908 Devices 发布了一款 JMP 插件工具，该工具有助于直接分析和预测 REBEL 培养基分析仪在线生成的氨基酸和维生素浓度。在培养基开发和调整过程中，需要随时间测试各种参数，从而产生大量样本和数据。REBEL 分析仪与 JMP 插件功能相结合，允许在自定义视图中立即可视化数据集。Alvotech 提供了一个案例研究，展示了 JMP 如何快速比较不同培养基配方的不同生物反应器运行中的氨基酸水平，从而提高对过程的理解。
在复杂的实验装置中，通过 REBEL 在线分析三种不同稀释度的氨基酸和维生素浓度（重复两次），在 13 天的多个生物反应器运行中测试了各种培养基配方，以评估批次性能。
大家好，我叫 Ildiko。我和我的同事 Thomas 一起代表 Alvotech 德国参加这次会议。我们都是 Alvotech 工艺创新团队的成员，主要从事媒体开发项目。我们是活跃的 JMP 用户，主要使用不同的 DOE、复杂的 DOE，但这次，我想介绍一款用于数据可视化的小型智能工具，它适用于 REBEL 用户。REBEL 是一款广告线耗材媒体分析仪，由 908 Devices 公司制造。去年，他们发布了一款 JMP 插件工具，可帮助直接分析和预测氨基酸和维生素浓度的趋势。
结合此测量，可以生成非常大的数据集，可以使用此 JMP 插件在自定义视图中立即对其进行可视化。我们想展示工作流程以进行比较，显示随时间变化的趋势，以及不同的结果、不同的培养基配方、不同的生物反应器运行，以展示此智能渐变工具如何提高对过程的理解，以及它如何帮助我们完成日常工作。
关于 REBEL 的几句话。什么是 REBEL？它是一种废培养基分析仪，是一种基于毛细管电泳的小型质谱仪器，与试剂盒配合使用，能够分析一个样本中的 33 种不同代谢物，大约需要 7 到 10 分钟，所以速度非常快。
正如我所提到的，我们在培养基开发中将此平台用于不同的目的。我们比较供应商在特定大型培养基配方方面的差异。我们进行比较，并确定哪个供应商可以提供最佳培养基。正如我所提到的，我们正在进行复杂的交易，我们需要跟踪这些不同培养基条件下的分析物趋势。我们必须每天快速做出决策来定义补料策略，或者我们只需要查看这些条件，即分析物在一段时间内的趋势。我们还使用此工具比较实验室规模生物反应器运行中的不同条件。例如，如果有一个产品生命周期管理，并且我们想要实施一种新培养基，我们会将其与其他设置进行比较。
当我们生成大型数据集时，我们可以使用 JMP 插件工具进行非常快速的数据处理和可视化。我想在此指出，它仅适用于 JMP 16 或更高版本。如果您回顾完整的设计和方法，正如我所提到的，我想通过三个案例研究在这张海报上展示三个小型比较工作流程。我想展示一些简短的演示视频，介绍这些工作流程如何通过数据导入显示到自定义仪表板视图，然后可以根据我们的需要对其进行进一步处理、保存、发送、导出等。使用准备好的数据过滤器，分析大型数据集只需 1、2 分钟。对于 REBEL 用户来说，这是一个非常有用的工具。
它是如何工作的？首先，安装插件后，这真的很容易，您只需安装插件文件。我们 Alvotech 有一个 JMP 的远程版本，因为这是一个经过 GMP 验证的环境，有很多限制。在这里，安装插件后，我们在这里看到三个工作流程，样本比较工作流程，我想在研究一中展示的内容，以及研究二中异常趋势和条件趋势的时间过程工作流程，我忘了……这里是研究三，很快。
机器生成的结果文件是来自所谓的 REBEL 批次的 CSV 文件，该批次基于批次运行表。当样品标签定义明确时，这是一个模板，一个 Excel 模板。生成结果表后，可直接导入 JMP。有一个可选文件，即所谓的样品标签文件，它非常有用，因为它可以选择将样品与自定义元数据关联，这意味着它在趋势工作流程中很重要，然后我们希望将生物反应器名称与样品标签名称对应起来，以查看哪个生物反应器中存在哪些条件。JMP 识别此样品标签和这些组件。我将在稍后的演示视频中展示这一点，会更清楚。
最后，当结果导入 JMP 时，它会首先生成一个默认报告仪表板，稍后可以使用数据过滤器对其进行自定义。这是 REBEL 的工作流程。我们进入第一个比较工作流程。我想展示如何生成此自定义视图。我想在一个简短的视频中展示这一点。首先，我们打开示例比较工作流程。我们选择此文件所在的文件夹，这对我们来说有点复杂，因为我们正在使用远程 JMP。
我们找到文件夹。选择文件夹时，它首先是空的。我们必须选择样本标签文件并打开它。我们调整标题，从第一行开始。这是导入的文件，JMP 会从中生成数据表。这需要一点时间。我们直接进入样本比较仪表板视图。我们可以在这里看到不同生物反应器中使用不同介质的所有分析物。表格显示了分析物的平均值，因为我们要进行重复或三次分析。
在 Filter 面板的左侧，我们可以选择样本标签，因为在这种情况下，他只想显示介质类型。打开它也需要一些时间。这是介质 A 组合。所有其他介质应一个接一个地出现。
其他工作流程要快得多。但不知何故，比较工作流程非常非常慢。这些是不同的供应商制备的相同培养基。您可以看到差异。此外，我们可以看到分析物的浓度模式，并可以判断样品的稀释度是否良好。此外，在控制面板中，我们可以选择置信区间。我们可以选择值的标准偏差，以确定这些值是否在我们仍可接受的定义范围内。
一旦我们有了最终的自定义仪表板，我们就可以保存这个仪表板。保存后，当我们点击数据表时它应该会出现。是的。它在左上角的控制面板中。修改后的仪表板就在那里，我们只需点击它，它就会再次出现。当然，如果我们需要保存数据表以便下次再次出现。
当然，我们也可以以任何格式导出数据。这是第一个工作流程。其他工作流程，我们在媒体开发中最常用的是分析物趋势工作流程和条件趋势工作流程。如果您要查看分析物趋势，我也有相关视频。但在讲述之前，我想先介绍一下需要采取的非常重要的行动，即定义时间过程组件，其工作方式是，在原始结果表（Excel 表）中，我们有样本标签列的第一个条目。
在本例中，它是第三天的培养站一、培养皿编号二。JMP 应该知道哪个是时间成分，第一个时间成分，即数字三。它使用分隔符来定义时间过程成分。分隔符，如此处所示，是分隔文本字符串的字符。在本例中，根据此命名约定，它是一个双倍空格。我想要显示为第一次的时间过程成分，即数字三。这是样品标签的第三个成分。我们可以在此处更新预览，看起来时间三将是第一个时间成分，样品标签就是那个。这与我在可选样品标签文件中定义的相同，它对应于批次记录位置，我希望在分析物趋势数据集中看到它。
一旦我们有了这个，JMP 导入就会显示仪表板。最好也在视频中展示这一点，一步一步来，这样看起来更有意义。我们打开第二个分析物趋势工作流程。正如我之前提到的，我们从样本标签传递信息，因为我创建了一个样本标签可选文件。
时间过程样本标签文件就在那里。JMP 立即识别并导入。这就是我使用双倍空格和数字 3 定义时间过程组件的方式，这表示时间以 3 开头，即第 3 天。现在出现了数据表和分析物趋势仪表板视图，其中显示了所有分析物。重要的是，这个分析物趋势显示了时间过程中所有事物的平均值。
我们有样本的所有日期都在这里定义。我们可以设置标准误差范围，我们还可以使用过滤器仅显示一个培养站，否则，趋势就不好了。此分析物趋势仅显示一种情况。所有分析物，我们可以在这里看到异常值。我们可以看到分析物的异常行为。我们可以选择分析物，只在自定义视图中显示一种。
我们还可以查看是否未测量值。如果需要，我们可以设置置信区间，也可以设置标准差。如果我们愿意，可以逐一检查不同的分析物。并将仪表板保存到数据表中。我们可以保存任意数量的修改后的仪表板，以便稍后导出。
这里有一个不寻常的事情。实际上，在这个数据集中发现了一个错误。我在下一张幻灯片中展示了条件趋势工作流程，该工作流程是从同一数据集（至少是第一个数据集）生成的。这里，我这次不显示视频，因为数据导入与上次相同。
正如我所提到的，这是培养基条件的 DOE。这是一个 AMBR15 小型生物反应器设置。这是我最喜欢的工作流程，即条件趋势工作流程，当我们选择一个分析物时，我们会在所有条件下进行整个时间过程。这里有一个带问号的生物反应器位置，它不在样本标签文件中。这是系统中的一个错误。在这种情况下，当检查数据表、时间过程组件和样本标签名称时，它没有被正确分离。这被确定为一个错误。
我们在这里可以看到特定日期的值缺失，例如这里和这里，第 11 天和第 6 天。我们还可以在数据表中看到缺失值。这意味着可以向 908 设备报告一个错误。调查仍在进行中。我发现这个时间过程条件趋势工作流程非常好而且非常有用，因为在这里我们可以看到不同的条件。不同的容器、不同的条件有多不平衡，因为它是一个具有任何条件的 DOE，我们不知道结果。介质不平衡。
氨基酸确实显示出不同的趋势。例如，这里的丙氨酸在特定日期后显示出细胞生长和死亡的完全不同的模式。它显示出真正不同的趋势，这对于我们完成研究时来说是非常非常有价值和重要的信息。此外，如果我们想逐日改变紧急喂养策略，REBEL 可以每天测量所有条件下的所有分析物，我们可以通过此工作流程快速看到这一点。
这也是条件趋势，但在上一项研究中，我想展示的是 mAb 产品的生命周期管理。我们想展示新培养基配方与原始培养基配方相比的表现如何。我们只是跟踪细胞生长和产品在这 14 天的时间过程中的生成情况。当然，我们跟踪了分析物趋势。生成了一个大型数据集，我创建了样本标签文件，这意味着在定义了时间过程组件后，与上次相同，然后以相同的名称添加了批次一致性位置，以使 JMP 能够识别批次一致性。
我给你看的是最后一个视频。这些是串联文件。JMP 可以可视化同一文件夹下的两个不同批次并将其导入到 JMP。这也是此添加工具的一个非常好的功能。可以同时打开同一研究的不同结果文件并串联数据。JMP 立即定义并读取样本标签文件。
这里的定义略有不同，因为第一个样本标签列也不同。我在这里将其标识为第零天。现在我们看到，默认情况下，所有条件下的所有分析物都会出现。这就是为什么我们需要在此处应用本地数据过滤器的原因。让我们以精氨酸为例，它在幻灯片上作为屏幕截图。我们可以清楚地看到介质的平衡程度，它已经定义了条件。至少对于这种分析物而言，两种不同介质类型之间的趋势是相同的。[听不清 00:22:57] 位置在这里完美无缺。在这种情况下没有错误。完成后，我们可以像以前一样保存仪表板。
当然，对于更高级的 JMP 用户，可以使用 Graph Builder 选项进一步自定义它。这就像您可以通过选择导出文件夹来导出它一样，它可以导出为图片文件，也可以导出到 Excel 中，即结果表。这里已经有很多导出了。
如果我们可以回过头来总结一下这个非常有用的工具。我们可以发现，只需点击几下鼠标，添加一些时间过程组件并识别一些组件，就可以将这些复杂的数据集可视化，这真的很容易。它对非高级 JMP 用户非常有用，因为我认为使用这个插件工具根本不需要 JMP 知识。它的好处很大，因为在很短的时间内，它可以非常快速地做出数据驱动的决策，这非常重要。
我收到 908 Devices 的通知，升级后的统计分析工具 2.6 版正在推出。这是改进后的版本。当不需要单独的样本标签文件时，它可以作为原始结果文件中的单独列，即样本标签文件，并且在定义时间过程和打开趋势工作流程时无需添加可选的样本标签 Excel 文件。
就这些了。希望你喜欢。非常感谢你的关注。
