908 Devices 發布了一款 JMP 插件工具，方便直接分析和趨勢分析 REBEL 培養基分析儀在線生成的氨基酸和維生素濃度。在培養基開發和調整過程中，需要隨著時間的推移測試各種參數，從而產生大量的樣本和數據。 REBEL 分析器與 JMP 外掛功能結合，可以自訂視圖的形式立即顯示資料集。 Alvotech 提出了一個案例研究，展示了 JMP 如何快速比較具有不同培養基配方的不同生物反應器運行中的氨基酸水平，從而加深對過程的理解。
你好，我叫 Ildiko。我和我的同事托馬斯代表 Alvotech Germany 參加此次會議。我們都是 Alvotech 流程創新團隊的成員，主要從事媒體開發專案。我們是活躍的 JMP 用戶，大多使用不同的 DOE、複雜的 DOE，但這次，我想介紹一個用於資料視覺化的小型智慧工具，它適用於 REBEL 用戶。 REBEL 是一款廣告支出媒體分析儀，由 908 Devices 公司生產。去年，他們發布了一款 JMP 插件工具，有助於直接分析和預測胺基酸和維生素濃度的趨勢。
結合此測量，會產生非常大的資料集，這些資料集可以透過此 JMP 插件在自訂視圖中立即進行視覺化。我們想要展示工作流程進行比較，展示時間趨勢，不同的結果，不同的培養基配方，不同的生物反應器運行，以展示這種智能調節工具如何能夠改善過程理解，以及它如何幫助我們的日常工作。
關於 REBEL 的一些話。 REBEL 是什麼？它是一台廢棄培養基分析儀，是一種基於毛細管電泳的小型質譜儀器，與試劑盒配合使用，能夠分析一個樣本中的 33 種不同的代謝物，大約需要 7 到 10 分鐘，所以速度非常快。
正如我所提到的，我們在媒體開發中將這個平台用於不同的目的。我們對特定大型媒體的配方供應商進行了比較。我們將它們進行比較，並確定哪個供應商可以提供最佳的效能或媒體。正如我所提到的，我們正在進行複雜的交易，我們需要追蹤這些不同媒體條件下的分析物趨勢。我們必須每天快速做出決策來確定餵食策略，或者我們只需要觀察這些情況以及分析物在時間過程中的趨勢。我們也使用該工具比較桌上型生物反應器運作中的不同條件。如果有一個產品生命週期管理，並且我們想要實施一種新媒體，我們將它與其他設定進行比較。
當我們產生大型資料集時，我們有這個 JMP 插件工具來實現非常快速的資料處理和視覺化。我想在這裡指出的是，它只適用於 JMP 16 或更高版本。如果您回顧完整的設計和方法，正如我所提到的，我想透過三個案例研究在這張海報上展示三個小型比較工作流程。我想展示一些簡短的演示視頻，介紹這些工作流程如何通過數據導入直到定制的儀表板視圖來展示，然後可以根據我們的需要進一步處理，保存，發送，導出等等。使用準備好的資料過濾器，對大型資料集進行分析實際上只需要 1 到 2 分鐘。對於 REBEL 使用者來說，這是一個非常有用的工具。
它是如何運作的？首先，安裝插件後，這非常簡單，您只需安裝插件檔案即可。我們 Alvotech 擁有 JMP 的遠端版本，因為這是一個具有諸多限制的 GMP 驗證環境。在這裡，安裝插件後，我們可以看到三個工作流程，樣本比較工作流程，我想在研究一中展示的內容，以及研究二中異常趨勢和條件趨勢的時間過程工作流程，我忘了......這裡，簡要介紹一下研究三。
結果文件，即機器生成的內容，是來自所謂的 REBEL 批次的 CSV 文件，該批次基於批次運行表。當樣本標籤定義明確時，這是一個模板，一個 Excel 模板。當結果表產生後，可以直接匯入JMP。有一個可選文件，即所謂的樣本標籤文件，它非常有用，因為它可以選擇將樣本與自定義元數據關聯，這意味著它在趨勢工作流程中很重要，然後我們希望將例如生物反應器名稱與樣本標籤名稱相對應，以查看哪個生物反應器中存在哪些條件。 JMP 識別該樣本標籤和這些組件。我稍後會在演示影片中展示這一點，會更加清晰。
最後，當結果匯入 JMP 時，它會先產生一個預設報告儀表板，稍後可以使用資料篩選器進行自訂。這是 REBEL 的工作流程。我們進入第一個比較工作流程。我想展示一下這個自訂視圖是如何產生的。我想透過一段簡短的影片來展示這一點。首先我們開啟範例比較工作流程。我們選擇該檔案所在的資料夾，這對我們來說有點複雜，因為我們正在使用遠端 JMP。
我們找到了該資料夾。當我們選擇資料夾時，它首先是空的。我們必須選擇範例標籤檔案並打開它。我們調整標題，從第一行開始。這是匯入的文件，JMP 從中產生資料表。這需要一點時間。我們直接進入範例比較儀表板視圖。我們可以在這裡看到不同介質的不同生物反應器中的所有分析物。由於我們進行了重複或三次實驗，因此表格顯示了分析物的平均值。
在過濾器面板左側，我們可以選擇樣本標籤，因為在這種情況下，他只想顯示媒體類型。打開它也需要一些時間。這是中等 A 類作品。所有其他媒介都應相繼出現。
其他工作流程則快得多。不知何故，媒體的比較工作流程真的非常非常慢。這些是媒體，不同的供應商準備的相同媒體。您可以看到差異。此外，我們可以看到分析物的濃度模式，並且可以判斷樣品的稀釋度是否良好。另外，在控制面板中，我們可以選擇置信區間。我們可以選擇值的標準差來確定這些值是否在我們仍然可以接受的定義範圍內。
一旦我們有了最終的客製化儀表板，我們就可以保存該儀表板。保存後，當我們點擊數據表時它應該會出現。是的。它位於左上角的控制面板中。修改後的儀表板就在那裡，我們只需單擊它，它就會再次出現。當然，如果我們需要保存資料表以便下次再次出現。
當然，我們也可以以任何格式匯出資料。這是第一個工作流程。其他工作流程，我們在媒體開發中使用最多的是分析物趨勢工作流程和條件趨勢工作流程。如果您查看分析物趨勢，我也有相關影片。但在講述之前，我想在這裡講述一下需要採取的非常重要的行動，定義時間過程元件，其工作方式是在原始結果表（Excel 表）中，我們有樣本標籤列的第一個條目。
在這種情況下，這是第三天的培養站一、容器號二。 JMP 應該知道哪一個是時間成分，第一個時間成分，哪一個是第三個。它與分隔符號一起定義時間過程組件。分隔符，如這裡所示，是分隔文字字串的字元。在這種情況下，根據此命名約定，它是一個雙倍空格。我想首先顯示的時間過程部分是數字三。這是範例標籤的第三個組成部分。我們可以在這裡更新預覽，看起來時間三將是第一個時間組件，樣本標籤就是那個。這和我在可選樣本標籤檔案中定義的相同，它對應於批次記錄位置，我希望在分析物趨勢資料集中看到它。
一旦我們有了這個，JMP 導入就會顯示儀表板。最好也在影片中展示這一點，一步一步地進行，這樣看起來更有意義。我們開啟第二個分析物趨勢工作流程。正如我之前提到的，我們傳遞來自範例標籤的訊息，因為我建立了一個範例標籤可選檔案。
時間過程樣本標籤檔案就在那裡。 JMP 立即辨識並匯入。這就是我如何用雙倍空格和數字 3 來定義時間過程元件，這表示時間以 3 開頭，即第 3 天。重要的是，這種分析物趨勢顯示了時間過程中所有事物的平均值。
我們有樣本的所有日子都在這裡定義。我們可以設定標準誤差範圍，我們也可以使用篩選器僅顯示一個文化站，否則就不會有好的趨勢。此分析物趨勢僅顯示一種情況。所有分析物，我們可以在這裡看到異常值。我們可以看到分析物的異常行為。我們可以選擇分析物，並在自訂視圖中顯示分析物。
我們也可以查看是否未測量值。如果需要的話，我們可以設定信賴區間，也可以設定標準差。如果我們願意的話，請逐一檢視不同的分析物。並將儀表板儲存到資料表。看看我們可以嗎，我們可以保存任意數量的已修改儀表板，以便稍後匯出。
這裡，有一件不尋常的事。實際上，我們已經在這些資料集中發現了一個錯誤。我將在下一張投影片中展示條件趨勢工作流程，它是由同一資料集（至少是第一個資料集）產生的。這裡，我這次不播放視頻，因為數據導入與上次相同。
正如我所提到的，這是媒體條件的 DOE。這是一個AMBR15小型生物反應器裝置。這是我最喜歡的工作流程，即條件趨勢工作流程，當我們選擇一種分析物時，我們會在整個時間過程中觀察所有條件。這裡有問號的生物反應器位置，這在樣本標籤檔案中是沒有的。這是系統的一個錯誤。在這種情況下，當檢查資料表、時間過程成分和樣本標籤名稱時，發現沒有正確分離。這被認定為一個錯誤。
我們可以在這裡看到特定日期的值缺失，例如這裡和這裡，第 11 天和第 6 天。這意味著可以向 908 設備報告一個錯誤。目前，事情的調查仍在進行中。我之所以認為這個時間流程條件趨勢工作流程非常好且非常有用，是因為在這裡我們可以看到例如不同的條件。不同的容器、不同的條件有多麼不平衡，因為它是一個有任何條件的 DOE，而且我們不知道結果會如何。媒體不平衡。
氨基酸確實表現出不同的趨勢。以丙胺酸為例，它顯示出細胞在特定的一天之後生長和死亡的完全不同的模式。它顯示出了真正不同的趨勢，這對我們完成研究來說是非常非常有價值和重要的資訊。此外，如果我們想逐日緊急改變餵食策略，REBEL 可以每天測量所有條件下的所有分析物，而且我們可以透過這種工作流程快速看到結果。
這也是一種趨勢，但在最後的研究中我想展示的是，這是 mAb 產品的生命週期管理。當我們想要展示新的培養基配方與原始培養基配方相比的表現如何。我們只是追蹤這 14 天時間過程中細胞的生長和產品的產生。當然，我們追蹤分析物的趨勢。產生了一個大型資料集，我建立了樣本標籤文件，這意味著在定義了時間流程元件之後，與上次相同的方式，然後以相同的名稱添加批次一致位置，以使 JMP 能夠識別批次一致。
我正在向你展示這最後一段影片。這些是連接的檔案。同一資料夾下的兩個不同批次可以透過 JMP 進行視覺化並匯入到 JMP。這也是這個新增工具的一個非常好的功能。可以同時開啟同一項研究的不同結果檔案並連接資料。樣本標籤檔案由JMP立即定義和讀取。
這裡的定義有點不同，因為第一個樣本標籤列也不同。我將現在稱為“零日”。現在我們看到，預設情況下，所有條件下的所有分析物都會出現。這就是為什麼我們需要在這裡應用本地資料過濾器。讓我們以精氨酸為例，它在幻燈片上以螢幕截圖的形式顯示。我們可以清楚地看到媒體是多麼的平衡，它的狀態已經明確了。至少對於這種分析物來說，兩種不同類型的介質之間的趨勢是相同的。 [聽不清楚 00:22:57] 的位置非常完美。在這種情況下沒有錯誤。完成後，我們可以像以前一樣儲存儀表板。
當然，對於更高級的 JMP 用戶，可以使用圖形生成器選項進行進一步自訂。這個就像你選擇一個匯出資料夾來匯出一樣，可以匯出為圖片文件，也可以匯出到Excel，也就是結果表。這裡已經有很多出口產品。
如果我們可以回過頭來總結這個真正有用的工具。我們可以看出，透過添加一些時間過程組件和某些組件的識別，只需單擊幾下即可真正實現這些複雜資料集的可視化，這真的很容易。它對於非高級 JMP 用戶來說確實很有用，因為我認為使用這個插件工具根本不需要 JMP 知識。這樣做的好處是巨大的，因為在很短的時間內，它能夠讓我們做出非常非常快速的數據驅動決策，這一點非常重要。
我收到 908 Devices 的通知，升級後的統計分析工具 2.6 版本正在推出。這是改進的版本。當不需要分離的樣品標籤文件時，可以將其作為原始結果文件中單獨的一列，即樣品標籤文件，在定義時間過程和打開趨勢工作流程時無需添加可選的樣品標籤Excel文件。
就這樣。我希望你喜歡。非常感謝您的關注。
