Comment pouvez-vous ajouter des séquences de contrôle à une conception en parcelles divisées ?Dans les essais pharmaceutiques, nous effectuons souvent des contrôles sur la plaque qui sont utilisés uniquement à des fins de contrôle qualité. Les contrôles ne doivent pas faire partie du modèle statistique utilisé pour générer le DoE, et j'ai donc précédemment essayé de générer deux DoE (un pour l'expérience principale, un pour les contrôles) et de les fusionner. Cependant, ce n'est pas trivial lorsque vous avez une configuration de parcelles divisées commune, car les niveaux attribués aux parcelles divisées seront aléatoires et donc les 2 DoE ne correspondront pas.
À titre d'exemple simple, disons que j'ai une plaque avec une grille de 10x10 puits. Je veux tester les effets de la lignée cellulaire et de la concentration en réactif. La lignée cellulaire doit être disposée en colonnes et nous avons donc besoin de 10 parcelles divisées qui s'alignent sur les colonnes. La concentration en réactif peut être randomisée. Mais je veux également tester certains contrôles dans chaque lignée cellulaire, avec disons un autre réactif à concentration fixe, et sans modifier la concentration initiale en réactif. Idéalement, je voudrais utiliser la plupart (90) des puits pour optimiser la concentration en lignée cellulaire et en réactif, et quelques puits pour les contrôles (10, 1 par colonne).
Existe-t-il un moyen de garantir que le DoE est optimal pour son objectif, tout en ajoutant des exécutions de contrôle supplémentaires qui n'adhèrent pas à ce modèle statistique ?
Plan d'expériencesRé: Comment pouvez-vous ajouter des exécutions de contrôle à une conception en parcelles divisées ?Salut @JoffJones ,
Pouvez-vous décrire plus en détail le cas d'utilisation et les facteurs à utiliser dans la conception ? Je n'arrive pas à comprendre très clairement quel est votre défi.
- Quels sont les facteurs et les niveaux possibles (anonymisés si besoin) ?
- Quelle est la restriction relative à l'utilisation d'un plan en parcelles divisées (une lignée cellulaire spécifique pour chaque colonne) ?
- Quel est votre modèle supposé/niveau de détails nécessaires à l'analyse ?
D'un point de vue général, je pense qu'essayer une approche Candidate Set fonctionnerait ici : vous pouvez créer un tableau avec toutes les combinaisons possibles et en respectant vos contraintes, puis utiliser Custom Design pour sélectionner les 100 expériences les plus informatives (ou 90 et ajouter manuellement 10 exécutions de contrôle).
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J'espère que ce premier sujet de discussion pourra vous aider,
Ré: Comment pouvez-vous ajouter des exécutions de contrôle à une conception en parcelles divisées ?Salut @Victor_G
Merci pour votre réponse et le partage de l'article. Le problème est un peu différent, dans l'autre article, les exécutions de contrôle font partie de la région de conception globale (au centre) alors qu'ici les exécutions de contrôle ne sont pas définies dans la région de conception car elles n'ont pas de niveau spécifié pour un ou plusieurs des facteurs.
Je copie le code pour un exemple simplifié de cela. Nous voulons maximiser une réponse Y, sur 2 lignées cellulaires avec 3 gRNA à des concentrations comprises entre 10 et 50 en utilisant une conception de surface de réponse. Chaque colonne doit avoir 1 lignée cellulaire spécifique. Le gRNA est utilisé pour éliminer les gènes de l'ADN des cellules et des concentrations plus élevées peuvent avoir des effets plus importants. Cependant, nous voulons également tester une condition de contrôle « sans gRNA », pour voir si les deux lignées cellulaires sont saines et se développent sans gRNA. Naturellement, la concentration de « sans gRNA » doit être de 0, et cela se situe donc en dehors de notre région de conception.
BICHE(
Conception personnalisée,
{Ajouter une réponse( Maximiser, "Y", ., ., . ),
Ajouter un facteur (continu, 10, 50, « concentration en ARNg », 0),
Ajouter un facteur (Catégorique, {"Gene1", "Gene2", "Gene3"}, "gRNA", 0 ),
Ajouter un facteur (Catégorique, {"Lignée cellulaire A", "Lignée cellulaire B"}, "Lignée cellulaire", 1),
Définir une graine aléatoire (443381886), Ajouter un terme ({1, 0}), Ajouter un terme ({1, 1}),
Ajouter un terme ({2, 1}), Ajouter un terme ({3, 1}), Ajouter un terme ({1, 2}),
Ajouter un terme ({1, 1}, {2, 1}), Ajouter un terme ({1, 1}, {3, 1}),
Ajouter un terme ({2, 1}, {3, 1}), définir N parcelles entières (10), définir la taille de l'échantillon (90),
Critère d'optimalité (« Réaliser une conception optimale »), Simuler les réponses (0),
Enregistrer la matrice X (0)}
);
Ré: Comment pouvez-vous ajouter des exécutions de contrôle à une conception en parcelles divisées ?Salut @JoffJones ,
Je pense que je comprends mieux votre contexte, vous semblez être dans une situation de facteurs/conception imbriqués.
Voici quelques exemples de telles situations dans la Communauté :
Les combinaisons non autorisées ne fonctionnent pas
Utilisation de combinaisons non autorisées pour supprimer un facteur du DoE
J'ai essayé d'ajouter un niveau catégoriel « NogRNA » pour votre facteur « gRNA » et d'étendre votre concentration minimale en gRNA de 10 à 0, puis d'utiliser un filtre de combinaisons non autorisées pour créer ces conditions :
gRNA == "NogRNA" & gRNA concentration >= 0.01 | (gRNA == "Gene1" | gRNA == "Gene2"
| gRNA == "Gene3") & gRNA concentration <= 10;
Pour que la conception personnalisée ne crée pas d'exécution sans niveaux de gènes et concentration d'ARNg différents de 0 ou avec des niveaux de gènes et une concentration d'ARNg inférieurs à 10. Mais la conception résultante n'inclut aucune exécution avec « NogRNA ».
Je pense donc que l'option la plus simple pourrait être d'utiliser votre script et votre design, de créer votre design avec 80 ou 90 runs et 10 blocs, et d'ajouter 1 (ou 2) runs par bloc avec les conditions NogRNA, concentration = 0 et la même lignée cellulaire que les autres expériences de ce bloc. Certaines modifications doivent être effectuées dans les propriétés de la colonne Facteurs, ainsi que dans le script Fit Model, car cette configuration spécifique implique des facteurs imbriqués (la plage de concentration dépend du niveau de facteur gRNA : Avec/Sans Gène). Exemple de facteurs imbriqués : Exemple d'un modèle à effets aléatoires imbriqués à deux facteurs
Veuillez trouver ci-joint le design.
Une autre option pourrait également être de mesurer le niveau de base dans chaque bloc (concentration = 0, aucun gène, lignée cellulaire spécifique) et d'utiliser ce niveau de base dans la réponse comme différence entre l'expérience et la ligne de base (Y = valeur expérimentale - valeur de base).
Cela faciliterait l'analyse, et puisque votre intérêt principal n'est pas dans la valeur de niveau spécifique de cette condition de base mais plutôt dans une vérification des lignées cellulaires, cela pourrait être une bonne alternative.
J'espère que cette réponse pourra vous aider,
Ré: Comment pouvez-vous ajouter des exécutions de contrôle à une conception en parcelles divisées ?Salut @Victor_G
Merci d'avoir exploré cela. Je me demandais simplement comment vous avez ajouté les exécutions de contrôle dans la conception ? Les avez-vous simplement saisies dans la table de données ? Il serait utile que vous connaissiez une solution qui s'adaptera facilement aux très grandes conceptions.
Meilleurs vœux,
Joff
Ré: Comment pouvez-vous ajouter des exécutions de contrôle à une conception en parcelles divisées ?Salut @JoffJones ,
Oui, dans la conception proposée, j'ai ajouté les exécutions de contrôle manuellement. Il serait également préférable de considérer la randomisation des exécutions à l'intérieur de chaque parcelle entière, pour éviter d'avoir toujours les exécutions de contrôle à la fin d'un bloc.
Il existe peut-être une solution pour les plans très volumineux utilisant l'approche de l'ensemble de candidats, où vous définissez toutes les combinaisons et contraintes possibles directement dans une table de données d'exécutions candidates, et en utilisant la plate-forme de conception personnalisée pour utiliser ces exécutions comme covariables. Mais il peut y avoir du travail manuel à faire après, car je ne suis pas sûr que le blocage utilisé pour le facteur de lignée cellulaire soit respecté, vous devrez donc peut-être traiter davantage le plan résultant pour ajouter l'effet de blocage. J'essaierai d'examiner ce sujet plus en détail plus tard.
Il existe également la possibilité d'utiliser les exécutions de contrôle comme référence pour votre réponse (donc pas directement dans la conception) et de modéliser la différence entre les expériences et la référence pour chaque lignée cellulaire spécifique et la parcelle entière.
Meilleur,
