Oratore | Trascrizione |
| Pietro Polito | Ciao Stan, ci sei? |
| Ciao Peter. |
| Pietro Polito | Come va. |
| sto bene |
| Meraviglioso. |
| Pietro Polito | Come ti senti all'idea di scrivere il tuo abstract oggi? |
| Sì, mi sento piuttosto bene. |
| Va bene, non ho voglia di avere un'altra settimana per esercitarmi. |
| Pietro Polito | Ora certo. |
| Ho sempre pensato che la perfezione sia nemica del bene. |
| Sì, sì, hai ragione su questo, sì, ho cliccato sul link sbagliato. |
| Oh, mi dispiace, sì, va bene cliccare per andare nello spazio in cui sto registrando per questo. |
| Pietro Polito | Ah, capisco. |
| Dove sei tu, siamo noi. |
| Pietro Polito | Mi dispiace. |
| Va bene, fammi arrivare. |
| Ci stai ascoltando per confermare alcune cose prima di iniziare, e si tratta di un file Excel molto poco utile da vedere, mentre pensi che dovrebbe essere in JMP. |
| Un attimo, come sta andando la tua giornata? |
| Fin qui tutto bene. |
| Pietro Polito | Ottimo, da dove stai chiamando? |
| Chiamo da Jeffersonville, Indiana, che si trova proprio dall'altra parte del fiume rispetto a Louisville, Kentucky. |
| Pietro Polito | Ok, andrò a Lexington e a Livingwood a novembre. |
| Oh, davvero, per una delle conferenze. |
| Pietro Polito | conosco un piacere che è mio. |
| il 40° compleanno del cognato e un sacco di altre cose. |
| I ragazzi si incontrano per una degustazione di whisky. |
| Bene, bene, hanno preso la pista del Bourbon, ora ci vai? Sì. |
| Pietro Polito | è esattamente quello che stiamo facendo. |
| Va bene, aspetta un attimo, Stan. |
| Ok, quando hai finito fammelo sapere, ti do il mio numero di cellulare. |
| Pietro Polito | Bene, stiamo guardando. |
| La previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca o un altro abstract. |
| No, è proprio l'insufficienza cardiaca. |
| Pietro Polito | Ok, quindi il titolo serve solo a confermare la previsione di sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca basata su dati clinici di laboratorio limitati, utilizzando JMP. |
| questo è tutto. |
| Pietro Polito | Ok, devo chiarire alcune cose. |
| Non hai co-relatori, è corretto? |
| Corretto, quindi devo confermarlo verbalmente. Hai capito che questa registrazione è stata effettuata per la conferenza JMPed Discovery Summit e sarà disponibile al pubblico nella community di utenti JMP? Dai il permesso per questa registrazione e il suo utilizzo. |
| Sto benissimo. Grazie mille, va bene. |
| Puoi dirmi solo poche parole? Voglio solo essere sicuro che l'audio risulti chiaro. |
| Ok, bene, lascia che inizi io, mi chiamo Stan Saran di Itch e sono analista principale presso Crucific Connection LLC. |
| Mi trovo a Jeffersonville, nell'Indiana, proprio di fronte al fiume Ohio rispetto alla famosa Louisville, nel Kentucky, e oggi vi parlerò della previsione dell'insufficienza cardiaca. |
| Pietro Polito | Perfetto, tutto bene. Tutto chiaro e pulito. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Vorrei solo dirti alcune cose che dobbiamo fare affinché le immagini siano visualizzate chiaramente. Dobbiamo controllare se il tuo schermo è su un computer Windows. |
| Utilizzo un computer con Windows 10 e lavorerò tramite il mio monitor esterno. |
| Pietro Polito | Ok, se potessi semplicemente andare sulla barra di ricerca in basso e digitare display. |
| barra di ricerca barra in basso oh. |
| Pietro Polito | Sì, se ti dispiace condividere il tuo schermo mentre fai questo, posso farlo. |
| controlla le cose, sì. |
| Sì, ho avuto qualche problema con questo, per non dire. |
| Condividiamo lo schermo, ma ogni tanto mi capita di perdere la condivisione dello schermo. |
| Pietro Polito | Oh, puoi controllare. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi in basso vedrai il pulsante di condivisione dello schermo Oh, sei tu, mi dispiace, è colpa di mio padre. |
| Ok, sì, quindi digita e clicca su quella lente di ingrandimento. |
| E digita display. |
| Va bene. |
| Dove. |
| Pietro Polito | Puoi semplicemente iniziare a digitare, il cursore è già nella posizione corretta. |
| Oh, eccolo lì. |
| Pietro Polito | Oh, non credo che tu voglia premere Invio quando ci riprovi un'altra volta. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi procedi a cambiare la risoluzione. |
| E la dirigenza Microsoft. |
| Pietro Polito | ha detto oh, sai scommetto che è sull'altro tuo monitor. |
| sì, è sull'altro mio monitor. |
| Pietro Polito | Ok, ti dispiacerebbe trascinarlo qui? |
| Va bene. |
| SÌ. |
| Pietro Polito | Non riesco ancora a vederlo, vedo solo la finestra del tuo browser. |
| E questo è tutto. |
| Pietro Polito | Perché stava dicendo. |
| sì, stesso identico problema che abbiamo avuto. |
| Pietro Polito | Quindi hai condiviso l'intero schermo o solo una parte? |
| finestra, ho pensato, una condivisa l'intero schermo. |
| Nuova condivisione. |
| il problema è che molte volte mi copre. |
| Barra di controllo per la riunione Zoom. |
| Ah. |
| Ecco perché cerco di farlo in questo modo. |
| Riesci a vederlo nella programmazione? Forse puoi vedere come è finito lì. |
| Pietro Polito | Ecco cosa vedo: la programmazione è semplificata. |
| sì, libero di farlo. |
| E probabilmente sto guardando le mie prospettive. |
| Sì. |
| Pietro Polito | E in ogni caso, prima di iniziare, vogliamo chiudere Outlook. |
| Sì, sì, ora che siamo connessi non ho bisogno di altre finestre, lasciami chiudere questa e apro tutte le finestre. |
| Bene, ci siamo. |
| E questo è tutto ciò di cui ho bisogno. |
| Nuova condivisione: condividerò lo schermo con. |
| Lasciatemi trascinare questo. |
| Qui, quando clicco su un nuovo pulsante di condivisione. |
| Vedi il mio desktop. |
| Pietro Polito | Vedo una tenda verde. |
| Con una bellissima. |
| tramonto nella Lattea. |
| modo sì sì lasciami. |
| Torna qui per visualizzare nuovamente tutte le ricerche. |
| Vedi la mia barra di ricerca. |
| Sì. |
| Pietro Polito | E poi di' che vuoi cliccare su cambia la risoluzione dello schermo, quindi grazie per avermi dato l'opzione. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Eccoci qui, quindi eri al 1920, ma va bene, perfetto, è quello che vogliamo essere. |
| Bene, allora puoi andare a chiuderlo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi fai clic con il pulsante destro del mouse sulla barra delle applicazioni in basso. |
| e vai alle impostazioni della barra delle applicazioni. |
| cliccaci sopra. |
| Sì. |
| Pietro Polito | Sì. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Quindi la scelta è la seconda. |
| testiamolo automaticamente, andiamo. |
| Va bene, c'è qualcos'altro? |
| uno. |
| Pietro Polito | può andare e chiuderlo. |
| E poi l'ultima cosa che vogliamo fare è scendere a. |
| Ti piace? |
| Schede di notifica o altro per assicurarsi che qualsiasi elemento che potrebbe aprire un pop-up sia chiuso. |
| sì, ho chiuso tutto prima di effettuare l'accesso. |
| Ok, l'unico problema è che la barra di controllo è ancora attiva sul monitor del mio portatile e sto ancora guardando la barra di prova sul monitor della bacheca di Yelp, ed è quella da cui voglio fare la presentazione. |
| Pietro Polito | Ok, uno. |
| torniamo lì e vediamo se cambia automaticamente. |
| Ok, allora forse provo semplicemente a cliccare sul desktop e forse il problema scomparirà. |
| Sì, eccoci qui. |
| Eccoci qua, eccoci qua. |
| Pietro Polito | Bene, quindi una volta che noi. |
| Stiamo registrando adesso. |
| Adesso devo stare attento a questo. |
| Pietro Polito | sì, se è così. |
| Se salta fuori non è la fine del mondo. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Desideri. |
| voglio. |
| Una volta che inizi a presentare, disattiverò l'audio, spegnerò la telecamera, diventerò un fantasma e penserai che non stai parlando solo con te stesso. |
| Se tu. |
| ti senti come se avessi appena fatto un po' di aria catastrofica e vorresti ricominciare tutto da capo, ma sfortunatamente va benissimo. |
| Il modo in cui ci fanno fare questo, se ci dici che non saremo in grado di modificare qualcosa a metà, fondamentalmente dobbiamo farlo in una sola volta, se in futuro finisci questo e poi ti rendi conto: "Oh, volevo davvero dire questo, invece di quello". |
| Quando questi vengono effettivamente presentati. |
| sarai, hai la possibilità di essere in diretta, e quindi possiamo sempre mettere in pausa il video, e puoi dire Ok, sai che ho detto male qui quello che stavo realmente cercando di trasmettere X, Y o Z e avrai l'opportunità di in un certo senso in tempo reale. |
| chiarire le cose, quindi se te ne rendi conto domani o dopodomani o qualcosa del genere, ma se in quel momento senti che avrei voluto dirlo in modo completamente diverso, possiamo semplicemente ricominciare. |
| Okay, bene, speriamo di non doverlo fare. Ho avuto problemi con Sharon a dichiarare e Nick si è fermato subito, e ho chiesto loro di fermarsi subito. |
| E questo verrà eliminato, sai. |
| Pietro Polito | uhm sì sì. |
| Va bene, quindi. |
| Bene. |
| Bene, lascerò che siano i miei colleghi che stanno producendo questo lavoro a procedere. |
| Per questo motivo, mettiamo temporaneamente in pausa la registrazione. |
| Va bene. |
| Pietro Polito | Va bene, spengo il video. |
| Per un secondo. |
| Prima di iniziare, vorrei controllare la condivisione dello schermo. |
| Perfetto, ok. |
| Adesso vorrei aprire la barra delle applicazioni. |
| Pietro Polito | No, va bene, va bene. |
| Ok, il problema è che vogliamo solo il massimo. |
| sì sì ok. |
| Pietro Polito | centimetro quadrato mentre presenti. |
| Bene, ecco l'altro affare con cui ho avuto problemi, sia martedì che la settimana scorsa, quando ho finto di fare ricerche sugli analisti dei triangoli, è una specie di storia, ma non ho intenzione di fare una presentazione. |
| Pietro Polito | Va bene, va bene. |
| Ok, quindi ho questo e vediamo se vedi il mio PowerPoint lassù. |
| Pietro Polito | Vedo il tuo PowerPoint. |
| Ok, ora che ne dici se vengo qui? |
| Pietro Polito | E vedo il mio schermo. |
| super Lasciatemi chiudere e aprire l'altra schermata di lavoro. |
| Dai. |
| Vedete, questa è una nuova schermata JMP con. |
| script e finestra degli script. |
| Io faccio. |
| Va bene, sì, ero a metà della presentazione e ho smesso di farlo e ho dovuto interrompere la condivisione e poi ricondividerla, quindi spero che sia così. |
| Pietro Polito | Va bene. |
| Va bene, va bene. Ora disattivo il microfono. |
| E tu. |
| Fai tutto bene, buona fortuna. |
| Va bene, grazie. |
| Buongiorno, buon pomeriggio o buonasera a tutti. Mi chiamo Stan Siranovich. E sono l'analista principale di Crucial Connection LLC. |
| E ci troviamo a Jeffersonville, Indiana. Proprio di fronte al fiume Ohio dalla storica Louisville, Kentucky. |
| Come potete vedere, oggi sullo schermo vi parlerò della previsione della sopravvivenza dei pazienti con insufficienza cardiaca a partire da dati clinici di laboratorio limitati, utilizzando JMP Pro 16. |
| Ora, cosa sono questi? |
| sono una raccolta di cartelle cliniche. 299 cartelle cliniche per l'esattezza di pazienti con insufficienza cardiaca. E sono state raccolte presso la struttura [incomprensibile] Institute of Cardiology e il [incomprensibile] in |
| [incomprensibile] Pakistan. E sono stati raccolti tra aprile e dicembre del 2015. Ora, sono stati pubblicati, |
| originariamente, nel BMC Medical Informatics and Decision Making Journal, Volume 20 nel 2020 da due autori: Chicco e Jurman. |
| Ciò che gli autori volevano fare era creare un modello per valutare la probabilità di morte per insufficienza cardiaca. |
| E il modello doveva essere relativamente semplice, sperabilmente utilizzato dagli ospedali e dai medici per valutare la diversa gravità delle malattie cardiovascolari. |
| Ora approfondiscono un po' la storia e lo farò anch'io, ma spiegherò molto brevemente il motivo per cui lo faccio, come notano gli autori. |
| i dati esaminati e i modelli derivati dai dati presentavano innanzitutto una bassa riproducibilità e presentavano anche una serie di fattori diversi tra i primi cinque o sei. |
| Per predire l'insufficienza cardiaca, ma due continuavano a ricomparire, ed erano il volume di eiezione e la creatinina. E, ora andrò oltre |
| cosa sono in appena un minuto o due una volta avviata l'analisi. Ora, ciò che hanno fatto gli autori è stato utilizzare 10 diversi metodi di apprendimento automatico avanzato, secondo loro, per prevedere l'insufficienza cardiaca. |
| Quindi hanno eseguito 10 script di apprendimento automatico. Hanno utilizzato alberi decisionali di foreste casuali, gradient boosting, tutti i normali sospetti. Scusate. E quello che hanno fatto è stato valutarli su sette diversi tipi di apprendimento automatico. |
| metriche. E, hanno scoperto, cosa che non sorprende, che la creatinina sierica e il volume di eiezione erano variabili significative. E sono riusciti a escludere tutte le altre variabili. |
| E non era questo il caso quando abbiamo fatto l'analisi in JMP Pro 16. Quindi, daremo un'occhiata a questo e parlerò un po' della variabile Età, ma, |
| Prima di proseguire, vorrei parlare di JMP. |
| Ed ecco la tabella dati JMP con cui lavoreremo. |
| Se non hai familiarità con JMP, lasciami passare brevemente qui sopra, dove ho il cursore, abbiamo la finestra dello script. Seguita dalla finestra delle colonne. Puoi vedere che abbiamo 13 colonne senza niente selezionato e questa è la finestra delle righe e abbiamo 299 righe. |
| Anche se ho scaricato. Il modo in cui funziona è che sono andato su Kaggle. Hanno pubblicato tutto su Kaggle, |
| per far fare pratica ad altre persone, per così dire. E negli anni successivi, qualche stato lo ha messo lì, c'erano 177 invii separati. Erano tutti open source e una dozzina circa che ho esaminato, erano tutti |
| come pensiamo normalmente sono le due piattaforme Open Source più popolari. Hanno anche inserito l'analisi originale, che è stata fatta nel linguaggio di programmazione statistica R e hanno pubblicato tutto il codice su GITHUB. Quindi, vediamo cosa possiamo fare con JMP. |
| Ora, passiamo alle variabili a cui abbiamo accennato prima. Prima di tutto, abbiamo la creatinina fosfochinasi. È un enzima. |
| Ed è un indicatore di danno muscolare. Abbiamo anche la creatinina sierica, che è una sostanza chimica presente nel sangue. |
| Ed è un indicatore sia di danno muscolare che di insufficienza renale. Abbiamo parlato di danno muscolare e qui stiamo pensando all'insufficienza cardiaca. |
| Abbiamo anche la frazione di eiezione, che è la percentuale di sangue che esce dal cuore e dover caricare la frazione di caption è un indicatore di danno al muscolo cardiaco. Abbiamo anche il sodio sierico, |
| che è una misurazione di routine fatta con le analisi del sangue. E valori molto bassi qui, forse un indicatore di insufficienza cardiaca. |
| Dovremmo anche notare che abbiamo quello che potremmo definire un set di dati in equilibrio. Cioè, |
| abbiamo avuto un...beh non dovremmo chiamarlo positivo...un evento di morte nel 32% dei casi qui e la sopravvivenza nel 68%. Quindi è sì, uno a due |
| abbiamo un terzo delle persone che hanno sofferto di insufficienza cardiaca, due terzi lo hanno fatto ora. Dovremmo anche menzionare che abbiamo un set di dati relativamente piccolo qui. |
| 299 righe. Molto poche per i record cardiaci. Quindi iniziamo con l'analisi e lasciatemi portare un'altra tabella dati JMP. |
| E questa è questa tabella dati qui, e lasciatemi liberarmene. La trascinerò sull'altro schermo. |
| Ok, stiamo guardando la tabella dei dati e ho già lavorato un po' su questo. Ho riorganizzato alcune cose e noterai qui sotto, |
| anemia, diabete, pressione alta, sesso e fumo. Quando ho importato originariamente in JMP, gli ha dato un continuo |
| distribuzione o continuo |
| tipo di dati e quello che ho fatto è stato cambiarli. Ad esempio, se vieni qui e guardi l'anemia, o meglio ancora la pressione alta. |
| Pressione alta - abbiamo zeri e uno, e non hanno detto esattamente dove fosse il limite, sarebbe stato bello avere alcuni dati continui qui con il |
| sistolica e diastolica. Non è così. Quindi è con questo che dobbiamo lavorare e ho cambiato tutto. E vedrai anche che le piastrine |
| è nascosto. |
| E questo perché li ho nascosti ed esclusi, dovrei dire, e questo perché dovevo pulirli e c'è un'altra cosa che voglio fare. |
| E ti mostro come farlo apposta, non l'ho fatto, vado qui per invecchiare e lo nascondo. |
| E, lo escluderò anche, ovvero è nascosto dal grafico per la visualizzazione, verrà escluso da qualsiasi calcolo, nel caso in cui lo trascini accidentalmente con qualcos'altro e spiegherò le ragioni per cui lo faccio tra un po'. Quindi, |
| faremo questo, in modo un po' diverso. Inizierò, scusatemi, con l'analisi, e poi dopo aver finito l'analisi tornerò indietro e farò un po' di pulizia e spiegherò man mano che procedo. |
| Quindi veniamo qui per |
| Analizzare |
| E |
| per seguire qualcos'altro per un secondo. Okay, a proposito, il PowerPoint deck sarà sul sito web del Discovery Summit, e ho qualche cattura dello schermo lì dentro e un po' di spiegazione, così puoi seguirlo se vuoi farlo da solo. |
| Quindi, la prima cosa che farò è andare qui su al menu Analizza, cliccarci sopra e poi andare qui sotto su Modellazione predittiva. |
| E abbiamo un sacco di scelte qui, tra cui Model Comparison e Model Screening. Qui per Model Screening si dice: "si adatta a molti modelli predittivi diversi in modo che tu possa selezionare il migliore". |
| Quindi, sembra che volessimo farlo, vorremmo fare un parallelo |
| l'analisi originale. E c'è questa finestra che otteniamo e se notate qui sotto a sinistra, abbiamo una casella |
| e ha delle caselle di controllo che ci dicono quali modelli utilizzeremo: tutto questo è predefinito. |
| Quindi, eseguirà, ad esempio, Decision Tree, Bootstrap Forest, Boosted Tree, Fit Least Squares, tutto quel genere di cose. Tutti i nostri preferiti. E lì, ce ne sono 11 per noi lì dentro e JMP lo farà automaticamente. Quindi, DEATH_EVENT, |
| questa sarà la mia risposta Y. E, quello che farò è solo |
| clicca, trascina, seleziona tutte le variabili qui e le inserirò come fattori X. |
| E cliccherò su OK. |
| E noi ci sediamo e lasciamo che JMP faccia il suo lavoro. |
| Ed eccolo qui. Ecco il risultato che otteniamo. |
| Quindi lavoriamo su questo. Ecco i dettagli. Possiamo vedere i vari |
| analisi che stiamo eseguendo se clicchiamo su questo triangolo grigio. |
| Possiamo vedere più dettagli e i dettagli presenti nella finestra dipendono da un'analisi particolare e poi da run. Se vogliamo andare oltre, ovviamente, possiamo cliccare sul punto caldo rosso e abbiamo altre scelte. |
| Quindi, questo è quello che abbiamo qui sotto, e quando lo ha fatto ha anche aperto questa casella qui ed è etichettata come training. E, questo è il risultato dell'esecuzione di tutti i dati come un set di training. In altre parole, non c'è stato alcun training. |
| Non c'era nessun set di test. Scusate, c'era un set di training, ma non c'era nessun set di test. E non c'era nessun set di convalida e questo perché non abbiamo fatto nessuna selezione. |
| Questo è solo uno screening e ci dice chi ha avuto i migliori risultati nell'allenamento. Ok, quindi, vediamo il numero di colonne qui, quindi |
| passare brevemente attraverso quelli. Entropia R quadrato è |
| semplicemente un R al quadrato ed è, |
| Beh, è una misura che si confronta con le verosimiglianze logaritmiche del modello adattato, quindi è un valore logaritmico. |
| E abbiamo il tasso di errori di calcolo, l'area sotto la curva qui, ovviamente più è alto, meglio è. |
| E abbiamo il RASE, che è il tasso di previsione quadratico medio. Quindi, questa è la differenza tra una e p-probabilità. |
| Questa è la probabilità adattata per il modello che hanno elaborato JMP. E abbiamo il R quadrato generalizzato che è ciò che tutti pensano come R quadrato. È un |
| misura... viene applicata ai modelli di regressione, e se otteniamo un adattamento perfetto, abbiamo un uno, e se non ci adattiamo abbiamo zero. Sono classificati qui, quindi Bootstrap Forest è arrivato primo. |
| E vediamo cos'altro voglio dire, controlla i miei appunti. |
| Penso che sia tutto, potremmo |
| torna qui di nuovo |
| e apriamo la Bootstrap Forest e controlliamo i risultati, e potremmo vedere per il nostro set di allenamento qui sotto diamo un'occhiata alla matrice di confusione. Ci dà |
| i dati di addestramento qui, sono gli stessi dati che abbiamo visto, ma questi sono solo per la foresta bootstrap e qui abbiamo la matrice di confusione e abbiamo previsto il conteggio. |
| E, qui sotto abbiamo il tasso previsto per la Bootstrap Forest. E se non hai familiarità con questo o la tua memoria è un po' arrugginita, questo ci mostra il conteggio per |
| eventi di morte che erano eventi di morte reali con valore pari a zero, e cioè il paziente sopravvissuto qui, l'83, |
| abbiamo avuto un evento di morte con un valore di uno, il che significa che il paziente non è sopravvissuto. E questo è il conteggio assoluto, quindi vogliamo guardare la diagonale che va dall'alto a sinistra verso |
| in basso a destra e in diagonale qui da in basso a sinistra a in alto a destra quelli sono il conteggio errato. Quindi, avevamo 13 |
| volte qui che erano previste per la sopravvivenza, e non erano sopravvivenza. Erano morti. E poi nella seconda casella grigia qui abbiamo gli stessi dati, ma si occupa del tasso. Che, nel nostro caso è una misura un po' migliore, perché abbiamo un set di dati non bilanciato, quindi lo chiuderò. |
| E poi, |
| quello che faremo è andare in modalità Analizza e adatta. E, il motivo per cui vogliamo farlo è che adatteremo un modello di regressione, che è, che è molto più facile da capire per le persone e ci darà |
| dacci la possibilità di metterci in mostra |
| la capacità di interagire in JMP. Quindi, quello che farò è chiudere e andrò qui su Analizza, eccoci qui, per |
| Modello adatto. |
| E, bene, |
| Sappiamo che le variabili ora, prima di tutto lasciatemi andare qui |
| metteremo DEATH_EVENT lì dentro come quello che vogliamo prevedere. E sappiamo e abbiamo visto che la Creatinina, no, è quella sbagliata. La frazione di eiezione |
| ed eccolo qui. |
| Creatinina sierica |
| sono variabili importanti. E l'età è saltata fuori anche in un paio di analisi. Quindi, lasciatemi inserirla se riesco a trovarla. |
| Aspettare. |
| Lasciatemi ricominciare da capo, qualcosa è rimasto fuori. |
| Ciao Peter, possiamo fermarci un attimo? |
| Quindi, quello che farò è salire qui per analizzare, |
| Modello di adattamento. E Y sarà il DEATH_EVENT. |
| E quello che farò è che, poiché il numero di modelli ha trovato l'età come variabile importante, aggiungerò l'età. E inserirò |
| frazione di eiezione e creatinina sierica. |
| Ora, gli autori non hanno trovato l'età come variabile significativa, ma io sì, quindi penso che potrebbe esserci un'interazione lì dentro e JMP ci consente di gestirla molto facilmente. Quindi, nel modo in cui lo faccio, clicco su età |
| e frazione di eiezione invece di cliccare su Aggiungi, |
| Io scendo qui |
| clicco su Croce e vado all'età. |
| E |
| creatinina sierica. |
| E questo è il clic di controllo. |
| E ora aggiungiamo questo, quindi abbiamo. |
| Età, frazione di eiezione, aspetta un attimo. |
| Penso che quello l'abbia semplicemente preso in giro. |
| Ecco fatto. |
| Ora è lì dentro, quindi ha le due interazioni e possiamo vedere qui sopra che ci ha dato una scelta per Personalità. E, quello che faremo è accettare l'impostazione predefinita, che è Logistica Nominale. |
| E abbiamo altre possibilità, ma ci limiteremo a queste. |
| E cliccherò su Esegui. |
| Ed ecco cosa otteniamo. |
| Va bene, quindi. |
| Dobbiamo registrare il valore qui, che è fondamentalmente negativo. |
| base logaritmica 10 di questo valore di probabilità qui. E il motivo per cui lo facciamo, cioè, è più facile lavorarci, scusate, più facile da rappresentare graficamente e più facile da capire per gli esseri umani. Quindi, vediamo quel numero uno nell'elenco. |
| È la frazione di eiezione, scusate, che è ciò che hanno scoperto gli autori. Il numero due è la creatinina sierica, ma l'età è ancora il numero tre e altamente significativa. |
| E abbiamo guardato dentro |
| interazioni e vediamo che non sono significative. A proposito, questa linea blu qui è il valore di due. È due. |
| E lo hanno inserito o semplicemente per renderlo più facile da vedere. E il motivo per cui ho scelto due è perché è il logaritmo di .01, che è il livello di significatività scelto da JMP come predefinito. |
| Ma scendiamo qui e vediamo che il valore logaritmico o l'equazione di regressione e valore saranno relativamente bassi, ma siamo qui e .05 che potrebbe essere un limite in molti progetti sperimentali. Potrebbe essere tagliato in molti. |
| l'analisi funziona, quindi ne prenderemo nota, anche se qui lo ignoreremo, perché non supera il nostro limite di 0,01. |
| Potrebbe interessare ai clinici. Potrebbe dare loro qualcos'altro a cui prestare attenzione e potrebbe essere molto significativo in un set di dati diverso. E abbiamo tutti i soliti dati qui sotto. Vediamo cosa possiamo guardare, lasciami scorrere verso il basso, okay. |
| Abbiamo le probabilità del chi quadrato, su cui non entrerò, e qui sotto abbiamo le stime che rappresenterebbero il coefficiente nella nostra equazione di regressione. |
| Ecco cosa abbiamo scoperto. |
| Quindi lasciatemi minimizzare questo e ora passeremo alla pulizia e all'esplorazione, il motivo per cui l'ho fatto, senza prima pulire, è perché negli articoli originali non c'era menzione di alcun |
| pulizia e una specie di manipolazione dei dati. Hanno semplicemente preso i dati e ci hanno fatto girare i loro modelli. |
| E mi piace guardare prima i miei dati. Quindi, diamo un'occhiata a un paio di cose qui. Prima di tutto, se arriviamo qui, |
| e clicchiamo su quella piccola icona possiamo mostrare i grafici di intestazione. E, mi piace farlo. Quindi, clicchiamo su 1 qui, che è |
| evento di morte positivo, se così posso usare i termini. |
| E ciò che fa è evidenziare tutte le righe con un evento di morte pari a 1. Se volessimo dargli un'occhiata più da vicino, e possiamo vedere se c'è qualche tipo di correlazione con le altre variabili che potrebbero saltarci all'occhio e non ce n'è molta lì. |
| La mia finestra, ma abbiamo notato una cosa: abbiamo delle distribuzioni davvero, davvero distorte per il |
| creatinina fosfochinasi e per la creatinina sierica che sembra un po' strana. Non c'è nient'altro là fuori, possiamo cancellare quelli |
| cliccando in qualsiasi altro punto del grafico e, a proposito, se non hai familiarità con questo, questo genere di cose sono |
| trascinabile se vogliamo espandere qualcosa. |
| Ora passiamo a Graph Builder. |
| Vediamo. |
| Vi dirò una cosa, visto che siamo preoccupati per la selezione della colonna, che è creatinina fosfochinasi e shift click. |
| Per la creatinina sierica e, oh, quasi dimenticavo prima di farlo |
| facciamo clic con il tasto destro |
| E possiamo andare direttamente da qui a Distribution, ed è la stessa cosa che otteniamo se andassimo su Graph e Distribution. Potremmo vedere che abbiamo una distribuzione fortemente distorta in entrambi. |
| E abbiamo un sacco di valori anomali, ecco solo quantili qui e chiudo. Lasciatemi chiudere. Non ne abbiamo davvero bisogno. |
| E diamo un'occhiata alle statistiche riassuntive. |
| Ecco qua, guardate la creatinina fosfochinasi, abbiamo una media di 581, una deviazione standard di 970. Quindi, è un po' strano. Ovviamente è molto lontano da quello che sarebbe un caso ideale e qui per la creatinina sierica intendo dire che abbiamo una media |
| di chiamo questo 1,4 e la deviazione standard di 1,0. Quindi non è una situazione ideale, neanche. E ci ha dato anche altre informazioni e se è un po' difficile da vedere su questo grafico ma se non lo sei |
| abituato a guardare rapidamente i box plot, i baffi sono 1,5 volte l'intervallo interquartile, che è la differenza tra il 25° percentile, che è la parte inferiore del box qui, e il 75° percentile, che è la parte superiore. |
| Il diamante ci dà la media e la linea ci dà la mediana. E, per renderlo un po' più chiaro, posso espanderlo, e puoi vederlo un po' meglio e ci sono un sacco di valori anomali lì. |
| COSÌ, |
| tieni presente che la creatinina sierica era una delle nostre variabili fortemente predittive. Potremmo anche esaminarla un po' più in dettaglio |
| andando su Graph Builder. |
| Quindi andiamo su Graph, Graph Builder. |
| Ed è questa la finestra che ci si apre. |
| Bene, lo sappiamo dalle nostre ricerche e |
| qualche argomento, conoscenza se non competenza in materia che la creatinina fosfochinasi è prodotta continuamente dal corpo. E reagisce su |
| un precursore di quello che diventerà la creatinina sierica, quindi forse c'è una qualche relazione tra i due e vorremmo anche esaminare quelle, beh, distribuzioni insoddisfacenti, diciamo. Quindi qui creatinina fosfochinasi. |
| E lo posizioneremo sull'asse X semplicemente cliccando qui sotto. |
| E faremo lo stesso con la creatinina sierica sull'asse Y ed ecco cosa otteniamo. Quindi, abbiamo notato che la creatinina sierica Y va da zero a 10 e mentre |
| creatina fosfochinasi, amico, quella si spinge fin qui |
| a quasi 8000. Ora una cosa che possiamo fare. |
| È click drag e possiamo distribuirlo un po' di più. Ma l'altra cosa che possiamo fare |
| è fare doppio clic sul nostro asse e otteniamo questa finestra Non entrerò nei dettagli su questo, ma saliamo qui e guardiamo la scala e vediamo il massimo una volta che abbiamo superato 8000. E, guardando il grafico qui sotto, lasciami trascinarlo fuori strada. |
| Certamente, la maggior parte dei nostri valori per la creatina fosfochinasi sono inferiori a 1000. In effetti sembra che una buona parte di essi siano inferiori a forse cinquecento o seicento. |
| COSÌ, |
| Non ne ho bisogno. |
| cambialo in |
| scegliamo 800. |
| Va bene. |
| E questo ci dà un grafico solo di quei punti dati. Tagliamo tutti gli altri e vediamo che è fondamentalmente una linea retta. Non c'è una vera relazione tra loro e abbiamo anche alcuni valori anomali qui sul |
| creatinina sierica, qui in alto a 10. E questo sembra un valore negando il lato qui, quindi potrebbe essere opportuno tornare indietro e dare un'altra occhiata a quelli, forse sbarazzarci di alcuni dei valori anomali, vedere se entriamo e otteniamo risultati diversi. |
| E questo è più o meno tutto, lasciatemi minimizzare. |
| Diamo un'ultima occhiata al set di dati. |
| Oh sì, la creatinina sierica. |
| Lo inseriamo come un continuo, ma se lo guardi qui nella colonna il nostro conteggio minimo è qui, nella prima cifra decimale, quindi abbiamo la possibilità di 10 valori lì più altri 10 valori la maggior parte di loro |
| Sembra che siano sotto i 2 o 3 anni. Quindi, lì, potrebbero esserci alcuni dubbi su come vogliamo trattarlo a seconda dell'analisi. |
| E certamente vogliamo dalla nostra analisi. La useremo. Vogliamo davvero considerarla come una variabile continua o dovremmo considerarla come una variabile ordinale con forse, |
| Non lo so, |
| 20 valori diversi per quella variabile ordinale. 20 o 25 o qualsiasi cosa venga fatta di frequente nelle analisi di marketing, ma di solito non viene fatta qui, ma è qualcosa da considerare. Quindi, lasciatemi |
| torna qui per un riepilogo. Torna al PowerPoint. |
| E lasciatemi ampliarlo e spero che tutti possano vederlo, quindi ecco cosa avevamo. |
| Abbiamo 11 modelli diversi che JMP ha scelto di default e li abbiamo ottenuti tutti andando su Analyze, Predictive Modeling, Model Screening. Abbiamo scoperto che creatinina sierica, età e frazione di eiezione sono tutti significativi. |
| E abbiamo scoperto che l'interazione tra età e frazione di eiezione potrebbe giustificare ulteriori studi clinici, anche se non è stata realmente significativa per il nostro studio. |
| deciso sul valore. E abbiamo visto alcuni valori fortemente distorti, specialmente nella distribuzione della creatinina, che è stata usata nel nostro modello e con un set di dati piuttosto piccolo e sbilanciato. E ora, ho menzionato l'età prima. Lasciatemi tornare all'originale. |
| Trascinalo via. Ecco l'età. |
| E vediamo, abbiamo una distribuzione un po' distorta e non l'ho inserito nel modello; il motivo per cui non l'ho inserito nel modello è il modo in cui sono stati raccolti i dati. |
| Sappiamo dalla lettura degli articoli che il modo in cui è stato gestito l'Età è stato quello di inviare una specie di operatori sanitari per controllare le persone dopo |
| i dati originali sono stati sviluppati per lo studio. Quindi, quando vedi un 65 anni, sono tornati indietro di 65 mesi dopo. |
| Oh, scusatemi, non era l'età di cui sto parlando, tempo, lasciatemi tornare qui. Andate al tempo che me lo mostra. |
| E c'è tempo. Un po' strano, lasciatemi tirare fuori un po' questo. |
| Cosa hanno fatto |
| erano tornati indietro dopo lo studio originale. Quindi, quando vedi 16 anni sono tornati indietro di 16 mesi dopo lo studio originale e hanno verificato se c'era stato un evento di morte o nessun evento di morte. Cioè, se il paziente era ancora vivo o non era ancora vivo o se lei. |
| Quindi dopo 16 mesi questo paziente qui, numero 21, |
| era ancora vivo. Ora, se andiamo qui giù all'evento della morte, e lasciatemi evidenziare quello. |
| E vieni qui. |
| Vediamo che abbiamo tempo 20. |
| Beh, non sappiamo se l'evento di morte è avvenuto il giorno prima che verificassero la settimana prima, un mese prima o due mesi prima. Gli autori originali che hanno pubblicato un articolo e lo hanno messo su Kaggle hanno esaminato quei dati. |
| E non sono riusciti a trovare alcuna conclusione positiva. Quella persona avrebbe potuto morire nel mese uno, ma nessuno ha controllato il mese uno. |
| E non sappiamo la frequenza dei controlli di follow-up. Ecco perché l'ho aggiunto e incluso, e se avessimo avuto dati migliori lì, potremmo venire qui per Analizzare, |
| Affidabilità e sopravvivenza e avremmo potuto fare una distribuzione della vita o una vita adatta per X, che è il modo in cui vengono fatte molte di queste cose, ma non siamo riusciti a farlo in questo caso particolare. |
| Quindi più o meno |
| termina la presentazione. Vorrei tornare alla presentazione PowerPoint che sarà nuovamente pubblicata sul sito e qui ci sono i link all'articolo originale della rivista. |
| Il Kaggle. |
| pagine. Il set di dati Kaggle che è un CSV e, |
| il repository Github degli autori con il codice R. E spero che vi sia piaciuto. |
| E con questo |
| Concluderemo questa presentazione. |
| Pietro Polito | trovare buoni lavori adesso è molto interessante. |
| Grazie. |
| Pietro Polito | Bene, allora lasciami controllare la mia lista di controllo. |
| Sicuro. |
| Pietro Polito | non lo sono. |
| Non credo che con il tempo dell'agente. |
| Per favore, per favore, l'ho preso. |
| Pietro Polito | sì e se tornano e dicono Oh, non ci piace la pausa, quello che faremo è che quando sarai vivo, potrai semplicemente possiamo, puoi parlare con chiunque lo stia presentando, e puoi saltare quella parte e dire semplicemente questo è quello che è successo ed è. |
| Va bene, fallo. |
| Non credo che ci chiederanno di registrarlo di nuovo, ma... |
| BENE. |
| Ok, sì, se lo fanno non è un grosso problema. |
| Pietro Polito | Va bene, tutto il resto che farò lo farò. |
| Una volta terminata la registrazione, siamo pronti a ripartire. |
| e buono. |
| Pietro Polito | È fantastico, grazie per avermi lasciato guardare. |
| sì, beh, la cosa positiva è che, nonostante abbia avuto un paio di errori, non ha avuto problemi con il software. |
| Ora tutto sembrava fantastico, sì, sì, ho trascinato tutto e sono rimasto lì, quindi va bene. |
| Pietro Polito | Va bene, bene. |
| Probabilmente ti incontrerò al Discovery Summit e passerò una splendida giornata. |
| Va bene, anche tu teatro. |
| Pietro Polito | Va bene, arrivederci. |
| Di. |
