材料資訊學工具包是一個功能強大、用戶友好的 JMP 插件，旨在提供一個使用 RDKit 套件從簡化分子輸入線輸入系統 (SMILES) 計算描述符的介面。在與處理分子結構並使用 Python 進行分析的 JMP 用戶進行多次對話後，我開發了該插件。他們需要能夠執行複雜的分析，但無需進行大量編碼。
材料資訊學工具包為任何想要使用 JMP 處理化學結構資料的人提供了點擊選項。它在各種情況下都很有用，從尋找滿足特定要求的新分子候選物到分析分子結構和物理性質之間的關係。
在開始之前，請記住，此加載項假設您已經有要分析的 SMILES 資料。 SMILES 使用字串表示分子結構。
如何使用材料資訊學工具包
下載並安裝插件後：
- 在 JMP 中，開啟頂部導覽中的外掛程式選單，然後按一下Toolkit for Materials Informatics 。
- 按一下描述符計算。
- 選擇包含 SMILES 的欄位。
Calculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptors計算分子描述符
- 選擇您想要產生的特徵。
- 按一下確定將資料從 JMP 傳送到 Python。 Python 產生特徵並將資料傳回 JMP。使用這些特徵建立模型可以讓您預測某種物質的特徵值。
- 若要根據該分子資訊繪製圖片，請返回加載項選單並按一下「繪製分子」 。
- 選擇“SMILES”列並按一下“確定” 。這會將資料從 JMP 傳送到 Python，建立 Python 圖表，然後將資料傳回 JMP。生成的圖像儲存在表格的一列中。
Draw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDraw molecule from SMILES從 SMILES 中繪製分子
觀看示範
影片示範如何使用材料資訊學工具包：
以下是使用材料資訊學工具包時的一些有用提示：
- 此加載項使用 Python 整合功能。使用此外掛程式之前必須安裝 RDKit。
- 使用此外掛程式建立描述符後，您可以使用此資訊建立模型來預測分子特性等。如果您有 JMP Pro，則可以照常使用模型篩選和/或其他平台（您也可以使用 JMP 建立模型）。
- 此外掛程式可以使用 SMILES 建立分子影像。您可以建立一個包含圖像的新列，然後將其用作標籤列。
JMP Marketplace具有使用 Python 整合的插件，為新的可能性打開了大門。請嘗試此插件和其他插件，然後與我們分享您的任何改進想法。
這太棒了， @yuichi_katsumur 。長期以來，客戶一直在詢問我們是否能讓 JMP 具有「化學意識」。這是一個絕妙的解決方案。
偉大的！示範影片也很容易理解！ @yuichi_katsumur
