Das Materials Informatics Toolkit ist ein leistungsstarkes, benutzerfreundliches JMP-Add-In, das eine Schnittstelle für die Verwendung des RDKit-Pakets zur Berechnung von Deskriptoren aus dem Simplified Molecular Input Line Entry System (SMILES) bietet. Ich habe das Add-In nach zahlreichen Gesprächen mit JMP-Benutzern entwickelt, die mit Molekülstrukturen arbeiteten und Python für ihre Analysen verwendeten. Sie mussten in der Lage sein, komplexe Analysen durchzuführen – jedoch ohne umfangreiche Codierung.
Das Materials Informatics Toolkit bietet eine Point-and-Click-Option für alle, die JMP zur Verarbeitung chemischer Strukturdaten verwenden möchten. Es ist in vielen Situationen hilfreich, von der Suche nach neuen Molekülkandidaten, die bestimmte Anforderungen erfüllen, bis hin zur Analyse der Beziehungen zwischen Molekülstrukturen und physikalischen Eigenschaften.
Bevor Sie beginnen, denken Sie bitte daran, dass dieses Add-In voraussetzt, dass Sie bereits über SMILES-Daten zur Analyse verfügen. SMILES stellt Molekülstrukturen mithilfe von Zeichenfolgen dar.
So verwenden Sie das Materials Informatics Toolkit
Nach dem Herunterladen und Installieren des Add-Ins:
- Öffnen Sie in JMP das Menü „Add-Ins“ in der oberen Navigation und klicken Sie auf „Toolkit for Materials Informatics“ .
- Klicken Sie auf Deskriptorberechnung .
- Wählen Sie die Spalte mit SMILES aus.
Calculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsMolekulare Deskriptoren berechnen
- Wählen Sie die Features aus, die Sie generieren möchten.
- Klicken Sie auf „OK“, um die Daten von JMP an Python zu senden. Python generiert Features und sendet die Daten zurück an JMP. Wenn Sie mit diesen Features ein Modell erstellen, können Sie die charakteristischen Werte einer bestimmten Substanz vorhersagen.
- Um anhand dieser molekularen Informationen ein Bild zu zeichnen, gehen Sie zurück zum Add-In-Menü und klicken Sie auf „Moleküle zeichnen“ .
- Wählen Sie die Spalte SMILES aus und klicken Sie auf OK . Dadurch werden die Daten von JMP an Python gesendet, ein Python-Diagramm erstellt und die Daten zurück an JMP gesendet. Die resultierenden Bilder werden in einer Spalte in der Tabelle gespeichert.
Draw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESMolekül aus SMILES zeichnen
Demo ansehen
Dieses Video zeigt die Verwendung des Materials Informatics Toolkit:
Hier sind einige hilfreiche Hinweise zur Verwendung des Materials Informatics Toolkit:
- Dieses Add-In verwendet eine Python-Integrationsfunktion. Vor der Verwendung dieses Add-Ins muss RDKit installiert werden.
- Nachdem Sie die Deskriptoren mithilfe dieses Add-Ins erstellt haben, können Sie diese Informationen zum Erstellen des Modells verwenden, um molekulare Eigenschaften usw. vorherzusagen. Wenn Sie JMP Pro haben, können Sie Model Screening und/oder eine andere Plattform wie gewohnt verwenden (Sie können das Modell auch mit JMP erstellen).
- Dieses Add-In kann mithilfe von SMILES ein Molekülbild erstellen. Sie können eine neue Spalte mit Bildern erstellen und diese dann als Beschriftungsspalte verwenden.
Der JMP Marketplace bietet Add-Ins, die Python-Integration nutzen und damit neue Möglichkeiten eröffnen. Probieren Sie dieses und andere Add-Ins aus und teilen Sie uns anschließend Ihre Verbesserungsvorschläge mit.
Das ist großartig, @yuichi_katsumur . Kunden fragen schon lange, ob wir JMP „chemisch bewusst“ machen könnten. Das ist eine brillante Lösung.
Großartig! Das Demo-Video ist auch leicht zu verstehen! @yuichi_katsumur
