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Limiter le nombre de facteurs par exécution dans une conception DOE

Salut,

Je teste 16 facteurs catégoriels (16 gènes différents que j'active), mais la quantité totale d'ADN que je peux délivrer est limitée, donc plus j'essaie d'activer de gènes, plus l'activation est faible. Tout ce qui dépasse 8 gènes par exécution sera difficile à interpréter en raison de cet effet dilutif. Existe-t-il un moyen de limiter le nombre de facteurs dans une exécution à 8 cibles, tout en obtenant des informations sur les effets principaux et certains 2FI des 16 ?

Merci!

casp

Plan d'expériencesRé: Limiter le nombre de facteurs par exécution dans une conception DOE

Vous devez utiliser une conception personnalisée pour cette expérience. En particulier, vous devez spécifier une contrainte de facteur. J'ai utilisé les noms de facteurs génériques X1 à X16 et les niveaux de facteurs génériques L! et L2. Je suppose que L1 est un gène inactif et L2 est un gène activé.

JMP représente faux comme 0 et vrai comme 1. Je teste pour voir si les facteurs sont définis sur L2 (activés). Si c'est le cas, la comparaison renvoie 1. Je fais la somme des résultats des comparaisons et j'interdis toute exécution supérieure à 8.

Voici les comparaisons utilisées dans le script pour les contraintes non autorisées.

Sum(
	X1 == 2,
	X2 == 2,
	X3 == 2,
	X4 == 2,
	X5 == 2,
	X7 == 2,
	X8 == 2,
	X9 == 2,
	X10 == 2,
	X11 == 2,
	X12 == 2,
	X13 == 2,
	X14 == 2,
	X15 == 2,
	X16 == 2
) > 8

Voici le script pour lancer la plateforme Custom Design et réaliser votre design :

DOE(
	Custom Design,
	{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
	Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
	Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
	Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
	Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
	Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
	Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
	Disallowed Combinations(
		Sum(
			X1 == 2,
			X2 == 2,
			X3 == 2,
			X4 == 2,
			X5 == 2,
			X7 == 2,
			X8 == 2,
			X9 == 2,
			X10 == 2,
			X11 == 2,
			X12 == 2,
			X13 == 2,
			X14 == 2,
			X15 == 2,
			X16 == 2
		) > 8
	), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);

J'ai conçu l'expérience pour estimer et tester uniquement les effets principaux à des fins de preuve de principe. Si cette approche est satisfaisante, vous pouvez modifier les termes du modèle en fonction de vos objectifs.

Ré: Limiter le nombre de facteurs par exécution dans une conception DOE

Merci pour la réponse, ce qui précède est très utile. Lorsque je génère une conception à partir de ce qui précède, j'obtiens des séries de 7, 8 et 9 facteurs par série, ce qui me laisse un peu perplexe. Toute idée sur les raisons pour lesquelles cela se produit ou sur la manière dont je peux y remédier serait grandement appréciée.

De plus, existe-t-il un moyen de le verrouiller à 8 facteurs au lieu de <8 ? J'ai essayé de changer le < en un = dans le script pour les contraintes non autorisées, mais cela a invalidé le script...

Merci!

Ré: Limiter le nombre de facteurs par exécution dans une conception DOE

J'ai essayé d'ajouter une autre clause (la somme des gènes actifs devait également être inférieure à 8), mais le résultat était pire ! Voici le script mis à jour :

DOE(
	Custom Design,
	{Add Response( Maximize, "Y", ., ., . ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X1", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X2", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X3", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X4", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X5", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X6", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X7", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X8", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X9", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X10", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X11", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X12", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X13", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X14", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X15", 0 ),
	Add Factor( Categorical, {"L1", "L2"}, "X16", 0 ), Set Random Seed( 5869303 ),
	Number of Starts( 1637 ), Add Term( {1, 0} ), Add Term( {1, 1} ),
	Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ), Add Term( {5, 1} ),
	Add Term( {6, 1} ), Add Term( {7, 1} ), Add Term( {8, 1} ), Add Term( {9, 1} ),
	Add Term( {10, 1} ), Add Term( {11, 1} ), Add Term( {12, 1} ),
	Add Term( {13, 1} ), Add Term( {14, 1} ), Add Term( {15, 1} ),
	Add Term( {16, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {1, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {2, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {7, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {3, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {7, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {4, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {5, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {5, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {7, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {8, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {9, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {6, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {6, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {8, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {7, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {7, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {9, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {10, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {11, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {8, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {8, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {10, 1} ),
	Add Alias Term( {9, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {9, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {9, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {9, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {10, 1}, {11, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {12, 1} ),
	Add Alias Term( {10, 1}, {13, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {10, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {10, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {11, 1}, {12, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {11, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {11, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {11, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {13, 1} ),
	Add Alias Term( {12, 1}, {14, 1} ), Add Alias Term( {12, 1}, {15, 1} ),
	Add Alias Term( {12, 1}, {16, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {14, 1} ),
	Add Alias Term( {13, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {13, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {14, 1}, {15, 1} ), Add Alias Term( {14, 1}, {16, 1} ),
	Add Alias Term( {15, 1}, {16, 1} ), Set Sample Size( 24 ),
	Disallowed Combinations(
		Sum(
			X1 == 2,
			X2 == 2,
			X3 == 2,
			X4 == 2,
			X5 == 2,
			X7 == 2,
			X8 == 2,
			X9 == 2,
			X10 == 2,
			X11 == 2,
			X12 == 2,
			X13 == 2,
			X14 == 2,
			X15 == 2,
			X16 == 2
		) > 8 &
		Sum(
			X1 == 2,
			X2 == 2,
			X3 == 2,
			X4 == 2,
			X5 == 2,
			X7 == 2,
			X8 == 2,
			X9 == 2,
			X10 == 2,
			X11 == 2,
			X12 == 2,
			X13 == 2,
			X14 == 2,
			X15 == 2,
			X16 == 2
		) < 8
	), Simulate Responses( 0 ), Save X Matrix( 0 ), Make Design}
);

J'ai joint le tableau de données à la nouvelle expérience. J'ai ajouté une colonne pour compter les gènes activés de chaque exécution.

Je pense que vous devriez contacter le support JMP ( support@jmp.com ) pour déterminer le problème et s'il existe une solution de contournement.

Ré: Limiter le nombre de facteurs par exécution dans une conception DOE

Je pense que le premier script a donné une meilleure conception. Il n'y a pas plus de 8 gènes activés dans une exécution. Pourquoi voulez-vous qu'il y en ait exactement 8 ?

La conception personnalisée est optimale pour estimer le modèle spécifié. Il ne s'agit pas d'un résultat combinatoire comme toutes les combinaisons possibles de 8 gènes actifs. Vous n'avez pas nécessairement besoin de telles combinaisons pour estimer et tester les termes du modèle.

Ré: Limiter le nombre de facteurs par exécution dans une conception DOE

Que diriez-vous d'utiliser des covariables pour définir les combinaisons autorisées, puis de créer un plan avec des effets principaux et d'ajouter tous les 2FI si possible. Il vous suffit de supprimer X16 en raison des dépendances linéaires. Le tableau des covariables pourrait être créé en utilisant un plan factoriel complet avec 16 facteurs catégoriels avec deux niveaux 0 et 1. Dans le tableau créé, il y a bien sûr toutes les combinaisons, nous devons donc supprimer celles qui ont moins ou plus de 8 actifs. Cela peut être fait en changeant le type des colonnes catégorielles en numérique continu. Sélectionnez ensuite les 16 colonnes, faites un clic droit -> nouvelle colonne de formule -> combiner -> somme.

Sélectionnez ensuite une ligne avec la valeur 8, faites un clic droit, sélectionnez les cellules correspondantes. Allez dans le menu Tables-> Sous-ensemble, ok. Il s'agit du tableau contenant toutes les lignes contenant exactement 8 activations. Ce tableau est votre tableau de covariables.

Menu -> DOE -> conception personnalisée.

Sélectionnez le bouton covariables, sélectionnez X1-X16. Vérifiez si le X1 initial est supprimé et renommez X1 2. désélectionnez X1. Dans le modèle, ajoutez 2FI, sélectionnez tous les 2FI et cliquez sur nécessaire, remplacez par si possible. supprimez l'effet X16. Modifiez le nombre d'exécutions par un nombre réalisable (en gardant à l'esprit que le nombre minimum d'exécutions ne permet pas d'ajouter 2FI supplémentaires. Créez le plan.

Ci-joint le tableau de conception factorielle complet, le tableau des sous-ensembles et le script pour reproduire la conception avec des covariables.

Les experts du DOE peuvent-ils nous dire si cette approche est envisageable dans une telle situation ou s'il existe un argument pour ne pas suivre cette approche ?