材料信息学工具包是一款功能强大、用户友好的 JMP 插件，旨在提供一个界面，使用 RDKit 包计算简化分子输入行输入系统 (SMILES) 中的描述符。我与使用分子结构和 Python 进行分析的 JMP 用户进行了多次交流后开发了这款插件。他们需要能够执行复杂的分析，但又不需要大量编码。
材料信息学工具包为想要使用 JMP 处理化学结构数据的任何人提供点击选项。它在各种情况下都很有用，从搜索符合特定要求的新分子候选物到分析分子结构和物理性质之间的关系。
在开始之前，请记住此插件假定您已经有要分析的 SMILES 数据。SMILES 使用字符串表示分子结构。
如何使用材料信息学工具包
下载并安装插件后：
- 在 JMP 中，打开顶部导航中的插件菜单，然后单击材料信息学工具包。
- 单击描述符计算。
- 选择包含 SMILES 的列。
Calculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptors计算分子描述符
- 选择您想要生成的特征。
- 单击“确定”将数据从 JMP 发送到 Python。Python 生成特征并将数据发送回 JMP。使用这些特征创建模型可以预测某种物质的特征值。
- 要根据该分子信息绘制图片，请返回插件菜单并单击“绘制分子” 。
- 选择 SMILES 列并单击OK 。这会将数据从 JMP 发送到 Python，创建 Python 图表，并将数据发送回 JMP。生成的图像存储在表中的一列中。
Draw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDraw molecule from SMILES从 SMILES 中绘制分子
观看演示
该视频演示了如何使用材料信息学工具包：
以下是使用材料信息学工具包时的一些有用提示：
- 此插件使用 Python 集成功能。使用此插件之前必须安装 RDKit。
- 使用此插件创建描述符后，您可以使用此信息构建模型来预测分子特性等。如果您有 JMP Pro，您可以照常使用模型筛选和/或其他平台（您也可以使用 JMP 构建模型）。
- 此插件可以使用 SMILES 创建分子图像。您可以创建一个包含图像的新列，然后将其用作标签列。
JMP Marketplace拥有使用 Python 集成的插件，为新的可能性打开了大门。请试用此插件和其他插件，然后与我们分享您的任何改进想法。
这太棒了， @yuichi_katsumur 。客户一直在询问我们能否让 JMP 具备“化学感知”功能。这是一个绝妙的解决方案。
太棒了！演示视频也很容易理解！ @yuichi_katsumur
