微量滴定板/孔板上的 DoE 範例您好，SE 社區，
一位客戶負責人有興趣使用 JMP 組織一個關於實驗設計 (DoE) 的探索會議。然而，為了使會議具有相關性，他希望所有 DoE 範例都基於微量滴定板 (96WP)，以正確解決其公司面臨的相關挑戰。
1.範例
您有任何關於此主題的 JMP 範例可以分享嗎？
2.具體演示項目
關於他們面臨的具體挑戰，他們的倡議者希望看到以下案例：
a) 考慮行/列效應－他們的機器人有一個約束，顯然，有些因素需要在行或列內保持不變。
b) 在每個板上加入額外的溫度效應。
如果我錯了請告訴我，但對於 2a，我認為可以這樣應對這項挑戰
由於 JMP 沒有「非常難以改變」選項，在這些條件下如何實現溫度效應？
我的非專家意見如下：如果要研究三種溫度條件（最低、中間、最高），我會使用以下溫度下的四個板將初始 DoE 增加四倍：中間、最低、中間、最高。額外的中間條件將有助於將板塊效應與溫度效應分開。
您對於這種方法有何看法？有沒有更乾淨的方法來處理它？
期待您的範例和見解！
史蒂芬
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例因為我們這裡處理的是整盤的。溫度可以是固定效應，但是整個板需要在每個溫度下重複進行。
在微量滴定板中，通常會保留幾列用於對照或標準曲線。
通常，這 8 行中的每一行都是稀釋系列的一部分。 1、.5、.25、.125......這就是為什麼許多 4p 曲線擬合有 8 個點的原因。因此，板上的每一列都是實驗單元，而不是每個孔。稀釋不是 DOE 實驗設計的一部分。
分析的第一步是根據板上每列的資料擬合曲線。然後參數（如 LD50 或 IC50）成為 DOE 的回應。
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例你好@Steph_Georges ，
TRL 中的一些可能有用的帖子：
使用擬合曲線和曲線 DOE 進行細胞生長分析 - 系統工程師 - Confluence
孔板 - 微量滴定板高達 9600 - 系統工程師 - Confluence
我還附上了阿斯特捷利康的一篇論文，其中有一些使用孔板進行大型生物實驗的精彩案例研究。
並且毫不掩飾地宣傳我的播客“下一個實驗”，您可以在 YouTube、Apple 和 Spotify 上觀看。這應該與該觀眾相關。
乾杯，
菲爾
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例在附表中使用此 JSL 開啟 excel 檔案。如果您使用 Excel 匯入精靈，它看起來會非常令人印象深刻。
一旦打開，您就可以使用治療作為分組變數來擬合資料 4p 曲線。
Open(
"$Examples/microtiter plate kinetic experiment.xlsx",
Worksheets( "96 Well Kinetic Data" ),
Use for all sheets( 1 ),
Concatenate Worksheets( 0 ),
Create Concatenation Column( 0 ),
Worksheet Settings(
1,
Has Column Headers( 1 ),
Number of Rows in Headers( 2 ),
Headers Start on Row( 22 ),
Data Starts on Row( 24 ),
Data Starts on Column( 1 ),
Data Ends on Row( 0 ),
Data Ends on Column( 0 ),
Replicated Spanned Rows( 1 ),
Replicated Spanned Headers( 0 ),
Suppress Hidden Rows( 1 ),
Suppress Hidden Columns( 1 ),
Suppress Empty Columns( 1 ),
Treat as Hierarchy( 1 ),
Multiple Series Stack( 0 ),
Import Cell Colors( 0 ),
Limit Column Detect( 0 ),
Column Separator String( "-" )
)
);
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例一旦從 DoE 收集到數據，就會建議使用混合模型，該模型功能強大，可以為 JMP Pro 提供自然的槓桿作用。此外，設置起來很有趣 - 很樂意提供協助。
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例你好@Steph_Georges ，
我之前曾被問過這個話題。特別是，我們面臨競爭對手解決方案的挑戰：Modde 提供所謂的 RED-MUP 設計。經過與內部專家的反覆溝通，我們發現有更多現代化的方法來設置孔板設計，但不幸的是，這是客戶多年來習慣的做法…
我創建了三種不同的場景來建立這樣的設計（請參閱附件日誌）。我正在圍繞當時與客戶打交道時寫的 RED-MUP 添加一些註釋。
描述
多單元平台的矩形實驗設計 (RED-MUP) 是為使用孔板（例如 96 孔板）上的多通道移液器進行實驗而設計的。
RED-MUP 由兩個獨立的設計方案建構：具有c因子的 8 個實驗設計 (Des_8) 和另一個具有r因子的 12 個實驗設計 (Des_12)。 Des_8 設計佈局到板上，使得每一行都有相同的值組合，而 Des_12 設計則加入為使得每一列都由相同的值組合組成（圖 1）。
根據這兩種設計製作儲備溶液，並用多通道移液器將其添加到板中。因此，對原液的所有可能組合都進行了研究，並得出了具有 c+r 因子的疊加設計（圖 1）。通常，在 RED-MUP 設計中，可用的孔（即：實驗）比傳統設計中更多。因此，目標是在實際可用的實驗數量內簡化工作。
使用八乘十二的 96 孔板，可以在 RSM 設計中研究最多五個因素 (2+3)，或在篩選設計中研究最多十八個因素 (7+11)。徹底研究了各種八個和十二個實驗 RSM 前體設計以及由此產生的 RED-MUP 協議。
在規劃 RED-MUP 協議時，清楚了解所研究的分析或系統非常重要。具體來說，一些因素可能相互關聯，因此出於實際原因必須成為同一前體設計的一部分。由於交互作用可以在篩選設計中解決，即 Res III + Res III = Res III/ IV，因此也值得考慮值得研究的潛在交互作用，並將這些假定交互作用中涉及的因素定位在單獨的前體設計中。
情況
它為什麼會落在這裡？它是怎麼到這裡來的？實際情況是怎樣的？
這個主題是由先正達公司提出的，他們正在透過高通量篩選進行大量實驗。基本上，HTS 實驗需要做 DoE，但要設定 DoE 並不容易。
Modde PRO 顯然可以為最多 4 個尺寸為 8x12 和 16x24 的盤子以及尺寸為 32x48 的盤子創建 RED-MUP 設計。
JMP 並未為 RED-MUP 提供內建解決方案。這導致人們在某些部門中使用 Modde 而不是 JMP 來進行 DoE。
相關文章及參考文獻
96 孔板的合理 DOE 方案
藥物研發十字路口的實驗設計
模式 13
JMP 中的分割圖與條帶圖設計
最終的結論是，該方法（您的 2a）似乎是最強大的，因為它是最整合的，並且還提供了行間和列間變異性的估計值。
很高興接到電話。
最好的
佛洛里安
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例非常感謝@Byron_JMP 、 @Phil_Kay 、 @Florian_Vogt 、 @russ_wolfinger的所有詳細回答和提示。非常有幫助
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例@Steph_Georges ，您能將答案標記為解決方案嗎？這是最佳做法:)其他人認為這篇文章中可能包含有用的信息:)謝謝
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例@Florian_Vogt日誌中有一些硬編碼鏈接，是否可以添加附加文件或將表格嵌入日誌中？您所創建的內容非常有幫助;)感謝分享
回覆：微量滴定板/孔板上的 DoE 範例謝謝@馬丁德梅爾 ，我相信這只是一個使用 Mapshapes 的檔案。我將把它們附在這裡。如果您發現另一個丟失的東西，請告訴我...
回覆：微孔板/孔板上的 DoE 範例我正在分享日誌，其中包括我用於演示的所有範例。希望這可以幫助別人。
回覆：微孔板/孔板上的 DoE 範例謝謝分享。只是想讓你知道有一個 SE 技術參考庫，其中發布/分享了這樣的範例。這樣，這個範例就很容易存取並且不會遺失。
