応答スクリーニングにおける平均差を使用して、遺伝子発現の差分ボルケーノプロットを作成する方法専門家の皆様、
JMP17.2 で平均差を示す微分遺伝子ボルケーノ プロットを作成しようとしています。応答スクリーニングを使用し、列情報を使用してコントロールを設定しましたが、「平均差」オプションを適用する場所が見つかりませんでした。これまでに取得したグラフには、効果サイズ、Rsqured、または傾きによる FDR logworth のみがあり、平均差による FDR logworth を取得できませんでした。また、結果テーブルでは、「平均差」も表示されませんでした。JMP Academic: Genomics Research in JMP Pro YouTube に従いましたが、平均差がどのように取得されたかは示されませんでした。
誰かこの問題を解決する方法を教えてもらえますか? よろしくお願いします!
劉
基本的なデータ分析とモデリングRe: 応答スクリーニングで平均差を使用して差次的遺伝子発現ボルケーノプロットを作成する方法こんにちは、クリス。
ご協力ありがとうございました。とても役に立ちました。平均差のある火山のプロットを生成できるようになりました。
ありがとう！
劉
Re: 応答スクリーニングで平均差を使用して差次的遺伝子発現ボルケーノプロットを作成する方法こんにちは@xliu さん
分析 > スクリーニング > 応答スクリーニングから応答スクリーニングを使用するときに、Volcano プロットと平均差異テーブルを表示するには、次の 2 つの方法があります。
- 応答スクリーニングを実行する前のダイアログ ボックスで、[共通 Y スケール] ボックスをオンにすることができます。これにより、すべての応答が同じスケールに正規化されることが想定されます。
- レポートの赤い三角形に移動し、「平均の差を表示」を選択します。
- 以下のようなウィンドウが表示されます。[続行]をクリックします。
これで、最後のタブに Volcano プロットが表示され、その下に平均差表が表示されます。
お役に立てれば幸いです。
