微量滴定板/孔板上的 DoE 示例您好，SE 社区，
一位客户负责人有兴趣使用 JMP 组织一场关于实验设计 (DoE) 的探索会议。但是，为了使会议更具相关性，他希望所有 DoE 示例都基于微量滴定板 (96WP)，以正确解决其公司的相关挑战。
1.示例
您有任何关于此主题的 JMP 示例可以分享吗？
2.具体演示项目
关于他们面临的具体挑战，他们的倡导者希望看到以下案例：
a) 考虑行/列效应——他们的机器人有一个约束，显然，一些因素需要在行或列内保持不变。
b) 在每个板上加入额外的温度效应。
如果我错了请告诉我，但对于 2a，我认为可以这样应对这一挑战
由于 JMP 没有“非常难以改变”选项，在这些条件下如何实现温度效应？
我的非专家意见如下：如果要研究三种温度条件（最低、中间、最高），我会使用以下温度下的四个板将初始 DoE 增加四倍：中间、最低、最高、中间。额外的中间条件将有助于将板效应与温度效应区分开来。
您对这种方法有什么看法？有没有更简洁的方法来处理它？
期待您的示例和见解！
史蒂芬
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例由于我们在这里处理整个盘子。温度可以是一个固定效应，但是整个盘子需要在每个温度下重复。
在微量滴定板中，通常会保留几列用于对照或标准曲线。
通常，8 行中的每一行都是稀释系列的一部分。1、.5、.25、.125……这就是为什么许多 4p 曲线拟合有 8 个点的原因。因此，板上的每一列都是实验单元，而不是每个孔。稀释不是 DOE 实验设计的一部分。
分析的第一步是将板上每列的数据拟合成曲线。然后参数（如LD50或IC50）成为DOE的响应。
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例你好@Steph_Georges ，
TRL 中的一些可能有用的帖子：
使用拟合曲线和曲线 DOE 进行细胞生长分析 - 系统工程师 - Confluence
孔板 - 微量滴定板高达 9600 - 系统工程师 - Confluence
我还附上了阿斯利康的一篇论文，其中有一些使用孔板进行大型生物实验的精彩案例研究。
我还毫不掩饰地宣传了我的播客“下一个实验”，该播客可在 YouTube、Apple 和 Spotify 上观看。它应该与这些听众相关。
干杯，
菲尔
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例在附表中使用此 JSL 打开 excel 文件。如果您使用 excel 导入向导，它看起来非常令人印象深刻。
一旦打开，您就可以使用治疗作为分组变量来拟合数据 4p 曲线。
Open(
"$Examples/microtiter plate kinetic experiment.xlsx",
Worksheets( "96 Well Kinetic Data" ),
Use for all sheets( 1 ),
Concatenate Worksheets( 0 ),
Create Concatenation Column( 0 ),
Worksheet Settings(
1,
Has Column Headers( 1 ),
Number of Rows in Headers( 2 ),
Headers Start on Row( 22 ),
Data Starts on Row( 24 ),
Data Starts on Column( 1 ),
Data Ends on Row( 0 ),
Data Ends on Column( 0 ),
Replicated Spanned Rows( 1 ),
Replicated Spanned Headers( 0 ),
Suppress Hidden Rows( 1 ),
Suppress Hidden Columns( 1 ),
Suppress Empty Columns( 1 ),
Treat as Hierarchy( 1 ),
Multiple Series Stack( 0 ),
Import Cell Colors( 0 ),
Limit Column Detect( 0 ),
Column Separator String( "-" )
)
);
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例一旦从 DoE 收集到数据，就会推荐使用混合模型，这种模型功能强大，可以为 JMP Pro 提供自然杠杆。此外，设置起来很有趣——很乐意提供帮助。
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例你好@Steph_Georges ，
我以前就被问过这个问题。特别是，我们受到了竞争对手解决方案的挑战：Modde 提供所谓的 RED-MUP 设计。在与内部专家反复沟通后，我们发现有更多现代方法来设置孔板设计，但不幸的是，客户多年来一直习惯这样做……
我创建了三种不同的场景来构建此类设计（请参阅附件日志）。我正在围绕当时与客户打交道时写的 RED-MUP 添加一些注释。
描述
多单元平台的矩形实验设计 (RED-MUP) 是为使用孔板（例如 96 孔板）上的多通道移液器进行实验而设计的。
RED-MUP 由两个独立的设计方案构建而成：一个包含c 个因子的 8 项实验设计 (Des_8) 和一个包含r 个因子的 12 项实验设计 (Des_12)。Des_8 设计被布置在板上，这样每一行都具有相同的值组合，而 Des_12 设计被添加，这样每一列都由相同的值组合组成（图 1）。
根据这两种设计制作原液，并用多通道移液器将其添加到板中。因此，制作了原液的所有可能组合，并得出了具有 c+r 因子的叠加设计结果（图 1）。通常，在 RED-MUP 设计中，可用的孔（即实验）比传统设计中更多。因此，目标是在实际可用的实验数量内简化工作。
使用 8×12 96 孔板，可以在 RSM 设计中研究最多 5 个因素 (2+3)，或在筛选设计中研究最多 18 个因素 (7+11)。彻底研究了各种 8 和 12 实验 RSM 前体设计以及由此产生的 RED-MUP 协议。
在规划 RED-MUP 方案时，必须清楚了解所研究的检测或系统。特别是，一些因子可能相互关联，因此出于实际原因，它们必须是同一前体设计的一部分。由于相互作用可以在筛选设计中解决，即 Res III + Res III = Res III/ IV，因此还值得考虑值得研究的潜在相互作用，并将这些假定相互作用中涉及的因子定位在单独的前体设计中。
情況
为什么会这样？怎么会这样？实际情况是怎样的？
这个话题是先正达公司提出的，他们正在通过高通量筛选进行大量实验。基本上，HTS 实验需要做 DoE，但设置 DoE 并不容易。
Modde PRO 显然可以为最多 4 个尺寸为 8x12 和 16x24 的盘子以及尺寸为 32x48 的盘子创建 RED-MUP 设计。
JMP 不提供内置的 RED-MUP 解决方案。这导致人们在某些部门使用 Modde 而不是 JMP 进行 DoE。
相关文章和参考文献
96 孔板的合理 DOE 方案
药物研发十字路口的实验设计
模式 13
JMP 中的分割图和条带图设计
最终的结论是，该方法（您的 2a）似乎是最强大的，因为它是最集成的，并且还提供了行间和列间变异性的估计值。
很高兴接到电话。
最好的
弗洛里安
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例非常感谢@Byron_JMP 、 @Phil_Kay 、 @Florian_Vogt 、 @russ_wolfinger的详细回答和提示。非常有帮助
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例@Steph_Georges ，您能将答案标记为解决方案吗？这是最佳做法:)其他人认为这篇文章中可能包含有用的信息:)谢谢
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例@Florian_Vogt日志中有一些硬编码链接，是否可以添加其他文件或将表格嵌入日志中？您创建的内容非常有帮助;)感谢分享
回复：微量滴定板/孔板上的 DoE 示例谢谢@马丁德梅尔 ，我相信这是唯一一个使用 Mapshapes 的文件。我会将它们附加在这里。如果您发现另一个缺失的文件，请告诉我...
回复：微孔板/孔板上的 DoE 示例我正在分享这份日志，其中包含我用于演示的所有示例。希望这能帮助到其他人。
回复：微孔板/孔板上的 DoE 示例谢谢分享。顺便提一下，SE 有一个技术参考库，里面发布/分享了类似的示例。这样，这个示例就很容易获取，不会丢失。
