Materials Informatics Toolkit est un module complémentaire JMP puissant et convivial conçu pour fournir une interface permettant d'utiliser le package RDKit pour calculer des descripteurs à partir du système d'entrée de ligne moléculaire simplifié (SMILES). J'ai développé ce module complémentaire après de nombreuses conversations avec des utilisateurs de JMP qui travaillaient avec des structures moléculaires et utilisaient Python pour leurs analyses. Ils devaient être capables d'effectuer des analyses complexes, mais sans codage extensif.
La boîte à outils d'informatique des matériaux offre une option de type pointer-cliquer pour quiconque souhaite utiliser JMP pour gérer des données de structure chimique. Elle est utile dans de nombreux cas, de la recherche de nouveaux candidats moléculaires répondant à des exigences spécifiques à l'analyse des relations entre les structures moléculaires et les propriétés physiques.
Avant de commencer, n'oubliez pas que ce module complémentaire suppose que vous disposez déjà de données SMILES à analyser. SMILES représente les structures moléculaires à l'aide de chaînes.
Comment utiliser la boîte à outils informatique des matériaux
Après avoir téléchargé et installé le module complémentaire :
- Dans JMP, ouvrez le menu Compléments dans la navigation supérieure et cliquez sur Toolkit for Materials Informatics .
- Cliquez sur Calcul du descripteur .
- Sélectionnez la colonne contenant SMILES.
Calculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculate molecular descriptorsCalculer les descripteurs moléculaires
- Sélectionnez les fonctionnalités que vous souhaitez générer.
- Cliquez sur OK pour envoyer les données de JMP à Python. Python génère des entités et renvoie les données à JMP. La création d'un modèle avec ces entités vous permet de prédire les valeurs caractéristiques d'une certaine substance.
- Pour dessiner une image à partir de ces informations moléculaires, revenez au menu du module complémentaire et cliquez sur Dessiner des molécules .
- Sélectionnez la colonne SMILES et cliquez sur OK . Cela envoie les données de JMP à Python, crée un diagramme Python et renvoie les données à JMP. Les images résultantes sont stockées dans une colonne du tableau.
Draw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDraw molecule from SMILESDessiner une molécule à partir de SMILES
Regardez la démo
Cette vidéo montre comment utiliser la boîte à outils informatique des matériaux :
Voici quelques conseils utiles pour utiliser la boîte à outils informatique des matériaux :
- Ce module complémentaire utilise une fonctionnalité d'intégration Python. RDKit doit être installé avant d'utiliser ce module complémentaire.
- Une fois que vous avez créé les descripteurs à l'aide de ce module complémentaire, vous pouvez utiliser ces informations pour créer le modèle afin de prédire les propriétés moléculaires, etc. Si vous disposez de JMP Pro, vous pouvez utiliser Model Screening et/ou une autre plateforme comme d'habitude (vous pouvez également créer le modèle à l'aide de JMP).
- Ce module complémentaire peut créer une image moléculaire à l'aide de SMILES. Vous pouvez créer une nouvelle colonne contenant des images, puis l'utiliser comme colonne d'étiquettes.
La place de marché JMP propose des modules complémentaires qui utilisent l'intégration Python et qui ouvrent la voie à de nouvelles possibilités. Essayez ce module complémentaire et d'autres, puis partagez avec nous vos idées d'amélioration.
C'est génial, @yuichi_katsumur . Les clients nous demandent depuis longtemps si nous pouvons rendre JMP « chimiquement conscient ». C'est une solution brillante.
Super ! La vidéo de démonstration est également facile à comprendre ! @yuichi_katsumur
