DOE 설계에서 실행당 요인 수 제한안녕,
저는 16개의 범주적 요인(제가 활성화하는 16개의 다른 유전자)을 스크리닝하고 있지만, 제가 전달할 수 있는 DNA의 총량은 제한되어 있기 때문에 활성화하려는 유전자가 많을수록 활성화가 약해집니다. 한 번의 실행에서 8개 이상의 유전자는 이러한 희석 효과로 인해 해석하기 어려울 것입니다. 한 번의 실행에서 요인의 수를 8개의 대상으로 제한하면서도 주요 효과와 16개 모두의 2FI에 대한 정보를 얻을 수 있는 방법이 있습니까?
감사해요!
캐스프
실험 설계Re: DOE 설계에서 실행당 요인 수 제한이 실험에는 사용자 정의 디자인을 사용해야 합니다. 특히 요인 제약 조건을 지정해야 합니다. 저는 일반적인 요인 이름 X1~X16과 일반적인 요인 수준 L! 및 L2를 사용했습니다. 저는 L1이 비활성 유전자이고 L2가 활성화된 유전자라고 가정합니다.
JMP는 거짓을 0으로, 참을 1로 표현합니다. 요인이 L2(활성화됨)로 설정되어 있는지 테스트합니다. 그렇다면 비교는 1을 반환합니다. 비교 결과를 합산하고 8보다 큰 실행은 허용하지 않습니다.
허용되지 않는 제약 조건에 대한 스크립트에서 사용된 비교는 다음과 같습니다.
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
Custom Design 플랫폼을 실행하고 디자인을 만드는 스크립트는 다음과 같습니다.
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
저는 원리 증명을 위해 주요 효과만을 추정하고 테스트하도록 실험을 설계했습니다. 이 접근 방식이 만족스럽다면 목적에 맞게 모델 용어를 변경할 수 있습니다.
Re: DOE 설계에서 실행당 요인 수 제한답변 감사합니다. 위의 내용은 정말 도움이 됩니다. 위의 내용을 바탕으로 설계를 생성하면 실행당 7, 8, 9개의 요인이 나오는데 약간 헷갈립니다. 왜 이런 일이 일어나는지 또는 어떻게 해결할 수 있는지에 대한 통찰력을 주시면 정말 감사하겠습니다.
또한, <8 대신 8개의 요인으로 잠글 방법이 있나요? 허용되지 않는 제약 조건에 대해 스크립트에서 <를 =로 변경하려고 했지만 스크립트가 무효화되었습니다...
감사해요!
Re: DOE 설계에서 실행당 요인 수 제한다른 절을 추가하려고 했지만(활성 유전자의 합도 8보다 작아야 함), 결과는 더 나빴습니다! 업데이트된 스크립트는 다음과 같습니다.
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8 &
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) < 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
새로운 실험에 데이터 테이블을 첨부했습니다. 각 실행의 활성화된 유전자를 계산하는 열을 추가했습니다.
문제를 확인하고 해결 방법이 있는지 알아보려면 JMP 지원팀( support@jmp.com )에 문의하는 것이 좋습니다.
Re: DOE 설계에서 실행당 요인 수 제한첫 번째 스크립트가 더 나은 디자인을 제공했다고 생각합니다. 어떤 실행에서도 활성화된 유전자는 8개 이하입니다. 왜 정확히 8개로 하려고 합니까?
사용자 정의 디자인은 지정된 모델을 추정하는 데 최적입니다. 8개의 활성 유전자의 모든 가능한 조합과 같은 조합적 결과가 아닙니다. 모델의 용어를 추정하고 테스트하는 데 반드시 이러한 조합이 필요한 것은 아닙니다.
Re: DOE 설계에서 실행당 요인 수 제한공변량을 사용하여 허용되는 조합을 정의한 다음 주효과가 있는 설계를 만들고 가능하면 모든 2FI를 추가하는 것은 어떨까요? 선형 종속성 때문에 X16만 제거하면 됩니다. 공변량 표는 0과 1의 두 수준을 가진 16개의 범주형 요인이 있는 완전 요인 설계를 사용하여 만들 수 있습니다. 생성된 표에는 물론 모든 조합이 있으므로 8개 미만 또는 초과의 활성 요소가 있는 조합을 제거해야 합니다. 이는 범주형 열의 유형을 숫자형 연속형으로 변경하여 수행할 수 있습니다. 그런 다음 모든 16개 열을 선택하고 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 새 수식 열 -> 결합 -> 합계를 선택합니다.
그런 다음 값이 8인 행을 선택하고 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하고 일치하는 셀을 선택합니다. 메뉴 테이블->하위 집합으로 이동합니다. ok. 이것은 정확히 8개의 활성화가 있는 모든 행이 있는 테이블입니다. 이 테이블은 공변량 테이블입니다.
메뉴->DOE->사용자 정의 디자인.
공변량 선택 버튼, X1-X16 선택. 초기 X1이 제거되었는지 확인하고 X1 2로 이름을 바꿉니다. X1 선택 취소. 모델에서 2FI를 추가하고 모든 2FI를 선택한 다음 필요한 것을 클릭하고 가능하면 변경합니다. X16 효과 삭제. 실행 횟수를 실행 가능한 횟수로 변경합니다(최소 실행 횟수는 추가 2FI를 허용하지 않음을 명심하세요). 설계를 만듭니다.
완전 요인 설계 표, 부분 집합 표, 공변량을 사용하여 설계를 복제하는 스크립트를 첨부했습니다.
DOE 전문가라면 그러한 상황에 적합한 접근 방식인지, 아니면 그러한 접근 방식을 따르지 않는 것에 대한 주장이 있는지 말씀해 주시기 바랍니다.
