Le module complémentaire d'analyse de la carte de liaisons croisées pour JMP ® Genomics prend en charge la cartographie des liaisons et les analyses QTL pour les lignées croisées. Ces analyses sont réalisées à l'aide du package Onemap R. Ce module complémentaire comprend un moteur d'importation/exportation OneMap, ainsi que des procédures de groupes de liaison et de recombinaison, d'ordre de carte de liaison et de création d'ensemble de données de probabilité de génotype QTL pour les données croisées. Les résultats de ces processus peuvent ensuite être utilisés pour les méthodes de cartographie des intervalles QTL, CIM et MIM.
Vous pouvez télécharger le module complémentaire Outcross Linkage Mapping à partir de JMP File Exchange (nécessite un profil SAS gratuit).
En plus du module complémentaire, vous devez installer le logiciel R (version 3.6.3 ou 4.0.0) et le package OneMap (version 2.1.3). Veuillez vous référer aux instructions d'installation .
Dans certains cas (par exemple, lorsque plusieurs versions de R sont installées), vous pouvez rencontrer l'une de ces erreurs :
ERREUR : SAS n'a pas pu initialiser l'interface du langage R
ERREUR : une version installée de R n'a pas pu être trouvée
Dans ce cas, vous devez définir la variable d'environnement R_HOME dans le système d'exploitation Windows pour pointer vers l'emplacement dans lequel R est installé.
Remarque : les modules complémentaires JMP sur JMP File Exchange ne sont pas officiellement pris en charge par le support technique JMP.
[Auparavant JMP Note 52744]
