908 Devices は、REBEL メディア アナライザーによってライン上で生成されるアミノ酸とビタミンの濃度を直接分析し、傾向を把握するのに役立つ JMP アドイン ツールをリリースしました。メディアの開発と調整では、さまざまなパラメータが時間の経過とともにテストされるため、多数のサンプルとデータが生成されます。REBEL アナライザーを JMP アドイン機能と組み合わせると、カスタマイズされたビューでデータ セットをすぐに視覚化できます。Alvotech は、JMP によってさまざまなメディア配合のさまざまなバイオリアクターの実行におけるアミノ酸レベルを迅速に比較し、プロセス理解を向上させる方法を示すケース スタディを紹介します。
複雑な実験設定では、REBEL を使用して 3 つの異なる希釈度でアミノ酸とビタミンの濃度を 2 回ずつ分析し、バッチ パフォーマンスを評価することにより、13 日間にわたる複数のバイオリアクター実行でさまざまな培地配合をテストしました。
21 種類のアミノ酸と 6 種類のビタミン レベルすべてに関するこの大規模なデータ セットの結果は、JMP を使用してシンプルな方法で視覚化されましたが、データを比較し、測定精度を判断するためのさまざまな設定も提供されました。
こんにちは、イルディコです。同僚のトーマスとともに、この会議に Alvotech Germany を代表して出席しています。私たちは 2 人とも Alvotech のプロセス イノベーション チームのメンバーで、主にメディア開発プロジェクトに取り組んでいます。私たちは JMP のアクティブ ユーザーで、さまざまな DOE、複雑な DOE を主に使用していますが、今回は REBEL ユーザー向けのデータ視覚化用の小型スマート ツールを紹介したいと思います。REBEL は、908 Devices 社が製造した広告ライン スペンド メディア アナライザー マシンです。昨年、同社はアミノ酸とビタミン濃度の直接分析と傾向分析を容易にする JMP アドイン ツールをリリースしました。
この測定とともに、非常に大規模なデータ セットが生成され、この JMP アドインを使用してカスタマイズされたビューですぐに視覚化できます。比較するワークフローを提示し、時間の経過に伴う傾向、さまざまな結果、さまざまな培地配合、さまざまなバイオリアクターの実行を示して、このスマート ランピング ツールによってプロセス理解がどのように向上し、日常業務にどのように役立つかを示します。
REBEL について少しお話します。REBEL とは何でしょうか? これは、キットで動作するキャピラリー電気泳動ベースの小型質量分析装置であるスペンド メディア分析装置で、1 つのサンプルで 33 種類の代謝物を約 7 ～ 10 分で分析する能力があり、非常に高速です。
先ほど申し上げたように、このプラットフォームはさまざまな目的で培地開発に使用しています。特定の大型培地の配合についてベンダーを比較しています。比較して、どのベンダーが最高のパフォーマンスを発揮するかを判断します。先ほど申し上げたように、当社は複雑な取引を行っており、さまざまな培地条件における分析物の傾向を追跡する必要があります。供給戦略を定義するために日々迅速な決定を下す必要があります。あるいは、これらの条件、つまり経時的な分析物の傾向を確認する必要があります。また、このツールは、ベンチスケールのバイオリアクター実行におけるさまざまな条件の比較にも使用します。たとえば、製品ライフサイクル管理が 1 つあり、新しい培地を実装したい場合、それを他の設定と比較します。
大規模なデータセットを生成する場合、JMP アドイン ツールを使用すると、非常に高速なデータ処理と視覚化が可能です。ただし、このツールは JMP 16 以降のバージョンでのみ機能することに注意してください。完全な設計と方法に戻ると、前述したように、このポスターでは 3 つのケース スタディを通じて 3 つの小さな比較ワークフローを紹介したいと思います。これらのワークフローがデータのインポートからカスタマイズされたダッシュボード ビューまでどのように表示されるかについて、短いデモ ビデオをいくつか紹介したいと思います。その後、必要に応じてさらに処理、保存、送信、エクスポートを行うことができます。準備されたデータ フィルターを使用した大規模なデータセットの分析には、わずか 1、2 分しかかかりません。これは、REBEL ユーザーにとって非常に便利なツールです。
仕組みは？まず、アドインのインストール後（これは非常に簡単です）、アドイン ファイルをインストールするだけです。Alvotech では、多くの制限がある GMP 検証済みの環境であるため、JMP のリモート バージョンを使用しています。アドインをインストールすると、3 つのワークフローが表示されます。サンプル比較ワークフロー、研究 1 で示したいもの、研究 2 の異常傾向と状態傾向の両方の経時的ワークフロー、そして忘れてしまいましたが、研究 3 もすぐに表示されます。
マシンが生成する結果ファイルは、バッチ実行シートに基づく REBEL バッチと呼ばれる CSV ファイルです。これは、サンプル ラベルが明確に定義されている場合のテンプレート、つまり Excel テンプレートです。結果シートが生成されると、JMP に直接インポートできます。オプションのファイル、いわゆるサンプル ラベル ファイルがあります。これは、サンプルをカスタム メタデータに関連付けるオプションがあるため非常に便利です。つまり、トレンド ワークフローでは重要であり、たとえば、バイオリアクター名をサンプル ラベル名に対応させて、どのバイオリアクターにどのような条件があるかを確認したい場合に役立ちます。JMP はこのサンプル ラベルとこれらのコンポーネントを認識します。これについては、後でデモ ビデオで紹介します。より明確になります。
最後に、結果が JMP にインポートされると、最初にデフォルトのレポート ダッシュボードが生成されます。これは後でデータ フィルターを使用してカスタマイズできます。これが REBEL のワークフローです。最初の比較ワークフローに進みます。このカスタマイズされたビューがどのように生成されたかをお見せしたいと思います。短いビデオでそれをお見せしたいと思います。まず、サンプルの比較ワークフローを開きます。このファイルがあるフォルダーを選択します。リモート JMP で作業しているため、これは私たちにとっては少し複雑です。
フォルダーを見つけます。フォルダーを選択すると、最初は空です。サンプル ラベル ファイルを選択して開く必要があります。行番号 1 から始まるヘッダーを調整します。これはインポートされたファイルで、JMP はそこからデータ テーブルを生成します。少し時間がかかります。直接、サンプル比較ダッシュボード ビューに移動します。ここでは、異なるメディアを使用したさまざまなバイオリアクターのすべての分析対象を確認できます。重複または 3 重の分析を行っているため、表には分析対象の平均値が表示されます。
フィルター パネルの左側で、サンプル ラベルを選択できます。この場合は、メディアの種類のみを表示したいためです。また、開くのに時間がかかります。これはメディア A の構成です。他のすべてのメディアは、次々に表示される必要があります。
他のワークフローははるかに高速です。どういうわけか、メディアの比較ワークフローは非常に遅いです。これらはメディアであり、異なるベンダーによって準備された同じメディアです。違いがわかります。また、分析物の濃度パターンを確認し、サンプルの希釈が適切かどうかを判断できます。また、コントロール パネルで信頼区間を選択できます。値の標準偏差を選択して、これらが定義済みの範囲内にあり、まだ受け入れられるかどうかを判断できます。
最終的なカスタマイズされたダッシュボードができたら、このダッシュボードを保存できます。保存後、データ テーブルをクリックするとダッシュボードが表示されます。はい。左上のコントロール パネルにあります。変更されたダッシュボードはそこにあるので、それをクリックすると再び表示されます。もちろん、次回再び表示されるようにするには、データ テーブルを保存する必要があります。
もちろん、データを任意の形式でエクスポートすることもできます。これが最初のワークフローです。他のワークフローは、メディア開発で最もよく使用する分析対象トレンド ワークフローと状態トレンド ワークフローです。分析対象トレンドに進むと、そのためのビデオもあります。しかし、その前に、実行する必要がある非常に重要なアクションについてここで説明したいと思います。タイム コース コンポーネントを定義します。これは、元の結果テーブル、Excel テーブルで、サンプル ラベル列の最初のエントリがある方法で機能します。
この場合、培養ステーション 1、容器番号 2、3 日目のものです。JMP は、どの時間コンポーネントが最初の時間コンポーネントであるかを認識している必要があります。最初の時間コンポーネントは 3 番です。JMP は区切り文字を使用して時間経過コンポーネントを定義します。区切り文字は、ここで示されているように、テキストの文字列を区切る文字です。この場合、この命名規則に基づいて 2 つのスペースです。最初の時間として表示したい時間経過コンポーネントは 3 番です。これはサンプル ラベルの 3 番目のコンポーネントです。ここでプレビューを更新すると、3 番目の時間が最初の時間コンポーネントになり、サンプル ラベルがその 1 つであることがわかります。これは、バッチ レコードの位置に対応するオプションのサンプル ラベル ファイルで定義したものと同じです。これは、分析対象物の傾向データ セットで表示したいものです。
これが完了すると、JMP インポートによってダッシュボードが表示されます。ビデオでもそれを示して、ステップごとに進めた方がわかりやすいでしょう。2 番目の分析項目トレンド ワークフローを開きます。前に述べたように、サンプル ラベルのオプション ファイルを作成したので、サンプル ラベルから情報を渡します。
タイム コースのサンプル ラベル ファイルはここにあります。JMP はすぐにそれを認識し、インポートします。これは、ダブル スペースと数字 3 を使用してタイム コース コンポーネントを定義する方法です。これは、時間が 3 から始まること、つまり 3 日目であることを示します。これで、データ テーブルが表示され、すべての分析対象を示す分析対象トレンド ダッシュボード ビューも表示されます。この分析対象トレンドは、タイム コースのすべての平均を示すということが重要です。
サンプルがあるすべての日がここで定義されます。標準誤差範囲を設定できます。また、フィルターを使用して 1 つの培養ステーションのみを表示することもできます。そうしないと、適切な傾向が得られません。この分析物の傾向は、1 つの条件のみを示しています。すべての分析物について、外れ値をここで確認できます。分析物の通常とは異なる動作を確認できます。カスタマイズされたビューで 1 つだけを表示するように分析物を選択できます。
値が測定されていないかどうかも確認できます。必要に応じて、信頼区間や標準偏差を入力できます。必要に応じて、さまざまな分析対象を 1 つずつチェックします。ダッシュボードをデータ テーブルに保存します。変更したダッシュボードをいくつでも保存して、後でエクスポートできます。
ここで、珍しいことがあります。実は、このデータ セットでバグが特定されました。次のスライドでは、同じデータ セット (少なくとも最初のデータ セット) から生成された状態傾向分析ワークフローでその様子を示しています。今回は、データのインポートが前回と同じであるため、ビデオは表示していません。
先ほど述べたように、これは培地条件の DOE です。これは AMBR15 小型バイオリアクター セットアップです。これは私のお気に入りのワークフロー、つまり条件トレンド ワークフローです。1 つの分析対象物を選択すると、すべての条件で時間経過全体にわたって変化します。ここには、疑問符が付いたバイオリアクターの位置がありますが、これはサンプル ラベル ファイルには存在しませんでした。これはシステムのバグです。この場合、データ テーブル、時間経過コンポーネント、およびサンプル ラベルの名前を確認すると、正しく分離されていませんでした。これはバグとして特定されました。
ここでは、特定の日に値が欠落していることがわかります。こことここ、11 日目と 6 日目などです。データ テーブルでも、値が欠落していることがわかります。これは、908 デバイスに報告できるバグを意味します。何が起こったのかを調査中です。この時間経過条件トレンド ワークフローが非常に優れていて、非常に便利だと思う理由は、ここでは、たとえばさまざまな条件を確認できるからです。さまざまな容器、さまざまな条件がどの程度不均衡であるかは、あらゆる種類の条件を含む DOE であるため、結果についてはまったくわかりません。メディアのバランスが取れていません。
アミノ酸は実にさまざまな傾向を示します。たとえば、アラニンは、特定の日を過ぎると細胞が成長し、死滅する様子がまったく異なるパターンで示されます。実にさまざまな傾向を示しており、これは研究を締めくくる上で私たちにとって非常に貴重で重要な情報です。また、緊急の給餌戦略を日ごとに変更したい場合、REBEL は毎日すべての条件ですべての分析対象物を測定でき、このワークフローでそれを非常に迅速に確認できます。
これは状態の傾向でもありますが、私が最後に紹介したいのは、mAb 製品のライフサイクル管理です。新しい培地配合が元の培地配合と比較してどのように機能するかを示したい場合です。この 14 日間の経過を通して、細胞の成長と生成された製品を追跡します。もちろん、分析対象物の傾向も追跡しました。大規模なデータ セットが生成され、サンプル ラベル ファイルを作成しました。これは、前回と同じ方法で経過コンポーネントを定義した後、バッチ アコードの位置が同じ名前で追加され、JMP がバッチ アコードを識別できるようにしたことを意味します。
最後のビデオをお見せします。これらは連結されたファイルです。同じフォルダにある 2 つの異なるバッチを JMP で視覚化し、JMP にインポートできます。これもこの追加ツールの非常に優れた機能です。同じ研究の異なる結果ファイルを同時に開くことができ、データが連結されます。サンプル ラベル ファイルは JMP によってすぐに定義され、読み込まれます。
ここでは定義が少し異なります。最初のサンプル ラベル列も異なるためです。ここでは 0 日目として識別します。デフォルトでは、すべての条件のすべての分析対象が表示されます。そのため、ここでローカル データ フィルターを適用する必要があります。スライドにスクリーンショットとして表示されているアルギニンを例に挙げてみましょう。メディアのバランスがどの程度か、すでに定義された条件がどの程度かがはっきりとわかります。少なくともこの分析対象については、2 つの異なるメディア タイプ間で傾向は同じです。[inaudible 00:22:57] の位置はここでは完璧です。この場合、バグはありません。完了したら、以前と同じようにダッシュボードを保存できます。
もちろん、より高度な JMP ユーザー向けに、グラフ ビルダー オプションを使用してさらにカスタマイズできます。これは、エクスポート フォルダーを選択してエクスポートする方法と似ており、画像ファイルとしてエクスポートすることも、結果テーブルを Excel にエクスポートすることもできます。ここにはすでに多くのエクスポートがあります。
振り返ってみると、これは本当に便利なツールです。これらの複雑なデータセットは、いくつかの時間経過コンポーネントを追加し、いくつかのコンポーネントを識別することで、ほんの数回のクリックで視覚化できます。これは非常に簡単です。このアドイン ツールを使用するのに JMP の知識はまったく必要ないと私は考えています。これは、上級 JMP ユーザー以外の人にとって非常に便利です。非常に短い時間枠で、非常に迅速にデータに基づく決定を下すことができるため、メリットは大きく、これは非常に重要です。
908 Devices から、アップグレードされた統計分析ツールのバージョン 2.6 がリリース中であるという通知を受けました。これは改良版です。分離されたサンプル ラベル ファイルが不要な場合は、元の結果ファイル (サンプル ラベル ファイル) 内の別の列として保存できます。時間経過を定義してトレンド ワークフローを開くときに、オプションのサンプル ラベル Excel ファイルを追加する必要はありません。
以上です。気に入っていただければ幸いです。ご清聴ありがとうございました。
