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Comment créer un diagramme de volcan d'expression différentielle des gènes en utilisant la différence de moyenne dans le criblage des réponses

Chers experts,

J'essaie de créer un graphique différentiel de volcan génétique montrant la différence de moyenne avec JMP17.2. J'ai utilisé le filtrage des réponses et défini un contrôle à l'aide des informations de colonne, mais je n'ai pas trouvé où appliquer l'option « différence de moyenne ». Les graphiques que j'ai obtenus jusqu'à présent n'ont que le logworth FDR par taille d'effet, par Rsqured ou par pente, je n'ai pas pu obtenir le logworth FDR par différence de moyenne. Et dans le tableau des résultats, je n'ai pas pu voir non plus la « différence de moyenne ». J'ai suivi le JMP Academic : Genomics Research in JMP Pro YouTube, mais il n'a pas montré comment la différence de moyenne a été obtenue.

Quelqu'un peut-il me dire comment résoudre ce problème ? Merci beaucoup !

Liu

Analyse et modélisation de données de baseRé: Comment créer un diagramme d'expression différentielle des gènes en utilisant la différence de moyenne dans le criblage des réponses

Salut Chris,

Merci beaucoup pour l'aide ! C'était utile. Je pourrais maintenant générer le graphique du volcan avec la différence de moyenne.

Merci!

Liu

Ré: Comment créer un diagramme d'expression différentielle des gènes en utilisant la différence de moyenne dans le criblage des réponses

Salut @xliu ,

Il existe deux manières d'afficher le graphique du volcan et le tableau des différences moyennes lors de l'utilisation du filtrage des réponses dans Analyser > Filtrer > Filtrer les réponses :

• Dans la boîte de dialogue avant d'exécuter le filtrage des réponses, vous pouvez cocher la case Échelle Y commune. Cela suppose que toutes les réponses sont normalisées à la même échelle.

• Accédez au triangle rouge dans le rapport et choisissez Afficher les différences de moyennes

• Une fenêtre semblable à celle ci-dessous s'affichera. Cliquez sur Continuer

Vous aurez maintenant le graphique du volcan comme dernier onglet et le tableau des différences moyennes ci-dessous.

J'espère que cela aide,