Materials Informatics Toolkit es un complemento JMP potente y fácil de usar diseñado para proporcionar una interfaz para usar el paquete RDKit para calcular descriptores del Sistema de entrada de línea de entrada molecular simplificado (SMILES). Desarrollé el complemento después de numerosas conversaciones con usuarios de JMP que trabajaban con estructuras moleculares y usaban Python para sus análisis. Necesitaban poder realizar análisis complejos, pero sin codificación extensa.
El kit de herramientas de informática de materiales ofrece una opción de apuntar y hacer clic para cualquiera que desee utilizar JMP para manejar datos de estructura química. Es útil en una variedad de situaciones, desde la búsqueda de nuevos candidatos moleculares que cumplan con requisitos específicos hasta el análisis de relaciones entre estructuras moleculares y propiedades físicas.
Antes de comenzar, recuerde que este complemento presupone que ya tiene datos de SMILES para analizar. SMILES representa estructuras moleculares mediante cadenas.
Cómo utilizar el kit de herramientas de informática de materiales
Después de descargar e instalar el complemento:
- En JMP, abra el menú Complementos en la navegación superior y haga clic en Kit de herramientas para informática de materiales .
- Haga clic en Cálculo de descriptor .
- Seleccione la columna que contiene SONRISAS.
Calculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalcular descriptores moleculares
- Seleccione las características que desea generar.
- Haga clic en Aceptar para enviar los datos de JMP a Python. Python genera características y envía los datos de vuelta a JMP. La creación de un modelo con estas características le permite predecir los valores característicos de una determinada sustancia.
- Para dibujar una imagen a partir de esta información molecular, regrese al menú del complemento y haga clic en Dibujar moléculas .
- Seleccione la columna SMILES y haga clic en Aceptar . Esto envía los datos de JMP a Python, crea un diagrama de Python y envía los datos de vuelta a JMP. Las imágenes resultantes se almacenan en una columna de la tabla.
Draw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDibujar molécula de SONRISAS
Mira la demostración
Este vídeo demuestra cómo utilizar el kit de herramientas de informática de materiales:
A continuación se ofrecen algunos consejos útiles a medida que utiliza el kit de herramientas de informática de materiales:
- Este complemento utiliza una función de integración de Python. RDKit debe estar instalado antes de utilizar este complemento.
- Una vez que haya creado los descriptores con este complemento, puede utilizar esta información para crear el modelo para predecir propiedades moleculares, etc. Si tiene JMP Pro, puede utilizar Model Screening u otra plataforma como de costumbre (también puede crear el modelo con JMP).
- Este complemento puede crear una imagen molecular mediante SMILES. Puede crear una nueva columna que contenga imágenes y luego usarla como columna de etiquetas.
El JMP Marketplace tiene complementos que utilizan la integración de Python y que abren las puertas a nuevas posibilidades. Pruebe este y otros complementos y luego comparta con nosotros cualquier idea que tenga para mejorarlos.
Esto es genial, @yuichi_katsumur . Los clientes llevan mucho tiempo pidiendo que hagamos que JMP sea "consciente de los químicos". Es una solución brillante.
¡Genial! ¡El vídeo de demostración también es fácil de entender! @yuichi_katsumur
