选择正确的方法比较你好，
我正在分析生物数据，其中输出是一个连续变量。测试包括对植物进行不同的处理，然后评估其病害程度（我的输出）。如果我绘制一个图表，我得到的只是一堆平均值，误差线非常大，而且相互重叠。所以，我试着用小字母进行分析，以便自信地说出哪些处理方式彼此不同。
现在我遇到的问题是，每次重复都包含两个彼此不独立的数据点（同一植物的两个部分）。在这种情况下，我听说像 Tukey-Kramer 这样的常见比较不适用。
所以我的问题是，我应该使用哪种比较或哪种数据转换来确保我做的事情正确？
基础数据分析与建模回复：选择正确的方法比较Bob，谢谢你抽出时间来回答问题。我认为这个论坛不是讨论/争论问题和进行适当分析的有效方式，所以我退出了。
回复：选择正确的方法比较我同意，在图表上标出字母非常困难。
请转到此网页顶部的“愿望清单”选项卡并添加请求。
同时，这里有一个程序和脚本来获取我认为您正在寻找的数字。
https://community.jmp.com/t5/Byron-Wingerd-s-Blog/One-Way-ANOVA-Figure-for-Scientists/ba-p/265156
回复：选择正确的方法比较抱歉，我指的是学生和 Tukey，而不是学生和 Dunnett。
回复：选择正确的方法比较@Byron_JMP ,
感谢 CTRL 的提示，它确实节省了很多时间。虽然更大的问题仍然存在，但在图表上添加字母仍然非常不切实际。
回复：选择正确的方法比较你好@statman ，
1) 您的反应的变化有任何实际价值吗？
好问题。这是一种可以相对轻松地测量到 0.1 个单位的疾病水平吗？话虽如此，在现实生活中，最终用户不会看到如此小的差异。我认为两种治疗之间的平均值（即所谓的水平）至少需要有 4-5 个单位的差异才真正有用。
2. 如果我理解您的数据，您似乎有一个因素（名称），并在 10 个“级别”上进行测试。您有 2 种植物类型（与名称交叉）。每个名称级别有 10 种植物（代表），每株植物测量两次（这是在植物的不同位置还是在植物的完全相同的位置？植物的两个不同部分）并在 3 个时间段内测量“内部”植物的疾病（您可能认为植物嵌套在类型和名称中）。我们可以讨论时间段的系统抽样是否与名称交叉。我对这个结构有一些疑问。代表的编号方案看起来有问题。同一株植物可以赋予不同的名称级别吗？如果不能，则不应有重复的代表数字。研究中实际上有多少株植物？每个“名称”10 株植物。它们独立生长。然后在应用治疗时，分离每株植物的两片叶子并应用疾病。由于两片叶子来自同一株植物，我的同事认为这两片叶子不是独立的统计单位，因此将它们重新归类到同一个“代表”下。这就像我们评估 10 名患者的右手和左手一样。
看起来你对每株植物的病害进行了 2 次测量？是的，对两片不同的叶子进行了两次测量。我附上了另一个版本的数据表。数据表必须与数据的实际收集方式相匹配，否则任何分析都会受到怀疑。
研究的目的是什么？（例如，您是想挑选“赢家”（例如，减少最大疾病的最佳名称？）还是想了解导致疾病（生长）的原因）？我们正在尝试看看我们是否可以找到添加剂（我在表格中称之为佐剂），以显著提高活性成分的疾病减少率。因此，我们希望看到：
- 单独使用活性物质一定比未治疗效果更好
- 希望我们能找到一些比单独使用有效药物效果明显更好的有效药物+辅助药物的治疗方法
为什么是 10 株植物？因为我们认为这是一个不错的数字。考虑到产量的相对高变异性和治疗效果的相对低，这可以说是一个最低限度。此外，由于它们是成年植物，很难再高于这个数字，因为这次试验中已经有 200 株植物了。这需要很大的空间和手工。我们可以每次处理种植更多植物，这样也许可以获得更好的统计数据，但这样处理的数量就会减少，这是不可取的。所以 10 株植物是一个很好的折衷方案。
为什么是 3 个时间段，每个时间段相隔一天？因为这很容易做到。一旦你在某个特定时间测量了疾病，考虑到你为此付出的所有努力，等待另一天再进行另一次观察的成本不会更高。这种研究很常见。当然，这取决于疾病的性质，但这种疾病进展得足够快，你可以在一天的差异内看到一些增长。
你感兴趣的是疾病随时间的变化率，还是最大疾病率，还是其他什么？我想问题是你假设名称会对疾病产生什么影响？为什么？不是变化率，只是绝对值。基本上，你有一株好植物，你想保护它免受坏疾病的侵害。这个想法是尽量减少在处理过的植物上观察到的疾病数量。在理想情况下，你希望 100% 有效（即零疾病）。或者至少显著降低疾病水平，这样坏疾病就不会夺走好植物的产量。但活性物质本身能做的事情是有限的。这就是添加剂（或佐剂）发挥作用的地方。理想情况下，我们希望找到能与活性物质产生协同作用的添加剂，在最好的情况下，添加剂本身不会产生太大的影响。但在这里，显然没有什么令人兴奋的，这就是为什么我试图深入挖掘，看看我们能否得出任何结论。通常，我很乐意只看学生和 Dunett 的均值检验。（我知道学生不太适合超过 2 个级别，但 Dunnett 可能有点过于严格，因此比较两者可能会很有趣）。这里 Dunnett 说不同级别之间没有差异，而学生说也许加法 E 会带来一些东西。
3. 您是否评估过测量系统？不确定这意味着什么。这些值是很容易进行的物理测量，所以我不会太担心。
您是否在同一时间段对同一植物的同一位置多次测量了该病害？是的，在同一片叶子上的三个不同时间段进行了测量（第 1、2 和 3 天）。
现在看来，测量误差可能与工厂内部混淆？不知道
回复：选择正确的方法比较你好@MRB3855 ，
重复，或“重复”，是对不同植物进行的相同测量。因此，植物 1、植物 2、植物 3。每株植物都在自己的花盆中单独种植。每次重复，有两次测量，在同一株植物的两片叶子上进行。
然后是评估时间。因此，第一天测量一次输出值（疾病），第二天再测量一次，第三天再测量一次。同一天生成的数据点可以进行比较，但不能比较几天的数据点。
名称包含感兴趣的治疗是。
“植物类型”是指两种略有不同的植物类型。目的是看看其中一种植物是否比另一种植物更能抵抗疾病。因此，比较两种植物整体的疾病值或单一治疗中的两种植物的疾病值是很有趣的。
回复：选择正确的方法比较老兄！这是一个很棒的数据集，哇。
我改变了几个列的建模类型并在表中添加了几个新脚本。
我尝试使用响应面法 (RSM) 对数据进行建模。Rep(order?) 似乎有影响，因此在模型 2 中我将其设为随机效应。
我不确定您希望找到什么，但这是很容易解释的数据，而且研究设计也非常棒。
Fit Model(
Y( :Disease ),
Effects(
:Name, :"Assessment time (DAI)"n & RS, :Plant type,
:Name * :"Assessment time (DAI)"n,
:"Assessment time (DAI)"n * :"Assessment time (DAI)"n, :Name * :Plant type,
:"Assessment time (DAI)"n * :Plant type
),
Random Effects( :"Rep (Order)"n ),
Personality( "Standard Least Squares" ),
Emphasis( "Effect Leverage" ),
Method( "REML" )
);
我将 DAI 列更改为数字连续，将 Rep 列更改为数字连续。
回复：选择正确的方法比较关于：“顺便说一句，先生们，在拟合 Y 乘以 X 工具中生成这些连接字母报告相当麻烦。因为我有 6 个组，所以要单击 6 个红色三角形来比较平均值。这毫无必要地繁琐。您知道有什么方法可以让事情变得更快吗？”
是的，快多了。在按组比较第一个平均值时，按住 Control 键（Mac 上为 Command ）。Control 键会将您的按键动作广播到窗口中所有类似的对象。它也适用于调整图形大小。
（仍在研究更大的问题）
回复：选择正确的方法比较Bob，我对您的情况并不了解，但我看了您的表格，有以下想法。我的一些问题和评论更像是苏格拉底式的，不需要答案。
1. 首先，您的反应变化有任何实际价值吗？没有提供关于疾病变化有多大程度上具有科学意义的背景信息？这总是比统计意义更重要。
2. 如果我理解您的数据，您似乎有一个因素（名称），并在 10 个“级别”上进行测试。您有 2 种植物类型（与名称交叉）。每个名称级别有 10 种植物（代表），每株植物测量两次（是在植物的不同位置还是在植物的完全相同的位置？）并在 3 个时间段内测量“内部”植物的疾病（您可能认为植物嵌套在类型和名称中）。我们可以讨论时间段的系统抽样是否与名称交叉。我对这个结构有一些疑问。代表的编号方案看起来有问题。同一株植物可以赋予不同的名称级别吗？如果不能，则不应有重复的代表数字。研究中实际上有多少株植物？看起来您对每种植物都有 2 个疾病测量值？我已附上另一个版本的数据表。数据表必须与实际收集数据的方式相匹配，否则任何分析都会受到怀疑。
研究的目的是什么？（例如，您是想选出“赢家”（例如，减少最大疾病的最佳名称？）还是想了解导致疾病（生长）的原因）？为什么是 10 株植物？为什么是 3 个时间段，每个时间段相隔一天？您是否对疾病随时间的变化率感兴趣，还是只对最大疾病感兴趣？我想问题是您假设名称会对疾病产生什么影响？为什么？
3. 您是否评估过测量系统？您是否在同一时间段对同一植物的同一位置多次测量了该病害？现在看来，测量误差可能与植物内部混淆？
4. 以图形方式查看未进行任何汇总的数据表明，时间段（DAI）是研究中最大的变异来源。这可能是意料之中的，也可能不值得关注（因此您可能希望通过 DAI 查看数据），但也请注意，变异会随着 DAI 的增加而增加。您的数据中也可能存在一些“异常值”。
由 DAI 着色
按名称着色，表示 DAI=1
回复：选择正确的方法比较确保我理解您的数据@bobmorrane ：每组六行是否为一个“主题”（您称之为“Rep”）？然后每个“主题”的前三行是否对植物的一部分进行了三次重复测量，而每个主题的后三行是否对植物的另一部分进行了重复测量？并且“名称”包含感兴趣的处理方法（您想要分别比较它们对植物的这两个部分的影响）。我所说的这些都正确吗？
回复：选择正确的方法比较@P_Bartell @Byron_JMP ，附有数据表
回复：选择正确的方法比较你好，
我愿意相信它设计得很好，因为我参与了设计过程;)
但抛开玩笑不谈，这是专门为测试而培育的植物，并以标准、专业的方式对其进行处理。
因此，我对 2 种植物（同一作物的不同变种）进行了各种处理，并在不同时间（1、2、3 天）评估了病害程度（我的产量）。因此，我们至少需要按评估时间对事物进行分组。
这是匿名数据，附有脚本。我查看了学生测试和 Tukey 测试，因为其中一个被认为过于宽松，而另一个则有点过于严格。我在这里没有看到太大的区别。
顺便说一句，先生们，在“Y 乘 X”工具中生成这些连接字母报告相当麻烦。因为我有 6 个组，所以要单击 6 个红色三角形来比较平均值。这毫无必要地繁琐。您知道有什么方法可以加快速度吗？
任何读到这篇文章的人：看看愿望清单上的这个愿望，并给它一个赞！这样，我们就可以在图形生成器中内置连接字母。
使用箱线图和拟合曲线时在图形生成器中显示重要字母... - JMP 用户社区
回复：选择正确的方法比较@P_Bartell ，我相信这是一项精心设计、控制良好的实验。植物生长非常缓慢，因此规划工作十分繁重。
这可能是一个多变量问题，因此简单的 Turkey Kramer 不起作用。只需在 Fit Model 中设置问题即可，然后我们可以查看主要治疗变量的最小二乘均值。
回复：选择正确的方法比较除了我以前的同事（我退休了） @Byron_JMP所问的所有问题之外，治疗和植物的安排/组合是某种设计好的实验，还是只是自然或某人决定对植物随意应用的偶然治疗？这可能会对您如何最佳地分析反应产生很大影响……而不仅仅是多重比较测试。
回复：选择正确的方法比较通过示例表可能更容易理解这个问题。
听起来你有这样的数据
治疗三次或以上。
每次治疗可种植多株植物
每株植物有多个采样点（组织类型）
每个组织的多个样本
最后，您可能希望看到每次治疗对叶子和茎的影响。
如果多种处理类似于控制和粘性物质的几次稀释，那么这也会改变一些事情。
