DOE設計における実行ごとの因子数を制限するこんにちは、
16 個のカテゴリ因子 (活性化する 16 個の異なる遺伝子) をスクリーニングしていますが、提供できる DNA の総量には限りがあるため、活性化しようとする遺伝子の数が増えるほど、活性化は弱くなります。1 回の実行で 8 個を超える遺伝子があると、この希釈効果のため解釈が難しくなります。1 回の実行で因子の数を 8 個のターゲットに制限しながら、16 個すべての主効果と 2FI の一部を取得する方法はありますか?
ありがとう！
カスプ
実験計画法DOE 設計で実行ごとの因子の数を制限するこの実験ではカスタム デザインを使用する必要があります。特に、因子制約を指定する必要があります。一般的な因子名 X1 から X16 と一般的な因子レベル L! および L2 を使用しました。L1 は非アクティブな遺伝子であり、L2 はアクティブな遺伝子であると想定しています。
JMP は偽を 0、真を 1 として表します。因子が L2 (アクティブ) に設定されているかどうかをテストします。設定されている場合は、比較は 1 を返します。比較の結果を合計し、8 を超える実行を許可しません。
許可されていない制約に対してスクリプトで使用される比較を次に示します。
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
カスタム デザイン プラットフォームを起動してデザインを作成するためのスクリプトは次のとおりです。
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
私は原理の証明のために主効果のみを推定しテストする実験を設計しました。このアプローチが満足できるものであれば、目的に合わせてモデル項を変更できます。
DOE 設計で実行ごとの因子の数を制限するご返信ありがとうございます。上記は非常に役に立ちます。上記から設計を生成すると、実行ごとに 7、8、9 の要素の実行が得られ、少し混乱しています。なぜこのようなことが起こるのか、またはどのように解決できるのか、ご存じでしたら、ぜひ教えてください。
また、<8 ではなく 8 の係数でロックする方法はありますか? 許可されていない制約のスクリプトで < を = に変更しようとしましたが、スクリプトが無効になりました...
ありがとう！
DOE 設計で実行ごとの因子の数を制限する別の条項 (アクティブ遺伝子の合計も 8 未満である必要がある) を追加しようとしましたが、結果はさらに悪くなりました。更新されたスクリプトは次のとおりです。
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
Disallowed Combinations(
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) > 8 &
Sum(
X1 == 2,
X2 == 2,
X3 == 2,
X4 == 2,
X5 == 2,
X7 == 2,
X8 == 2,
X9 == 2,
X10 == 2,
X11 == 2,
X12 == 2,
X13 == 2,
X14 == 2,
X15 == 2,
X16 == 2
) < 8
), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);
新しい実験にデータ テーブルを添付しました。各実行で活性化された遺伝子をカウントするための列を追加しました。
問題を特定し、回避策があるかどうかを確認するには、JMP サポート ( support@jmp.com ) に問い合わせる必要があると思います。
DOE 設計で実行ごとの因子の数を制限する最初のスクリプトの方が優れた設計だったと思います。どの実行でも、活性化される遺伝子は 8 個までです。なぜ 8 個にしたいのですか?
カスタム設計は、指定されたモデルを推定するのに最適です。これは、8 つのアクティブ遺伝子のすべての可能な組み合わせのような組み合わせ結果ではありません。モデル内の項を推定およびテストするために、必ずしもこのような組み合わせは必要ありません。
DOE 設計で実行ごとの因子の数を制限する共変量を使用して許容される組み合わせを定義し、主効果のある設計を作成し、可能な場合はすべての 2FI を追加するのはどうでしょうか。線形依存関係のため、X16 を削除するだけで済みます。共変量テーブルは、2 つのレベル 0 と 1 を持つ 16 のカテゴリ因子を含む完全実施要因設計を使用して作成できます。作成されたテーブルには、もちろんすべての組み合わせがあるため、アクティブが 8 未満または 8 を超えるものを削除する必要があります。これは、カテゴリ列のタイプを数値連続に変更することで実行できます。次に、16 列すべてを選択し、右クリック -> 新しい数式列 -> 結合 -> 合計を選択します。
次に、値が 8 の行を選択し、右クリックして、一致するセルを選択します。メニューのテーブル -> サブセットに移動します。これは、正確に 8 つのアクティベーションがあるすべての行を含むテーブルです。このテーブルが共変量テーブルです。
メニュー -> DOE -> カスタムデザイン。
共変量を選択ボタンをクリックし、X1-X16 を選択します。最初の X1 が削除されているかどうかを確認し、X1 の名前を変更します。2. X1 の選択を解除します。モデルで 2FI を追加し、すべての 2FI を選択して必要な場合はクリックし、可能であれば変更します。X16 効果を削除します。実行回数を実行可能な数に変更します (実行回数の最小値では追加の 2FI は許可されないことに注意してください)。設計を作成します。
完全実施要因設計表、サブセット表、共変量を含む設計を複製するためのスクリプトを添付しました。
DOE の専門家は、それがこのような状況で実行可能なアプローチであるかどうか、または、そのアプローチに従わないことに対する議論があるかどうかについて、追加していただけますか。
