| 스피커 |
성적 증명서 |
| 남성 |
안녕하세요, 저는 Exponent의 Martin Kane입니다. 오늘은 불규칙적인 데이터에 대한 용량-반응 곡선 맞춤에 대해 이야기해 보겠습니다. |
| |
2020 JMP 디스커버리 서밋에 참석하게 되어 기쁩니다. 먼저, 이 강연을 할 수 있도록 초대해 주신 컨퍼런스 자문위원회에 감사드립니다. |
| |
JMP를 통해 얻은 경험과 지식을 공유할 수 있는 기회를 주셔서 정말 감사합니다. 저는 JMP를 매일 꾸준히 사용하고 있습니다. |
| |
컨설턴트로서 저는 이 도구를 주요 분석 도구로 활용하고 있습니다. 최근에 제가 작업하고 있는 내용인데, 공유하면 좋을 것 같아서 말씀드립니다. |
| |
자, 그럼 본론으로 들어가 보겠습니다. 우선, |
| |
주의사항이 있습니다. 이 슬라이드에 담긴 아이디어는 저, 마틴 케인의 생각이며, 제 회사인 익스포넌트의 공식적인 입장을 대변하는 것은 아닙니다. |
| |
자, 그럼 이제 본론으로 들어가겠습니다. |
| |
무엇에 대해 이야기할까요? 용량-반응 모델이란 무엇일까요? 이러한 모델은 일반적으로 어떤 형태를 띠나요? 이러한 모델에 대한 전형적인 통계적 모델은 무엇일까요? |
| |
JMP에서 이러한 모델에 어떻게 접근할 수 있을까요? 곡선 맞춤과 비선형 맞춤의 차이점은 무엇일까요? 각각의 장점과 단점은 무엇일까요? 이 부분에 대해 좀 더 자세히 살펴보겠습니다. |
| |
그리고 초기값에 대해서도 이야기하고, 이러한 비선형 모델에 있어 좋은 초기값을 갖는 것이 얼마나 중요한지 살펴보겠습니다. |
| |
시연을 진행한 후, 그 시연에 사용된 데이터를 통해 비정상적인 데이터를 살펴보겠습니다. 비정상적인 데이터란 무엇을 의미하며, JMP의 곡선 맞춤 및 비선형 플랫폼을 사용하여 어떻게 해결할 수 있을까요? |
| |
좋아요. |
| |
용량-반응 모델. 따라서 선형 및 비선형 형식 모두로 나타날 수 있습니다. |
| |
하지만 일반적인 모델은 우리가 3개, 4개 또는 5개 매개변수를 사용하는 로지스틱 모델이라고 부르는 것을 기반으로 합니다. 이러한 모델은 매우 전형적이며 종류가 매우 다양합니다. 단지 세 가지만 있는 것은 아닙니다. |
| |
그렇다면 이러한 모델들의 형태는 어떤 것일까요? 당연히 선형 모델이 있겠죠. 선형 모델은 직선, 즉 우리가 그래프로 나타낸 표준 회귀선입니다. |
| |
어떤 종류의 반응 농도와... x축의 로그 농도, y축의 반응 농도를 나타내는 그래프입니다. |
| |
다음 슬라이드에서 자세히 설명드리겠지만, 이는 대개 형광 현상을 이용한 것입니다. |
| |
그리고 이러한 값들은 범위가 상당히 넓을 수 있습니다. 따라서 이러한 값들의 로그 값을 취하는 것도 흔한 일입니다. |
| |
지수 함수 형태의 모델을 사용할 수도 있습니다. 이 모델은 용량-반응 곡선의 일부 구간에서는 효과적일 수 있지만, 곡선 전체에 적용하기에는 충분하지 않은 경우가 많습니다. 하지만 대부분의 경우 어떤 형태의 모델이 더 일반적입니다... |
| |
매개변수가 있는 로지스틱 회귀 함수의 일종인데, 이 예시에서는 매개변수가 4개인 로지스틱 회귀 함수인 힐 함수(Hill function)를 보여줍니다. 이 함수는 약간 다른 형태로 로드바드 함수(Rodbard function)라고도 불립니다. |
| |
이러한 일반적인 형태를 가진 여러 가지 다른 버전이 있는데, 각각 상위 점근선과 하위 점근선을 가지고 있습니다. |
| |
있습니다 |
| |
이 곡선상의 중심점은 상한 점근선과 하한 점근선 사이의 중간 지점으로, 이를 EC50 또는 IC50이라고 부릅니다. |
| |
값입니다. 그 점은 x축 상에 있고, 우리는 그것을 이렇게 사용합니다. 그리고 이 곡선에는 기울기도 있는데, 이 기울기는 이 선형 구간에 있습니다. 완전히 직선은 아니지만 직선에 가깝습니다. |
| |
그리고 기울기는 네 번째 매개변수이고, 아래쪽에 있는 것이 바로 이 방정식의 매개변수입니다. |
| |
d는 위쪽 점근선, 즉 최상단이고, c는 아래쪽 점근선, 즉 최하단입니다. |
| |
앞서 a는 기울기이고, b는 IC50 또는 EC50 값, 즉 중간 지점과 해당 농도를 나타내는 x축 값입니다. 따라서 이것은 일반적인 4개 매개변수 로지스틱 함수의 방정식입니다. |
| |
네. 생물학 및 제약 분야에서 표준 시험 방법의 상당 부분은 분석법이라고 하는 것에 기반을 두고 있습니다. |
| |
그리고 분석법 자체는 생물학적 제제, 즉 의약품에 대한 시험 방법일 뿐입니다. 이 특정 사례에서 우리가 보는 것은 표준 96웰 플레이트입니다. |
| |
이러한 유형의 분석에 사용되는 것입니다. 이 작은 원들은 각각 플라스틱 플레이트에 있는 작은 홈, 즉 시료를 넣을 수 있는 곳을 나타냅니다. |
| |
그래서 우리는 96개의 웰을 모두 채울 수 있는데, 웰 바닥에는 결합제가, 웰 바닥에는 형광 물질이 들어 있을 것입니다. |
| |
그 안에도 물질이 들어있습니다. 따라서 특정 파장의 빛을 비추면 형광을 발하게 됩니다. 결합 정도에 따라 형광 강도가 달라집니다. |
| |
그리고 말씀드렸다시피, 형광 값은 10에서 10만, 심지어 백만까지 다양하게 나타날 수 있습니다. 형식에 따라 다르죠. 하지만 상당히 큰 값이 될 수도 있습니다. |
| |
일반적으로 플레이트에는 서로 다른 7~8가지 농도의 곡선을 그리며, 그 곡선은 다음과 같습니다. |
| |
이전 슬라이드에서 보여드린 것처럼, 이는 다양한 농도를 가진 단일 물질을 대표하는 것입니다. |
| |
일반적으로 플레이트 맨 위쪽에 가장 높은 농도의 용액을 넣고, 그 농도를 아래쪽 웰로 단계적으로 희석합니다. |
| |
그러니까 만약 맨 위쪽 값이 16이라고 가정하면, 4대1의 직렬 해법을 사용할 수 있겠죠. 그러면 다음 열에는 4개, 다음 행에는 1개가 남게 되는 겁니다. |
| |
1/4, 1/16 등으로 희석률을 점차 높여가면서 희석액을 플레이트 아래로 순차적으로 떨어뜨립니다. 종종 동일한 물질이 두 번씩 반복되는 경우도 있는데, 예를 들어 5번과 6번 열에 같은 물질이 두 번씩 있는 것입니다. 이렇게 하면 희석 곡선에 어느 정도 다양성을 부여할 수 있습니다. |
| |
또한 생물학적 제제나 의약품에 대한 분석을 진행할 때 여러 용량을 동시에 테스트하는 경우가 많습니다. |
| |
그러니까 요점은 같은 접시 위에서, 같은 시간에, 서로 비교하려는 다양한 용량을 사용할 때 그렇다는 겁니다. |
| |
예를 들어, 11번과 12번 열에는 1mg/kg의 용량이, 9번과 10번 열에는 0.1mg/kg의 다른 용량이 표시될 수 있습니다. 그리고 우리는 이러한 서로 다른 용량들을 동시에 비교하고 싶을 수 있습니다. |
| |
또 하나 언급할 점은 JMP가 병렬 처리 기능을 테스트할 수 있다는 것입니다. 이에 대해서는 나중에 설명드리겠습니다. JMP에는 F 검정이나 카이제곱 검정을 사용하여 병렬 처리를 테스트하는 내장 함수가 있습니다. |
| |
좋습니다, 그럼 JMP에 저장된 데이터를 살펴보고 바로 본론으로 들어가 보겠습니다. |
| |
자, 시작해 보겠습니다. 여기 왼쪽에 제가 이번 데모에 사용할 JMP 저널이 있습니다. 이 저널은 비선형 생물학적 분석 재료 및 불규칙한 데이터 처리에 사용됩니다. |
| |
앞서 언급했듯이 제가 논의할 두 가지 플랫폼은 곡선 맞춤 플랫폼과 비선형 플랫폼입니다. 그럼 시작하겠습니다. |
| |
샘플 데이터를 열어보겠습니다. 샘플 데이터를 좀 불러오죠. 원래는 고객의 실제 데이터를 사용하려고 했는데, 허락을 받지 못했어요. |
| |
하지만 JMP에 내장된 생물학적 분석 샘플 데이터 세트는 아무 문제 없이 잘 작동합니다. 제가 사용하려던 데이터와 매우 유사하므로 그대로 사용하면 됩니다. |
| |
우선, 어떤 물질이 있는지 살펴보겠습니다. 앞서 언급했듯이, 연속 희석을 통해 농도가 결정됩니다. 이 경우에는 각각의 물질이 다음과 같이 보입니다. |
| |
아래쪽 줄의 농도는 위쪽 줄 농도의 4분의 3입니다. 어떤 종류의 로그 농도가 있는데, 그건 농도의 로그 10 값입니다. |
| |
제형은 다양한 형태를 띠는 것처럼 보이지만, 단순히 용량을 나타내는 것일 수도 있습니다. 독성은 y 값일 수 있고, 우리의 반응은 형광 또는 로그 형광과 같은 것일 수 있습니다. 따라서 이 데이터를 살펴보면 다음과 같습니다. |
| |
그래프 작성기를 사용하면 간편하기 때문에 y축에 독성을, x축에 로그 농도를 넣을 수 있습니다. |
| |
앞서 언급했던 4개 매개변수 로지스틱 함수와 모양은 비슷하지만 방향이 반대인 함수가 있다는 것을 알 수 있습니다. 하지만 이는 문제가 되지 않습니다. |
| |
사용된 3차 스플라인은 데이터에 상당히 잘 맞습니다. 따라서 이를 제거하고 데이터만 살펴보겠습니다. |
| |
자, 여기 데이터가 상당히 많네요. 농도별로 값이 네 개 정도 있는 것 같습니다. 아, 아직 얘기하지 않은 제형이 하나 있었네요. |
| |
그리고 그걸 이용해서 그래프 빌더에서 여러 가지 작업을 할 수 있죠. 그걸 y 그룹에 넣으면 네 가지 다른 곡선을 얻을 수 있어요. 3차 스플라인을 사용해 볼게요. |
| |
표준, 테스트 A, 테스트 B, 테스트 C. |
| |
이제 색상을 변경할 수 있습니다. 곡선 맞춤이 하나만 적용되어 있어서 색상 변화가 잘 보이지 않습니다. 아니면 그냥 가져와서 오버레이 영역에 넣을 수도 있습니다. |
| |
이는 제가 일반적으로 가장 많이 사용하는 영역이며, 이 기능은 제 다양한 공식 각각에 대해 개별적인 3차 스플라인을 적용합니다. |
| |
꽤 괜찮네요. 그리고 세 개는 꽤 비슷한데 하나만 다르다는 걸 알 수 있어요. 초록색 그림이요. 초록색 그림은 테스트 B입니다. |
| |
자, 그럼 테스트 B가 다른 테스트들과 다르다는 점을 기억해 두죠. 그리고 표준은 검토 중인 여러 제형 중 하나일 뿐입니다. 그러니까 세 가지 다른 테스트를 표준과 비교하려는 것 같네요. |
| |
흥미롭네요. 좋아요, 그럼 이만 마치겠습니다. |
| |
이러한 비선형 데이터에 사용할 수 있는 곡선 맞춤 함수에는 어떤 종류가 있을까요? 분석 > 특수 모델링 메뉴에는 두 가지 함수가 있습니다. 하나는 곡선 맞춤이고 다른 하나는 비선형입니다. 이 두 함수 모두 비선형 데이터에 사용할 수 있습니다. |
| |
그럼 곡선 맞춤 함수부터 시작해 보겠습니다. |
| |
곡선 맞춤에서 우리는 y 변수에 독성 반응값을 넣고, 회귀 변수로는 로그 농도를 넣으려고 합니다. 처음에는 그냥 이렇게 하면 됩니다. |
| |
결과는 그래프 빌더에서 보던 것과 똑같습니다. 다만 한 가지 예외가 있는데, 빨간색 삼각형 아래쪽으로 올라갈 수 있다는 점입니다. |
| |
선형, 이차, 삼차 등. 시그모이드 함수 |
| |
로지스틱 회귀, 프로빗 모형, 곰페르츠 모형. 이런 것들은 함수의 실제 모양이나 방정식이 무엇인지 알려주지 않아요. 어떤 함수가 맞는지 알아야 하죠. 저는 힐 함수를 알고 있습니다. |
| |
그리고 그 내용은 시그모이드 곡선, 로지스틱 곡선, 그리고 여기 숨겨진 함수, 4개 매개변수를 사용한 Hill 함수에 있습니다. 제가 사용하고 싶은 함수가 바로 이것입니다. |
| |
그걸 클릭하면 그래프 빌더에서 봤던 것과 매우 비슷한 화면이 나오는데, 다만 이제는 맨 아래쪽에 매개변수 추정치가 표시됩니다. |
| |
기억하세요, 우리는 하한 점근선, 상한 점근선, 그리고 성장률(기울기)을 가지고 있었습니다. |
| |
그리고 변곡점, 즉 EC50 값이 바로 x축의 맨 위와 맨 아래의 중간 지점입니다. 이것들은 추정치입니다. 이것도 좋지만, 저는 각각의 데이터마다 별도의 그래프를 원합니다. |
| |
다른 |
| |
제형 관련 내용이라서 다시 작성하겠습니다. 제형을 추가하는 것을 제외하고 다시 시작할게요. 제형은 카테고리별 또는 그룹별 카테고리에 넣을 수 있습니다. 카테고리별로 넣고 확인을 클릭하면, |
| |
네 개의 개별 곡선이 나옵니다. 나쁘지 않네요. 그리고 Ctrl 키를 누른 상태에서 아무 곡선이나 클릭하고 시그모이드 로지스틱, 4매개변수 힐 등 다양한 옵션을 선택하면 됩니다. |
| |
이 프로그램은 네 가지 항목 각각에 대해 곡선을 개별적으로 맞추고 각 항목에 대한 추정치를 제공합니다. 첫 번째는 하나의 표준입니다. 여기 테스트 A가 있습니다. |
| |
추정치가 나와 있습니다. 테스트 B에도 추정치가 있습니다. 점근선이 다른 것을 알 수 있습니다. 그리고 테스트 C도 있습니다. 괜찮긴 하지만, 제가 원하는 것과는 아직 정확히 일치하지 않습니다. |
| |
자, 그럼 이제 이걸 닫겠습니다. |
| |
분석을 다시 시작하되, 이번에는 공식을 가져와 그룹 범주에 넣겠습니다. 이렇게 하면 이제 네 가지가 모두 겹쳐 보이는 것을 알 수 있습니다. 여기에서 시그모이드, 로지스틱, 4매개변수 힐을 클릭할 수 있습니다. |
| |
그리고 이제 그래프에서 네 가지 서로 다른 곡선 맞춤 결과가 겹쳐 보이는 것을 알 수 있습니다. |
| |
여기서 해당 네 가지에 대한 매개변수 추정치도 확인할 수 있습니다. 따라서 이 값들은 이전 화면에서 봤던 것과 동일할 것입니다. |
| |
하지만 이제 시각적으로 이 네 가지 그래프를 겹쳐서 보고 어떻게 보이는지 확인할 수 있습니다. 서로 비슷해 보이나요, 아니면 다르게 보이나요? |
| |
음, 이건 꽤 괜찮네요. |
| |
제 말은, 이 정도면 필요한 용도에는 충분할 수도 있다는 겁니다. 그리고 만약 이 특정 매개변수에서 이러한 추정치를 추출하고 싶다면... |
| |
모수 추정치를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 '데이터 테이블로 만들기'를 선택하면, 추정치가 포함된 데이터 테이블을 만들어서 원하는 작업을 수행할 수 있습니다. |
| |
그렇군요, 좋은 정보입니다. 이만 마치겠습니다. |
| |
그럼 비선형 플랫폼을 간단히 살펴보겠습니다. 분석, 특수 모델링, 비선형. 비슷해 보이죠? y축 반응에 독성을 입력하고, 그룹에 제형을, x축에 로그 농도를 입력한 다음, 확인을 누릅니다. |
| |
아, 잠깐만, 이거 딱 맞네... 이건 적합 곡선이라고 써 있잖아. 방금 적합 곡선을 그렸잖아? 맞아, 그랬지. 이건 내가 분석, 선별, 적합 곡선에서 '리콜'을 선택하고 '좋아요'라고 하는 거랑 똑같아. |
| |
둘은 동일합니다. 비선형 플랫폼에서 다른 작업을 하지 않으면 결국 적합 곡선 플랫폼으로 돌아갑니다. 그렇다면 특수 비선형 모델링과 다른 점은 무엇일까요? |
| |
리콜 기능을 사용해서 모든 것을 다시 불러오겠습니다. 왼쪽에 모델 라이브러리가 있는 것을 확인하세요. 그리고 이 x는 단순히 x 값만이 아니라 예측 공식일 수도 있다는 점에 유의하세요. |
| |
그래서 제가 모델 라이브러리를 클릭하면 선택할 수 있는 모델이 많이 있습니다. 다시 한번 말씀드리지만, |
| |
이게 뭔지는 잘 모르겠지만, 하나 클릭하면 기능을 사용할 수 있고, 그래프를 표시할 수도 있네요. 그러면 그림이 나와요. 아, 제가 찾던 것과 비슷한 것 같은데, 방향이 좀 반대네요. 그래서... |
| |
이건 저한테 적합할 것 같네요. 그런데 여기서 힐 함수(Hill function)라는 건 안 보이네요. 로드바드 함수(Rodbard function)는 보이는데, 그게 매개변수가 다섯 개인 함수잖아요, 리처드. 어디 있었죠? 여기 로드바드 모델이 있는데, 비슷하긴 하지만 힐 함수는 전혀 없네요. 제가 원하는 건 아니네요. |
| |
하지만 덕분에 몇 가지 일을 할 수 있게 되었죠. 비선형 플랫폼이 저에게 가능하게 해주는 한 가지는 바로 이것입니다. |
| |
그것이 내가 실제로 할 수 있게 해 준다는 말인가요? |
| |
매개변수를 직접 지정하고 고정하십시오. |
| |
그럼 그게 무슨 뜻일까요? 음, 예를 들어 모델 라이브러리에 가서 로지스틱 회귀 모델, 매개변수 4개를 선택한다고 가정해 봅시다. 그리고 이렇게 말하는 거죠. |
| |
이게 공식을 만드는 건가요? 독성은 여기, 농도 기록은 여기. 아, 실수했네요. |
| |
제형 로그 농도를 여기서 확인하고, 저는 괜찮다고 말하며, 이것은 표준입니다. |
| |
좋네요. 알겠습니다. |
| |
실제로 해당 함수는 제가 원하는 함수는 아니지만, 4개의 매개변수를 만족시키는 함수를 사용합니다. |
| |
그리고 이것도 나쁘지 않죠. 그런데 여기 보세요, 슬라이더를 이용해서 여러 매개변수를 실제로 변경할 수 있어요. 꽤 흥미롭죠. |
| |
그래서 제가 '수식 만들기'라고 말하면 실제로 제 데이터 테이블에 수식이 추가됩니다. 수식을 살펴보면 여기 있고, 초기값이 있는 매개변수가 있으며, 네 가지 모두에 대한 길고 복잡한 방정식이 수식에 포함되어 있습니다. |
| |
그래서 이제 다시 여기로 돌아와서 그 값을 제 x 예측기에 넣고 "좋아요"라고 말할 수 있습니다. |
| |
그러면 이 프로그램이 실행되면서 네 가지 함수와 초기값을 모두 보여줍니다. '실행' 버튼을 클릭하면 실제로 이 값들을 맞춰보려고 시도합니다. |
| |
그리고 실제로 네 번의 반복만으로 모두 맞춰졌다는 것을 알 수 있습니다. 제한이 60인데도 꽤 빠르게, 그것도 아주 잘 맞춰졌죠. 여기서 슬라이더를 이용해 변경할 수 있다는 점도 참고하세요. |
| |
좋아요. |
| |
아니면 실제 값을 입력해서 여기서 값을 변경할 수도 있습니다. 실제 값을 입력하는 대신 현재 값을 변경하고 고정할 수도 있죠. 이 기능은 꽤 유용하며, 다음에는 제가 가지고 있는 제대로 작동하지 않는 데이터를 예로 들어 보여드리겠습니다. |
| |
이제 이 창을 닫고, 이 특정 열을 없애겠습니다. |
| |
네, 초기 데이터 세트는 그대로 남아있습니다. 이제 문제가 있는 데이터를 살펴보겠습니다. |
| |
제가 할 일은 모든 데이터 행 중에서 하나씩 건너뛰면서 가장 낮은 농도 값을 모두 제거하는 것입니다. 이 버튼, 즉 '데이터 간소화' 버튼을 눌러 최저값을 제거하겠습니다. 하나씩 건너뛰면서 제거되었으니 이제 가장 낮은 값들도 모두 제거될 것입니다. |
| |
그렇다면 이것이 우리 데이터에 정확히 어떤 영향을 미칠까요? 한번 살펴보겠습니다. 잠깐 모델 적합, 곡선 적합, 죄송합니다, 곡선 적합으로 가보죠. 다시 한번 확인해 보겠습니다. |
| |
지금은 곡선에서 가장 높은 다섯 개의 점만 있습니다. 제가 여기 나와서 "곡선 적합"이라고 말하고 시그모이드, 로지스틱, 시그모이드, 로지스틱, 힐 함수를 사용한다고 가정해 보겠습니다. |
| |
그리고 실제로 이 다섯 개의 데이터 포인트에 각각 곡선을 맞췄습니다. 그런데 한 가지 주목할 점은, 제가 이것을 위로 올리고 저것을 밖으로 내보낸다는 것입니다. |
| |
보시다시피, 아래쪽 점근선들이 서로 완전히 다릅니다. 세 번째 점근선도 있고요. 계속 내려가다 보면 결국 네 번째 점근선에 도달하는데, 그 점근선은 마이너스 80도쯤에 있습니다. 이렇게 완전히 다른 네 개의 아래쪽 점근선이 있는 거죠. |
| |
그러니까 말이 안 되죠? 윗부분 곡선은 잘 맞는데, 아랫부분 곡선은 전혀 안 맞아요. 윗부분은 괜찮아 보이는데 아랫부분은 그렇지 않네요. |
| |
그래서 추론하기보다는, 이러한 분석을 진행할 때 종종 다음과 같은 방법을 사용합니다. |
| |
고객이나 사용자는 의도적으로 농도가 없는 물질, 즉 블랭크를 플레이트에 올려놓습니다. 이는 대개 분석 자체에 포함된 배경 물질입니다. |
| |
그리고 이 경우에는 빈칸이 사용되었고, 말씀드린 대로 이 빈칸들의 평균값은 0.5였습니다. |
| |
평균값은 0.55였습니다. 따라서 0.55에 도달할 때쯤이면 모든 하위 점근선이 실제로 0.55로 수렴해야 합니다. |
| |
하지만 저는, 이 적합 곡선 플랫폼에서는 그걸 바꿀 수 없어요. 아, 하지만 비선형 플랫폼에서는 가능하죠. |
| |
하지만 비선형 플랫폼에는 힐 함수가 없어서 좀 혼란스럽습니다. |
| |
하지만 이 문제는 해결할 수 있습니다. 두꺼운 곡선 플랫폼을 사용하면, 제 모델인 로지스틱 4P 힐을 적용한 후 실제로 수식을 절약할 수 있습니다. |
| |
예측 공식을 저장할 수 있습니다. 또는 매개변수 예측 공식을 저장할 수도 있습니다. |
| |
여기서 차이점이 있습니다. 예측 공식은 이러한 함수들을 원래 모습 그대로 저장하는 반면, 매개변수 예측 공식은 약간 다릅니다. 이 특정 사례에서는, |
| |
이것은 매개변수 예측 공식입니다. 살펴보면, 여기에 네 개의 방정식이 나와 있습니다. |
| |
제가 예상했던 대로네요. 그러니까 표준 제형이면 이걸 사용하고, 테스트 A면 이걸 사용하면 됩니다. 그리고 여기 아래에 모든 매개변수가 있습니다. 실제로, 이걸 복사해서 다른 문서에 붙여넣으면... |
| |
저는 그걸 정말 빠르게 하고 여기로 와서 "파일, 새로 만들기, 죄송합니다... 파일, 새로 만들기, 일기장으로 해도 될까요?"라고 말합니다. |
| |
신문 |
| |
작동하지 않네요. 괜찮아요. |
| |
그럼 시작해 봅시다 |
| |
새로운 대본이 있어요. |
| |
붙여넣기. 됐네요. 맨 위에 제 모든 매개변수가 표시된 것을 확인하세요. |
| |
맨 아래쪽에는 실제로 공식이 있습니다... 우리가 오른쪽에서 봤던 바로 그 공식이죠. 모든 값이 그대로 옮겨오지만, 이것들은 함수 자체의 초기값입니다. 매개변수를 이해하지 못하면 잘 보이지 않기 때문에 보여드리고 싶었습니다. |
| |
하지만 이제 이것 덕분에 제가 그쪽으로 갈 수 있게 되었어요... |
| |
(잠시만요. 죄송합니다.) 분석을 위해 오세요. 특수 모델링, 비선형 분석 등을 할 수 있고, 이 예측기를 x 값에 사용할 수 있습니다. |
| |
내 y는 내 독성을 나타낼 수 있고, 제형은 내 그룹을 나타낼 수 있습니다. 이제 각 곡선당 동일한 5개의 데이터 포인트가 여기에 있습니다. |
| |
그래프가 좀 이상하게 보이지만, 다시 말하지만 제가 이것저것 바꿀 수 있다는 걸 알아두세요. 저는 c 매개변수가 하한 점근선이라는 걸 알고 있으니까, 이 값들을 각각 0.55로 바꿔서 고정시킬 수 있어요. |
| |
그러니까 0.55. |
| |
이렇게 하면 곡선이 실제로 변하는 것을 볼 수 있습니다. 아직 곡선에 딱 들어맞는 것은 아니지만, 우리가 옳다고 생각하는 값을 강제로 설정할 수 있게 해줍니다. |
| |
제가 이 문제를 제기하고 싶은 이유는, 그리고 앞으로 보게 될 것은 바로 이것입니다. |
| |
그 덕분에 하위 점근선 모두 0.55가 되었습니다. 이제 '진행'을 클릭할 수 있는데, 그러면 실제로 피팅이 진행될 것입니다. |
| |
보시다시피 단 7번의 반복만으로 나머지 매개변수들을 네 개의 곡선에 맞춰 조정하여 하위 점근선이 모두 0.55가 되도록 했습니다. |
| |
정말 좋네요. 바로 제가 이 경우에 원하던 거예요. 빨간색 삼각형 아래에 다시 한번 수식을 저장할 수 있겠네요. |
| |
이 경우에는 매개변수 예측값을 저장할 수는 없습니다. 예측값만 저장할 수 있죠. 그래서 이 결과를 여기서 사용할 수 있습니다. 그럼 이 결과를 어디에 사용할 수 있을까요? |
| |
기억하시죠? 제가 그래프 작성기에서 독성 값을 y축에, 로그 농도를 x축에 놓으면 어떻게 될지 말씀드렸잖아요. |
| |
제 오버레이에서 보이는 것처럼, 공식이 적용된 모습입니다. 이 부분도 여기에 가져올 수 있습니다. |
| |
공식... 그 공식... 네... 네... 바로 그 공식 자체입니다. 그리고 때로는 이것이 유용할 수 있습니다. 이 경우에는 두 그래프가 정말 비슷해 보입니다. 제가 할 수 있는 것은 점들에서 곡선을 제거하고 공식 자체를 부드럽게 만드는 것입니다. |
| |
이것이 방향입니다. 실제로 이 곡선들은 스무딩 도구가 아니라 함수 자체에 해당하는 곡선입니다. 따라서 데이터가 불규칙적인 경우에도 이 방법으로 해당 데이터 세트에 대한 정확한 곡선을 보여줄 수 있습니다. |
| |
그리고 제가 여기서 '제멋대로'라고 말하는 이유는 단순히 하한 점근선이 있는 것이 아니라, 그 대신 사용할 수 있는 무언가가 있기 때문입니다. |
| |
제가 보여드리고 싶었던 게 바로 이거예요. 그리고 제 생각엔 이게 정말 멋진 것 같아요. 중요한 건, |
| |
JMP에서 원하는 결과를 얻으려면, 두꺼운 곡선 플랫폼과 비선형 플랫폼 사이를 오갈 수 있어야 하거나, 때로는 그렇게 해야 합니다. |
| |
정말 필요한 기능은 아니지만, 저는 이 기능이 정말 훌륭하다고 생각합니다. 예를 들어 행 상태를 초기화하고 모든 데이터를 표시할 수 있습니다. (이쯤에서 마무리했어야 했는데, 그러지 못했네요.) 다양한 제형과 오버레이, 로그 농도 표시도 가능합니다. |
| |
이것이 곡선이지만, 실제로는 예측 공식을 대신 사용할 수도 있습니다. |
| |
원하는 실제 공식을 얻기 위해서입니다. 그리고 이것은 정말 보기 좋네요. |
| |
그건 사람들이 잘 얘기하는 주제는 아니에요. |
| |
링크, 마크 베일리와 다른 누군가가 2년 전에 JMP 토론 게시판에 올린 블로그 링크인데, 이 방법론, 이 방법론의 많은 부분을 설명하고 있습니다. |
| |
제가 이미 스스로 알아낸 후였지만, 어제서야 이 방법을 발견했고, 특히 용량-반응 관계에서 이러한 비선형 모델을 적용하는 방법에 대해 모두와 공유할 가치가 있다고 생각했습니다. |
| |
이러한 다양한 생물학적 제제는 의약품이며, 특히 요즘 코로나19에 대한 이야기가 많고 이 분야에서 많은 연구가 진행되고 있습니다. 따라서, |
| |
감사하다는 말씀을 드리고 싶습니다. 마지막으로 연락처를 알려드리겠습니다. 저는 JMP 토론 포럼에서 마틴이라는 닉네임을 사용하며, 그곳에 자주 글을 올립니다. |
| |
궁금한 점이 있으시면 제 이메일 주소로 연락주세요. 그럼 이만 마치겠습니다. 시간 내주셔서 정말 감사합니다. 질문 있으시면 언제든 환영입니다. 감사합니다. |