限制 DOE 设计中每次运行的因子数量你好，
我正在筛选 16 个分类因子（我正在激活的 16 个不同基因），但我可以提供的 DNA 总量是有限的，因此我尝试激活的基因越多，激活就越弱。由于这种稀释效应，每次运行超过 8 个基因将很难解释。有没有办法将任何一次运行中的因子数量限制为 8 个目标，但仍然可以获得所有 16 个因子的主要影响和一些 2FI？
谢谢！
卡斯普
实验设计回复：限制 DOE 设计中每次运行的因子数量您必须使用自定义设计进行此实验。特别是，您需要指定因子约束。我使用了通用因子名称 X1 到 X16 以及通用因子水平 L！和 L2。我假设 L1 是非活性基因，L2 是活性基因。
JMP 将 false 表示为 0，将 true 表示为 1。我测试因子是否设置为 L2（已激活）。如果是，则比较返回 1。我将比较结果相加，并禁止任何大于 8 的运行。
以下是脚本中针对不允许的约束使用的比较。
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
以下是启动定制设计平台并进行设计的脚本：
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
我设计实验仅估计和测试主要效应以证明原理。如果这种方法令人满意，您可以更改模型项以适合您的目的。
回复：限制 DOE 设计中每次运行的因子数量感谢您的回复，以上内容非常有帮助。当我根据上述内容生成设计时，每次运行都会得到 7、8 和 9 个因子，这让我有点困惑。如果您能提供任何关于为什么会发生这种情况或我该如何补救的见解，我将不胜感激。
另外，有没有办法将其锁定为 8 个因子而不是 <8？我尝试将脚本中的 < 更改为 = 以表示不允许的约束，但这使脚本无效……
谢谢！
回复：限制 DOE 设计中每次运行的因子数量我尝试添加另一个子句（活性基因总数也必须小于 8），但结果更糟！以下是更新后的脚本：
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8 &
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) < 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
我附上了新实验的数据表。我添加了一列来统计每次运行的激活基因。
我认为您应该联系 JMP 支持（ support@jmp.com ）来确定问题以及是否有解决方法。
回复：限制 DOE 设计中每次运行的因子数量我认为第一个脚本的设计更好。每次运行中激活的基因不超过 8 个。为什么你要让它正好是 8 个？
自定义设计是针对指定模型进行最优估计的。它不是像 8 个活性基因的所有可能组合那样的组合结果。您不一定需要这样的组合来估计和测试模型中的项。
回复：限制 DOE 设计中每次运行的因子数量如何使用协变量来定义允许的组合，然后创建具有主效应的设计，并尽可能添加所有 2FI。您只需删除 X16，因为它们是线性依赖的。可以使用具有 16 个分类因子的全因子设计来创建协变量表，其中有两个级别 0 和 1。在创建的表中当然有所有组合，因此我们需要删除少于或多于 8 个活动项的组合。这可以通过将分类列的类型更改为数字连续来完成。然后选择所有 16 列，右键单击 -> 新公式列 -> 合并 -> 求和。
然后选择值为 8 的行，右键单击，选择匹配的单元格。转到菜单表 -> 子集，确定。这是包含所有行的表，其中恰好有 8 个激活。此表是您的协变量表。
菜单->DOE->定制设计。
选择协变量按钮，选择 X1-X16。检查初始 X1 是否被删除并重命名 X1 2。取消选择 X1。在模型中添加 2FI，选择所有 2FI 并单击需要，如果可能则更改为。删除 X16 效应。将运行次数更改为可行的数字（请记住，最小运行次数不允许任何额外的 2FI）。创建设计。
附上完整的因子设计表、子集表、使用协变量复制设计的脚本。
希望能源部的专家们能补充一下，这种方法在这种情况下是否可行。或者是否有理由不采用这种方法。
