Bonjour. Mon nom est Marie Gérus-Durand, et Je suis fonctionnement pour C Recherche sur l'herbe Montpellier. Aujourd'hui, I volonté montrer toi comment nous ensemble en haut automation de immunohistochimie données analyse pour protocole validation dans Montpellier en utilisant JMP et c'est outils comme tableau de bord et complément fonctions.
D'abord, quelques mots à propos Cerba Recherche, c'est a mondial entreprise avec capacités dans tous le continents. Ici I mis en évidence dans jaune le département Je suis fonctionnement pour. C'est a Histopathologie EHC Département. Comme toi peut voir, Je suis basé dans Montpellier dans France. W e ont aussi autre laboratoires dans NOUS, dans Nouveau York, et dans Taïwan dans Taipei.
D'abord de tous, quoi est immunohisto chimie? Le but de le technique est à détecter cible les protéines principalement sur a tissu échantillon. Ici toi avoir a tranche de a tissu, pour exemple, quand toi faire a biopsie. Nous volonté regarder à le cibles de intérêt en utilisant des anticorps, lequel volonté détecter le cible. Ce anticorps est reconnu par un autre un lequel est combiné avec chromique fluoroforme ou actif composants que permettre le détection de le cible. Ici toi voir, pour exemple, ces trois composants sont mis en évidence, signification que anticorps lier il et nous peut détecter il. Après le expérience, nous peut peut regarder à le diapositives sous microscope ou en utilisant a scanner, lequel permettre visualisation et analyse de le résultats.
Sur le suivant glisser, I juste zoom dans donc toi peut voir mieux quoi il apparence comme. Ici c'est a peau échantillon et toi avoir a cellule nucléaire dans bleu et le cible de intérêt dans rouge. Un de les défis dans immunohisto chimie et histopathologie est que toi avoir beaucoup possible protocoles, colorations. Ici sur le gauche, c'est deux différent histologique colorations. Il n'a pas impliquer anticorps comme I montrer toi, mais il juste réactif avec le différent composants de le tissus. Toi voir ici pour le POUR BOUGER, nous avoir cinq couleurs. Pour le IL, nous avoir seulement un couleur, mais le intensité dépend sur le taper de structure toi sont regarder à dans le tissu.
Sur le droite, toi avoir deux immunohistochimie protocole. Un simplexe, nous appelé il, parce que nous détecter seulement un cible, et c'est a chromogène ici. C'est dans brun. Sur le haut droite, toi avoir a multiplex. H aussi nous détecter beaucoup composants. Ici c'est a quadruplex, quatre cibles sur le même glisser, et chaque est révélé par différent couler de travail. Toi avoir différent couleur pour chaque de le cibles.
Parmi de ces coloration détection possibilités, alors toi avoir a multitude de possible analyse méthode. Le diapositives peut être analysé par a pathologiste, lequel volonté donner nous qualitatif ou semi- quantitatif données, ou par image analyse, lequel volonté donner nous quantitatif données. Un autre couche de que est que toi peut avoir à signaler paramètres lequel sont célibataire. Pour exemple, si toi avoir a simplex, toi détecter le cibles, seulement un cible, et toi évaluer seulement un paramètre comme pourcentage de positif cellules, pour exemple, ou toi peut avoir beaucoup. Pour un cible, toi peut avoir le pourcentage de positif cellules et a spécifique histologie score. Ou si toi avoir a multiplex, alors toi peut multiplier ce pour tous cibles dans le multiplex. Chaque rapport niveau paramètre est cible- dépendant. Toi peut imaginer que nous avoir a parcelle de combinaison que nous peut avoir à accéder pendant notre validations.
Dans Cerba Research M éplucheur, dans 2022, nous avoir a petit partie, comme 20 % de notre projet en rapport à animaux. Nous sont étudier animal échantillons. Le autre projets étaient sur humain échantillons. Parmi ce, la plupart de ils sont quatre clinique essais de le projet. C'est a très [inaudible 00:04:56] . W e avoir quelques autres que sont dehors clinique essais, a quart de eux, et a petit partie, 3 % que sont CAPUCHON conforme. CAPUCHON est a spécifique règlement pour NOUS. C'est à savoir que avant être utilisé dans a clinique procès, nous devrait démontrer que notre protocole que nous développé dans Montpellier montrer cohérence dans résultats pour section de le même échantillon. Si nous analyser le échantillon à différent tapez des points, pour exemple, le échantillons de patients impliqué dans le étude, le d'abord année devrait être le même que dans le cinq années après.
Sur le différent automates, nous avoir à nos différents sites, et quand le échantillons sont analysé par différent opérateurs ou pathologistes. Ce s'applique a rigoureux validation selon à le santé agence, et ce validation est principalement basé sur statistique critère.
Le implication pour le entreprise est que nous besoin à augmenter le équipe membres à soutien le croissant nombre de projets nous avoir chaque année, et nous besoin a normale genre statistique analyse pipeline à être bien sûr que nous volonté donner tous notre clients le même taper de résultats. Évidemment, nous besoin statistique analyse outil, et c'est quand nous choisir JMP à soutien notre validation de le protocole.
Aujourd'hui, I volonté montrer toi seulement a partie de quoi nous sont faire parce que I ne le faites pas avoir temps à montrer toi tout. I choisi a assez simple exemple. C'est une sorte de expérience nous faire à valider le précision de le protocole, signification que nous vérifier le intra-course , lequel est appelé répétabilité précision sur trois diapositives. Ici sont le trois ceux mis en évidence dans violet dans le même faire du vélo. Le trois diapositives I courir à le même temps, ils viens depuis le même échantillon, et nous juste vérifier que nous avoir le même données. Le entre les courses, reproductibilité, test sur deux diapositives mis en évidence dans bleu dans chaque faire du vélo. Dans total, nous avoir six diapositives sur trois cycles.
Pour à signaler paramètres, I volonté utiliser un image analyse ensemble de données, lequel est quantitatif données et généralement Plus facile à analyser. Nous volonté avoir deux à signaler paramètres pour un cible.
Comment faire toi commencer? D'abord, nous besoin à importer le données. I ne le faites pas savoir si toi sont familier avec que. Mais dans notre cas, nous avoir données soit depuis Mot documents, donc nous utiliser le Mot Importer Outil disponible sur JMP communauté site web . I mettre le lien ici donc toi peut aller et trouver il encore. Ou nous importer données depuis Exceller soit directement par ouverture le déposer dans JMP ou par en utilisant le JMP outil dans Exceller.
Pour ce présentation, juste à être plus rapide, I créer quelques scénario à aide moi à se concentrer sur le tableau de bord création après que, lequel volonté prendre plus temps. Mais ce est juste quelques scénario et juste à être plus rapide, mais I volonté pas développer dans il alors. Ici I volonté ouvrir a données tableau depuis Projet X ici. Comme toi peut voir, c'est a assez simple tableau. I avoir quatre colonnes avec le validation, le glisser IDENTIFIANT, lequel sont interne glisser Nombres, et le ensemble de données pour mon deux à signaler paramètres. Ce données continue parce que ils viens depuis image analyse.
Une fois I avoir ce, I volonté besoin à préparer mon données. C'est a la plupart temps consommant partie de analyse données. Encore, c'est pourquoi I avoir a scénario. Toi voir le cinq colonnes où I a fait. Le échantillon à être capable à corrélatif chaque données à le même échantillon, lequel est a partie de le glisser IDENTIFIANT nous avoir intérieurement. I juste obtenir a formule ici à aide moi à faire que. Le glisser nombre, lequel sont le dernier chiffres de le glisser IDENTIFIANT, et le glisser commande, le 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 pour chaque échantillon. Merci à ce glisser commande, I serait dire, I mettre en œuvre le répétiteur. Le trois d'abord diapositives lequel étaient rester dans le même faire du vélo pour répétiteur, et deux d'abord diapositives de chaque faire du vélo pour reproductivité test.
Ici I avoir tous le information nécessaire à faire mon analyse. I aller dos à mon journal, et nous volonté vouloir à faire le tableau de bord question. I toujours avoir quelques mesures à faire avant que parce que I serait comme à avoir tous le analyse I vouloir à mettre dans le tableau de bord. Ici sont le deux petit tableau toi voir où nous sont requis à analyser le CV de notre protocole pour chaque échantillon pour répétabilité. I choisi seulement le trois d'abord diapositives merci à le locale données filtre. Le même pour reproductibilité, où toi voir I avoir le diapositives depuis le reproductibilité colonne.
Ici sont le données que I besoin. Ce données I mis à jour eux dans ici. Toi voir I avoir beaucoup plus colonnes maintenant. C'est Plus facile à trouver le nom ici. I avoir le échantillon CV pour répétabilité, pour à signaler paramètre 1 et 2, et alors le même pour reproductibilité pour le deux paramètres, et alors I faire le signifier de les deux échantillons pour chaque de ces colonnes. Ici, tous le données I volonté besoin à mettre en œuvre dans mon tableau de bord. I peut croix ce tableau. I ne le faites pas besoin eux plus.
I volonté maintenant faire le graphiques et tables que volonté vraiment ajuster dans le tableau de bord. Encore, quoi I vouloir à montrer à le client est le distribution de le données pour répétabilité. I mettre comme Bien le standard déviation et le signifier. Généralement, c'est joli bien ici et pour reproductibilité où I avoir tous mon six diapositives. Alors I serait mettre a tableau avec a CV pour chaque échantillon pour répétabilité et le reproductibilité sur le gauche pour le d'abord paramètre et sur le droite pour le deuxième un. Le même contour pour le signifier de le deux échantillons.
Ces sont le quatre partie I vouloir à montrer sur mon tableau de bord. I volonté montrer toi comment il apparence comme. I vouloir à obtenir quelque chose comme que. Ce est souvent I a fait que I peut montrer il, le deux graphiques et le deux tableau. C'est quoi I serait montrer toi comment à faire maintenant. Toi voir que tous le graphiques sont à le même données tableau, Désolé, et c'est beaucoup Plus facile à faire le tableau de bord après. I enregistré comme Bien tous le scripts donc I peut refaire eux chaque fois que I vouloir. I volonté créer a nouveau déposer, nouveau tableau de bord. Toi avoir beaucoup modèles. Je généralement commencer depuis vide et juste toi avoir à mettre dans quoi toi vouloir à voir. Parfois c'est a peu difficile parce que c'est petit, mais nous toujours gérer à trouver notre chemin.
Mon tableau à le bas, toi juste baisse eux où toi vouloir à avoir eux. C'est joli simple. Toi peut changement le noms de chacun partie, donc I volonté pas faire il juste. Mais toi peut voir que toi peut modifier tous le parties. Toi peut courir ton scénario et alors donner toi le tableau de bord. C'est joli similaire à quoi I a montré toi avant. I avoir mon deux tables à le bas et mon deux graphiques à le haut ici. I avoir inversé le deux, donc I généralement préférer à commencer avec répéter que. I volonté juste changer eux. Si I mettre il où quelque chose était déjà, ils juste changer.
Ici nous sont. Ce est le mise en page I vouloir, donc c'est bien. Après, toi peut jouer à voir mieux, plus ou moins, de le tableau, et etc. Mais ce est juste pour visuel [inaudible 00:15:00] processus. Alors, d'accord, maintenant nous avoir tableau de bord, mais il serait être plus intéressé si nous peut directement aller pour le tableau de bord quand toi avoir tous ton données toi vouloir sur le tableau de bord et cliquez et toi avoir a tableau de bord. Pour que, nous juste besoin à faire un ajouter- dans. C'est assez simple. Merci à le magie triangle, I appel il, le rouge triangle ici. Toi cliquez Sauvegarder Scénario et juste À Add-I n. Alors il volonté créer a scénario que volonté faire le même tableau de bord encore.
Allons-y aller dos à le données tableau. I volonté fermer ce un. Toi sont bien sûr que le un que toi volonté voir est pas ça un. Désolé, I ne devrait pas avoir fermé il avant faire le tableau de bord. I volonté juste utiliser ce à être plus rapide et pas à créer il encore. Ici, si toi cliquez sur le rouge, Sauvegarder Scénario, À Ajouter -Dans. Alors ce est le nom toi volonté avoir dans le ajouter- dans liste, mais c'est à gérer ton ajouter- dans, I serait dire, mais c'est pas le un que volonté chiffre dehors dans le complément languette dans JMP. Le nom que tu es dans le complément languette est ce un. Pour aujourd'hui, I serait juste appel il Test donc I savoir lequel un est ce. Sauvegarder. Toi voir ici, toi avoir tous le scénario utilisé par JMP à faire ce tableau de bord, et I volonté sauvegarder il dans notre Projet X. Ici toi voir il prendre le nom sur le d'abord languette Tableau de bord seulement.
I sauvegarder il. Ici I avoir ce les deux cocher Installer après sauvegarder, donc il était déjà mettre dans mon complément liste. Si le boîte était pas coché, alors toi avoir juste à aller à le emplacement. Toi sauvegarder ton déposer et cliquez sur il et c'est installé. Maintenant I peut fermer ce tableau de bord .
I avoir créé mon complément déjà. Maintenant, comment à utiliser il? I juste est allé a peu plus rapide. Si toi ouvrir il, il installe. Comme I avoir il déjà, I volonté pas commencer il. C'est juste sous il. Si toi aller à Voir, Compléments, Désolé, Tableau de bord, et Se désinscrire, c'est pas effacé. I volonté trouver il encore quand I aller à mon projet. Ici toi voir I avoir il. Si I double -clic, il demander moi si I vouloir à installer il. Bien sûr, I vouloir à installer il. C'est dos ici encore. Toi peut partager il. Toi juste avoir à copie le même déposer I cliqué sur et coller il dans a commun dossier ou envoyer il à a JMP utilisateur collègue. Toi peut modifier il. Pour ce toi avoir à aller dans Ouvrir. Encore, ce est le tableau de bord mais alors le noir cliquez ce temps, juste aller sur le flèche ici à ouvrir et Ouvrir en utilisant Module complémentaire Constructeur.
Ici toi aller dos à le d'abord temps fenêtre où toi avoir ton scénario ici, et toi peut soit modifier le scénario ou mettre autre fonctions que I ne le faites pas vraiment utiliser, à être honnête. Mais toi avoir beaucoup fonctions. Je suis bien sûr toi volonté trouver plus information sur JMP site web à propos que. Ce, pour exemple, volonté permettre toi à mettre tous le préparation étape dans le même complément. Quand toi courir, tout est fait à le même temps. Ce est il.
Dans conclusion, en utilisant ce tableau de bord et complément fonctions permettre nous à avoir rapports cohérence parce que nous avoir toujours le même ensemble en haut de résultats à envoyer à le clients. Nous augmenter le traçabilité. Merci comme Bien pour le utiliser de le scripts parce que nous sont bien sûr que nous sont tous faire le même. I c'est a super temps épargnant parce que comme toi dire, I juste avoir à cliquez sur un bouton et I avoir mon tableau de bord. Si toi combiner ce avec a chronométrage de précision. Tous le données préparation, alors toi avoir ton tableau, toi cliquez sur un bouton, et toi avoir tout fait. C'est a super temps épargnant.
C'est tous I recherché à montrer toi aujourd'hui. I espoir toi apprécier il. Si toi avoir n'importe lequel question, ne le faites pas hésiter à atteindre dehors à moi soit par e-mail- toi avoir le e-mail sur le d'abord glisser ici- ou à travers le JMP communauté. Remercier toi.
