Materials Informatics Toolkit è un potente componente aggiuntivo JMP di facile utilizzo, progettato per fornire un'interfaccia per l'utilizzo del pacchetto RDKit per calcolare i descrittori da Simplified Molecular Input Line Entry System (SMILES). Ho sviluppato il componente aggiuntivo dopo numerose conversazioni con utenti JMP che lavoravano con strutture molecolari e utilizzavano Python per le loro analisi. Avevano bisogno di essere in grado di eseguire analisi complesse, ma senza una codifica estesa.
Materials Informatics Toolkit offre un'opzione point-and-click per chiunque voglia usare JMP per gestire dati di struttura chimica. È utile in una varietà di casi, dalla ricerca di nuovi candidati molecolari che soddisfano requisiti specifici all'analisi delle relazioni tra strutture molecolari e proprietà fisiche.
Prima di iniziare, ricorda che questo componente aggiuntivo presuppone che tu abbia già dati SMILES da analizzare. SMILES rappresenta le strutture molecolari tramite stringhe.
Come utilizzare il Materials Informatics Toolkit
Dopo aver scaricato e installato il componente aggiuntivo:
- In JMP, aprire il menu Componenti aggiuntivi nella navigazione in alto e fare clic su Toolkit for Materials Informatics .
- Fare clic su Calcolo descrittore .
- Selezionare la colonna contenente SMILES.
Calculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalcola i descrittori molecolari
- Seleziona le funzionalità che vuoi generare.
- Fai clic su OK per inviare i dati da JMP a Python. Python genera le feature e invia i dati a JMP. La creazione di un modello con queste feature consente di prevedere i valori caratteristici di una determinata sostanza.
- Per disegnare un'immagine a partire da queste informazioni molecolari, torna al menu del componente aggiuntivo e clicca su Disegno molecole .
- Seleziona la colonna SMILES e fai clic su OK . In questo modo i dati vengono inviati da JMP a Python, viene creato un diagramma Python e i dati vengono inviati di nuovo a JMP. Le immagini risultanti vengono archiviate in una colonna nella tabella.
Draw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDisegna la molecola da SMILES
Guarda la demo
Questo video mostra come utilizzare il Materials Informatics Toolkit:
Ecco alcuni suggerimenti utili per l'utilizzo del Materials Informatics Toolkit:
- Questo componente aggiuntivo utilizza una funzionalità di integrazione Python. RDKit deve essere installato prima di utilizzare questo componente aggiuntivo.
- Una volta creati i descrittori usando questo componente aggiuntivo, puoi usare queste informazioni per costruire il modello per prevedere le proprietà molecolari e così via. Se hai JMP Pro, puoi usare Model Screening e/o un'altra piattaforma come al solito (puoi anche costruire il modello usando JMP).
- Questo componente aggiuntivo può creare un'immagine molecolare usando SMILES. Puoi creare una nuova colonna che contiene immagini e poi usarla come colonna etichetta.
JMP Marketplace ha componenti aggiuntivi che utilizzano l'integrazione Python e che aprono le porte a nuove possibilità. Provate questo e altri componenti aggiuntivi e poi condividete con noi qualsiasi idea abbiate per migliorarli.
Fantastico, @yuichi_katsumur . I clienti ci chiedevano da tempo se potevamo rendere JMP "chimicamente consapevole". Questa è una soluzione brillante.
Ottimo! Anche il video dimostrativo è facile da capire! @yuichi_katsumur
