Cómo hacer un gráfico de volcán de expresión genética diferencial utilizando la diferencia de medias en la detección de respuestasEstimados expertos,
Estoy intentando hacer un gráfico de volcán de genes diferenciales que muestre la diferencia de medias con JMP17.2. Usé la detección de respuestas y establecí un control usando la información de la columna, pero no pude encontrar dónde aplicar la opción de "diferencia de medias". Los gráficos que obtuve hasta ahora solo tienen el logaritmo de FDR por tamaño del efecto, por Rsqured o por pendiente, no pude obtener el logaritmo de FDR por diferencia de medias. Y en la tabla de resultados, tampoco pude ver la "diferencia de medias". Seguí el video de JMP Academic: Genomics Research en JMP Pro en YouTube, pero no mostró cómo se obtuvo la diferencia de medias.
¿Alguien me puede decir cómo solucionar este problema? ¡Muchas gracias!
Liu
Análisis y modelado de datos básicosRe: Cómo hacer un gráfico de volcán de expresión genética diferencial utilizando la diferencia de medias en la detección de respuestasHola Chris,
¡Muchas gracias por la ayuda! Fue útil. Ahora pude generar el gráfico del volcán con diferencia de medias.
¡Gracias!
Liu
Re: Cómo hacer un gráfico de volcán de expresión genética diferencial utilizando la diferencia de medias en la detección de respuestasHola @xliu ,
Hay dos maneras de obtener el gráfico de volcán y la tabla de diferencias de medias para mostrar al usar la detección de respuestas desde Analizar>Detección>Detección de respuestas:
- En el cuadro de diálogo antes de ejecutar la Evaluación de respuestas, puede marcar la casilla Escala Y común. Esto supone que todas las respuestas están normalizadas a la misma escala.
- Vaya al Triángulo Rojo en el Informe y seleccione Mostrar Diferencias de Medias
- Aparecerá una ventana similar a la que se muestra a continuación. Haga clic en Continuar.
Ahora tendrá el gráfico del Volcán como última pestaña y la tabla de diferencia de medias debajo.
Espero que ayude.
