| 抄本 |
| 大家好，我叫安德森·梅菲尔德，是迈阿密大学合作研究所海洋与大气研究的助理科学家。 |
| 我实际上是在迈阿密大学海洋实验室 NOAA 大西洋海洋和气象实验室对面工作，参与他们的珊瑚项目。 |
| 今天，我将与大家谈论我几乎整个职业生涯中一直在进行的一些研究，即尝试开发预测珊瑚礁命运的工具。 |
| 所以这实际上是我去年在 Discovery 峰会上讨论内容的更新或延续，但我知道很多人可能没有听说过，或者即使你听说过 |
| 你可能不会记得所有的事情，没关系，我会为你做我正在做的研究打下基础。 |
| 谈论珊瑚礁面临的一些问题，稍微回顾一下我去年的情况。 |
| 真正令人兴奋的是，在去年的 Discovery 峰会演讲后不到两个月，我在珊瑚预测模型方面取得了重大突破 |
| 进展，这在很大程度上归功于一些新功能和 JMP Pro，所以今天我要分享这些热门数据。 |
| 这就是我们能否预测单个珊瑚群落的命运的问题吗？ |
| 因此，预测珊瑚礁乃至整个珊瑚群的命运实际上更容易，因为全球的珊瑚礁状况都很糟糕 |
| 由于海水温度上升。珊瑚细胞内生活着甲藻，它们像植物一样进行光合作用，并将 |
| 它们产生的能量会被珊瑚宿主吸收。问题是，当水温过高时，它们无法正常进行光合作用。 |
| 珊瑚要么消化它们，要么将它们排出，最终的结果就是珊瑚实际上饿死了。 |
| 这是一个全球性的问题，因此，预测珊瑚礁的命运，我们几乎已经知道这些生态系统正在衰退。 |
| 但在个体层面上，你确实看到了异质性，有些珊瑚物种比其他物种表现更好，物种内部也有一些基因型比其他基因型表现更好——有些基因型对白化有抵御能力，而其他基因型则容易发生白化。 |
| 因此，在我的整个职业生涯中，我一直感兴趣的是，是什么推动了这种韧性，以及它是否真的可以预测？ |
| 所以我把这比作珊瑚精算师。你能把你最喜欢的珊瑚的活检样本寄给我吗？我可以做一些分析，然后说，嘿， |
| 你知道这块珊瑚的寿命只有六个月，而这块珊瑚可以存活几十年，这就是我一直努力在做的事情。 |
| 因为我们目前评估珊瑚健康状况的方式是追溯性的。我们去那里进行调查，基本上就是量化珊瑚死亡的数量。 |
| 所以这些都是需要收集的重要数据，但这种方法实际上并没有给珊瑚带来任何好处。这类似于 |
| 一位医生告诉一位刚刚心脏病发作的病人，嘿，你的血压真的很高，你知道病人会想知道这一点 |
| 提前几周、几个月甚至几年，这样他们就可以采取一些主动措施——药物治疗、改变生活方式、更好的饮食和锻炼。所以 |
| 你知道我认为以这种追溯的方式评估人类的健康状况是不可接受的，那么为什么我们不能对珊瑚采取这种更积极主动的方法呢？ |
| 现在有很多预测工具，其中一些实际上是由 NOAA 开发的，实际上大多数都是由我的雇主 NOAA 开发的，这些工具试图 |
| 关于珊瑚健康的预测或预报。 |
| 他们只使用温度，因为高温和珊瑚白化之间存在众所周知的联系，因此将温度作为预测指标是有意义的。 |
| 所以，这是联合国今年发布的一份报告，但很多作者在美国国家海洋和大气管理局工作。这是 |
| 每年发生严重白化现象的年份。也就是说，每年夏天，白化现象都会从这一年开始发生。 |
| 珊瑚可以从白化中恢复，它们可以获得新的共生体，它们可以进食， |
| 它们可以在一定程度上抵御风暴，但当每年都出现白化现象时，它们就失去了 |
| 恢复，所以每年严重的白化现象，我预测是到了无可挽回的地步。所以情况相当严峻，因为你可以看到 |
| 其中一些年份用红色表示，比如 2015 年、2020 年，显然已经过去了，这是南佛罗里达州的地图，这就是我们的实地考察点所在地。 |
| 但我们知道这并非100%正确。的确，这些像素内确实有一些珊瑚礁每年都在白化，但也有很多其他珊瑚礁没有白化。 |
| 所以我的目标之一是提高这些以温度为中心的模型的空间和时间分辨率，因为这些以温度为中心的模型 |
| 他们根本不考虑那里有什么，甚至根本不考虑那里是否有珊瑚。他们只是在观察温度模式。 |
| 因此，他们没有考虑那里是否有有弹性的物种，是否有有弹性的基因型，但我们需要走出去，坦率地说，他们根本没有基于事实。 |
| 我们需要去那里进行生态调查，观察珊瑚的丰度， |
| 生物量、生物多样性、珊瑚的天敌种类、某些类型的大型藻类和珊瑚虫，但即使这样，我觉得也还不够，因为你可以拥有一个珊瑚礁 |
| 上面铺满了珊瑚，就像您在图片中看到的一样。 |
| 生态学家甚至可能会说，嘿，这看起来真的很健康，珊瑚丰富，水看起来很清澈，藻类不多，你知道，即使是训练有素的眼睛，你也可能 |
| 我猜这是一个健康的珊瑚礁，但如果我作为一名珊瑚生理学家知道这是一个低恢复力的珊瑚礁，因为这些物种都是杂草，它们不能保存很多能量 |
| 当海水上涨时，水箱中的珊瑚就会受到损坏，从而导致珊瑚的数量和健康状况之间出现内在的脱节。 |
| 但仔细想想，这并不奇怪。我们不是以这种方式管理人类健康的。我不会在我居住的迈阿密市中心四处走动，然后说，嘿，这个街区有上百万人， |
| 它比这个拥有五十万人口的社区健康两倍，我的意思是，对于经济学家来说它可能更健康。 |
| 但如果你真正观察一下居民的健康状况，可能并没有相关性。你可能会说，嘿，这个大城市 |
| 你比小镇的医疗保健更好。所以在某些情况下，人口密度和 |
| 和人类健康，但你会发现很多地方的情况并非如此。 |
| 例如，人口密度较高的地区犯罪率往往较高，因此，我们仍然采用这种方式来管理犯罪，这让我很惊讶 |
| 或者试图推测海洋生物的健康状况，最简单的方法就是简单地计算一下那里有什么。我认为 |
| 你知道你不会对别人这样做，我认为我们可以做得更好。 |
| 所以我真正想做的不仅仅是研究温度。温度对于理解和帮助至关重要，但不能孤立地看待它。 |
| 同样，生态因素、生物丰度和生物多样性也需要重点评估。它本身并不能反映生物的持久性和寿命。 |
| 我想做的是，我想把这些因素考虑进去，但也要考虑这些生态系统中生物的生理和实际健康状况，这样 |
| 这是一个非常复杂、令人费解的模型，我还没有真正弄清楚它将如何呈现，或者它将如何运作 |
| 目前还不清楚，但我有一些想法。今天我真正想关注的是我在这里圈出的内容，也就是尝试利用生理数据建立一个预测模型，用来预测珊瑚是否能够抵抗白化，或者是否容易受到白化的影响。 |
| 对于这类预测分析，我倾向于分子生物学，因为你应该看到行为的亚细胞转变 |
| 这些症状在你用肉眼察觉到异常之前就已经反映了某种异常的生理机能。所以回到心脏病发作的话题 |
| 打个比方，你需要记录一个人在几周、几个月甚至几年后可能出现的高胆固醇或高血压 |
| 心脏骤停，所以去看医生的时候医生会抽血。我们有成熟的生物标志物，比如血糖和胆固醇。 |
| 对你未来的健康状况做出推测。他们无法告诉你，你知道你什么时候会死，但这些 |
| 生物标志物和分析物对你未来的健康状况有很高的预测能力。所以 |
| 胆固醇并不是珊瑚特别好的生物标志物，但其他物质可能是，因此在 NOAA，我们采用这种多 |
| 我们称之为多组学方法，我们观察目标生物体（我这里指的是珊瑚）合成的所有不同分子，看看我们能否找出哪些分子可能 |
| 反映压力状态或恢复力状态。我实际上是从基因表达领域开始研究的，也就是信使RNA。 |
| 但最近我转向了蛋白质组学研究，因为蛋白质实际上在细胞中发挥作用。所以 |
| 很多时候你看不到 mRNA 表达和蛋白质水平之间的强相关性。 |
| mRNA 可能仍然是很好的健康诊断生物标记物，但它们对机制的理解不会太有用。作为一名生理学家，我希望 |
| 我想要鱼与熊掌兼得，所以我想知道我的珊瑚细胞中发生了什么，珊瑚细胞对高温有何反应，哪些蛋白质参与了热适应。 |
| 这些问题可以通过我们所说的蛋白质组学来解决，蛋白质组学是样本中所有蛋白质的集合。 |
| 因此，您可以获得机械数据，但您也可以将这些蛋白质用作健康信息生物标志物，所以这是我的幻灯片，我试图将 20 年的研究浓缩成一张幻灯片，以便让每个人都能快速了解。 |
| 确定最佳的分析物组合。我刚才谈到了蛋白质。我是否认为蛋白质是最重要的，而且在珊瑚中测量蛋白质永远不会是更好的选择？ |
| 这就是为什么我在这里打勾——绝对不行。稍后你会看到，他们实际上对使用蛋白质进行健康推断存在问题。可能还有更好的方法，所以这项工作仍在进行中。 |
| 不幸的是，珊瑚不是模式生物，所以为了测量所有这些指标，我不得不花费数年时间自己开发方法。尤其是分子生物学实验。 |
| 您想使用任何类型的分析物，无论是基因、蛋白质还是脂质，作为生物标志物，您都需要适应自然变异源。 |
| 这些就像光周期一样。因为珊瑚细胞内有光合作用的甲藻 |
| 它们的生理机能会随着昼夜循环、潮汐循环和季节变化而发生巨大波动，这些虽然不性感，但却是必要之恶 |
| 你需要做的最终目标是建立珊瑚健康的模型。一旦你掌握了珊瑚的日常生活，你就可以 |
| 这些环境挑战研究让珊瑚暴露于压力源 |
| 或者在实验室中，或者您正在观察现场跨环境梯度的压力源制度。 |
| 这实际上是整个珊瑚领域所取得的最佳成就，目前有数千篇关于珊瑚环境生理学的论文，我将在稍后的演讲中稍微谈一下其中一个例子。 |
| 但是，我们现在陷入了困境，而且您现在看不到任何成果，这就是我一直在思考的，即利用珊瑚健康数据来实际生成珊瑚压力敏感性的预测模型，所以这就是我正在努力取得进展的。 |
| 我认为这是因为大多数生理学家和分子生物学家更熟悉事物的描述性方面，即生物体死亡时会发生什么。 |
| 这并不是贬低这类研究，它几乎成就了我迄今为止的职业生涯。 |
| 发表这类论文比较容易。把珊瑚礁缸温度调高，观察一下蛋白质水平。我已经发表了10篇这方面的论文，你确实需要做这类工作才能 |
| 这种预测方法。但我确实想从这种 |
| 殡仪员实际上正在撰写珊瑚讣告，本质上这些论文正在生成有用的数据，但对珊瑚没有任何好处。 |
| 我们利用从这些本质上描述性项目中获取的数据，并利用它们进行预测，试图找出 |
| 哪些珊瑚会成为气候变化的赢家，哪些会成为输家。所以，从殡葬师变成我之前提到的兽医或精算师。 |
| 我不想让你们觉得我很了不起 |
| 建模师。这实际上是我一直在自学，并在实践中掌握的，但我把很大一部分成功归功于它，以及它实现了从描述性工作到预测性工作的无缝过渡。 |
| 这是由 JMP 推动的，因为我熟悉 Fit Model 平台，例如，这确实让我更容易 |
| 为了使这种描述转变为预测，例如，直到大约一两年前，我在整个职业生涯中所做的就是左边的例子。 |
| 你看，Y形框里的这些珊瑚蛋白。这些是深奥的登录号，你不需要注意它们的含义，只要知道它们是蛋白质就行了。 |
| 构建模型效应，展示我感兴趣的事物，如温度、珊瑚的基因型、采样时间等，然后你就可以发表一篇精彩的论文 |
| 看看这些数据集。现在我做的基本上是把它颠倒过来，把所有这些蛋白质都移到构建模型中 |
| 盒子里，除了实验和/或环境数据，但 y 中会有什么 |
| 这就是我所说的珊瑚白化敏感性。我稍后会给出另一个名字，但意思是一样的。它指的是珊瑚白化的可能性。 |
| 所以我认为 JMP 确实发挥了重要作用，帮助我从纯粹的描述性内容过渡到初步涉足预测生物学。 |
| 所以我确实想回顾一下描述性的内容，并介绍一下 JMP Pro 中的一些工具 |
| 我特别喜欢这个软件包。所以我会用我们这个珊瑚——orbicella faveolata——的数据集来做实验。它是 |
| 佛罗里达群岛中最具韧性的珊瑚之一，因此气候变化的影响非常严重，我们没有足够的能力去处理所有的珊瑚，所以基本上只能处理那些本来就比较强壮的珊瑚。 |
| 因此，我们从不同的珊瑚礁中取出珊瑚，将它们暴露在不同的温度和不同的时间下，并观察它们的蛋白质浓度，因为我们需要了解生物标志物可能是什么，这也许对模型构建有用。 |
| 温度如何影响这种珊瑚的蛋白质组，各种你可能想到的描述性的东西 |
| 想要解决的问题，这和我之前展示的非常相似。这是我的模型盒，我做了很多单变量研究，试图找出哪些蛋白质 |
| 受温度、珊瑚礁位置等自然因素的影响最大。我做了很多多变量分析，比如主成分分析、多维尺度分析。 |
| 寻找样本之间的关系，观察多变量治疗效应，我们稍后会讨论其中的一些内容。去年，我展示了我发表的这篇论文，嗯，这是一个多维尺度图， |
| 在 JMP Pro 16 多元平台上——实际上应该是 15，但我只想在这里展示给大家，不要太纠结于细节。如果您是色盲，我深表歉意。 |
| 但是绿色的，也就是右边底部的三个样本，是对照珊瑚，所以它们处于对照温度下。最上面的三个是 |
| 在32度的温度下，这对大多数珊瑚来说几乎是致命的。你可以看到，经过几周的暴露，它们的蛋白质组，也就是蛋白质谱，开始变得更加稳定，这很重要。 |
| 在建立任何类型的预测模型之前，您需要知道温度对蛋白质组的影响。 |
| 这些数据是查看存在与否的数据。也就是说，无论某种蛋白质是否存在，大约有七八百种蛋白质。 |
| 从那时起，方法论得到了改进，所以这是从事分子生物学工作的一件好事，方法总是在变得越来越好。 |
| 因此，我采取了相同的样本，但不是测量七种或八百种蛋白质作为存在或不存在，而是取了 86 种蛋白质的子集。 |
| 但现在数据已经完全量化了。所以我几乎把这些数据增加了十倍。 |
| 虽然蛋白质数量较少，但浓度分辨率更高，所以我现在要处理的数据集只包含 86 种蛋白质。所以 |
| 这是这些蛋白质的典型分布，它们从来都不是正态分布的，它们总是倾斜的，所以这限制了我使用专门的参数方法，但这不是问题 |
| 使用 JMP。 |
| 那么让我们进入 JMP 表。 |
| 这是我想展示的第一个。你基本上已经了解了这张表的两个特点，我真正希望你关注的是 |
| 蛋白质组学研究的范围很广。所以蛋白质组学很昂贵。每个样本200美元，我的预算有限，在这个实验中我只有20个样本。 |
| 但我有 86 种蛋白质。这意味着无法进行典型的多变量方差分析来寻找治疗效果，但这并不意味着 |
| 我无法进行任何有用的多元分析。JMP开发人员建议我采用一种巧妙的方法，那就是进行传统的多维缩放。以下是我的86种蛋白质数据，它们经过对数转换后，我会把它们放在这里。 |
| 从我之前做过这件事的经验来看，四维空间可以给我提供一个很好的解决方案。 |
| 这是多维尺度图，这些是我的样本的各种命运，因此健康对照、积极漂白，我们稍后会详细介绍。 |
| 但我在这里要做的是观察压力，我发现它有点高，通常低于第一点。 |
| 我可以通过增加维度来降低压力，但我认为四维就可以了，所以我要做的 |
| 我实际上要保存这些坐标。我也可以保存相似度矩阵，因为我对这些样本之间的相似度更感兴趣，所以我要把这些 |
| 现在它们将成为我的（???），所以现在，我遇到的情况是 y 比样本少，因此我可以进行传统的多元方差分析。 |
| 我的模型效果，我想做这个。CHD实验室，这是什么意思？这是珊瑚健康状况的指标，用来评估珊瑚是否具有韧性或承受压力。 |
| 哎呀。 |
| 这是BLR，即抗漂白性，我会在整个演讲中一直使用这个术语。BLS，即易漂白性。这是针对这两组样品绘制的四个维度的图，因此我将进行多元方差分析。 |
| 我看到了健康状况的边际效应，这也是您想要了解的事情。 |
| 如果这些对白化适应力强的珊瑚的蛋白质组与对白化敏感的珊瑚有显著差异，那么它的意义就不大，只是处于边缘地带，但是 |
| 对于这样的环境数据集，我很乐意在出版物中报告。另一个可能更好的方法是采用同样的四个坐标 |
| 对于小数据集，像这样的小型宽数据集，由于其中包含大量不同的环境参数，因此 MANOVA 会变得很棘手，因此我实际上会使用我非常喜欢的偏最小二乘平台。 |
| 我将获取我的实验数据，这些数据包括珊瑚的来源地、它所处的温度、基因型，然后我将做一个响应曲面。 |
| 然后正在运行什么。 |
| 实际上，我要将 KFold 减少到 4，因为数据集太小了。 |
| 这并不是我想要的输出，我想我必须包含一些不同的东西，但没关系，所以我保存了实际上想要向您展示的脚本。 |
| 在这里，实际上我甚至不太关心因素的数量。 |
| 您可以在这里看到，我选择了三个。 |
| 真的，我只想向你们展示这个，它看起来非常混乱，但这被称为相关载荷图，我认为这确实是整个 JMP Pro 软件包中未被充分利用的工具。 |
| 只是因为你可以从这个数字中获得多少信息，所以这显示了我的样本相对于彼此的位置，然后我可以对我的环境因素、基因型、地点温度时间进行分层。 |
| 在这种情况下，我使用坐标，因此 y 值将更难解释，但我也可以用原始数据来做到这一点，然后你就可以真正开始看看如何 |
| 您的分析物、环境变量和样本都是相互关联的，我认为这是一个非常强大的探索工具，但有些人可能不太熟悉它。 |
| 这是我最喜欢的多变量描述性工具之一，我喜欢在 JMP Pro 软件包中使用。虽然这些都是实验数据，但当我们进行这些实验时 |
| 这些珊瑚是我的病人。它们是固着的。我知道在珊瑚礁的哪个地方可以找到它们。 |
| 我可以在不同的季节对它们进行采样。我做的是微小的活检，所以不会对它们的健康造成太大的影响。 |
| 所以我拥有这些跨越时空的珊瑚样本，我知道它们什么时候会白化， |
| 哪些珊瑚白化了，哪些白化了，哪些没有。所以现在，我可以通过档案追溯珊瑚白化的时间，并进行事后预测。 |
| 尚未漂白的，并尝试看看我是否可以预测哪些已经漂白，哪些没有漂白。 |
| 因此，为了向您提供更多关于佛罗里达群岛上游站点的信息，我们有两个近海站点，即 The Rocks 和 Cheeca Rocks，两个离岸站点，即 Little Conch 和 Crocker Reef。 |
| 重要的是要知道，近海珊瑚礁往往更加坚固，你仍然可以看到健康的大珊瑚，虽然不是到处都有，但在某些地方。 |
| 在海上，您要与这些小型压力机打交道，因此，我们在现场具有良好的弹性梯度。 |
| 这对于模型构建非常重要，您不会想仅使用强珊瑚或弱珊瑚来构建或测试您的模型，而是希望将两者混合使用。 |
| 这只是我用图表生成器快速绘制的图表，用来查看颜色评分，所以你的评分应该是5。5基本上意味着你非常健康。 |
| 零意味着你脸色苍白，即将死去。实际上，三到四就相当紧张了。所以你可以看到八月份的情况 |
| 现在正处于白化事件之中，我们在这四个地点发现了一些相当明显的白化现象，甚至一些较具弹性的近海地点也出现了一定程度的白化现象。 |
| 但是，到了 10 月它们就恢复了，12 月它们又恢复了，但你会看到这种异常行为，我认为这是由疾病引起的。 |
| 所以这又回到了我之前提到的珊瑚健康术语。 |
| 基本上，你知道我希望它最终或最终是一个连续变量，可能是 1 到 10。 |
| 但现在我们试图预测三种类型中的一种。你要么是抗漂白，要么是易漂白，要么是中等程度。所以抗漂白性会是顶部的绿线，你的颜色评分实际上不会改变。 |
| 在白化过程中。这是另一个“图形生成器”绘图，所以这是观察下半部分的温度。 |
| 因此，中等大小的珊瑚会出现一点白化现象，但随后会恢复。 |
| 易白化的品种要么会显著白化并恢复，要么在某些情况下可能无法完全恢复。所以这三种表型基本上就是我的模型。 |
| 这设计得比较复杂，不用担心，这基本上只是展示了不同的方法，最终你可以完成模型构建过程。所以在左边 |
| 您将看到要使用哪些数据来训练和验证模型。 |
| 模型本身，你要用什么来测试模型，以及你最终想要预测什么。所以如果你只是使用实验室珊瑚数据 |
| 建立一个预测模型，用更多的实验室数据进行测试， |
| 这能让你有能力在实验室里预测珊瑚的健康状况，但这并非我们真正想要的。我的意思是，发表出来是可以的，但我们想知道，我们希望能够预测实地的情况。 |
| 但你会遇到这个问题，我如何看待使用实验室数据来建立预测模型 |
| 试图预测现场发生的情况，你知道，用实验室数据来预测这种情况总是一个不确定的问题 |
| 涉及约束字段。但我们无论如何都要试一试。所以，再次强调，这里使用这个蜂群健康指标作为 y。 |
| 正如我之前提到的，预测因子最终将不仅仅包括蛋白质，但为了简单起见，我们今天将使用蛋白质。这是 |
| 使用 JMP Pro 16.1 时，我有一个 XG boost 插件，我非常喜欢它，也强烈推荐。这更像是我自己的笔记，但我确实想提一件重要的事情，它涉及到 |
| 蛋白质组学的一大缺点是它本质上是随机的。记得我在我的实验室样本中测序了86种蛋白质，所以这些就是我想要使用的蛋白质和我的预测模型。 |
| 当我去那里测量蛋白质组和我的现场样本时，我没有得到那 86 种蛋白质，而是得到了一组完全不同的蛋白质。 |
| 因此，我必须去尝试找出实际上在所有样本中发现了哪些蛋白质，因此这大大减少了。 |
| 我可以使用的蛋白质数量实际上从 86 种减少到 31 种，一直减少到 5 种，这让我很担心，因为我真的不确定 5 种蛋白质是否足以给我任何预测能力，但让我们拭目以待。 |
| 所以数据集就在这里 |
| 基本上，我选取了所有野外样本中发现的 31 种蛋白质，但我今天想做的是，我只想关注 7 月份采集的珊瑚中的蛋白质 |
| 2019年。我只想知道这些珊瑚样本，因为这是白化事件之前的情况。我想知道在这些珊瑚白化之前，我能检测到什么吗？ |
| 这样，我的31个蛋白质就降到了5个，所以我打算用这5个蛋白质建立一个预测模型。我会用JMP Pro我最喜欢的新功能——模型筛选，因为它可以让我测试 |
| 多个不同的模型并行运行。所以我要在这里输入实验室的珊瑚健康指标。我要在这里输入五种蛋白质。 |
| 我会给所有这些不同的选项一个机会，你知道我实际上没有在这台电脑上安装 XG boost，但没关系，我想我们可以， |
| 仍然能够找到一个不错的模型。我将使用 5 次 K 折交叉验证。我确实需要一些这样的选项。 |
| 让我们看看我们得到了什么。 |
| 这将需要一些时间来运行，因为它将使用所有这些不同的因子组合并行检查 20 个不同的模型，并且我们这里有一些诊断数据，但我想直接进入验证集。 |
| 所以它们基本上是在这里排名的，所以我们有一个神经增强模型，看起来表现不错。因为我关心准确率，所以我倾向于关注错误分类率。 |
| 我们有一个广义回归模型，我选中它，检查一下。看起来还不错。 |
| 我来运行它。 |
| 你看到这里所有的诊断，我确实想花一点时间 |
| 查看 Profiler |
| 因为这会告诉我 |
| 哪些蛋白质贡献最大。 |
| 所以对于我之前说过的话，我很抱歉，我现在需要重新说一遍。 |
| 我通常希望我的某项处理方案能够达到最佳效果，无论是针对白化敏感珊瑚还是针对白化适应珊瑚。然后我可以说，嘿，告诉我如何才能成为具有白化适应能力的珊瑚，所以我实际上会尽量减少对白化敏感珊瑚的 |
| 和 |
| 嗯，它只显示一个选项。我想，你知道吗，它已经设置好了，所以没关系 |
| 所以 |
| 它显示在这种情况下 |
| 当我改变这些蛋白质的水平时，样品的比例在漂白敏感性方面如何变化，这可能对某些事情有用 |
| 就像基因工程一样，如果你想尝试找到将要被 |
| 最主要的内容是珊瑚的恢复力。你可以尝试一下Profiler，但我今天更感兴趣的是预测本身，所以我要做的是在这里发布预测公式。 |
| 你会注意到 |
| 其中一种蛋白质脱落了，因此其中一种蛋白质被认为在实际的模型构建中是无用的。 |
| 信不信由你，我最近两三天才做过这件事。我把七月份的珊瑚数据都录入了数据表，想比较一下。 |
| 我想看看它根据数据表做出的预测，所以让我们来看看它基于广义回归模型的猜测结果。我这里只是快速地介绍一下，因为只有12个样本，所以无论猜测是对是错，结果都是这样的。 |
| 对了。抱歉，这台电脑上r键不起作用，信不信由你，这是对的。 |
| 正确的。 |
| 正确的。 |
| 是的，肯定有更简单的方法可以做到这一点，但这是错误的。 |
| 好的，现在它又可以工作了。 |
| 正确的。 |
| 对对对。 |
| 因此，在这 12 个样本子集中使用此模型作为蛋白质广义回归模型。 |
| 它在 12 个样本中 11 个都正确地计算出了漂白的可能性，这真的很酷，我的意思是我已经用各种方法反复运行模拟，这实际上 |
| 比我平时打得好，所以大概是92%到93%，这真的令人兴奋，尤其是因为这还只是针对蛋白质的。所以 |
| 我们已经讨论过这个问题了，是的，我进行这种模拟的平均准确率大约是 80% 到 90%。 |
| 这对我来说非常令人兴奋。对医生来说，这实际上很糟糕。如果你只是正确 |
| 你知道，就心脏骤停事件的可能性和 80% 的患者而言，这将是一个巨大的失败，但我认为 |
| 考虑到这对珊瑚来说还比较新，我的准确率在80%到90%之间。还有一点我没有提到 |
| 五种蛋白质的子集后来被精简到四种，只用于检测宿主珊瑚。我删除了共生体蛋白质，因为我几周前才拿到这些数据。 |
| 当我添加那些共生蛋白时，我认为准确性只会上升，并且记住这一点。 |
| 我当时用实验室数据来预测实地珊瑚的行为。所以你不会指望它100%准确。我应该做什么，以及我接下来要做什么，大概会在这次演讲结束后的几个小时内， |
| 我已经获得了所有现场数据，也获得了所有实验室数据。我可以继续使用这两个数据集进行训练和验证。 |
| 建立一个模型来预测野外珊瑚的行为。我相信这种方法的准确性只会越来越高。你可能会说， |
| 既然已经有了这套实地数据集，为什么还要用实验室珊瑚数据呢？我觉得这个观点很有道理。 |
| 从生物学的角度来看，这些蛋白质的实际性质对我来说非常有趣，我昨晚才发现它们是什么。 |
| 时间紧迫，我就不细说了，不过我可以说，我们能够挖掘出的东西也会非常有趣。其中之一就是进化和猎物捕获，我认为这对……来说会非常酷。 |
| 尝试开发一种机制。 |
| 这……这些数据集真的很小，只有几十个样本。那么，我觉得自己做的珊瑚压力测试是世界上最好的吗？ |
| 不，这在很大程度上是一项正在进行的工作，还有其他方法论问题需要解决，但我最终想要做的是开发这种压力 |
| 测试，这样我们就可以去那里做我所说的珊瑚礁分类。我可以带一些小样本 |
| 进行蛋白质组学或其他分子分析，将数据输入 JMP， |
| 说出这些关于弹性的猜测，然后我告诉经理，嘿，这边的珊瑚礁看起来状况很好，现在就让它这样吧，你知道，密切关注它。 |
| 这边的珊瑚，我的模型显示，所有珊瑚都容易白化。如果有什么办法可以缓解或给这些珊瑚一个机会——清理水质，控制 |
| 过度捕捞——我认为你应该对这些方面进行分类。这正是我希望利用这些数据集能够做的事情。当然，数据集需要增长。 |
| 我确实想将它们与现有的基于温度的模型进行比较，尽管规模本质上是不同的。 |
| 我真的只是希望能够拥有这种视觉效果或只是一张地图，我只需告诉您这里是坏点，这里是好点。 |
| 我要做所有的脏活，我希望能够把它提炼成一个经理或外行人都能轻松理解的东西，我认为一旦解决了问题，一旦我们有了更大的数据集， |
| 纳入更多珊瑚物种，扩大地理范围，我们真的可以开始使用这种珊瑚健康预测模型方法 |
| 你知道，作为一种决策工具。所以，它不仅用于监测，还用于寻找可能对珊瑚养殖修复有用的有韧性的基因型。 |
| 你也可以用这种方法来追踪缓解项目的成功和类似的事情，所以我认为这种方法有很大的潜力 |
| 珊瑚健康预测模型方法可以实现更主动的海洋管理，我希望 |
| 这是我们未来几年在美国国家海洋和大气管理局和迈阿密大学可以继续发展的事情，特别是当这些生态系统变得越来越危险的时候。 |
| 所以，我很乐意回答任何问题。我再次强调，我不是专业建模师，所以我非常欢迎 |
| 任何建议都行。不要把这些当成教条，你知道，如果对数据或类似情况有严重的误解，你不会伤害我的感情，我绝对会感谢任何问题或反馈。 |
| 我的演讲就到此结束，很高兴收到大家的来信。谢谢。 |
