、MINITAB は 2 つの分散分析 (交互作用ありとなし) を実行します。

1. Minitabのヘルプには分散成分の計算方法として以下の式がありますが、EMSかREMLのどちらの方法なのかは説明されていません。私の検証では、負の値が出た場合には0に強制されるようです。JMPのヘルプには分散成分の具体的な計算方法は説明されていません。

2. JMPでは、下図のように分散成分の結果が2つあり、結果も異なります。なぜか分かりません。

3. 一つ確かなことは、MINITAB の結果は MSA マニュアルの結果と一致しているということです。