908 Devices hat ein JMP-Add-In-Tool veröffentlicht, das die direkte Analyse und Trendermittlung von Aminosäure- und Vitaminkonzentrationen ermöglicht, die vom REBEL-Medienanalysator direkt generiert werden. Bei der Medienentwicklung und -anpassung werden im Laufe der Zeit verschiedene Parameter getestet, was zu einer hohen Anzahl von Proben und generierten Daten führt. Der REBEL-Analysator ermöglicht in Kombination mit der JMP-Add-In-Funktion die sofortige Visualisierung von Datensätzen in einer benutzerdefinierten Ansicht. Alvotech präsentiert eine Fallstudie, die zeigt, wie JMP einen schnellen Vergleich von Aminosäurewerten in verschiedenen Bioreaktorläufen mit unterschiedlichen Medienformulierungen ermöglicht und so zu einem besseren Prozessverständnis führt.
In einem komplexen Versuchsaufbau wurden über 13 Tage hinweg in mehreren Bioreaktorläufen verschiedene Medienformulierungen getestet, indem die Aminosäuren- und Vitaminkonzentrationen mit REBEL in drei verschiedenen Verdünnungen in Duplikaten at-line analysiert wurden, um die Chargenleistung zu bewerten.
Die Ergebnisse dieses großen Datensatzes aller 21 Aminosäuren und sechs Vitaminwerte wurden mit JMP auf einfache Weise visualisiert und boten dennoch verschiedene Setups zum Vergleichen der Daten und Bestimmen der Messgenauigkeit.
Hallo, mein Name ist Ildiko. Ich vertrete Alvotech Deutschland bei diesem Treffen zusammen mit meinem Kollegen Thomas. Wir sind beide Mitglieder des Process Innovation Teams bei Alvotech und arbeiten hauptsächlich an Medienentwicklungsprojekten. Wir sind aktive JMP-Benutzer und verwenden hauptsächlich verschiedene DOEs, komplizierte DOEs, aber dieses Mal möchte ich ein kleines, intelligentes Tool zur Datenvisualisierung vorstellen, das für REBEL-Benutzer gedacht ist. REBEL ist ein Gerät zur Analyse von Werbeausgaben, das von der Firma 908 Devices hergestellt wurde. Letztes Jahr haben sie ein JMP-Add-In-Tool herausgebracht, das die direkte Analyse und Trendermittlung von Aminosäuren- und Vitaminkonzentrationen ermöglicht.
Zusammen mit dieser Messung werden wirklich große Datensätze generiert, die mit diesem JMP-Add-In sofort in einer benutzerdefinierten Ansicht visualisiert werden können. Wir möchten die Arbeitsabläufe zum Vergleichen vorstellen, um Trends im Zeitverlauf und verschiedene Ergebnisse, verschiedene Medienformulierungen und verschiedene Bioreaktorläufe anzuzeigen, um zu zeigen, wie dieses Smart Ramping-Tool zu einem verbesserten Prozessverständnis führen kann und wie uns dies bei unserer täglichen Arbeit helfen kann.
Ein paar Worte zum REBEL. Was ist REBEL? Es handelt sich um ein Analysegerät für verbrauchte Medien, ein kleines Massenspektrometrie-Instrument auf Kapillarelektrophorese-Basis, das mit Kits arbeitet und 33 verschiedene Metabolite in einer Probe analysieren kann. Das dauert ungefähr 7 bis 10 Minuten, ist also wirklich schnell.
Wir verwenden diese Plattform, wie ich bereits erwähnt habe, in der Medienentwicklung für verschiedene Zwecke. Wir vergleichen Anbieter bei der Formulierung eines bestimmten großen Mediums. Wir vergleichen sie und definieren, welcher Anbieter die beste Leistung oder das beste Medium erbringen könnte. Wie ich bereits erwähnt habe, machen wir komplexe Geschäfte und müssen die Analyttrends unter diesen verschiedenen Medienbedingungen verfolgen. Wir müssen Tag für Tag schnelle Entscheidungen treffen, um die Fütterungsstrategie zu definieren, oder wir müssen einfach diese Bedingungen sehen, den Analyttrend über einen Zeitverlauf. Wir verwenden dieses Tool auch, um verschiedene Bedingungen in Bioreaktorläufen im Labormaßstab zu vergleichen. Wenn es ein Produktlebenszyklusmanagement gibt und wir beispielsweise ein neues Medium implementieren möchten, vergleichen wir es mit dem anderen Setup.
Wenn wir große Datensätze generieren, haben wir dieses JMP-Add-In-Tool für eine wirklich schnelle Datenverarbeitung und -visualisierung. Ich möchte hier anmerken, dass es nur mit JMP 16 oder höheren Versionen funktioniert. Wenn Sie zum vollständigen Design und den Methoden zurückkehren, wie ich erwähnt habe, möchte ich auf diesem Poster anhand von drei Fallstudien drei kleine Vergleichsworkflows präsentieren. Ich möchte einige kurze Demovideos darüber zeigen, wie diese Workflows vom Datenimport bis zur benutzerdefinierten Dashboard-Ansicht angezeigt werden, die dann je nach Bedarf weiter verarbeitet, gespeichert, gesendet, exportiert usw. werden kann. Die Analyse dauert für große Datensätze mit den vorbereiteten Datenfiltern wirklich nur 1, 2 Minuten. Dies ist ein wirklich nützliches Tool für REBEL-Benutzer.
Wie funktioniert es? Zuerst müssen Sie nach der Installation des Add-Ins, was wirklich einfach ist, nur die Add-In-Datei installieren. Wir bei Alvotech haben eine Remote-Version von JMP, da dies eine GMP-validierte Umgebung mit so vielen Einschränkungen ist. Hier, nachdem das Add-In installiert ist, sehen wir hier die drei Workflows, den Probenvergleichs-Workflow, den ich in Studie eins zeigen möchte, und die beiden Zeitverlaufs-Workflows für Anomalietrends und Zustandstrends in Studie zwei, und ich habe vergessen … Hier, in Kürze Studie 3.
Die Ergebnisdateien, die die Maschine generiert, sind CSV-Dateien, die aus einem sogenannten REBEL-Batch stammen, der auf dem Batch-Laufblatt basiert. Dies ist eine Vorlage, eine Excel-Vorlage, wenn die Probenbeschriftungen gut definiert sind. Wenn das Ergebnisblatt generiert ist, kann es direkt in JMP importiert werden. Es gibt eine optionale Datei, die sogenannte Probenbeschriftungsdatei, die sehr nützlich ist, da sie die Option bietet, Proben mit benutzerdefinierten Metadaten zu korrelieren, was bedeutet, dass sie in den Trend-Workflows wichtig ist. Dann möchten wir beispielsweise einen Bioreaktornamen einem Probenbeschriftungsnamen zuordnen, um zu sehen, welche Bedingungen in welchem Bioreaktor vorliegen. JMP erkennt diese Probenbeschriftung und diese Komponenten. Ich werde das später in den Demovideos zeigen, dann wird es klarer.
Wenn die Ergebnisse schließlich in JMP importiert wurden, wird zunächst ein Standard-Berichts-Dashboard generiert, das später mit Datenfiltern angepasst werden kann. Dies ist der Workflow bei REBEL. Wir gehen zum ersten Vergleichs-Workflow. Ich möchte zeigen, wie diese angepasste Ansicht generiert wurde. Das möchte ich in einem kurzen Video zeigen. Zuerst öffnen wir den Beispiel-Vergleichs-Workflow. Wir wählen den Ordner aus, in dem sich diese Datei befindet, was für uns etwas kompliziert ist, da wir mit einem Remote-JMP arbeiten.
Wir finden den Ordner. Er ist zunächst leer, wenn wir den Ordner auswählen. Wir müssen die Probenetikettendatei auswählen und öffnen. Wir passen die Kopfzeile an, die mit der ersten Zeile beginnt. Dies ist die importierte Datei, aus der JMP eine Datentabelle generiert. Das dauert ein wenig. Direkt gehen wir zur Dashboard-Ansicht des Probenvergleichs. Hier können wir alle Analyten in verschiedenen Bioreaktoren mit unterschiedlichen Medien sehen. Die Tabelle zeigt die Mittelwerte der Analyten, da wir Duplikate oder Triplikationen durchführen.
Auf der linken Seite des Filterfelds können wir die Beispielbeschriftung auswählen, da in diesem Fall nur die Medientypen angezeigt werden sollen. Das Öffnen dauert auch einige Zeit. Dies ist die Zusammensetzung von Medium A. Alle anderen Medien sollten nacheinander angezeigt werden.
Andere Arbeitsabläufe sind viel schneller. Der Medienvergleichs-Arbeitsablauf ist irgendwie wirklich sehr, sehr langsam. Dies sind Medien, dieselben Medien, die von verschiedenen Anbietern hergestellt wurden. Sie können die Unterschiede sehen. Außerdem können wir das Konzentrationsmuster der Analyten sehen und entscheiden, ob die Verdünnungen der Proben gut waren oder nicht. Außerdem können wir im Bedienfeld Konfidenzintervalle auswählen. Wir können die Standardabweichung für die Werte auswählen, um herauszufinden, ob diese in dem definierten Bereich liegen, den wir noch akzeptieren würden.
Sobald wir das endgültige angepasste Dashboard haben, können wir dieses Dashboard speichern. Nach dem Speichern sollte es erscheinen, wenn wir auf die Datentabelle klicken. Ja. Es befindet sich in der Systemsteuerung oben links. Das geänderte Dashboard, das sich dort befindet, klicken wir einfach darauf und es wird erneut angezeigt. Natürlich müssen wir die Datentabelle speichern, damit sie beim nächsten Mal erneut angezeigt wird.
Wir können die Daten natürlich auch in jedes beliebige Format exportieren. Dies war der erste Workflow. Die anderen Workflows, die wir bei der Medienentwicklung am häufigsten verwenden, sind der Analyt-Trending-Workflow und der Condition-Trending-Workflow. Wenn Sie zum Analyt-Trending gehen, habe ich auch ein Video dazu. Aber bevor ich das erzähle, möchte ich hier über die sehr wichtige Aktion sprechen, die ausgeführt werden muss, nämlich die Zeitverlaufskomponente zu definieren, die so funktioniert, dass wir in der ursprünglichen Ergebnistabelle, der Excel-Tabelle, den ersten Eintrag der Spalte mit der Probenbezeichnung haben.
In diesem Fall ist es die Kulturstation eins, Gefäß Nummer zwei am Tag drei. JMP sollte wissen, welche die Zeitkomponente ist, die erste Zeitkomponente, die Nummer drei. Es arbeitet mit Trennzeichen, um die Zeitverlaufskomponente zu definieren. Das Trennzeichen, wie es hier oben angezeigt wird, ist das Zeichen, das die Zeichenfolge vom Text trennt. In diesem Fall ist es basierend auf dieser Namenskonvention ein doppeltes Leerzeichen. Die Zeitverlaufskomponente möchte ich als erste Zeit anzeigen, das ist die Nummer drei. Dies ist die dritte Komponente des Probenetiketts. Wir können die Vorschau hier einfach aktualisieren, und es scheint, dass Zeit drei die erste Zeitkomponente sein wird, und das Probenetikett ist diese. Das ist dasselbe, was ich in der optionalen Probenetikettendatei definiert habe, die der Batch-Datensatzposition entspricht, was ich im Analyttrenddatensatz sehen möchte.
Sobald wir das haben, zeigt der JMP-Import das Dashboard. Es ist besser, das auch im Video zu zeigen, Schritt für Schritt vorzugehen, das macht mehr Sinn. Wir öffnen den zweiten Analyte-Trending-Workflow. Wir übergeben die Informationen von einem Probenetikett, wie ich bereits erwähnt habe, da ich eine optionale Probenetikettendatei erstellt habe.
Die Zeitverlaufs-Beispielbeschriftungsdatei ist vorhanden. JMP erkennt sie sofort und importiert sie. So definiere ich die Zeitverlaufskomponente mit dem doppelten Leerzeichen und der Zahl 3, die zeigt, dass die Zeit mit 3 beginnt, also Tag 3. Jetzt wird die Datentabelle angezeigt und auch die Dashboard-Ansicht des Analytentrends, in der alle Analyten angezeigt werden. Es ist wichtig zu sagen, dass dieser Analytentrend den Mittelwert von allem in einem Zeitverlauf zeigt.
Alle Tage, an denen wir Proben haben, werden hier definiert. Wir können den Standardfehlerbereich festlegen und die Filter so einstellen, dass nur eine Kulturstation angezeigt wird, da es sonst nicht der richtige Trend ist. Dieser Analyttrend zeigt nur eine Bedingung. Alle Analyten, wir können hier die Ausreißer sehen. Wir können das nicht übliche Verhalten eines Analyten sehen. Wir können Analyten auswählen und nur einen in einer benutzerdefinierten Ansicht anzeigen.
Wir können auch sehen, ob Werte nicht gemessen wurden. Wir können die Konfidenzintervalle und die Standardabweichungen angeben, wenn wir das brauchen. Wenn wir das möchten, können wir die verschiedenen Analyten einzeln überprüfen. Und wir können das Dashboard in der Datentabelle speichern. Wir können eine beliebige Anzahl geänderter Dashboards speichern, die wir später exportieren möchten.
Hier gibt es etwas Ungewöhnliches. Tatsächlich wurde in diesem Datensatz ein Fehler festgestellt. Ich zeige das auf der nächsten Folie mit dem Condition-Trending-Workflow, der aus demselben Datensatz generiert wird, zumindest aus dem ersten. Hier zeige ich das Video dieses Mal nicht, da der Datenimport derselbe wäre wie beim letzten Mal.
Wie ich bereits erwähnt habe, handelt es sich hier um ein DOE für Medienbedingungen. Es handelt sich um einen kleinen AMBR15-Bioreaktoraufbau. Dies ist mein bevorzugter Workflow, der Workflow zur Zustandstrendanalyse, bei dem wir einen Analyten im Zeitverlauf unter allen vorhandenen Bedingungen auswählen. Hier gibt es diese Bioreaktorposition mit Fragezeichen, die nicht in der Probenetikettendatei enthalten war. Dies ist ein Fehler im System. In diesem Fall wurden beim Überprüfen der Datentabelle die Zeitverlaufskomponenten und der Name des Probenetiketts nicht richtig getrennt. Dies wurde als Fehler identifiziert.
Wir können hier sehen, dass an bestimmten Tagen Werte fehlen, wie hier und hier, Tag 11 und Tag 6. Wir können auch sehen, dass in der Datentabelle Werte fehlen. Das bedeutet einen Fehler, der an die 908 Geräte gemeldet werden kann. Es wird noch untersucht, was passiert ist. Der Grund, warum ich diesen Workflow für den Trend der Zeitverlaufsbedingungen so gut und nützlich finde, ist, dass wir hier zum Beispiel unterschiedliche Bedingungen sehen können. Wie unausgeglichen sind die unterschiedlichen Gefäße, die unterschiedlichen Bedingungen, denn es ist ein DOE mit allen möglichen Bedingungen, und wir haben keine Ahnung vom Ergebnis. Die Medien sind nicht ausgewogen.
Aminosäuren zeigen wirklich unterschiedliche Trends. Das Alanin hier beispielsweise zeigt ein völlig anderes Muster darin, wie die Zellen nach einem bestimmten Tag wachsen und sterben. Es zeigt wirklich unterschiedliche Trends, was für uns beim Abschluss der Studie sehr, sehr wertvolle und wichtige Informationen sind. Wenn wir außerdem Tag für Tag eine Notfallfütterungsstrategie ändern möchten, kann der REBEL jeden Tag alle Analyten unter allen Bedingungen messen, und das können wir mit diesem Arbeitsablauf wirklich schnell erkennen.
Dies ist auch der Zustandstrend, aber in der letzten Studie, die ich zeigen möchte, handelt es sich um das Lebenszyklusmanagement eines mAb-Produkts. Wir möchten zeigen, wie sich eine neue Medienformulierung im Vergleich zur ursprünglichen Medienformulierung verhält. Wir verfolgen einfach das Zellwachstum und das im Verlauf dieses 14-tägigen Zeitraums produzierte Produkt. Natürlich verfolgten wir die Analyttrends. Es wurde ein großer Datensatz generiert, und ich erstellte die Probenetikettendatei. Das bedeutet, dass nach der Definition der Zeitverlaufskomponente auf dieselbe Weise wie beim letzten Mal die Batch-Übereinstimmungspositionen mit demselben Namen hinzugefügt wurden, damit JMP die Batch-Übereinstimmungen identifizieren kann.
Ich zeige Ihnen dieses letzte Video. Dies sind verknüpfte Dateien. Zwei verschiedene Stapel im selben Ordner können von JMP visualisiert und in JMP importiert werden. Dies ist auch eine wirklich gute Funktion dieses Additionstools. Dass verschiedene Ergebnisdateien für dieselbe Studie gleichzeitig geöffnet und Daten verknüpft werden können. Die Beispieletikettendatei wird von JMP definiert und sofort gelesen.
Hier ist die Definition ein wenig anders, da auch die erste Spalte mit der Probenbezeichnung anders ist. Ich identifiziere sie hier als Tag Null. Jetzt sehen wir, dass standardmäßig alle Analyten unter allen Bedingungen angezeigt werden. Deshalb müssen wir hier den lokalen Datenfilter anwenden. Sehen wir uns beispielsweise Arginin an, das auf der Folie als Screenshot zu sehen ist. Wir können deutlich sehen, wie ausgewogen das Medium ist, es ist bereits ein definierter Zustand. Der Trend ist zwischen zwei verschiedenen Medientypen derselbe, zumindest für diesen Analyten. Die [unverständlich 00:22:57]-Positionen sind hier perfekt. In diesem Fall kein Fehler. Sobald dies erledigt ist, können wir das Dashboard wie zuvor speichern.
Natürlich kann es mit den Graph Builder-Optionen für fortgeschrittenere JMP-Benutzer weiter angepasst werden. So können Sie es exportieren, indem Sie einen Exportordner auswählen. Es kann als Bilddatei exportiert oder in die Ergebnistabelle in Excel exportiert werden. Es gibt hier bereits viele Exporte.
Wenn wir zurückgehen und dieses wirklich nützliche Tool abschließen können, können wir sagen, dass diese komplexen Datensätze wirklich mit wenigen Klicks visualisiert werden können, indem einige Zeitverlaufskomponenten und die Identifizierung einiger Komponenten hinzugefügt werden, was wirklich einfach ist. Es ist wirklich nützlich für nicht fortgeschrittene JMP-Benutzer, da ich nicht glaube, dass JMP-Kenntnisse überhaupt erforderlich sind, um dieses Zusatztool zu verwenden. Der Nutzen ist groß, da es in einem sehr kurzen Zeitrahmen wirklich sehr, sehr schnelle datengesteuerte Entscheidungen ermöglicht, was wirklich wichtig ist.
Ich habe eine Benachrichtigung von 908 Devices erhalten, dass das aktualisierte statistische Analysetool, Version 2.6, eingeführt wird. Dies ist die verbesserte Version. Wenn die separate Probenbeschriftungsdatei nicht benötigt wird, kann sie als separate Spalte in der ursprünglichen Ergebnisdatei, die die Probenbeschriftungsdatei ist, vorhanden sein. Beim Definieren des Zeitverlaufs und Öffnen der Trend-Workflows muss keine optionale Excel-Datei mit Probenbeschriftung hinzugefügt werden.
Das ist alles. Ich hoffe, es gefällt Ihnen. Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit.
