在中美洲和南美洲的新熱帶地區,美洲豹(Panthera onca)和美洲獅(Puma concolor)這兩個同域物種因人類活動而受到威脅。能夠確定特定區域內每種物種的存在與否,對於制定有效的保育策略至關重要。雖然這些行蹤隱密、難以捉摸的物種在野外很少被觀察到,但它們留下的足跡卻是其存在和分佈的指標物。然而,美洲豹和美洲獅的足跡很難透過肉眼區分。
在本次演講中,我們將介紹JMP中一款全新的、直覺易用的野外工具,它能幫助保育生物學家快速區分美洲虎和美洲獅。首先,我們將示範如何使用JMP的FIT(足跡辨識技術)插件來擷取特徵並應用線性判別分析。接下來,我們將展示如何使用JMP中的統計形狀分析來提取足跡形狀。最後,我們將使用基於形狀座標的神經網路模型預測物種,並透過一款新穎的互動式形狀分析工具進行視覺化並探索預測結果。
大家好,非常感謝各位的到來。我們很榮幸能來到這裡,與大家分享我們的一些研究成果。本次報告由WildTrack的Sky和我、JMP的Caleb King以及巴西帕拉大學的Juarez Pezzuti博士和Dany Felix博士共同完成。很遺憾他們今天無法到場,但我們會和Caleb一起進行報告。
本次演講將分為三個部分。我將首先介紹工作背景。 Sky 會簡要介紹初步的數據分析,Caleb 則會展示 JMP 中一些令人興奮的新功能,這些功能將幫助我們完成這項工作。希望大家喜歡。演講題目是《我透過爪印辨識美洲豹》。演講內容是關於如何透過足跡來區分北美兩種頂級掠食者。
WildTrack 的工作獨具特色,它將一些最古老的保育生物學技術與一些最現代的技術相結合。我們將傳統的生態學知識與前沿的數據分析相結合,提供非侵入性且對社區友好的野生動物保護方法。這些方法不會幹擾動物,同時又能快速產生數據分析結果,有助於保護它們。這在保護領域是一種不尋常的方法,但正逐漸廣泛應用。我們很榮幸能夠憑藉我們的工作獲得一些獎項,並有機會與世界各地傑出的人士合作,共同努力改善保育生物學的現狀,幫助保護瀕危物種。
我們都意識到,地球生物多樣性的喪失是一個重大問題。這與氣候變遷、污染、森林砍伐以及人獸衝突密切相關。所有這些因素加在一起,使得野生哺乳動物的生存空間和棲息地銳減了約94%。也就是說,野生哺乳動物如今僅佔全球生物量的6%,其餘94%則屬於人類和家畜。當然,這僅僅是哺乳動物的情況。還有許多其他瀕危物種並非哺乳動物,但我認為這提供了一個非常有趣的視角,讓我們得以窺見人類活動對野生動物造成的破壞和威脅程度之深。
我認為,我們正在進行的一個計畫——「美洲獅和美洲豹面臨的威脅」——很好地概括了這些威脅以及影響生物多樣性保育的普遍問題。正如我開頭所說,它們是北美最具代表性、最瀕危的物種之一。目前僅存約17萬隻美洲獅,而美洲豹的數量較少,僅約5萬隻。它們共同生活在北美各地的棲息地中,美洲獅的分佈範圍從北美洲北部一直延伸到南美洲最南端,而美洲豹則分佈在中部,主要在南美洲。
但是,這些動物面臨的衝突和問題與我剛才討論的問題非常相似:人獸衝突、森林砍伐以及美洲虎的盜獵。美洲虎被偷獵的原因不僅是為了獲取皮毛,還有牙齒和骨骼,用於傳統醫藥市場。這些都是非常嚴重的問題。我們面臨的一個問題是,我們缺乏關於動物數量和分佈的可靠且及時的數據更新。
我們目前使用的地圖只是粗略的概括,缺乏局部範圍的更新頻率,無法讓我們真正了解實際情況,也無法獲得可靠的數據。數量和分佈情況至關重要。我們需要這些資訊才能知道這些動物在哪裡,以及如何保護它們。雖然這些地圖看起來不錯,但實際上它們只是粗略的概覽。我們需要更精細的訊息,以便在這些動物瀕臨滅絕的地方迅速採取行動。
目前我們有哪些技術可以區分美洲虎和美洲獅,並確定它們的保護區域?答案是:技術不多,而且遠遠不夠。我們有一些相機陷阱,這種技術在野生動物保護中非常普遍,它們被放置在動物經常出沒的叢林或森林小徑上。當動物經過時,就會觸發相機陷阱的光線,從而拍攝到動物的照片。
相機陷阱的問題在於,要進行統計調查,其技術設定要求相當高。它們容易被盜,動物也會避開它們。而且,大規模部署成本非常高。雖然它們在快速獲取快照方面非常有用,但無法提供大規模的資訊。其他技術,例如DNA分析,處理每個樣本的成本也很高。你需要獲得完整的基因組資訊才能對動物進行分類。
還有其他方法,例如使用儀器監測動物,例如給它們佩戴顏色標記或標籤,以取得GPS數據。這些方法也很昂貴,而且可能對動物本身造成傷害。我們的大量研究表明,棲息地範圍的變化、繁殖力的變化、產仔數的變化以及社會結構的變化,都可能在人為幹預動物時發生,例如給它們佩戴標籤、捕捉或麻醉它們。
我們能做些什麼?如果我們想要了解這些動物的數量和分佈情況,我們該如何做才能獲得高解析度的、但又能涵蓋整個景觀尺度的數據?這正是我們今天要討論的內容。
在WildTrack,我們開發了一種足跡辨識技術,它有望提供變革性的解決方案。這張投影片上的內容很多,我就不一一念了,但我認為它的核心訊息是:足跡無所不在。它們是大自然獨特的信號,蘊含著豐富的訊息。透過足跡,我們可以辨識動物的種類、性別、個體和年齡層。我們只需低頭觀察,拍攝這些足跡的影像即可。足跡是一種資料來源,雖然目前尚未充分利用,但它在提供保護狀況資訊方面卻蘊藏著極其豐富的價值。
這就是我們的足跡辨識技術的作用。這項技術的一個額外好處是,由於我們使用的是足跡,因此當地社區可以輕鬆追蹤。將足跡辨識與傳統生態知識結合,能夠有效利用這些知識,而這些知識在科學界往往被低估,但它們作為保育工具卻蘊藏著巨大的潛力。總而言之,這項技術融合了古代與現代的知識,旨在開發一種能夠幫助我們更好地識別這些動物的工具。
正如我剛才所說,腳印其實是一種訊號。它可以是任何訊號,但它是一種在環境中不斷更新的訊號。腳印通常會在24到48小時後被沖刷掉,然後靜靜地留在那裡,等待著我們。這就像世界是一張空白的畫布,上面佈滿了腳印。如果我們能夠辨識出是哪些物種留下的腳印,是哪隻個體留下的,以及它們的位置,我們就能用數據填充世界地圖,這將成為保育工作中極其寶貴的資源。
現在,我要停在這裡,把麥克風交給Sky了。不過,我想說的是,我們網站上有很多關於自然保護的文章,如果有人有興趣了解更多相關信息,可以去看看。所有文章都在那裡。這些是我們過去兩年發表的文章。接下來,我會把麥克風交給Sky,讓他再詳細解說分析功能,然後Caleb會介紹JMP中令人興奮的新功能。
我希望大家都能看到我的螢幕。我是Sky。接下來我會非常快速地描述我們如何提取特徵來劃分變量,以便進行後續的分析。首先,你需要對足跡的佈局和形狀稍加了解。你需要判斷哪些是前爪,哪些是後爪,哪些是左爪,哪些是右爪。這並不難。就像我們的手一樣。如果你觀察我們手指的排列,你會發現它和你在美洲獅水池裡看到的腳趾排列非常相似,前爪和後爪的排列也類似。一旦你熟悉了這一點,你就知道你正在觀察的是哪隻腳了。
另一點要注意的是,食肉動物在正常行走時,有時會出現後腳踩空的情況,這被稱為「後腳踩空」。這種情況很常見,因此我們最終只使用後腳的數據,以簡化整個過程。我們不僅使用後腳的數據,而且重點放在左後腳。換句話說,我們開發了一種非常簡單的分析方法,以便許多其他研究人員也能使用。
當你觀察美洲獅和美洲豹的左後腳印時,你會發現它們非常相似。這非常非常困難。有時,憑藉非常非常高超的追蹤技巧,你或許能夠區分它們,但大多數情況下,它們的相似度極高,僅憑視覺很難區分。當然,我們必須記住的是,個體內部的差異、物種內部的差異,以及物種之間的差異。這只是一個演示,用來展示…我簡要地了解了美洲豹和美洲獅不同個體腳印的差異。
現在,我們利用FIT技術開發了一套針對食肉動物的標準化方案。我們在這些地方標記出所謂的「地標點」。正如你在這裡看到的,它們都標有數字。這是一隻美洲獅的足跡。編號從1到25。你可能會問:「那怎麼知道這些點該放在哪裡呢?」其實,一旦你習慣觀察足跡,你就能分辨出每個腳趾的南北方向和東西方向。正如我剛才所說,這很像人類的指紋。這裡第一個腳趾缺失了,所以你可以看到四個腳趾和腳掌。一旦你熟練了這種方法,這些地標點的標記就能做到非常精準一致。
這只是我們放置點和擷取指標方式的示意圖。我們有 25 個地標點。然後,我們從中建立 15 個衍生點,進而自動提取距離、角度和麵積。接下來,我們創建了用於個體識別、性別區分、物種區分,甚至在某些情況下用於年齡組區分的 FIT 演算法。當然,這裡我們主要關注性別區分。現在,我想快速向您展示我們在 FIT 中進行特徵提取的方法。
現在,這是JMP視窗。我們已經在選單中建立了一個FIT(物種識別工具)。如果我點擊它,您應該可以看到這些物種。我們實際上為大量物種創建了演算法和協議:大象、獅子、老虎、孟加拉虎、東北虎、犀牛、獵豹、美洲獅,以及其他各種物種。
它是怎麼運作的呢?嗯,如果我打開 Jaguar,就會彈出這個介面。這裡是主選單,我們可以在這裡進行圖像特徵提取。它還可以進行成對數據分析,不過今天我就不講這個了。它還具備驗證判別分析和地圖繪製的功能。換句話說,你拍一張照片,經過處理後,它就能給出照片的 ID 和拍攝地點。所有操作都在 JMP 中完成。
我只打算用圖像特徵提取功能,啟動這個程式後會彈出這個視窗。視窗左側只是個演示,沒什麼實際作用。所有操作都在右側進行。這裡顯然是主選單。這些是輸入框,用來輸入資訊。這些是可操作的按鈕。
我來快速示範一下。我匯入一張圖片。這就是我的圖片。當然,你現在看不到,但我們有調整圖片大小的功能。它會自動調整大小,並保持圖片比例,這一點非常非常重要。這邊有所有操作說明。你拖放圖片,調整大小,然後使用旋轉點旋轉圖片。
我們已經調整了圖像大小。這些是旋轉點。它們為什麼重要?我說“旋轉到這裡”,圖像就會旋轉。這是因為我們正在放置這些點,這些地標點是透過視覺方式放置的。腳趾的頂點會根據足跡的構造或位置而改變。然後你輸入比例尺,比例尺在這裡。比例因子在這裡設定為 10 公分。我們甚至還有基底深度功能,但我不會用到。然後這些是控制按鈕。
我要非常非常快地示範一下。我們已經把刻度調到10公分了。我已經調好了,接下來提示要輸入地標點。現在,我快速地輸入一下。你可以看到我把它們放在哪裡。一旦你習慣了,這個過程就非常簡單了。我可以更精確地使用十字準星,然後非常非常精確地放置點。如果我只是按部就班地輸入所有點……就像我說的,一旦你習慣了,它就變成了你的本能反應。我已經做過成千上萬次了。
我已經完成了25個點,這裡顯示我已經完成了點的計算。然後我點擊「派生」按鈕,顯示的是點。你可能不太容易看到它們,但這些是腳本中預先設定的15個點,它們會產生這些衍生點。
最後,我所做的就是…這裡有一些功能,我不需要贅述。我說的是“追加行”,它基本上會為特定的足跡產生一行資料。現在,它會產生所有XY座標,總共有40個,15個衍生點和25個地標點。然後從V1開始,我們就有了所有的變數。
現在,這些都已預先編寫好腳本,以便我們可以修改或新增它們。我們並不知道哪些變數在區分這兩個物種時會起到關鍵作用。我基本上是創建了一個流程,嘗試找出所有可能對分析結果產生影響的距離、角度和麵積。這就是我最終得到的結果。
最後,我再播放一次投影片,示範一下,這基本上就是我們產生的數據。這裡簡要概述了我們收集到的美洲豹和美洲獅的數據。我們有圈養個體,21隻美洲豹,18隻美洲獅。我們也收集了野外足跡,因為在野外,足跡類型、地面材質等等都會略有不同。這些足跡資料也已加入。總共收集到大約500個足跡,其中美洲豹261個,美洲獅220個。我先講到這裡,接下來讓Caleb來跟大家介紹一下他如何運用數據分析的「魔法」。
太好了。好的。謝謝Sky的介紹。我稱它為“魔法”,感覺壓力不小。接下來,我會簡單介紹一下我們是如何用JMP進行分析的,但主要會著重來講解我們在這個專案中探索的一種新技術。 Sky之前已經講解FIT中傳統的分析方法。這次我們將採用略有不同的方法,即統計形狀分析。
首先,我們需要一些背景知識。我的意思是,如果我能讓它跳到那裡,那就行了。什麼是形狀?這似乎是個很傻的問題。我們都知道什麼是形狀。這是我們小時候最早學到的東西之一。螢幕上的形狀,就是一個三角形。我們都認同這是一個三角形。實際上,要給出形狀的定義,你可能會遇到一些困難,因為從概念上講我們理解了。但我們該如何用語言來描述,形狀究竟是什麼呢?
從事統計形狀分析的研究人員,也就是這個領域的先驅,提出了以下定義:形狀是指所有不變的資訊。這意味著,當你進行某些操作(例如平移、縮放和旋轉)時,形狀不會改變。這是什麼意思呢?
嗯,我們都同意,這是一個三角形。如果我這樣做,我就把三角形往下移動。移動之後,它仍然是三角形。形狀沒有改變。我只是移動了它的位置。我可以把它放大,現在它變成了一個大三角形和一個小三角形。形狀仍然是三角形。我什至可以旋轉它。現在它看起來像個播放按鈕,但仍然是三角形。這就是我們的意思。無論我們對它進行哪些操作,它的形狀都保持不變。這就是我們所依據的定義。
接下來,我們需要問:我們知道什麼是形狀,那麼我們如何在數學框架內辨識它呢?我們如何用數學方法來做到這一點?嗯,有幾種不同的方法。我將要講的這種方法與我們在FIT的工作有關。我們從Sky剛才提到的地標點集合開始。
事實上,我之前就提到過這樣一張圖片。你只需要選取一些點,就能確定形狀的關鍵部分。你可以把它想像成定義某種多邊形,或者在這個例子中,實際上是幾個多邊形,因為我們有數字和鍵盤。所有這些構成了我們感興趣的形狀的關鍵特徵。現在我們有了這些地標點,接下來我們需要決定,如何從這些資料點中提取出形狀資訊?
為此,我們需要進行所謂的對齊程序。我們要去除所有與形狀無關的形狀變化。具體該怎麼做呢? Sky 剛剛向大家展示了他們在 FIT 中使用的一種方法。接下來,我將介紹一種更通用的方法。當然,實現這一目標的方法有很多,但我將重點介紹一種更通用的方法。這種方法叫做普氏分析。名字很有意思。
我來給你講講這個名字的由來。它源自於希臘神話中的一個人物,他在一條小路旁有個小住所。每當有人經過,他都會邀請他們進來歇歇腳。 「你們走了很遠的路,來,吃點東西,休息一會兒。」 當他們躺到他為他們準備的床上時,卻總是感覺不太合適。不過沒關係,普羅克魯斯忒斯很會「照顧」人。如果你太瘦小,他會拿繩子把你綁起來,把你撐開,直到你躺得下為止。如果你太胖,嗯,他會直接把你「砍」成合適的尺寸,字面上的「砍」。沒錯,這傢伙其實是個竊賊,他會用這種頗具創意又有點恐怖的方式處置他的受害者,直到後來另一位希臘英雄忒修斯出現,讓普羅克魯斯忒斯嚐到了自己種下的苦果。
這個名字有點爭議,但你可以看出這個過程名稱的由來。那麼,主要步驟是什麼呢?基本上分為三個步驟,分別對應我們之前討論的那些變化。第一步是,如果圖形分佈在各處,我們就把它們集中到一個共同點上,通常是原點。具體做法是,對於每個圖形(在本例中是每個軌跡),我們計算其 X 座標和 Y 座標的平均值,然後分別從每個座標點向外延伸,這樣就能將圖形中心定位到原點。
事實上,正如這位演示者所展示的,這實際上已經在適配軟體中透過場景懸掛的方式完成了。他們已經在那裡完成了這部分對齊。接下來我們要考慮比例尺。我們希望所有圖像的比例尺都相同。我們不希望出現任何與比例尺相關的變化。實現這一點的方法之一是所謂的均方根距離。現在,我旁邊有一個三角形。你可以把它想像成這樣:我有三個地標點。這是角點。這是中心的均值。這些線段表示每個點到中心的距離。
均方根距離就是這些距離的平均值。我們取這個平均距離,然後用每個座標除以該平均距離,這樣新的座標的均方根距離就為 1。現在我們已經將所有座標的中心點都設為零了。我們將它們全部縮放到比例因子為 1。在我的例子中,我實際上保存了原始的縮放訊息,因為它對預測很有幫助。
最後一步是處理旋轉對齊。前兩步我們已經有了一個很好的標準可以遵循。對於旋轉,你有幾個選擇。 Sky 示範了一種方法,選擇兩個地標點作為水平參考。我接下來要講的另一種方法是比較通用的,你可以先取平均形狀。
依照平均形狀法,對於每個軌跡,首先選擇一個地標點,然後計算所有資料點(即所有軌跡)上該地標點座標的平均值。對每個地標點都進行此操作,即可得到我們稱為平均形狀的參數。以此作為初始參考,將其他軌跡旋轉到與該參考點對齊。然後計算新的平均值並重複上述步驟。通常經過兩到三次,就能得到一個理想的對齊結果。這稱為普氏對齊法或通用普氏對齊法。
現在我們已經完成了這一步,終於可以開始一些真正有趣的部分了,或者至少差不多。你看,一旦我們有了對齊的資料座標,就需要考慮這些形狀存在於哪個空間。嚴格來說,它們存在於一個叫做流形的空間。這只是一個比較專業的數學術語,意思是說,從整體上看,它看起來很奇怪,歪歪扭扭的,彎曲的直線很多。並非所有東西都是真正的直線,但在局部範圍內,你或許可以用一些直線距離來表示它們。
舉個例子,你現在就站在一個球體上。它叫做地球。嚴格來說,它是一個巨大的球體,或者說橢球體,但它被視為一個流形,因為大尺度上的距離不是直線,而是曲線。正因如此,我們才需要處理這個問題。我從一個由座標構成的形狀開始,可以轉換為向量。我得到了一個不錯的向量空間,但當我開始移除平移、縮放和旋轉時,我就開始限制它所處的空間。
舉個簡單的例子,三角形,以及所有三角形的變體,都存在於一個流形上。這個流形看起來像是取一個半球,將其切成四等分,取其中一等分,剩下的部分就是三角形所在的形狀和空間。這是你能想到的最簡單的例子。你可能已經看出,它有點難以想像,甚至難以理解。正因如此,我們生活在這個奇特的高維流形上,所以我們基本上需要處理切割空間之類的東西。
盡量將資料轉換到直線距離均勻的空間,這樣會方便很多。我們可以利用指數映射和對數映射在這些空間之間進行轉換。轉換到適當的空間後,我們就可以進行統計分析了。一些常用的技巧包括主成分分析、判別分析、神經網路等等,當然你也可以使用其他任何你想要進行的統計分析方法。我在神經網路部分特別強調了線性判別分析(LDA),因為我們稍後會專注於它。
不過,你還可以做另一件事:完全忽略我剛才說的,假裝自己走在一條直線上,身處在你想要的空間。這聽起來似乎很隨意也很懶惰,但實際上是有道理的。舉個簡單的例子,我這裡離洗衣機不遠。如果我想計算我和洗衣機之間的距離,我可以用兩種方法。
一種方法是,我剛剛說我住在一個巨大的橢球體上。在橢球體上,測量距離的最佳方法是弧長。我需要確定我和洗衣機之間的角度,就像從地心測量一樣。一旦我得到了這個角度,我就可以計算出我和洗衣機之間的弧長,這就是我到洗衣機的距離。或者,我也可以說這裡看起來是平的。我可以直接計算直線距離。希望你能理解為什麼你會選擇這種方法而不是更精確的方法。
顯然,像現在這樣計算藝術作品有點小題大作,就我目前的情況而言。因為我們處理的形狀非常相似,幾乎沒有變化。你可以像在標準分析中一樣,只計算距離就足夠了。你不必擔心高維度問題。只有形狀本身會非常不同。例如,等腰三角形和直角三角形,你可能需要考慮更高級的數學,或是三角形和正方形,那樣的話你就肯定需要處理相關的數學計算了。但就我們目前的情況而言,所有形狀都非常相似,所以我們不需要擔心這個問題。我們可以直接進行我們想要的分析。好了,接下來讓我們來看看它的實際應用。
讓我打開我的數據,先給您示範如何進行對齊。這是Sky寄給我的原始資料。所有指標都在這裡。我可以提取座標,或者如果已經提供了座標,也可以直接取得。這是Y值和X值。這些是我想要的數據,也就是原始座標。我只是想讓您看看它大概是什麼樣子。這是這些座標的圖表。雖然已經有一些對齊,但仍然不太理想。我們應該進行更精確的對齊。接下來,我將開啟一個名為「Procustes對齊工具」的工具。所有這些都是用JMP腳本語言編寫的。雖然它目前用於這個特定的應用程序,但從技術上講,它可以用於任何包含X和Y資料的應用程式。我不確定是否選取了數據表。我運行一下。它會在這裡打開一個簡單的視窗。
我要導入一些座標。我不需要全部座標,只需要一部分。其中一些座標用於幫助產生其他座標。
我這裡展示的是完整的軌跡輪廓。我把這兩個變數當作補充變數導入進來。這些變數基本上就是我想用來預測的。我點擊“開始”,它就完成了對齊。瞧,對齊後的軌跡非常清晰。它們看起來比我們之前看到的要好得多。這就是進行普羅庫斯特斯對齊的簡單方法。當然,還有其他方法可以進行對齊。我只是想向你們展示通用方法。現在,我要關閉所有這些資料表。實際上,我已經對對齊後的資料進行了一些清理,所以我現在直接調出這些資料。我們來看看。好了。這就是最終對齊後的數據。我已經對這些數據進行了一些分析。
首先,我們需要一個資料視覺化的參考。你應該始終繪製數據圖表。我在這裡已經這樣做了。堆疊式資料比像這樣分散式資料更容易繪製。分散式資料便於分析。現在,當我提到分析時,我需要澄清一下,Sky 提到要收集這些形態測量變量,例如面積、角度和距離。
在形狀分析中,我們實際上是使用實際對齊的座標作為輸入,因為這些座標代表了形狀。我添加的唯一其他參數是這個縮放因子。同樣,在分析足跡時,比例尺可能很有用。在某些情況下,光是知道足跡的大小就能幫助我們判斷研究對像是什麼物種。我們將這張圖放在旁邊以供參考。現在,正如我所說,我已經進行了一些分析。我做的第一個分析是我們在擬合過程中最基本的分析,也就是判別分析。
我可以在這裡運行一下,並為您展示輸出結果。我們得到的誤分類率大約在 2% 到 5% 之間。這其實相當不錯。形狀分析的一個好處是,它能幫助我們深入了解模型的工作原理,並給予物理層面的解釋。例如,在判別分析中,它的工作原理本質上是對輸入進行線性組合,從而創建一個我們稱為典型軸的軸。
其理念是,如果我將數值繪製在典型座標軸上,則不同組別的數值就會盡可能遠離。這就是判別分析部分的核心思想。當然,這是一個非常複雜的數學對象。雖然它是一維的,但它是多個因素的函數。它看起來有點像黑盒子。裡面到底發生了什麼事?如果我們能理解其中的原理,豈不是很好?其實,有一種叫做典型載重的概念。它本質上是該座標軸與輸入值之間的相關性。
我們可以把每個輸入值畫成長條圖。這或許能提供一些訊息,但我們現在看到的是一個形狀。我們可以利用這個形狀來發揮優勢。在這個例子中,我創建了一個叫做「典型值檢視器」的東西。我所做的就是繪製平均形狀,然後將這些典型負載繪製成箭頭的大小。箭頭同時包含了符號和大小。實際上,這是由 X 和 Y 分量組合而成的,因為 X 和 Y 代表輸入值。我只是把它們合併成一條線。有趣的是,如果我們把這個箭頭與數據進行比較,觀察從藍色到紅色的變化(也就是從美洲獅到美洲豹),你會注意到箭頭的方向與我們在數據中看到的差異變化非常吻合,這非常好。
我們需要數據來驗證。為了進一步驗證,我把這個結果展示給了在巴西收集數據的同事胡亞雷斯。他一看就說:「這正是我在賽道差異中看到的。」我不僅有數據驗證,還有實地考察人員的驗證。這說明這個模型肯定有其價值,這對我們分析師來說總是令人欣慰的。有趣的是,現在我們可以觀察實際發生的情況了。這些形狀差異究竟是什麼?這對分析人員來說可能具有生物學意義。非常有用的信息。抱歉,我剛才有點疏忽了。我剛才只用了判別分析。當然,這只是一種方法。對這類資料進行建模的方法有很多種。
我最終進入了預測建模的分析選單,進行了模型篩選。這個篩選工具會將幾種不同類型的模型組合起來,評估哪個模型表現最佳。在這個例子中,神經網路模型恰好是最佳選擇。這可能並不令人意外。如果我運行一下,我們可以看到結果,我通常使用誤分類率作為標準比較指標。在這個例子中,誤分類率為零。我們的模型完美地預測了響應值。這已經是最好的結果了。我沒有篡改任何數據。這就是實際結果。
這真是太棒了。我們當然可以提出一些問題,例如,它在觀察什麼?我們能否嘗試理解這個模型?這是一個神經網絡,眾所周知,神經網路是一個非常「黑箱」的方法,但我們可以嘗試一些技巧。我做的其中一件事是,這是一個單層網路。對於該層中的每個節點,我都做了同樣的事情:計算其輸入之間的相關性。我首先將其從 NTanH 變換(即線性部分)中提取出來,然後查看它與輸入之間的相關性。
然後我可以根據賦予該節點的最終權重進行加權,從而得到類似這樣的圖。在這個例子中,我正在逐層分析,你可以看到每一層都在關注哪些細微的變化。如果你問我為什麼它們如此不同?很遺憾,我無法解釋這一點。這是神經網路在發揮作用。有趣的是,如果我們稍微滾動一下,就會看到一些與判別模型中類似的模式。現在,有時這個符號會反轉。這只是一個負號。你可以想像一下把它翻轉過來。所有這些都是同一種模式的不同變體,都與我們看到的數據相對應。
這再次表明這些模型之間存在一些共通點。至少我們找到了這些軌跡形狀固有的某些特徵。看到這裡的小箭頭了嗎?這是我試圖評估其旁邊尺度影響的嘗試。你會注意到,有時尺度的影響很小,有時影響很大。在判別分析中,尺度的影響很小。真正導致差異的是我們所觀察到的形狀,這非常具有啟發性。現在,我還有最後一點想向你們展示。為此,我需要提出一個發人深省的問題。
豈不是很棒?這些是靜態圖像,但如果我們能實際觸摸這些點,拖動它們,看看手動改變形狀會如何影響它的分類,豈不是很棒?豈不是很有趣?很高興你問了這個問題,因為我已經創造了一些東西。再次強調,這目前只是一個簡單的表格腳本。所有這些都是用 JSL 編寫的。我稱之為形狀輪廓器,借用了 JMP 中常用工具的一些術語。當然,這裡的想法是,它不是一個靜態的時鐘。我可以點擊這些點。好了,開始吧。移動它們,這樣你就能看到改變形狀的細微之處會如何影響結果。
這裡還有很多資訊。你看到的這些箭頭,我稱之為靈敏度箭頭。專業術語是梯度。本質上,如果我把那個點朝那個方向移動一點,箭頭的長度就顯示了它的機率會增加多少。在這個例子中,我一直在調整的23號點就是一個非常敏感的點,因為我只要稍微移動它,你就能看到僅僅基於這個點,分類結果就會發生多大的變化。你可以感受到分類結果對圖形上某些點的敏感度。當然,我可以把它分解開來。再次強調,原始輸入是X軸和Y軸的偏移。如果你想看的話,可以給我看。我通常只用一個箭頭來表示,這樣比較容易理解。
現在,我們還可以做最後一件事,這需要一些設定。我打算隱藏分類,可能是為了增加戲劇效果。我也會隱藏靈敏度箭頭,這樣操作起來會比較方便。在我進行這些設定的同時,我也會結束今天的講解。首先,我需要更改一些設定。我知道應該如何設定。我會在這裡進行更改。請稍等片刻。別擔心,我不會離開這個空白區域。我還要更改這裡的縮放比例。我會把圖片拖到這裡。還記得你之前在FIT中看到Sky是如何運作的嗎?你也可以在這裡進行同樣的操作。
我要開始填滿圖表了。這張圖放錯了。沒關係。正確的圖在這裡。用正確的圖很有幫助。我想確保地標點都放對了,因為我不太擅長放置地標點,所以很容易出錯。我想確保這些刻度線和這裡的刻度線基本上對齊,因為這是實際的刻度線。 FIT 裡的功能肯定比我現在做的先進很多。它好多了。我現在還在手動操作,不過沒關係。應該沒問題。我覺得差不多完成了。好了。這樣就差不多了。我把圖片稍微調亮一點,這樣你們就能看清我正在處理的點了。
好了。我要鎖定圖片了,因為設定好之後我不想不小心移動它。鎖定圖片的同時,我也會幫忙關閉這個頁面。正如你一開始看到的,佐伊向我們介紹了他們在動物保護方面所做的努力的重要性,以及了解這些動物的棲息地和活動範圍有多重要。當然,我小時候就很喜歡動物,所以我肯定希望家裡能多養一些。我的女兒也很喜歡動物。她喜歡看關於昆蟲和各種爬行動物的書。她可沒從我這兒學來這些。我對這些爬行動物不太感興趣。我很高興看到她對這些很感興趣。
當然,正如Sky向我們展示的那樣,他們正在使用這種相對較新的非侵入式技術。其實這項技術並不新,它已經存在很久了。我們只是在軟體方面跟上了它的步伐。他們展示瞭如何使用這種非侵入式技術來追蹤動物,以及使用FIT軟體(我們JMP中也提供了該軟體)進行追蹤其實並不難。當然,形狀分析是我們正在探索的新領域。它似乎非常適合這種類型的分析,因為許多分析都與足跡的形狀有關。當然,形狀分析的應用並不局限於WildTrack,儘管正如我們之前指出的,WildTrack是它最重要的應用。
我們正在研究這項技術在其他領域的應用。例如,在生物醫學領域,形狀是重要的考量因素,這項技術就有一些已知的應用。例如,透過觀察某個器官的形狀來判斷它是否患病。這項技術的另一個應用領域是積層製造,在積層製造中,我們可能需要追蹤製造過程中的形狀變化,或追蹤產品的形狀變化,並找出影響因素。與以往將形狀作為輸入不同,這項技術能夠將形狀作為回應。
總而言之,JMP 的宗旨之一就是為您提供各種工具,幫助您發揮最佳水平,或者像這次在彪馬賽道上一樣,全力以赴。感謝大家觀看我們的聯合演講。請關注 Discovery 大會上其他線上線下相結合的演講。如果您能親臨現場,我們非常期待您的到來。我的演講就到這裡。謝謝大家。