분할 플롯 설계에 제어 실행을 어떻게 추가할 수 있나요?제약 분석에서 우리는 종종 품질 관리의 기초로만 사용되는 플레이트에서 대조군을 실행합니다. 대조군은 DoE를 생성하는 데 사용되는 통계적 모델의 일부가 아니어야 하므로 이전에 두 개의 DoE(하나는 주요 실험용, 다른 하나는 대조군용)를 생성하여 병합하려고 했습니다. 그러나 공통 분할 플롯 설정이 있는 경우 분할 플롯에 할당된 수준이 무작위이므로 두 DoE가 일치하지 않으므로 이는 간단하지 않습니다.
간단한 예로, 10x10 웰의 그리드가 있는 플레이트가 있다고 가정해 보겠습니다. 세포주와 시약 농도의 효과를 테스트하고 싶습니다. 세포주는 열에 배열해야 하므로 열에 맞춰진 10개의 분할 플롯이 필요합니다. 시약 농도는 무작위로 지정할 수 있습니다. 하지만 각 세포주에서 일부 대조군을 테스트하고 싶습니다. 예를 들어 고정 농도의 다른 시약을 사용하고 원래 시약 농도를 변경하지 않습니다. 이상적으로는 대부분(90)의 웰을 사용하여 세포주 및 시약 농도를 최적화하고 몇 개의 웰을 대조군(10, 열당 1개)에 사용하고 싶습니다.
통계 모델을 따르지 않는 일부 추가적인 통제 실행을 추가하는 동시에 DoE가 해당 목적에 맞게 최적화되도록 보장할 방법이 있습니까?
실험 설계Re: 분할 플롯 설계에 제어 실행을 어떻게 추가할 수 있나요?안녕하세요 @JoffJones ,
디자인에 사용할 사용 사례와 요소를 더 자세히 설명해 주시겠습니까? 귀하의 과제가 무엇인지 이해하기가 쉽지 않습니다.
- 요인과 가능한 수준은 무엇입니까? (필요한 경우 익명 처리)
- 분할형 플롯 설계(각 열에 대해 특정 세포주 하나)를 사용하는 데에는 어떤 제한이 있습니까?
- 분석에 필요한 가정 모델/세부정보 수준은 무엇입니까?
일반적인 관점에서, 후보 집합 접근 방식을 시도하는 것이 효과적일 것 같습니다. 모든 가능한 조합을 포함하고 제약 조건을 준수하는 표를 만든 다음, 사용자 지정 디자인을 사용하여 가장 유익한 실험 100개(또는 90개에 10개의 대조 실행을 수동으로 추가)를 선택할 수 있습니다.
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블록 전체에 중심점이 균일하게 분포되도록 강제하는 사용자 정의 디자인
이 첫 번째 토론 시작이 도움이 되기를 바랍니다.
Re: 분할 플롯 설계에 제어 실행을 어떻게 추가할 수 있나요?안녕하세요 @Victor_G
답변과 게시물 공유에 감사드립니다. 문제는 약간 다릅니다. 다른 게시물에서는 제어 실행이 전체 설계 영역(중앙)의 일부를 형성하는 반면, 여기에서 제어 실행은 설계 영역에서 정의되지 않습니다. 하나 이상의 요인에 대해 지정된 수준이 없기 때문입니다.
이에 대한 간단한 예를 위해 코드를 복사합니다. 반응 표면 설계를 사용하여 10~50 사이의 농도에서 3개의 gRNA를 갖는 2개의 세포주에서 반응 Y를 최대화하고자 합니다. 각 열에는 특정 세포주가 1개 있어야 합니다. gRNA는 세포 DNA에서 유전자를 녹아웃하는 데 사용되며 농도가 높을수록 효과가 더 클 수 있습니다. 그러나 두 세포주가 모두 건강하고 gRNA 없이 자라는지 확인하기 위해 'gRNA 없음' 제어 조건도 테스트하고자 합니다. 당연히 'gRNA 없음'의 농도는 0이어야 하므로 이는 설계 영역 밖에 있습니다.
암사슴(
맞춤형 디자인,
{응답 추가(최대화, "Y", ., ., . ),
요인 추가(연속, 10, 50, "gRNA 농도", 0),
요인 추가(범주형, {"Gene1", "Gene2", "Gene3"}, "gRNA", 0),
요인 추가(범주형, {"세포주 A", "세포주 B"}, "세포주", 1),
난수 시드(443381886) 설정, 항 추가({1, 0}), 항 추가({1, 1})
용어 추가( {2, 1} ), 용어 추가( {3, 1} ), 용어 추가( {1, 2} ),
항 추가( {1, 1}, {2, 1} ), 항 추가( {1, 1}, {3, 1} ),
항 추가( {2, 1}, {3, 1} ), N개의 전체 플롯 설정( 10 ), 샘플 크기 설정( 90 ),
최적성 기준( "최적 설계를 만드십시오"), 응답 시뮬레이션( 0 ),
X 매트릭스 저장( 0 )}
);
Re: 분할 플롯 설계에 제어 실행을 어떻게 추가할 수 있나요?안녕하세요 @JoffJones ,
귀하의 맥락을 더 잘 이해할 수 있을 것 같습니다. 귀하는 중첩된 요소/디자인의 반복에 있는 듯합니다.
커뮤니티에서 이러한 상황이 발생하는 몇 가지 예는 다음과 같습니다.
허용되지 않는 조합이 작동하지 않습니다
허용되지 않는 조합을 사용하여 DoE에서 요인 제거
저는 귀하의 요인 "gRNA"에 대해 범주 수준 "NogRNA"를 추가하고 최소 gRNA 농도를 10에서 0으로 확장한 다음 허용되지 않는 조합 필터를 사용하여 이러한 조건을 생성하려고 시도했습니다.
gRNA == "NogRNA" & gRNA concentration >= 0.01 | (gRNA == "Gene1" | gRNA == "Gene2"
| gRNA == "Gene3") & gRNA concentration <= 10;
따라서 Custom Design은 유전자 수준과 gRNA 농도가 0과 다른 런이나 유전자 수준과 gRNA 농도가 10 미만인 런을 생성하지 않습니다. 그러나 결과적인 디자인에는 "NogRNA"가 포함된 런이 포함되지 않습니다.
그래서 간단한 옵션은 스크립트와 디자인을 사용하고, 80 또는 90개의 런과 10개의 블록으로 디자인을 만들고, NogRNA, 농도 = 0 및 이 블록의 다른 실험과 동일한 세포주라는 조건으로 블록당 1개(또는 2개)의 런을 추가하는 것이라고 생각합니다. 요인 열 속성과 스크립트 적합 모델에서 몇 가지 수정을 해야 합니다. 이 특정 구성에는 중첩된 요인이 포함되기 때문입니다(농도 범위는 요인 gRNA 수준에 따라 다름: 유전자 있음/없음). 중첩된 요인의 예: 2인자 중첩 임의 효과 모델의 예
디자인은 첨부된 파일을 참조하세요.
또 다른 옵션은 각 블록의 기준선 수준(농도 = 0, 유전자 없음, 특정 세포주)을 측정하고 이 기준선 수준을 실험과 기준선의 차이로 반응에 사용하는 것입니다(Y = 실험 값 - 기준선 값).
이렇게 하면 분석이 더 쉬워지고, 주된 관심사가 기준 조건의 구체적인 수준 값이 아니라 세포 계통을 확인하는 것이므로 좋은 대안이 될 수 있습니다.
이 답변이 도움이 되기를 바랍니다.
Re: 분할 플롯 설계에 제어 실행을 어떻게 추가할 수 있나요?안녕하세요 @Victor_G
이걸 탐구해 주셔서 감사합니다. 저는 당신이 어떻게 컨트롤 런을 디자인에 추가했는지 궁금했습니다. 그냥 데이터 테이블에 입력했나요? 매우 큰 디자인에 쉽게 확장할 수 있는 솔루션을 알고 있다면 유용할 것입니다.
최고의 소원을 전합니다,
조프
Re: 분할 플롯 설계에 제어 실행을 어떻게 추가할 수 있나요?안녕하세요 @JoffJones ,
네, 제안된 설계에서 저는 수동으로 제어 실행을 추가했습니다. 또한 블록의 끝에 제어 실행이 항상 있는 것을 피하기 위해 각 전체 플롯 내에서 실행의 무작위화를 고려하는 것이 가장 좋을 것입니다.
후보 세트 접근법을 사용하여 매우 큰 설계에 대한 솔루션이 있을 수 있습니다. 여기서 후보 런 데이터 테이블에서 모든 가능한 조합과 제약 조건을 직접 정의하고 사용자 정의 디자인 플랫폼을 사용하여 이러한 런을 공변량으로 사용합니다. 하지만 세포 계통 요인에 사용된 차단이 존중되는지 확신할 수 없으므로 나중에 수동 작업을 해야 할 수 있으므로 블록 효과를 추가하기 위해 결과 설계를 추가로 처리해야 할 수 있습니다. 나중에 이 주제에 대해 더 자세히 살펴보겠습니다.
또한 제어 실행을 반응의 기준선으로 사용할 수도 있습니다(따라서 설계에 직접적으로 사용하지는 않음). 그리고 각 특정 세포주와 전체 플롯에 대한 실험과 기준선의 차이를 모델링할 수도 있습니다.
최상의,
