A pesar de los notables avances logrados con AlphaFold2 en la predicción de la estructura de las proteínas y su determinación mediante microscopía electrónica criogénica (cryoEM), la cristalografía de proteínas sigue teniendo más probabilidades de proporcionar datos de mayor resolución y estructuras más fiables para el descubrimiento de fármacos. El obstáculo en los estudios cristalográficos es la búsqueda del cóctel químico que promueve la cristalización. Cada condición principal contiene de dos a siete sustancias químicas y se descubre mediante el muestreo de cientos de soluciones de pantallas de matriz dispersa.
Una vez optimizada la composición de un buen líder, se cultivan cristales de proteínas en grandes cantidades para realizar estudios estructurales. El crecimiento de cristales de proteínas suele dar respuestas cuadráticas a niveles crecientes de algunos factores, y las interacciones bidireccionales son abundantes. Los diseños de dos niveles carecen de estas características. Los nuevos experimentos de dos niveles de un factor a la vez modificados (MOFAT) pueden detectar interacciones bidireccionales en estudios de simulación (Yu 2022). La extensión de MOFAT a tres niveles interesaría a los cultivadores de cristales.
Planteamos la hipótesis de que un diseño de MOFAT extendido de tres niveles (EMOFAT) puede detectar efectos bidireccionales y cuadráticos. Este diseño conserva la ejecución de referencia de los diseños OFAT estándar y agrega ejecuciones con todos los factores en sus niveles más bajos o más altos (2m + 3 ejecuciones, donde m es el número de factores). Realizamos estudios de simulación utilizando scripts JSL para explorar la capacidad de estos diseños para detectar efectos principales e interacciones de orden superior, incluidas interacciones de tres vías.
Estos diseños pueden resultar atractivos para los cultivadores de cristales de proteínas porque los tres niveles detectarán respuestas no lineales y prometen detectar interacciones bidireccionales antes de avanzar a experimentos de optimización más avanzados.
