限制 DOE 設計中每次運行的因子數量你好,
我正在篩選 16 個分類因素(我正在激活的 16 個不同基因),但我可以提供的 DNA 總量是有限的,因此我嘗試激活的基因越多,激活就越弱。由於這種稀釋效應,每次運行超過 8 個基因將難以解釋。有沒有一種方法可以將任何一次運行中的因素數量限制為 8 個目標,但仍然可以獲得所有 16 個目標的主要影響資訊和一些 2FI?
謝謝!
卡斯普
實驗設計回覆:限制 DOE 設計中每次運行的因子數量您必須為此實驗使用自訂設計。特別是,您需要指定一個因子約束。我使用通用因子名稱 X1 到 X16 和通用因子等級 L!和L2。我假設 L1 是一個不活躍的基因,L2 是一個活躍的基因。
JMP 將 false 表示為 0,將 true 表示為 1。如果是,則比較傳回 1。
以下是腳本中針對不允許的約束使用的比較。
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
以下是啟動客製化設計平台並進行設計的腳本:
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
我設計實驗只是為了估計和測試原理證明的主要效果。如果這種方法令人滿意,您可以更改模型條款以滿足您的目的。
回覆:限制 DOE 設計中每次運行的因子數量謝謝您的回复,以上非常有幫助。當我根據上面的內容生成設計時,每次運行都會得到 7、8 和 9 個因子,這讓我有點困惑。
另外,有沒有辦法將其鎖定在 8 個因子而不是 <8?我嘗試將腳本中的 < 更改為 = 以獲得不允許的約束,但這使腳本無效...
謝謝!
回覆:限制 DOE 設計中每次運行的因子數量我嘗試添加另一個子句(活躍基因的總和也必須小於8),但結果更糟!這是更新後的腳本:
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8 &
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) < 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
我附上了新實驗的數據表。我添加了一列來計算每次運行的激活基因。
我認為您應該聯絡 JMP 支援 ( support@jmp.com ) 來確定問題以及是否有解決方法。
回覆:限制 DOE 設計中每次運行的因子數量我認為第一個腳本提供了更好的設計。任何運行中活化的基因不超過 8 個。為什麼你希望它正好是 8?
客製化設計最適合估計指定模型。它不是像 8 個活性基因的所有可能組合那樣的組合結果。您不一定需要此類組合來估計和測試模型中的項。
回覆:限制 DOE 設計中每次運行的因子數量如何使用協變數定義允許的組合,然後建立具有主效應的設計,並盡可能添加所有 2FI。由於線性相關性,您只需刪除 X16 即可。協變量表可以透過使用具有16 個類別因子(具有兩個水平0 和1)的全因子設計來創建。組合。這可以透過將分類列的類型變更為數字連續來完成。然後選擇全部16列右鍵->新建公式列->合併->求和。
然後選擇值為 8 的行,右鍵單擊,選擇相符的儲存格。轉到選單表->子集,好的。表包含所有行,其中恰好有 8 個啟動。該表是您的協變量表。
選單-> DOE -> 客製化設計。
選擇協變數按鈕,選擇 X1-X16。檢查最初的X1 是否已刪除並重新命名為X1 2. 取消選擇X1。在模型中新增2FI,選擇所有2FI並點擊必要的,更改為如果可能。刪除X16效果。將運行次數更改為可行的數字(請記住,最小運行次數不允許任何額外的 2FI。創建設計。
附上完整的因子設計表、子集表、複製協變數設計的腳本。
如果這是針對這種情況的可行方法,能源部專家可以補充。或是否有任何理由不遵循這種方法。