在藥物分析中，我們經常在板上進行對照，這純粹是為了品質控制的基礎。控制不應該是用於產生 DoE 的統計模型的一部分，因此之前我嘗試產生兩個 DoE（一個用於主實驗，一個用於控制項）並將它們合併在一起。然而，當您有一個通用的裂區設定時，這並不是一件小事，因為分配給裂區的等級將是隨機的，因此 2 個 DoE 將不匹配。
舉一個簡單的例子，假設我有一個 10x10 孔網格的板子。我想測試細胞系和試劑濃度的影響。細胞系需要按列排列，因此我們需要 10 個與列對齊的裂區。試劑濃度可以是隨機的。但我還想在每個細胞系中測試一些對照，比如說使用固定濃度的另一種試劑，並且不改變原始試劑濃度。理想情況下，我希望使用大多數 (90) 個孔來優化細胞系和試劑濃度，並使用一些孔作為對照（10 個，每列 1 個）。
無論如何，是否有辦法確保能源部對其目的而言是最佳的，同時還添加一些不符合此統計模型的額外控制運行？
嗨@JoffJones ，
您能否更詳細地描述設計中使用的用例和因素？我不太清楚你的挑戰是什麼。
- 因素和可能的程度是什麼（如果需要，可以匿名）？
- 使用裂區設計（每列一個特定的細胞系）有什麼限制？
- 您假設的模型/分析中所需的詳細程度為何？
從一般角度來看，我認為嘗試候選集方法在這裡可行：您可以創建一個包含所有可能組合併尊重您的約束的表，然後使用自訂設計選擇100 個資訊最豐富的實驗（或90 個並手動新增10 次控制運行）。
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希望第一個討論的開始可以有所幫助，
嗨@Victor_G
感謝您的回覆並分享該貼文。問題有點不同，在另一篇文章中，控制運行形成了整個設計區域（中心）的一部分，而這裡的控制運行在設計區域中未定義，因為它們沒有一個或多個指定的級別的因素。
我複製了程式碼作為一個簡化的範例。我們希望使用響應曲面設計，在濃度為 10 到 50 之間的 3 個 gRNA 的 2 個細胞系中最大化響應 Y。每列必須有 1 個特定的細胞系。 gRNA 用於敲除細胞 DNA 中的基因，濃度越高，效果越大。然而，我們也想測試「無 gRNA」對照條件，看看兩種細胞係是否健康並且在沒有任何 gRNA 的情況下生長。當然，「無 gRNA」的濃度必須為 0，因此這超出了我們的設計範圍。
美國能源部（
客製化設計，
{新增回應(最大化, "Y", ., ., . ),
添加因子(連續, 10, 50, "gRNA 濃度", 0 ),
加入因子( 分類, {"Gene1", "Gene2", "Gene3"}, "gRNA", 0 ),
加入因子( 分類, {"細胞株 A", "細胞株 B"}, "細胞株", 1 ),
設定隨機種子( 443381886 )，新增項( {1, 0} )，新增項( {1, 1} )，
新增術語( {2, 1} ), 新增術語( {3, 1} ), 新增術語( {1, 2} ),
加項( {1, 1}, {2, 1} ), 新增術語( {1, 1}, {3, 1} ),
加項( {2, 1}, {3, 1} )，設定 N 個整區( 10 )，設定樣本大小( 90 )，
最優準則（「制定 I 最優設計」），模擬響應（0），
儲存 X 矩陣( 0 )}
）；
嗨@JoffJones ，
我想我更好地理解你的背景，你似乎處於嵌套因素/設計的情況。
以下是社區中此類情況的一些範例：
不允許的組合不起作用
使用不允許的組合從 DoE 中刪除某個因素
我嘗試為您的因子“gRNA”添加分類級別“NogRNA”，並將最小 gRNA 濃度從 10 擴展到 0，然後使用不允許的組合過濾器創建以下條件：
gRNA == "NogRNA" & gRNA concentration >= 0.01 | (gRNA == "Gene1" | gRNA == "Gene2"
| gRNA == "Gene3") & gRNA concentration <= 10;
因此，客製化設計不會創建基因水平和 gRNA 濃度不為 0 或基因水平和 gRNA 濃度小於 10 的運行。
因此，我認為簡單的選擇可能是使用您的腳本和設計，創建具有80 或90 次運行和10 個區塊的設計，並在條件NogRNA、濃度= 0 和相同的細胞系的情況下為每個區塊添加1（或2）次運行與本塊中的其他實驗一樣。必須在「因子」列屬性以及「擬合模型」腳本中進行一些修改，因為此特定配置涉及嵌套因子（濃度範圍取決於因子 gRNA 的水平：有/沒有基因）。嵌套因素範例： 二因素嵌套隨機效應模型範例
請參閱隨附的設計。
另一種選擇還可以是測量每個區塊中的基線水平（濃度= 0、無基因、特定細胞系），並在反應中使用該基線水平作為實驗和基線之間的差異（Y = 實驗值-基線值）。
這將使分析變得更容易，並且由於您的主要興趣不是該基線條件的特定水平值，而是更多地作為對細胞系的檢查，因此它可能是一個不錯的選擇。
希望這個回答可以幫助你
嗨@Victor_G
感謝您對此進行探索。我只是想知道你是如何將控制運行添加到設計中的？您剛剛將它們輸入到數據表中嗎？如果您知道一個可以輕鬆擴展到超大型設計的解決方案，這將會很有用。
最好的祝愿，
喬夫
嗨@JoffJones ，
是的，在建議的設計中，我添加了手動運行的控制。最好考慮每個整個圖中運行的隨機化，以避免控制始終在區塊的末尾運行。
對於非常大的設計，可能有一個使用候選集方法的解決方案，您可以直接在候選運行資料表中定義所有可能的組合和約束，並使用自訂設計平台將這些運行用作協變數。但之後可能需要做一些手動工作，因為我不確定用於細胞係因子的封閉是否會得到尊重，因此您可能需要進一步處理最終的設計以添加封閉效果。稍後我將嘗試更多地研究這個主題。
也可以使用對照運行作為反應的基線（因此不直接在設計中），並對每個特定細胞系和整個圖的實驗和基線之間的差異進行建模。
最好的，
