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마이크로티터 플레이트/웰 플레이트의 DoE 예

안녕하세요 SE 커뮤니티 여러분,

고객 챔피언은 JMP를 사용하여 실험 설계(DoE)에 대한 발견 세션을 구성하는 데 관심이 있습니다. 그러나 세션을 관련성 있게 만들기 위해 그는 모든 DoE 사례가 회사의 관련 과제를 적절히 해결하기 위해 마이크로티터 플레이트(96WP)를 기반으로 하기를 원합니다.

1. 예

이 주제와 관련해 공유할 수 있는 JMP 사례가 있나요?

2. 특정 데모 항목

구체적인 과제와 관련하여, 챔피언은 다음과 같은 사례를 보고 싶어합니다.
a) 행/열 효과 설명 – 로봇에는 제약이 있으며, 일부 요소는 행이나 열 내에서 일정하게 유지되어야 합니다.
b) 플레이트 당 추가적인 온도 효과를 결합합니다.

내가 틀렸다면 알려주세요. 하지만 2a의 경우 이런 식으로 문제를 해결할 수 있을 것 같아요.

Capture d'écran 2025-02-17 155741.png

JMP에 "변경하기 매우 어려움" 옵션이 없는데, 이런 조건에서 온도 효과를 어떻게 구현할 수 있을까요?

전문가가 아닌 제 의견은 다음과 같습니다. 연구할 온도 조건이 세 가지(최소, 중간, 최대)라면 다음 온도에서 네 개의 판을 사용하여 초기 DoE를 네 배로 늘릴 것입니다. 중간, 최소, 최대, 중간. 추가 중간 조건은 판 효과와 온도 효과를 분리하는 데 도움이 될 것입니다.

이 접근 방식에 대한 당신의 의견은 무엇입니까? 이를 처리하는 더 깔끔한 방법이 있습니까?

여러분의 사례와 통찰력을 기대하고 있습니다!

스테판

Re: 마이크로티터 플레이트/웰 플레이트의 DoE 예제

여기서는 전체 플레이트로 작업하고 있기 때문에 온도는 고정된 효과가 될 수 있지만 전체 플레이트는 각 온도에서 반복되어야 합니다.

마이크로티터 플레이트에서는 종종 여러 개의 컬럼이 대조군이나 표준 곡선을 위해 예약되어 있습니다.
종종 8개 행은 희석 시리즈의 일부입니다. 1, .5, .25, .125... 이것이 많은 4p 곡선 적합이 8개 지점을 갖는 이유입니다. 이 때문에 플레이트의 각 열은 각 웰이 아니라 실험 단위입니다. 희석은 DOE 실험 설계의 일부가 아닙니다.

분석의 첫 번째 단계는 플레이트의 각 열에 있는 데이터에 곡선을 맞추는 것입니다. 그런 다음 매개변수(LD50 또는 IC50 등)가 DOE의 응답이 됩니다.

Re: 마이크로티터 플레이트/웰 플레이트의 DoE 예제

안녕하세요 @스테프_조지스 ,

TRL에 유용할 수 있는 몇 가지 게시물:

세포 성장 분석을 위한 Fit Curve 및 Curve DOE 사용 - 시스템 엔지니어 - Confluence

웰 플레이트 - 최대 9600 마이크로티터 플레이트 - 시스템 엔지니어 - Confluence

또한, 웰 플레이트를 이용한 대규모 생물학 실험에 대한 훌륭한 사례 연구가 실린 AstraZeneca의 논문을 첨부했습니다.

그리고 YouTube, Apple, Spotify에서 제공되는 제 팟캐스트 "The Next Experiment"에 대한 뻔뻔스러운 홍보. 이 청중에게 적합할 겁니다.

건배,
필

Re: 마이크로티터 플레이트/웰 플레이트의 DoE 예제

첨부된 표에서 이 JSL을 사용하여 엑셀 파일을 엽니다. 엑셀 임포트 마법사를 사용하면 매우 인상적입니다.

데이터가 열리면 처리를 그룹화 변수로 사용하여 4p 곡선을 데이터에 적용할 수 있습니다.

Open(
	"$Examples/microtiter plate kinetic experiment.xlsx",
	Worksheets( "96 Well Kinetic Data" ),
	Use for all sheets( 1 ),
	Concatenate Worksheets( 0 ),
	Create Concatenation Column( 0 ),
	Worksheet Settings(
		1,
		Has Column Headers( 1 ),
		Number of Rows in Headers( 2 ),
		Headers Start on Row( 22 ),
		Data Starts on Row( 24 ),
		Data Starts on Column( 1 ),
		Data Ends on Row( 0 ),
		Data Ends on Column( 0 ),
		Replicated Spanned Rows( 1 ),
		Replicated Spanned Headers( 0 ),
		Suppress Hidden Rows( 1 ),
		Suppress Hidden Columns( 1 ),
		Suppress Empty Columns( 1 ),
		Treat as Hierarchy( 1 ),
		Multiple Series Stack( 0 ),
		Import Cell Colors( 0 ),
		Limit Column Detect( 0 ),
		Column Separator String( "-" )
	)
);

Re: 마이크로티터 플레이트/웰 플레이트의 DoE 예제

DoE에서 데이터를 수집한 후에는 혼합 모델이 권장되고 강력하며 JMP Pro에 자연스러운 레버리지를 제공합니다. 게다가 설정하기도 즐겁고 기꺼이 도와드립니다.

Re: 마이크로티터 플레이트/웰 플레이트의 DoE 예제

안녕하세요 @스테프_조지스 ,

저는 이 주제에 대해 이전에 질문을 받은 적이 있습니다. 특히, 우리는 경쟁사 솔루션에 도전을 받았습니다. Modde는 RED-MUP 설계라고 하는 것을 제공합니다. 내부 전문가와 몇 차례 주고받은 후, 우리는 웰 플레이트 설계를 설정하는 더 현대적인 방법이 있다는 것을 알게 되었지만, 불행히도 이것은 고객들이 수년간 해오던 방식이었습니다...

저는 그런 디자인을 구축하기 위해 세 가지 다른 시나리오를 만들었습니다(첨부된 저널 참조). 저는 당시 고객을 상대할 때 RED-MUP에 대해 쓴 몇 가지 메모를 추가하고 있습니다.

설명

다중 유닛 플랫폼용 직사각형 실험 설계(RED-MUP)는 96웰 플레이트와 같은 웰 플레이트에서 다중 채널 피펫을 사용한 실험을 위해 고안된 설계입니다.

RED-MUP는 두 개의 별도 설계 프로토콜에서 구축됩니다. c 개의 요인을 가진 8-실험 설계(Des_8)와 r 개의 요인을 가진 또 다른 12-실험 설계(Des_12)입니다. Des_8 설계는 모든 행이 동일한 값 조합을 갖도록 플레이트에 배치되고, Des_12 설계는 각 열이 동일한 값 조합으로 구성되도록 추가됩니다(그림 1).

image-20240202-135621.png를 엽니다.

스톡 솔루션은 이 두 가지 설계에 따라 만들어지고 다중 채널 피펫으로 플레이트에 추가됩니다. 따라서 스톡 솔루션의 모든 가능한 조합이 만들어지고 c+r 인자가 있는 오버레이 디자인이 생성됩니다(그림 1). 일반적으로 RED-MUP 설계에서는 기존 설계보다 더 많은 웰(실험)을 사용할 수 있습니다. 따라서 목표는 실제 사용 가능한 실험 수 내에서 작업을 간소화하는 것입니다.

8x12 96웰 플레이트를 사용하면 RSM 설계에서 최대 5개 요인(2+3)을 조사하거나 스크리닝 설계에서 최대 18개(7+11)의 요인을 조사할 수 있습니다. 다양한 8개 및 12개 실험 RSM 전구체 설계와 그 결과인 RED-MUP 프로토콜을 철저히 조사했습니다.

RED-MUP 프로토콜을 계획할 때는 조사된 검정 또는 시스템을 명확하게 이해하는 것이 중요합니다. 특히, 일부 요인은 서로 연결되어 있을 수 있으므로 실용적인 이유로 동일한 전구체 설계의 일부가 되어야 합니다. 상호 작용은 스크리닝 설계에서 해결할 수 있으므로(예: Res III + Res III = Res III/ IV) 조사가 필요한 잠재적 상호 작용을 고려하고 이러한 추정 상호 작용에 관련된 요인을 별도의 전구체 설계에 배치하는 것도 가치가 있습니다.

상황(들)

왜 여기로 왔을까? 어떻게 여기로 왔을까? 실제 상황은 어때?

이 주제는 Syngenta에서 제기되었는데, 그들은 고처리량 스크리닝으로 많은 실험을 하고 있습니다. 기본적으로 HTS 실험에는 DoE가 필요하지만 DoE를 설정하는 것은 쉽지 않습니다.

Modde PRO는 8x12와 16x24 크기의 판을 최대 4개까지, 32x48 크기의 판에 RED-MUP 디자인을 제작할 수 있는 것으로 보입니다.

JMP는 RED-MUP에 대한 내장 솔루션을 제공하지 않습니다. 이로 인해 사람들은 특정 부서의 DoE에 JMP 대신 Modde를 사용합니다.

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