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JMP® 自动免疫原性临界点确定、评估和报告应用程序 (2021-EU-30MP-773)

Els Pattyn，赛诺菲旗下公司 Ablynx 非临床疗效和安全性统计师

免疫原性检测用于检测受试者样本中的抗药抗体 (ADA)，提供药物安全性和有效性的数据，并需要获得 EMA 和 FDA 等卫生部门的批准。此类检测通常为定性或半定量分析，因此需要设定临界点作为区分阳性和阴性样本的阈值。

建立合适的切点对于确保ADA检测方法达到可接受的灵敏度至关重要，因此需要极其复杂的统计计算。由于一项研究可能包含多个免疫原性读数，这些切点的计算变得非常繁琐。

我们开发了一套用于临界点确定和评估的JMP脚本，该脚本遵循基于行业指南、白皮书和科学最佳实践而制定的预先确定的决策树。该脚本旨在适用于GxP研究中的验证和使用。

最终用户可以选择适合其需求的决策树，例如检测和研究类型。该应用程序接受Excel文件上传数据，并根据结果做出决策——例如，根据研究设计调整混合效应模型中包含的效应，选择最合适的标准化/转换方法，在存在显著差异的情况下计算特定于分析师的截点，以及在没有第二层验证数据的情况下调整下游分析。

总之，该 JMP 脚本允许以标准化的方式快速有效地计算免疫原性截点，包括适合监管提交的自动报告。

自动生成的成绩单...

扬声器	抄本
埃尔斯·帕廷	您好，我叫 Els Pattyn，是赛诺菲的非临床疗效和安全性统计师。很高兴在 JMP 中向您介绍我们开发的用于免疫原性评估的终端用户工具。
	首先简单介绍一下我所在的公司。我最初受雇于Ablynx。Ablynx是一家位于比利时根特的生物制药公司。
	我们致力于纳米抗体的发现和开发。纳米抗体是骆驼科动物的重链实体，正如你在这里看到的，你可以区分它们。（好的，我先把指针……设置好指针。我觉得你什么也没看到。）
	好的，我们来看看。纳米抗体是骆驼重链抗体的实体，它们比传统抗体要小。传统抗体必须有两条重链，两条大链，而骆驼抗体只有一条重链。
	因此它们很小，也可以模块化使用，您可以拥有多个纳米抗体并具有多种特异性，而且它们也更容易制造。
	我们曾经
	我们成立于2001年，17年后，我们的第一批化合物进入临床。它就是Cablivi。
	它针对的是罕见血液病aTTP。2018年是另一个重要的年份，因为我们被大型生物制药公司赛诺菲收购。
	总部设在法国。当时我们有450多名员工，但随着赛诺菲的收购，我们成为了一家相当大的公司的一部分。
	赛诺菲本身拥有超过???名员工，其中约有15,500名员工致力于研发。
	我们的业务遍布三大洲。
	赛诺菲的治疗平台非常广泛，不仅仅是纳米抗体，还有很多，而且还在不断发展。
	然后介绍一下我们开发的工具。
	它是一种免疫原性工具。
	关于免疫原性的背景。免疫原性是指物质激发免疫反应的能力。
	所以通常是需要的。当你的免疫系统对病原体产生适当的反应时，它也可能……也可能是对治疗药物产生所需的反应，疫苗就是这样做的。
	它也可能是一种不良反应，对治疗抗原的反应，被称为抗药物抗体或 ADA。
	这些 ADA 可以成为
	您可能会出现过敏反应，甚至过敏性休克。
	失去功效。
	您可能拥有具有中和能力的抗体，从而失去活性，因此它受到监管实体的特别关注也就不足为奇了。
	EMEA 和 FDA 发布了有关 ADA 及其分析方法的几项指南。
	因此，完成 ADA 裁定需要几个步骤。这是一个多层次的方法。
	你可以通过筛选试验来确定敏感度，然后进行确认试验，以确定其是否具有特异性。
	你还需要进行表征分析，以确定你的抗体是否具有中和能力。有时你还想确定它针对的是哪种同型。
	因此，我们要做的是确定好点，以便我们能够确定什么是积极的，以区分积极的和消极的，而这必须在所谓的空白或幼稚的群体中确定。
	因此，空白群体当然应该具有代表性；它应该没有异常值，也不存在......具有预先存在的抗体并包含各种可变性。
	你有生物变异性，所以你测试的不同对象，对象ID，但你也有变异性......技术漏洞，所以这是你的分析师，所以你的运行，
	版间可信度。当你想以适当的方式评估它时，你更倾向于使用混合效应模型和REML模型来进行，这样你就可以在模型中将这些元素作为随机效应。
	因此，在赛诺菲内部，
	一个...
	需要有一个最终用户工具来设置良好的点，因此我们的目标是能够在所有站点采用协调和标准化的方法；
	拥有一个用户友好的最终用户工具和最先进的分析功能，所以它应该是一个统计包，因为我们希望拥有...使用...利用混合效应模型。
	它还应该在监管机构...监管的环境中运行，因为我们也有很多 GxP 研究，它还应该包括统一和自动报告。
	这就是我们的起点，
	我们探索了是否可以使用 JMP 来实现这一点，这是通过它的语言，即 JSL 语言。
	大家都知道，有了图表之后，检索起来就很容易了。只需点击“保存脚本”，就能获取脚本了。所以，这是一个简单的开始。
	另一个优点是，它可以编程，并根据结果做出决策。所以我们从每个图表和每个分析中检索脚本开始，然后它就变成了一个庞大的分析。
	我们有一个家长守则（请看这里），我们有不同的
	由父母代码调用的子代码。
	确实如此，
	正如我所说的，这应该是可编程的，以根据结果做出决定，因此代码变得更加困难
	观众，因为我们要做大量的统计分析，评估你是否具有统计意义。
	我们想要评估不同的规范化。
	所以
	这是关于代码的一些额外方面，它看起来是什么样的。
	所以
	在演示之前，我们需要进行两个步骤来执行分析。首先，我们需要一个 Excel 模板，用于填充原始数据。
	然后需要启动 JSL。这样就完成了，只剩下需要启动父级代码了。
	我将介绍这两个步骤。所以
	我们有一个
	Excel模板。我打开给你看看。
	在这里，您可以看到一个概览，我们可以在其中填充它，这里是 Excel 文件中要上传的数据。
	正如我所说，
	它可以是ADA检测，也可以是NAb检测，并且根据检测类型不同，标题名称也不同。所以，在这里，你可以说它是ADA检测，无论它是否包含确认数据。
	代码经过修改，可以
	接受……它可以接受汇总数据，也可以接受原始数据，也就是重复数据。所以假设它是重复数据，你可以回答重复次数。比如说，重复次数是三次。
	为了确定它是否是???点，我们还关联了阴性对照……也就是一个培养皿的阴性对照，也就是一个培养皿上应该有多个阴性对照。例如，2，我称之为“开始”和“结束”，所以当你填充这个
	然后我们创建一个工作表。在这里，你需要填充Excel模板，然后就可以上传了，并且文件名称要正确。
	因此，一旦您完成了这些，您就可以转到 JMP。
	我已经打开了 JMP。接下来，你需要点击父 JSL 代码，然后会自动出现一个交互菜单。然后你需要填写需要填写的字段，就是这样。
	只需在此处执行并测试 JMP。
	然后有五种类型的检测，假设我们现在有一个 ADA 检测，你可以在这里上传这个文件。我这里有输入数据，一些虚拟数据需要上传。然后我们选择它，这里有一些
	您可以更改数字。默认数字已填写，但如果您想使用其他百分比的阈值作为验收标准，您可以更改它。
	如果你的数据有三位小数，你可以修改它，但我认为这里……数据中没有小数，所以我把它改成了零。这样
	这里有第二个介绍窗口。这是ADA检测，所以这是ADA检测的典型情况。你有一个NAb检测，
	你会看到另一个窗口。所以在这里，你必须选择它是临床的还是非临床的，因为我认为优点不同。我这里有一个验证数据，我想在临床环境中进行分析，所以我点击了这里。
	现在你有不同的异常值......
	您可以点击的轮廓去除方法。
	此外，您还可以获得更高程度的灵活性。当您……为了方便用户使用，我们有一种 BTD 方法。BTD 是
	内部指导方针，当你...你想要这种方法时，就不会有其他窗口打开。
	当你想要额外的选项时，你可以点击此处，然后你可以获得额外的输出或计算，例如，在特定的
	区别在于。点击这里后，你会看到更多选项，但我还是想坚持使用常规的上传方法。然后，你还可以设置一个预先排除项。我们希望在这里进行设置，一旦你输入了排除项，分析就会开始。
	所以这是一整套分析流程。它是一种异常值移除方法，而且是迭代式的。它会进行检查，确保移除异常值后，首先进行分析，然后进行生物分析，或者检查是否存在其他异常值。所以，你可以看到一系列已经完成的分析。
	所以需要一段时间，因为这些数据
	筛选数据和确认数据。现在的计算是
	正在进行。
	最后，还有一份报告。这就是你在这里看到的。
	目前仍在整理报告。
	现在它正在以 PDF 格式输出数据集。
	现在生成输出，现在完成了。所以在结果部分，
	所有结果都会自动输出到这里。这就是您在这里看到的。这里有数据集、报告、日志以及一个PDF文件。然后是数据集，也就是输出的不同数据集。在这里，您可以看到包含分析设置和方法论的完整报告。
	关闭它。这样你就得到了你的描述。
	当然还有美好的事物
	JMP 的特点是，当你想跟踪时，你可以进行交互
	比如这个主题。我必须双击 411。
	您可以在所有分析过程中遵循它，所以它们都是相互关联的。所以，您在这里可以看到筛选切点因素的信息。它会评估不同的转化、不同的标准化，然后评估最合适的空白群体。
	您有全部的输出
	异常值，无论它们是分析性的还是生物性的。
	以及异常值的身份。是的，你有……所以你看，你拥有一切
	必须进行的分析，所有与设置相关的分析。验证性切点也一样。这是 ADA 评分，无论评分是阴性、阳性还是反应性。所以
	至此，整个分析就完成了，并且您得到了最终结论。
	在数据表输出下。
	同样，我们在这里看到的也是一样，当然，我们也有 PDF 格式。
	然后可以提交...
	已提交
	因为……它已经验证过了。我们能够验证它，所以我们之前看到的所有内容，你都可以在这里以PDF格式再次看到。
	所以
	那么，总结一下，效果如何，目的是什么。
	我们能够生成
	代码能够快速高效地进行分析。通常情况下，分析和报告需要几天时间，现在我们可以……
	我们的分析和报告可以在 10 分钟内完成，因此它是以标准化的方式自动化的。
	它是一种自动报告，并且是在适合提交的经过验证的环境中执行的。
	是的，我想谈谈……感谢我的同事，感谢非临床疗效和安全团队的同事。我特别提到了参与
	最终用户工具的开发。
	当然，
	这是不同团队之间的合作，所以我要感谢所有参与其中的人。

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