尽管 AlphaFold2 在预测蛋白质结构和通过低温电子显微镜 (cryoEM) 确定结构方面取得了显著进展,但蛋白质晶体学仍然更有可能为药物发现提供更高分辨率的数据和更可靠的结构。晶体学研究的瓶颈是寻找促进结晶的化学混合物。每种先导条件都包含两到七种化学物质,并通过从稀疏矩阵筛选中取样数百种溶液来发现。
一旦优化了良好先导物的组成,就可以大量生长蛋白质晶体以用于结构研究。蛋白质晶体生长通常会对某些因子水平的上升产生二次响应,并且双向相互作用丰富。两级设计缺少这些特征。新的两级改进的一次一个因子 (MOFAT) 实验可以在模拟研究中检测双向相互作用 (Yu 2022)。将 MOFAT 扩展到三个级别将引起晶体生长者的兴趣。
我们假设三级扩展 MOFAT (EMOFAT) 设计可以检测双向和二次效应。此设计保留了标准 OFAT 设计的基线运行,并添加了所有因子处于最低或最高水平的运行(2m + 3 次运行,其中 m 是因子数)。我们使用 JSL 脚本进行了模拟研究,以探索这些设计检测主效应和高阶交互作用(包括三向交互作用)的能力。
这些设计可能对蛋白质晶体生长者有吸引力,因为这三个级别将检测非线性响应,并有望在进行更高级的优化实验之前检测双向相互作用。