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数式に基づいて複数の新しい列を作成する

こんにちは、JMPコミュニティ

バイオマーカー発現からの連続データ値を含む 19000 列 x 88 行のデータがあります。

バイオマーカー発現値から参照値を減算する数式を含む、各マーカーの新しい列を作成したいと思います。

バイオマーカーと参照の両方からすべての行が必要なので、行を選択する必要はありません。

かなり簡単なようですが、バイオマーカーデータを新しい列に挿入するだけでも苦労しています（数式をテストしましたが、うまくいきません）

コードには反復処理が含まれていません。まずは1つの列で動作するかどうかを確認したいだけです。

自動化とスクリプト基本的なデータ分析とモデリングデータアクセスRe: 数式に基づいて複数の新しい列を作成する

こんにちは@BioJmPCoder 、コードを貼り付けてもらえますか？投稿ボタンにアイコンはありますか?

Re: 数式に基づいて複数の新しい列を作成する

ここでは、血圧サンプル データ テーブルを使用して、データ テーブル内のすべての新しい列を作成する例を示します。スクリプトでは、2 つの異なる方法を使用して新しい列を作成し、異なる方法でも同じ結果が得られることを示しています。

names default to here(1);

// Open a sample data table to use for illustration
dt =
// Open Data Table: Blood Pressure.jmp
// → Data Table( "Blood Pressure" )
Open( "$SAMPLE_DATA/Blood Pressure.jmp" );

// Get all of the numeric continuous column names
colNames = dt << get column names( string, continuous );

// Method 1
// Cycle through all Numeric, Continuous columns and create
// a new column with the values from the original column,
// using "set each value()"
For Each( {col}, colNames,
	dt << New Column( col || " Dif1", numeric, continuous,
		format( "Fixed Dec", 3, 0 ),
		set each value( as column(col))
	)
);

// Method 2
// Cycle through all Numeric, Continuous columns and create
// a new column with the values from the original column,
// pulling all of the values for a column into a matrix,
// and then creating a new column and populating the new
// column with the values from the matrix
For Each( {col}, colNames,
	theValues = column( col ) << get values;
	dt << New Column( col || " Dif2", numeric, continuous,
		format( "Fixed Dec", 3, 0 )
	);
	column( dt, nCols(dt) ) << set values( theValues );
);

Re: 数式に基づいて複数の新しい列を作成する

こんにちは、ジムさん

ご意見ありがとうございます。列 1 の値を減算して、列のすべてのデータ ポイントを正規化しようとしています。ここでは列 3 から値を取得しますが、以下に示すエラーが発生します。差分を実行する前に、値をベクトル化して文字列にしないようにする必要があるのではないでしょうか。

dt = Current data table();
col_names = dt << get column names(string, continuous);

markerCount = Column(3);
normCount = markerCount - Column(1);
dt << New Column( "Norm_" || col_names[3], 
		numeric, 
		continuous,
		format( "Fixed Dec", 3, 2 ),
		set each value( as column(normCount))
	);
		//set each value( as column(Column(3)) - column(Column(1)))<BR /><BR /><BR /><BR /><SPAN class="lia-inline-image-display-wrapper lia-image-align-inline" image-alt="image.png" style="width: 381px;"><SPAN class="lia-inline-image-display-wrapper" image-alt="image.png" style="width: 381px;"><span class="lia-inline-image-display-wrapper" image-alt="image.png" style="width: 381px;"><img src="https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/71119i06611C84D006971E/image.png" role="button" title="image.png" alt="image.png" /></span></SPAN></SPAN>

Re: 数式に基づいて複数の新しい列を作成する

データ テーブル内の列の操作方法と JSL 変数の操作方法に混乱があるようです。以下は、2 つの方法を使用して列 "BP 6M" の値と列 "BP 8M" の値を減算するスクリプトです。

方法1は列Norm_BP 6Mを作成し、方法2は列Norm2_BP 6Mを作成します。

2つの異なるアプローチが何をしているのか理解できるように、JSLに注釈を付けました。

names default to here(1);

// Open a sample data table to use for illustration
dt =
// Open Data Table: Blood Pressure.jmp
// → Data Table( "Blood Pressure" )
Open( "$SAMPLE_DATA/Blood Pressure.jmp" );
// The data table has the following columns in it
// Subject, Dosec BP 8M, BP 12M, BP 6M, BP 8W, BP 12W, BP 6W, 
// BP 8F, BP 12F, BP 6F, Norm_BP 6M

// Get all of the numeric continuous column names
col_Names = dt << get column names( string, continuous );
// Get Column Names returns a JMP List of column names
// of the columns that have a Modeling Type of Continuous
// {"BP 8M", "BP 12M", "BP 6M", "BP 8W", "BP 12W", "BP 6W", 
//  "BP 8F", "BP 12F", "BP 6F"}
// Note that the first 2 column in the data table, Subject and Dose
// are not in the list 

// Note: Specifying
//   Column( 1 ) 
// references the 1st column in the data table, which is Subject
// Specifying
//     Column( col_Names[1] )
// references the 1st column in the col_Names List, which is BP 8M

// Method 1
// Create the new column. Set Each Value loops through each
// row in the data table and applies the specified formula
// which is to subtract the value in the 1st column in the 
// col_Names list from the value in the 3rd column in the 
// col_Names list 
dt << New Column( "Norm_" || col_names[3],
	numeric,
	continuous,
	Format( "Fixed Dec", 3, 2 ),
	set each value( As Column( col_Names[3] ) - As Column( col_Names[1] ) )
);

// Method 2
// Perform the same subtraction, however do it by pulling all of the 
// values from each of the 2 target columns into 2 matrices and then
// use matrix math to do the subtraction into an additional matrix
// and then take those values and put them into the new column

// Create the new column with no values
dt << New Column( "Norm2_" || col_names[3],
	numeric,
	continuous,
	Format( "Fixed Dec", 3, 2 )
);

// Pull the data from the 2 columns in the data table
matCola = column( col_Names[1]) << get values;
matColb = column( col_Names[3]) << get values;
// Subtract the values in matCola from matColb
matResults = matColb - matCola;

// Put the results into the new column
column( "Norm2_" || col_names[3] ) << set values( matResults);