Come creare un grafico a vulcano dell'espressione genica differenziale utilizzando la differenza media nello screening della rispostaCari esperti,
Sto cercando di creare un grafico differenziale del vulcano genico che mostra la differenza media con JMP17.2. Ho utilizzato lo screening di risposta e impostato un controllo utilizzando le informazioni della colonna, ma non sono riuscito a trovare dove applicare l'opzione "differenza media". I grafici che ho ottenuto finora hanno solo il logworth FDR per dimensione dell'effetto, per Rsqured o per Slope, non sono riuscito a ottenere il logworth FDR per differenza media. E nella tabella dei risultati, non sono riuscito a vedere nemmeno la "differenza media". Ho seguito JMP Academic: Genomics Research in JMP Pro YouTube, ma non ha mostrato come è stata ottenuta la differenza media.
Qualcuno può dirmi come risolvere questo problema? Grazie mille!
Liu
Analisi e modellazione dei dati di baseRe: Come creare un grafico a vulcano dell'espressione genica differenziale utilizzando la differenza media nello screening della rispostaCiao Chris,
Grazie mille per l'aiuto! È stato utile. Ora potrei generare il grafico del vulcano con la differenza delle medie.
Grazie!
Liu
Re: Come creare un grafico a vulcano dell'espressione genica differenziale utilizzando la differenza media nello screening della rispostaCiao @xliu ,
Esistono due modi per visualizzare il grafico del vulcano e la tabella delle differenze medie quando si utilizza lo screening della risposta da Analizza>Screening>Screening della risposta:
- Nella finestra di dialogo prima di eseguire Response Screening, puoi selezionare la casella Common Y Scale. Ciò presuppone che tutte le Responses siano normalizzate alla stessa scala.
- Vai al triangolo rosso nel report e scegli Mostra differenze medie
- Ti verrà chiesto in una finestra simile a quella qui sotto. Fai clic su Continua
Ora avrete il grafico del vulcano come ultima scheda e la tabella delle medie e delle differenze qui sotto.
Spero che questo aiuti,
