Materials Informatics Toolkit は、RDKit パッケージを使用して Simplified Molecular Input Line Entry System (SMILES) から記述子を計算するためのインターフェイスを提供するように設計された、強力で使いやすい JMP アドインです。分子構造を扱い、分析に Python を使用している JMP ユーザーと何度も話し合った後、このアドインを開発しました。彼らは、複雑な分析を実行できる必要がありましたが、膨大なコーディングは必要ありませんでした。
Materials Informatics Toolkit は、JMP を使用して化学構造データを処理したい人向けに、ポイント アンド クリック オプションを提供します。特定の要件を満たす新しい分子候補の検索から、分子構造と物理的特性の関係の分析まで、さまざまな場面で役立ちます。
始める前に、このアドインでは分析する SMILES データが既にあることを前提としていることに留意してください。SMILES は文字列を使用して分子構造を表します。
マテリアルインフォマティクスツールキットの使い方
アドインをダウンロードしてインストールした後:
- JMP で、上部のナビゲーションにある「アドイン」メニューを開き、 「Toolkit for Materials Informatics」をクリックします。
- 記述子計算をクリックします。
- SMILES を含む列を選択します。
Calculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptors分子記述子を計算する
- 生成する機能を選択します。
- [OK] をクリックすると、JMP から Python にデータが送信されます。Python は機能を生成し、データを JMP に送り返します。これらの機能を使用してモデルを作成すると、特定の物質の特性値を予測できます。
- この分子情報から図を描くには、アドイン メニューに戻り、 [分子の描画]をクリックします。
- SMILES 列を選択し、 「OK」をクリックします。これにより、JMP から Python にデータが送信され、Python ダイアグラムが作成され、データが JMP に返されます。結果の画像は、テーブル内の列に保存されます。
Draw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESSMILESから分子を描く
デモを見る
このビデオでは、Materials Informatics Toolkit の使用方法を説明します。
マテリアル インフォマティクス ツールキットを使用する際に役立つヒントをいくつか紹介します。
- このアドインは Python 統合機能を使用します。このアドインを使用する前に、RDKit をインストールする必要があります。
- このアドインを使用して記述子を作成したら、この情報を使用して分子特性などを予測するモデルを構築できます。JMP Pro をお持ちの場合は、通常どおりモデル スクリーニングや他のプラットフォームを使用できます (JMP を使用してモデルを構築することもできます)。
- このアドインは、SMILES を使用して分子画像を作成できます。画像を含む新しい列を作成し、それをラベル列として使用できます。
JMP マーケットプレイスには、新たな可能性への扉を開く Python 統合を使用するアドインがあります。ぜひこのアドインや他のアドインを試してみて、改善のためのアイデアがあれば私たちと共有してください。
これは素晴らしいですね、 @yuichi_katsumur 。お客様からは、JMP を「化学的に認識」できるようにできないかと長い間尋ねられていました。これは素晴らしい解決策です。
すごい！デモ動画もわかりやすいですね！ @yuichi_katsumur
