DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenHallo SE-Community,
Ein Champion eines Kunden möchte eine Entdeckungssitzung zum Thema Design of Experiments (DoE) mit JMP organisieren. Um die Sitzung jedoch relevant zu gestalten, möchte er, dass alle DoE-Beispiele auf Mikrotiterplatten (96WP) basieren, um die damit verbundenen Herausforderungen seines Unternehmens angemessen anzugehen.
1. Beispiele
Können Sie zu diesem Thema JMP-Beispiele weitergeben?
2. Spezifische Demoartikel
In Bezug auf ihre spezifischen Herausforderungen würde ihr Champion gerne die folgenden Fälle sehen:
a) Berücksichtigung von Zeilen-/Spalteneffekten – Ihr Roboter unterliegt einer Einschränkung, und anscheinend müssen einige Faktoren innerhalb einer Zeile oder Spalte konstant bleiben.
b) Einbeziehung eines zusätzlichen Temperatureffekts pro Platte.
Sagen Sie mir, wenn ich falsch liege, aber für 2a denke ich, dass es möglich wäre, diese Herausforderung folgendermaßen anzugehen
Da JMP nicht über die Option „Sehr, sehr schwer zu ändern“ verfügt, stellt sich die Frage, wie der Temperatureffekt unter diesen Bedingungen implementiert werden kann.
Meine nicht fachmännische Meinung ist folgende: Wenn drei Temperaturbedingungen untersucht werden müssen (Min, Mittel, Max), würde ich den anfänglichen DoE vervierfachen, indem ich vier Platten mit den folgenden Temperaturen verwende: Mittel, Min, Max, Mittel. Die zusätzliche mittlere Bedingung würde helfen, den Platteneffekt vom Temperatureffekt zu trennen.
Was halten Sie von diesem Ansatz? Gibt es einen saubereren Weg, damit umzugehen?
Ich freue mich auf Ihre Beispiele und Erkenntnisse!
Stephane
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenDa wir hier mit ganzen Platten arbeiten, kann die Temperatur ein fester Effekt sein, allerdings müsste die gesamte Platte bei jeder Temperatur wiederholt werden.
In Mikrotiterplatten sind oft mehrere Spalten für Kontrollen oder Standardkurven reserviert.
Oft ist jede der 8 Reihen Teil einer Verdünnungsreihe. 1, .5, .25, .125... deshalb haben so viele 4p-Kurvenanpassungen 8 Punkte. Aus diesem Grund ist jede Spalte auf der Platte die Versuchseinheit, nicht jede Vertiefung. Die Verdünnung ist nicht Teil des DOE-Versuchsdesigns.
Der erste Schritt der Analyse besteht darin, Kurven an die Daten in jeder Spalte auf der Platte anzupassen. Dann werden die Parameter (wie LD50 oder IC50) zu den Antworten des DOE.
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenHallo @Steph_Georges ,
Einige Beiträge im TRL, die nützlich sein könnten:
Verwenden von Fit Curve und Curve DOE zur Zellwachstumsanalyse - Systemingenieure - Confluence
Well Plates - Mikrotiterplatten bis zu 9600 - Systemingenieure - Confluence
Ich füge auch ein Dokument von AstraZeneca bei, das einige schöne Fallstudien zu großen biologischen Experimenten mit Mikrotiterplatten enthält.
Und schamlose Werbung für meinen Podcast „The Next Experiment“, verfügbar auf YouTube, Apple und Spotify. Er sollte für dieses Publikum relevant sein.
Prost,
Phil
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenVerwenden Sie in der angehängten Tabelle dieses JSL, um die Excel-Datei zu öffnen. Es sieht super beeindruckend aus, wenn Sie den Excel-Importassistenten verwenden.
Sobald es geöffnet ist, können Sie 4p-Kurven an die Daten anpassen, indem Sie die Behandlung als Gruppierungsvariable verwenden.
Open(
"$Examples/microtiter plate kinetic experiment.xlsx",
Worksheets( "96 Well Kinetic Data" ),
Use for all sheets( 1 ),
Concatenate Worksheets( 0 ),
Create Concatenation Column( 0 ),
Worksheet Settings(
1,
Has Column Headers( 1 ),
Number of Rows in Headers( 2 ),
Headers Start on Row( 22 ),
Data Starts on Row( 24 ),
Data Starts on Column( 1 ),
Data Ends on Row( 0 ),
Data Ends on Column( 0 ),
Replicated Spanned Rows( 1 ),
Replicated Spanned Headers( 0 ),
Suppress Hidden Rows( 1 ),
Suppress Hidden Columns( 1 ),
Suppress Empty Columns( 1 ),
Treat as Hierarchy( 1 ),
Multiple Series Stack( 0 ),
Import Cell Colors( 0 ),
Limit Column Detect( 0 ),
Column Separator String( "-" )
)
);
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenSobald die Daten vom DoE erfasst wurden, sind gemischte Modelle empfehlenswert und leistungsstark und bieten eine natürliche Hebelwirkung für JMP Pro. Außerdem macht es Spaß, sie einzurichten – ich helfe gerne dabei.
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenHallo @Steph_Georges ,
Ich wurde schon früher zu diesem Thema befragt. Insbesondere die Lösungen der Konkurrenz stellten uns vor eine Herausforderung: Modde bietet sogenannte RED-MUP-Designs an. Nach einigem Hin und Her mit internen Experten stellten wir fest, dass es modernere Möglichkeiten gibt, Wellplattendesigns einzurichten, aber leider sind die Kunden jahrelang daran gewöhnt, dies zu tun ...
Ich habe drei verschiedene Szenarien erstellt, um solche Designs zu erstellen (siehe das beigefügte Journal). Ich füge einige Notizen zu RED-MUP hinzu, die ich damals im Umgang mit dem Kunden geschrieben habe.
Beschreibung
Rechteckige Experimentaldesigns für Multi-Unit-Plattformen (RED-MUPs) sind Designs für Experimente mit Mehrkanalpipetten auf Well-Platten, z. B. 96-Well-Platten.
Die RED-MUPs werden aus zwei separaten Designprotokollen erstellt: einem 8-Experiment-Design (Des_8) mit c -Faktoren und einem weiteren 12-Experiment-Design (Des_12) mit r -Faktoren. Das Des_8-Design wird so auf der Platte ausgelegt, dass jede Zeile die gleiche Wertekombination aufweist, während das Des_12-Design hinzugefügt wird, sodass jede Spalte aus der gleichen Wertekombination besteht (Abb. 1).
Öffnen Sie image-20240202-135621.png
Stammlösungen werden nach diesen beiden Designs hergestellt und mit Mehrkanalpipetten auf die Platte gegeben. Somit werden alle möglichen Kombinationen der Stammlösungen hergestellt und es entsteht ein überlagertes Design mit c+r-Faktoren (Abb. 1). Typischerweise sind in den RED-MUP-Designs mehr Vertiefungen (sprich: Experimente) verfügbar als in klassischen Designs. Ziel ist es daher, die Arbeit innerhalb der tatsächlich verfügbaren Anzahl von Experimenten zu rationalisieren.
Mit einer 8x12-96-Well-Platte können bis zu fünf Faktoren (2+3) in einem RSM-Design oder bis zu achtzehn (7+11) Faktoren in einem Screening-Design untersucht werden. Verschiedene RSM-Vorläuferdesigns mit acht und zwölf Experimenten und die daraus resultierenden RED-MUP-Protokolle wurden gründlich untersucht.
Bei der Planung eines RED-MUP-Protokolls ist es wichtig, ein klares Verständnis des untersuchten Tests oder Systems zu haben. Insbesondere können einige Faktoren miteinander verknüpft sein und müssen daher aus praktischen Gründen Teil desselben Vorläuferdesigns sein. Da Wechselwirkungen in Screeningdesigns aufgelöst werden können, d. h. Res III + Res III = Res III/IV, lohnt es sich auch, potenzielle Wechselwirkungen zu berücksichtigen, die einer Untersuchung bedürfen, und die an diesen mutmaßlichen Wechselwirkungen beteiligten Faktoren in separaten Vorläuferdesigns zu positionieren.
Situation(en)
Warum ist es hier gelandet? Wie ist es hier gelandet? Wie ist die praktische Situation?
Das Thema wurde von Syngenta angesprochen, die viele Experimente mit Hochdurchsatz-Screening durchführen. Grundsätzlich ist es erforderlich, DoE für HTS-Experimente durchzuführen, aber die Erstellung der DoEs ist nicht einfach.
Modde PRO kann offenbar RED-MUP-Designs für bis zu 4 Platten mit den Größen 8 x 12 und 16 x 24 erstellen, mit Platten der Größe 32 x 48.
JMP bietet keine integrierte Lösung für RED-MUP. Dies führt dazu, dass in bestimmten Abteilungen Modde anstelle von JMP für DoE verwendet wird.
Verwandte Artikel und Referenzen
Rational DOE-Protokolle für 96-Well-Platten
Experimentelle Designs am Scheideweg der Arzneimittelentdeckung
Modus 13
Split- und Strip-Plot-Designs in JMP
Letztendlich kam man zu dem Schluss, dass der Ansatz (Ihr 2a) der leistungsfähigste zu sein schien, da er am stärksten integriert ist und außerdem Schätzungen der Variabilität von Zeile zu Zeile und von Spalte zu Spalte liefert.
Gerne über einen Anruf.
Am besten
Florian
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenVielen Dank @Byron_JMP , @Phil_Kay , @Florian_Vogt , @russ_wolfinger für all eure ausführlichen Antworten und Hinweise. Sehr hilfreich
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-Platten@Steph_Georges , können Sie die Antworten als Lösung markieren? Das ist die beste Vorgehensweise:) und andere sehen, dass dieser Beitrag hilfreiche Informationen enthalten könnte:) Danke
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-Platten@Florian_Vogt Im Journal gibt es einige fest codierte Links. Wäre es möglich, entweder die zusätzlichen Dateien hinzuzufügen oder die Tabellen in das Journal einzubetten? Es ist ziemlich hilfreich, was Sie erstellt haben;) Vielen Dank für das Teilen
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenDanke @martindemel , ich glaube, es ist nur die eine Datei, in der Mapshapes verwendet werden. Ich werde sie hier anhängen. Sagen Sie mir Bescheid, wenn Sie noch eine weitere Datei gefunden haben, die fehlt …
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenIch teile das Journal mit allen Beispielen, die ich für die Demo verwendet habe. Ich hoffe, es kann jemand anderem helfen.
Betreff: DoE-Beispiele für Mikrotiterplatten/Well-PlattenVielen Dank fürs Teilen. Ich möchte Sie nur darauf hinweisen, dass es eine technische Referenzbibliothek von SE gibt, in der solche Beispiele veröffentlicht/geteilt werden. So ist dieses Beispiel leicht zugänglich und geht nicht verloren.
