選擇正確的方法比較你好，
我正在分析生物數據，其中輸出是連續變數。這些測試包括對植物進行不同的處理，然後評估疾病的程度（我的產出）。如果我繪製一個圖表，我得到的只是一堆具有非常大的誤差線且彼此重疊的平均值。因此，我嘗試用小字母進行分析，以便能夠自信地說出哪些治療方法彼此不同。
現在我遇到的問題是，每個重複都由兩個彼此不獨立的數據點（同一植物的兩個部分）組成。在這種情況下，我聽說像 Tukey-Kramer 這樣的通常比較並不適用。
所以我的問題是，我應該使用哪個比較，或哪種數據轉換，以確保我做的事情是正確的？
基礎資料分析與建模回覆：選擇正確的方法比較鮑勃，你花時間回答問題真是太好了。我認為這個論壇不是討論/爭論問題和適當分析的有效方式，所以我將退出。
回覆：選擇正確的方法比較我同意，很難在圖表上找到字母。
請前往此網頁頂部的「願望清單」標籤並新增請求。
同時，這裡有一個程式和腳本來獲取我認為您正在尋找的數字。
https://community.jmp.com/t5/Byron-Wingerd-s-Blog/One-Way-ANOVA-Figure-for-Scientists/ba-p/265156
回覆：選擇正確的方法比較抱歉，我指的是學生和圖基，而不是學生和鄧尼特。
回覆：選擇正確的方法比較@Byron_JMP ,
感謝您使用 CTRL 的提示，它確實節省了很多時間。儘管更大的問題仍然存在，但在圖表上添加字母仍然非常不切實際。
回覆：選擇正確的方法比較嗨@statman ，
1）你的反應的變化有任何實際價值嗎？
好問題。 Do it是一種可以相對容易測量到0.1單位的疾病程度。話雖如此，在現實生活中，最終用戶不會看到那麼小的差異。我想說兩種處理之間的平均值（即所謂的水平）需要至少有 4-5 個單位的差異才能真正有用。
2. 如果我理解你的數據，看起來你只有一個因素（名稱），並且在 10 個「級別」進行了測試。您有 2 種植物類型（與名稱交叉）。每個名稱等級有 10 株植物（代表），每株植物測量兩次（這是在植物的不同位置還是在植物的完全相同位置？植物的兩個不同部分）以及超過 3 次的疾病測量「在”植物中的句點（您可以考慮嵌套在“類型”和“名稱”中的植物）。我們可以爭論時間段的系統採樣是否與名稱交叉。我對這個結構有一些疑問。代表的編號方案看起來有問題。同一植物可以有不同等級的名稱嗎？如果不是，則不應有重複的代表編號。每個“名稱”10 株植物。它們是獨立生長的。然後，在進行處理時，分離每株植物的兩片葉子並施加疾病。因為兩片葉子來自同一株植物，我的同事認為這兩片葉子不是獨立的統計單位，因此為什麼它們被重新分組在同一個「代表」下。就像我們評估 10 名患者的右手和左手一樣。
看起來每種植物都有 2 種疾病衡量標準？是的，兩個不同的葉子上有兩個措施。我附上了另一個版本的數據表。數據表必須與實際收集數據的方式相匹配，否則任何分析都會受到懷疑。
研究的目的是什麼？ （例如，您是否試圖選出「獲勝者」（例如，減少最大疾病的最佳名稱？）或試圖了解導致疾病（生長）的因素）？我們正在嘗試是否可以找到能夠顯著減少活性物質疾病的添加劑（我在表格中稱之為佐劑）。那麼，我們想看到的是：
- 單獨進行活性治療一定比未經治療好
- 希望我們能找到一些活性成分+佐劑的治療方法，其效果明顯優於單獨使用活性成分
為什麼是 10 株植物？因為我們認為這會是一個不錯的數字。考慮到輸出的相對較高的變異性和治療的相對較低的功效，這是一個最小值。而且，由於它們是種植的植物，因此很難再提高到更高的水平，因為本次試驗中已經有 200 株植物了。這需要大量的空間和手工工作。我們可以在每次處理中種植更多的植物，以獲得更好的統計數據，但這樣我們就會減少處理的數量，這是不可取的。所以 10 是一個很好的折衷方案。
為什麼有 3 個時段，每個時段相隔一天？因為這很容易做到。一旦你在某個特定時間測量了疾病，考慮到你為此付出的所有努力，再等一天再進行一次觀察並不需要花費太多。這種研究很常見。當然，這取決於疾病的性質，但這種疾病的進展速度足夠快，您可以在一天之內看到一些增長。
您是否對疾病隨時間的變化率或最大疾病或什麼感興趣？我想問題是你假設這個名字會對疾病產生什麼影響？為什麼？不是變化率，只是絕對值。基本上，您想要保護一株好植物免受嚴重疾病的侵害。這個想法是盡量減少在經過處理的植物上觀察到的疾病數量。在理想的世界中，您希望獲得 100% 的療效（也稱為零疾病）。或至少顯著降低疾病水平，這樣不良疾病就不會剝奪好植物的產量。但主動者本身能做的事情就有限了。這就是添加劑（或佐劑）的用武之地。但在這裡，顯然沒有什麼令人興奮的，這就是為什麼我試圖更深入地挖掘，看看我們是否可以得出任何結論。通常，我很樂意查看學生和杜內特的平均值測驗。 （我知道學生不太適合超過 2 個級別，但 Dunnett 的限制可能有點太多，所以兩者的比較可能很有趣）。 Dunnett 在這裡說不同級別之間沒有差異，學生說也許加性 E 帶來了一些東西。
3. 您評估過測量系統嗎？不知道這意味著什麼。這些值是很容易完成的物理測量，所以我不會太擔心。
您是否在同一時間段、同一植物的同一位置多次測量了該病害？是的，它是在同一片葉子的三個不同時間段（第 1 天、第 2 天和第 3 天）測量的。
現在看來，測量誤差很可能與工廠內部混淆？不知道
回覆：選擇正確的方法比較嗨@MRB3855 ，
代表或“重複”是在不同植物上進行的相同測量。因此，種植 1、種植 2、種植 3。對於每個代表，有兩次測量，在同一植物的兩片葉子上進行。
接下來就是考核時間了。因此，第一天進行一次輸出值（疾病）測量，然後第二天進行另一次測量，第三天進行另一次測量。
名稱包含感興趣的治療是的。
「植物類型」是兩種略有不同的植物類型。目的是了解一種類型是否比另一種類型更能抵抗這種疾病。因此，比較兩種植物整體上的疾病價值，或單一治療中兩種植物的疾病價值是很有趣的。
回覆：選擇正確的方法比較夥計!!，這是一個很棒的數據集，哇。
我更改了幾個列的建模類型並向表中添加了幾個新腳本。
我嘗試使用響應曲面法 (RSM) 對資料進行建模。 Rep(order?) 似乎有效果，所以在模型 2 中我將其設為隨機效果。
我不確定你希望找到什麼，但這是非常容易解釋的數據，而且研究設計也很棒。
Fit Model(
Y( :Disease ),
Effects(
:Name, :"Assessment time (DAI)"n & RS, :Plant type,
:Name * :"Assessment time (DAI)"n,
:"Assessment time (DAI)"n * :"Assessment time (DAI)"n, :Name * :Plant type,
:"Assessment time (DAI)"n * :Plant type
),
Random Effects( :"Rep (Order)"n ),
Personality( "Standard Least Squares" ),
Emphasis( "Effect Leverage" ),
Method( "REML" )
);
我將 DAI 列更改為數字連續，將 Rep 列更改為數字連續。
回覆：選擇正確的方法比較關於：「順便說一句，先生們，在擬合Y by X 工具中產生這些連接字母報告是相當痛苦的。因為我有6 個組，所以需要點擊6 個紅色三角形來進行比較。這是不必要的乏味。
是的，快得多。當您按組別比較第一個的平均值時，按住 Control 鍵（Mac 上的指令）。 Control 鍵將您的按鍵廣播到視窗中的所有類似物件。它也適用於調整圖表大小。
（仍在尋找更大的問題）
回覆：選擇正確的方法比較鮑勃，對於您的情況，我不是中小企業，但我看了您的表格並有以下想法。我的一些問題和評論更具蘇格拉底式，而不是需要答案。
1. 首先也是最重要的一點是，您的反應的變化有任何實際價值嗎？沒有提供關於疾病變化有多大程度具有科學意義的背景資訊？這總是比統計顯著性更重要。
2. 如果我理解你的數據，看起來你只有一個因素（名稱），並且在 10 個「級別」進行了測試。您有 2 種植物類型（與名稱交叉）。每個名稱等級有 10 株植物（代表），每株植物測量兩次（這是在植物的不同位置還是在植物的完全相同位置？），並測量植物「內部」在 3 個時間段內的疾病（您可以考慮嵌套在類型和名稱中的植物）。我們可以爭論時間段的系統採樣是否與名稱交叉。我對這個結構有一些疑問。代表的編號方案看起來有問題。同一植物可以有不同等級的名稱嗎？如果不是，則不應有重複的代表編號。看起來每種植物都有 2 種疾病衡量標準？我附上了另一個版本的數據表。數據表必須與實際收集數據的方式相匹配，否則任何分析都會受到懷疑。
研究的目的是什麼？ （例如，您是否試圖選出「獲勝者」（例如，減少最大疾病的最佳名稱？）或試圖了解導致疾病（生長）的因素）？為什麼是 10 株植物？為什麼有 3 個時段，每個時段相隔一天？您是否對疾病隨時間的變化率或最大疾病或什麼感興趣？我想問題是你假設這個名字會對疾病產生什麼影響？為什麼？
3. 您評估過測量系統嗎？您是否在同一時間段內對同一植物的同一位置多次測量該疾病？現在看來，測量誤差很可能與工廠內部混淆？
4. 沒有任何總結的資料圖形化顯示，時間段 (DAI) 是研究中最大的變異來源。這可能是預料之中的，並且可能沒有意義（因此您可能想透過 DAI 查看數據），但也要注意變化隨著 DAI 的增加而增加。您的資料中也可能存在一些「異常值」。
由 DAI 著色
DAI=1 時按名稱著色
回覆：選擇正確的方法比較確保我理解您的數據@bobmorrane ：每組六行是一個「主題」（您所說的「代表」）嗎？然後，每個「受試者」的前三行是否對植物的一個部分進行了三次重複測量，而每個受試者的接下來三行是否對植物的另一部分進行了重複測量？ 「名稱」包含感興趣的處理（您想要比較它們分別對植物這兩個部分的影響）。我所有這些都正確嗎？
回覆：選擇正確的方法比較@P_Bartell @Byron_JMP ，附資料表
回覆：選擇正確的方法比較你好，
我願意相信它設計得很好，因為我參與了設計過程;)
但開玩笑的是，這是專門為測試而種植的植物，並以標準、專業的方式對其進行了處理。
因此，我對兩種植物（同一作物的變體）進行了各種治療，並在不同時間（1、2、3 天）評估了疾病水平（我的產出）。所以我們至少需要依照評估時間來分組。
這是匿名方式的數據，並附有腳本。我同時考慮了學生測試和圖基測試，因為其中一個被認為過於寬鬆，而另一個則被認為過於嚴格。我在這裡沒有看到太大的區別。
順便說一句，先生們，在 Fit Y by X 工具中產生這些連接字母報告是相當痛苦的。因為我有 6 個組，所以需要點擊 6 個紅色三角形來比較平均值。這是不必要的乏味。你知道有什麼方法可以讓事情變得更快嗎？
任何讀到這篇文章的人：看看這個願望，並給它一個榮譽！這樣我們就可以將連接字母內建到圖形產生器中。
使用箱線圖和擬合時在圖形產生器中顯示重要字母... - JMP 使用者社區
回覆：選擇正確的方法比較@P_Bartell ，我確信這是一個精心設計、控制良好的實驗。工廠的生長速度極為緩慢，因此規劃工作非常艱鉅。
這可能是一個多變量問題，因此簡單的火雞克萊默不起作用。只需在擬合模型中設定問題就會有所幫助，然後我們可以查看主要處理變數的最小二乘平均值。
回覆：選擇正確的方法比較除了我的前同事（我已經退休） @Byron_JMP提出的所有問題之外，治療方法和植物的安排/組合是否是某種設計好的實驗，或者只是偶然的治療方法，如自然或某人決定管理一樣隨意應用於植物？這可能會對您如何最佳地分析回應產生很大影響……而不僅僅是多重比較測試。
回覆：選擇正確的方法比較透過範例表可能更容易理解問題。
聽起來你有這樣的數據
三次以上治療。
每個處理多個植物
每個植物多個樣本點（組織類型）
每個組織的多個樣本
最後，您可能想查看處理對葉和莖的影響，例如每種處理的效果。
如果多重處理類似於對照組和對黏液進行多次稀釋，那麼這也會改變一些事情。
