Bonjour.
Mon nom est Jennifer Barbillon, et Je suis a recherche scientifique
à le National Instituts de Santé Clinique Centre.
Je suis en allant à parler à toi aujourd'hui
à propos comment I utiliser JMP à manipuler recherche clinique médicament données
et comment I était capable à créer un publication qualité chiffre
à montrer comment le patient médicaments étaient utilisé
à travers le cours de a traitement protocole à le Clinique Centre.
Clinique données,
en particulier dans a recherche paramètre, peut être extrêmement bruyant.
Là sont a parcelle de personnel et personnel OMS sont impliqué dans recherche protocoles,
et le collection et stockage de pertinent recherche données
est pas toujours rationalisé.
I volonté parler à toi à propos comment I utiliser le JMP Générateur de graphiques outil
à visualiser patient médicament ordonnances
à travers le cours de a six- mois traitement protocole
et comment nous étaient capable à visualiser quoi est appelé a Shannon Diversité Indice
avec relation à le antibiotique utiliser
que étaient prescrit dans le patient [inaudible 00:00:55]
dans le clinique recherche paramètre.
I volonté aller à travers comment I créé le illustration dans JMP
en utilisant quatre patients avec a très rare maladie
que étaient inscrit dans le traitement protocole.
Comme partie de le traitement régime de ce protocole,
le quatre patients étaient prescrit a gamme de antibiotiques,
totalisant en haut à 21 différent types de médicaments.
Le données étaient fourni à moi dans a long format,
y compris a commencer et arrêt date de médicament administration.
Comme toi peut voir ici, I zoomé dans le d'abord chiffre de le affiche.
Quoi étaient regarder à ici est a instantané
de quoi quelques de le recherche données regarder comme.
Dans le long format,
toi voir que là sont répétitif rangées de le patient IDENTIFIANT
et là sont répétitif rangées de le différent médicaments
que le patient reçu pendant le traitement protocole.
Il y a a parcelle de redondance ici.
Dans ajout à que, nous avoir a commencer de médicament date
et a arrêt de médicament date que chaque personne reçu.
Un de le d'abord mesures I avait à prendre dans le JMP données manipulation outils
était à modifier le médicament nom donc que il a fait pas avoir donc beaucoup mots
dans le médicament nom
et aussi a fait pas inclure le dosage information
donc que nous pourrait utiliser ce
comme un de le axes de le graphique que Je suis en allant à faire.
Dans ajout à que, I avait à vérifier le date de patient consentement
dans le traitement programme
et à voir si le commencer et arrêt date de que personne médicament administration
est tombé dans le traitement protocole.
Depuis que indiquer alors, I avait à normaliser chaque personne médicament commencer et arrêt
donc que tout le monde avait a jour un et il serait tous correspondait
à le certain indiquer de le traitement protocole.
Tous de ce information volonté être utilisé à créer le chiffre que I volonté montrer
à le fin de ce.
Une fois I était capable à modifier le médicament nom
et créer le normalisé médicament commencer et arrêt,
I volonté alors utiliser le Générateur de graphiques outil.
I aussi recherché à parler à propos un autre aspect
de ce particulier recherche protocole,
et que est le fait que nous recherché à regarder
à le oral microbiome de le patients dans le traitement programme.
Quoi ce moyens est que
nous a pris échantillons de chaque du patient oral langue brossages
et alors converti ceux dans spécifique compte de bactéries
que étaient trouvé dans leur bouche.
Quoi nous terminé en haut vouloir à faire était à regarder à comment le antibiotique traitement
à travers le traitement protocole pourrait avoir affecté le oral microbiome.
Comme nous savoir,
antibiotiques peut drastiquement changement ton intestin microbiome
et peut cause augmente et diminue
de différent microbien diversité dans le intestin.
Mais un question que a pas a été élucidé
est si ou pas antibiotique utiliser serait aussi affecter le oral microbiome.
Quoi Je suis montrant ici est que
nous avoir construit a ensemble de scripts dans le JMP
où nous installer que sur le barre d'outils.
Nous avoir a spécifique ensemble de scripts que serait calculer le Shannon Diversité
de le bactérien compte dans le tableau
associé avec le médicaments de quoi I juste a montré sur le précédent glisser.
Dos à le médicament tableau,
le d'abord étape que I a pris était à ouvrir en haut le JMP Générateur de graphiques outil.
Le d'abord chose que I a fait était à traîner et baisse
le médicament commencer et arrêt date dans le X- axe comme montré ici.
Alors I serait aller à le bar graphique outil
et cliquez que à faire le données dans a bar graphique.
Le troisième étape était à traîner et baisse
le réel antibiotique raccourci médecine nom
dans le ET- axe.
Et alors enfin, dans commande à créer le graphique donc que I pourrait visualiser
le longitudinal durée de médicament administration,
I modifié le bar taper dans action.
Enfin, comme I parlé à toi plus tôt à propos le chemin
dans lequel nous étaient capable à code le traitement temps de le protocole
basé sur le médicament commencer et arrêt,
nous aussi étaient capable à stratifier le antibiotique utiliser
dans ce différent temps indiquer de le traitement protocole comme ici.
Maintenant, tous de ces,
si toi sont familier avec le JMP Générateur de graphiques outil,
est super façons que il y a donc beaucoup différent possibilités
sur comment toi peut manipuler données à obtenir a particulier graphique que toi vouloir.
Et enfin, un dernier chose nous a fait était nous a pris le patient IDENTIFIANT
que était dans le médicament tableau
et coloré chaque bar sur le graphique par patient.
Le final chiffre apparence comme ce.
Donc quoi toi voir ici est tous de le différent antibiotiques
que étaient prescrit dans le traitement protocole.
Toi aussi voir temps indiquer B,
lequel est le temps indiquer entre ligne de base et le traitement de le protocole,
et point dans le temps C, lequel est le intervention indiquer
départ à temps indiquer C, et alors le fin de le traitement protocole.
Quoi toi voir ici est a longitudinal bar
indiquant le montant de temps a personne était sur a donné antibiotique.
Et alors toi aussi voir chaque de ces différent barres
stratifié par patient couleur.
Ce particulier chiffre a fait fin en haut en allant dans le publication,
et il était a autre chemin à regarder à a grand tableau de médicaments
téléchargé depuis notre recherche base de données dans a graphique formulaire à visualiser
tous de le différent médicaments
que le patient reçu pendant le traitement.
Maintenant, enfin, toi pourrait vouloir à demander, pourquoi faire nous vouloir à regarder à ce?
Un chose de importance pour nous
était à en fait regarder à le oral microbien diversité.
Comme I mentionné,
nous étaient capable à prendre a séparé tableau que correspondait à le patients
dans le traitement protocole
et calculer quoi est appelé a Shannon Diversité métrique.
A plus haut diversité indique plus haut oral microbien diversité,
et a inférieur indice indique inférieur microbien diversité.
Depuis dans JMP, nous étaient capable à superposer
le traitement jambe entre temps indiquer A et B
et le changement de le diversité métrique
depuis temps indiquer le commencer de le traitement à le fin de le traitement.
Aussi, étaient capable à regarder à dans un patient
comment le différent antibiotiques correspondant à ce.
Alors le deuxième jambe de le protocole, nous étaient capable à voir a léger rebond
de le diversité indice
dans corrélation avec le nombre de antibiotiques
que étaient utilisé dans que traitement jambe.
Dans conclusion,
nous étaient capable à visualiser patient- prescrit antibiotiques
à travers le cours de a traitement protocole
en utilisant le JMP Générateur de graphiques outil.
Nous a pris a tableau de 1 289 rangées de médicament employé dans le protocole
et créé a simplifié graphique de visualisation.
Nous aussi étaient capable à calculer a Shannon Diversité Indice
sur bactéries données associé avec chaque personne oral échantillons.
Nous superposer ces deux graphiques, et il autorisé nous à dessiner conclusions
sur comment le antibiotiques prescrit à chaque patient
pourrait avoir affecté le oral microbiome de individus dans le traitement protocole.
Enfin, notre groupe a utilisé le graphique nature de JMP pour beaucoup années
dans a chemin à traduire complexe médical recherche données
dans données- conduit découverte et enquête.
Le utiliser de JMP a facilité beaucoup publications
et très cité recherche revues pour notre groupe.
Remercier toi pour ton temps aujourd'hui.
