| 扬声器 |
抄本 |
| 蒂芙尼 |
首先,感谢您今天加入我们。我们将讨论如何表征不同的生物处理过程……观察……并真正关注质粒DNA,看看分数加权引导法如何真正发挥作用。 |
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添加到您的流程中。所以 Phil 将在演示的后半部分与我一起讲解 JMP |
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例如,并给出一些不同的技术。 |
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被使用。 |
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我将讨论 CMC 策略、生物技术、如何将药物推向市场以及如何使用 FWB 等新工具来实现我们的流程。 |
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那么,让我们开始吧。化学制造控制之旅。这是一个漫长的旅程,我们将持续讨论。 |
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为什么选择DOE?为什么选择预测模型?药物上市的过程非常复杂。这不仅关乎实验,还关乎临床。 |
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并让所有东西都融为一体。所以我们也会研究系统思维方法。然后,当然,我们会描述生物加工过程,然后是菲尔将要进行的案例研究。 |
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讨论一下。那么CMC途径是什么样的呢?这是一个通用的例子,我们从毒理学角度来探讨。这样就能看出它是否有效。它是否有效。 |
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在非人体试验中。一直到商业化生产,这其中涉及很多环节,例如工艺开发。 |
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但你也必须有一个目标产品概况。你希望你正在开发的药物实际上起到什么作用?在研发过程中,理解这一点很重要。当然, |
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以及质量目标产品概况。这……为了使分子按规定发挥作用,需要哪些方面? |
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然后我们查看关键的质量属性,然后进行整个过程,所以它是...它是一个...它是一个组 |
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因为你需要进行工艺开发、工艺特性描述、工艺认证和BLA(产品许可协议)。每个步骤都需要大量的工作。 |
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我们还想确保你在经历不同阶段时,实际上正在构建这些数据 |
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分组。因为当你进行工艺特性和工艺鉴定时,你要确保能够充分利用过去的信息,这样你实际上就缩短了 |
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你的时间表。你可能会说:“蒂芙尼,我负责整个工艺的工艺表征。” 我会说:“当然。” 但从监管的角度来看,我们需要的是针对CMC途径的工艺表征。 |
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大家可能都听说过疫苗、细胞和基因疗法。这是现在非常热门的话题,而且 |
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为以前从未能够治疗的患者带来新的治疗方法。 |
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所以,在细胞疗法和基因疗法这两大类中,存在着不同的方面。对。我们有免疫疗法。我们有干细胞疗法。 |
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我们做的是再生医学。想象一下,你的背部受伤了,还能再生。这真是太了不起了。 |
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重点关注这一群体。但基因疗法也备受关注。病毒载体。我们使用细菌载体吗?我们如何获取DNA |
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进入系统以便为患者提供治疗?嗯,血浆DNA就是其中之一,菲尔有一个很棒的案例研究,他们做了优化。 |
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所以你可能会问,“pDNA 是什么?它为什么重要?除了它是基因治疗领域的一部分,这现在非常有趣?” |
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嗯,事实上,它可以用于...预防性疫苗、免疫剂,用于...制备...高免疫球蛋白的制备 |
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癌症疫苗、治疗性疫苗、基因替换。或者你 |
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一个孩子,对吧,他有一个罕见的基因突变。我们能进去修复吗?所有这些都围绕着这个,随着基因治疗技术的不断发展, |
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随着商业化进程的推进,法规不断增加,数据量也在增加。 |
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想象一下,基因疗法和细胞疗法就像我们 20 多年前那样,使用细胞培养和单克隆抗体 |
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这是一个奇妙的世界,我们每天都在学习新事物,然后我们会说,“哦, |
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这不是平台。”我们需要新的设备。我们需要新的工作方式。我们需要能够分析非常非常小的数据集,因为在细胞疗法和基因疗法中,患者数量通常比其他适应症要少。 |
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那么,pDNA 的下一步是什么?当然,随着细胞治疗和基因治疗市场的持续增长,我们将继续沿着这条道路前进。 |
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进入商业化阶段。我们需要能够与FDA合作,携手合作,因为这是我们以前从未做过的事情。我们正在使用我们从未使用过的原材料和其他 |
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……其他药物适应症。所以有很多事情要做。能够生产像质粒DNA这样的产品也至关重要,所以我们在合适的 |
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数量,还有质量。所以,如果你拥有世界上最好的药物,但却无法生产,那么你就没有药了。对吗?你无法把它送到病人手中。 |
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因此,我们还需要确保我们的流程得到充分描述。正如我之前提到的,许多适应症的规模都很小。因此,临床试验的规模也很小。 |
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同时,病人的病情通常非常严重。因此,能够分析我们的数据并快速响应他们的需求至关重要。 |
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无论是在临床阶段,还是商业化阶段。我们不想出现这种情况:你猜怎么着,我生产不了这种药,对吧?我希望能够生产。 |
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制造业也非常重要。不知道你是否注意到新闻里有很多 |
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宣布扩大产能。当然,人们正在扩大疫苗产能,但pDNA也是一大举措。人们正在投入数百万美元,有时甚至数十亿美元。 |
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增加这些生产基地。你可能会说,好吧,你增加你的生产基地。 |
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太好了。但现在我需要能够将技术转移到那个生产基地。我需要确保我的流程是稳健的……稳健的,而且它不仅 |
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可以转移和扩大规模,但要确保我有统计能力来说明 |
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我知道我的流程是可控的。例如,我可能存在 2% 的变异性,但这个变异性始终存在,而且我已经对其进行了表征。 |
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随着越来越多的产能上线,而我们也遇到了短缺,那么问题来了,我应该把我的产品带到哪里?考虑到这些问题,我们需要更早地进行制造设计。 |
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你的产品线中可能有多个产品。所以你要确保自己能够学习并掌握这些信息,然后说,让我对这个产品做一些预测模型,它可能不是完全相同的产品,但具有相似的属性。 |
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因此,商业化的道路非常综合,就像 CMC 策略采用临床方面一样, |
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一切都结合在一起,使分子得以通过。我们还有 |
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思考它的系统层面。为什么?因为如果我们在上游领域有所行动,我们可能会提高生产力, |
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假设是 200%,我们会说,“是的,我达到了我的里程碑。我可以给我的病人送药了。”但如果我的下游或我的细胞 |
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恢复实际上无法恢复产品,无论是细胞还是蛋白质治疗剂,那么我们就没有产品了。所有这些工作都白费了。所以拥有这些系统 |
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方法,确保你让来自业务、供应链、质量控制、发现等各个不同部门的人员都参与进来......每个人都有自己能够带到谈判桌上的知识,以便最终将知识交付给患者,这是非常关键的。 |
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现在我要把时间交给菲尔了。我本来很想多讲讲我们是如何研发药物的,但现在……我们先看看如何分析一些数据。菲尔,现在就把时间交给你了。 |
| 菲利普·拉姆齐 |
好的,谢谢蒂芙尼的讨论 |
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为接下来的案例研究打下基础。我将用大部分时间在 JMP 上演示一些重要的工具。你可能甚至不知道 JMP 中有哪些工具, |
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这对于工艺开发实际上非常重要,特别是在 CMC 途径、化学制造控制和质量设计方面。 |
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流程开发有两个重要特征,一般来说, |
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就是你想设计一个流程,但你也需要描述它的特性。事实上,你必须描述整个操作区域的特性。 |
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当然,我们希望进行优化,以获得理想的产量。我们经常没有充分讨论的是,这些活动本质上都与预测有关。 |
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我们必须建立强大的预测模型,以便预测未来的表现。这对于监管机构来说非常重要,尤其是在后期开发阶段。你必须证明 |
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确保能够可靠地生产产品。关于过程表征和预测这一问题,有一篇非常著名的论文,作者是 George Box 和他的 |
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同伴威尔逊是一名工程师。 |
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他们在那里讨论了什么是响应面,正如人们今天所注意到的。 |
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这项研究的关键在于他们所谓的完全二次模型。那是什么呢?这是一个包含主效应的模型, |
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所有双向交互作用和二次效应。这很可能仍然是构建流程模型的黄金标准,尤其是在生产领域。 |
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但人们可能没有意识到,它们对优化非常有用。它们是这些未知响应函数的良好二阶近似。不太为人所知的是,在整个设计区域内,它们通常对响应面的近似效果不佳。 |
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1996 年,已故的约翰·康奈尔 (John Cornell) 和许多人都知道的道格·蒙哥马利 (Doug Montgomery) 发表了一篇真正被低估的论文。 |
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在那篇论文中,他们提出了一个事实,即完整的二次模型通常不足以描述设计空间。从科学家的角度思考这个问题,想想这些生化因素的动态变化。 |
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过程通常都是这样的。换句话说,存在大量的非线性,导致响应曲面在不同区域具有明显的复合曲率。 |
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完整的二次模型根本无法解决这个问题。所以他们建议增强这个设计,并添加了诸如二次乘以线性、线性乘以二次,甚至 |
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二次函数与二次函数的相互作用。事实证明,这些模型比完全二次模型更能近似设计区域。我稍后会向你们演示这一点。 |
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但他们面临一个问题。首先,传统的统计学家不喜欢这种方法;而如今,这种情况正在发生巨大变化。 |
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但是有很多这样的项可以添加到模型中,这样即使是一个大型中心复合设计 |
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变得过饱和。这意味着什么?这意味着未知数 p 的数量比观测值的数量要多,需要拟合模型。事实证明,在机器学习和预测建模新技术的时代,这已不再是一个真正的制约因素。 |
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我们要做的是,使用一种叫做分数加权引导法的方法。这可以在 JMP Pro 中完成。 |
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使用所谓的模型平均来构建模型来预测响应面,我实际上将使用这些大型增强模型。 |
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好的,所以当你尝试构建这些预测模型,比如说“质量源于设计”模型时,你需要注意一些事情。首先, |
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1996年,机器学习的先驱之一、已故的Leo Brieman写了一篇论文,这篇论文同样没有得到应有的重视。他指出 |
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我们用于预测的所有这些模型构建算法(包括前向选择、所有可能的模型、最佳子集、套索) |
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本质上是不稳定的。这是什么意思?不稳定意味着数据中的微小扰动都可能导致模型发生巨大变化。 |
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所以他做了一些工作来指出这一点,并提出了一个策略,说,“好吧,如果你能以某种方式模拟, |
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模型拟合,并以某种方式扰乱每次模拟运行中的数据,我们可以拟合大量模型,然后对它们进行平均。”他证明了这种方法具有潜力。 |
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在那个年代,他没有太多工具来实现这一点。但今天我将在 JMP Pro 中向大家展示,我们拥有很多工具,我们将向大家证明布里曼的想法其实非常好。 |
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现在,机器学习和深度学习普遍接受的是一种集成建模和模型平均的思想。 |
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顺便提一下,几年前,John Sall 在 JMP 的逐步分析平台中创建了一种模型平均方法。它是 JMP 中隐藏的瑰宝。它运行良好,并且 JMP 的两个版本都支持,但我将提供一个更全面的解决方案。 |
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这可以在 JMP Pro 中完成。这个解决方案被称为带自动验证的分数加权引导法,我将解释它的含义。 |
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当我们建立预测模型时,我们面临一个挑战。我们需要一个训练集来拟合模型,然后我们需要一个额外的 |
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或验证集来测试模型,看看它的预测效果如何。能源部根本就没有这些额外的试验。事实上,布里曼在这一点上陷入了困境。 |
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根本无法真正产生验证错误。2017年,在法兰克福Discovery,JMP统计研究主管Chris Gotwalt和我 |
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做了一个演讲,我们称之为分数加权引导和自动验证。自动验证是什么意思?这意味着,这看起来不会 |
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直观地说,我们会把训练集也用作验证集。你可能会说:“嗯,这太疯狂了。数据都一样。” |
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但这项技术有个秘诀,让它发挥作用。我们的做法是,获取原始数据,复制它,称之为自动验证集。 |
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然后我们用一种特殊的方式,给观测值分配随机权重,并进行加权 |
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这样我们就可以在训练集和自动验证集之间实现负相关性。我很快就会向你们解释这一点。 |
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好的。顺便说一下,我们一直在指导我的博士生特伦特·莱姆基斯(Trent Lempkis),他在过去一年中通过详尽的模拟对这种方法进行了广泛的研究。 |
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我们将发表一篇论文来证明这种方法实际上比从 DOE 构建预测模型的传统方法产生了更好的结果。 |
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所以我接下来要继续讨论这个案例研究。这就是蒂芙尼提到的 |
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pDNA。这是一个非常热门的话题,pDNA 制造被认为是一个巨大的增长领域,生物科技界预计会有巨大的增长,甚至可能达到 40%。 |
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由于所有新疗法的出现,该技术将逐年得到应用。 |
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在这种情况下,这在生物技术领域非常常见,我们实际上没有任何现有数据可以用来构建预测模型。 |
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所以这很自然地引导我们进行实验设计。在本例中,我们将使用确定性筛选设计。 |
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这些是 JMP 的 Brad Jones 和明尼苏达大学的 Chris Nachtsheim 的奇妙发明。 |
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效率很高,我一直强烈推荐它们给生物技术领域的人们,因为他们用于实验的时间和资源有限。 |
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基本上,我只是向你们展示一个生物过程的示意图。我们将重点关注发酵步骤。 |
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但在实践中,正如蒂芙尼所暗示的,我们会审视这一过程的上游和下游两个方面。 |
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pH值、溶解氧百分比、诱导温度。这是我们设定发酵罐的温度,以达到 |
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转基因大肠杆菌开始产生质粒。质粒是什么?嗯,它们实际上是非染色体DNA。 |
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它们在治疗中有很多用途,尤其是基因治疗,而且它们与细菌中常见的染色体 DNA 是不同的。 |
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我们的目标是让这些经过改造的大肠杆菌尽可能多地产生pDNA。所以我们做了这个试验。这是一个真正的实验。由于我们之前对DSD还不熟悉,我们还进行了一个更大规模、更传统的中心复合设计。而且我们单独进行了这项实验。 |
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我今天的计划是,我们将使用 CCD 作为验证集,并使用 DSD 上的自动验证来拟合模型。我们拭目以待。好的,我现在要切换到 JMP。 |
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我要打开一个数据表。这是DSD数据。我们将在这个数据集上进行所有建模。哦,对了,我要用一个40个预测因子的模型拟合一个15个预测因子的模型。 |
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使用机器学习技术运行设计。对很多人来说,你必须明白,这些事情是可以做到的,而且机器学习和深度学习实际上一直在做这些事情。 |
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我想向大家展示几个插件,让这一切变得简单。你需要 JMP Pro。其中一个插件可以帮你设置表格。这是 JMP 的 Michael Anderson 开发的。 |
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我就演示一下具体是怎么回事吧。这个插件可以在 JMP 社区上找到。 |
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请注意,它获取了原始数据, |
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创建了一个验证集。正如我提到的, |
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我们也有这个加权方案,这些权重是随机生成的,正如你稍后会看到的,我们做了一个模拟研究,我们不断地改变每个 |
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运行。这会产生数千次建模迭代。正如Leo Brieman警告的那样,你还会看到,当你 |
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扰动响应(我们不改变数据结构),你会看到模型中出现巨大的差异。所以我接下来会快速地向大家演示一下。 |
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所以我要去适应模型。 |
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我们必须告诉 JMP 权重的存储位置。我们将使用广义回归,强烈推荐。 |
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因为这是一个快速演示,所以我将使用前向选择,但这是一个非常通用的SWB程序,带有自动验证功能。你可以在许多不同的预测或建模场景中使用它。我将进行前向选择。好的,我拟合了一个模型。 |
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然后我来到 |
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估算表。我要右键单击并选择“模拟”。 |
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我告诉它我想进行一定次数的模拟运行,每次试验我都想交换权重。我想生成新的权重。顺便说一下,因为这是一个演示,所以我只进行10次模拟。 |
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这就是结果。你可以看到我们有 10 个模型,它们都非常不同。 |
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所以,在实践中,我会进行数千次这样的迭代。然后我稍后会向你们展示, |
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然后我们可以取这些系数并取平均值。顺便说一下,如果你看到零,那就意味着转弯没有进入模型。好的,我现在要给你展示另一个插件。 |
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所以我要关闭其中的一些,以便保持屏幕整洁。 |
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我们在 Predictum 开发了另一个插件。这个插件不仅支持派系加权引导,还开发了模型平均。换句话说, |
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我刚才给你演示的那个插件,如果你想做模型平均,你可以自己用。好的。只是需要大量的手动操作。 |
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所以我要使用 Predictum 插件。它会创建表格,然后我会很快找到一个模型来说明插件的工作原理,我将使用标准响应面模型。 |
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我们想要预测 pDNA。我们将使用 gen reg。 |
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因此,再次说明一下,我将继续使用前向选择。 |
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再说一次,我在实践中做了数千次迭代,但我只会做 10 次。 |
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单击“前往”。 |
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好的。 |
| 菲利普·拉姆齐 |
再次强调,这是一个简短的演讲,真的,抱歉,三个演讲合并成一个,但所有部分在 QbD 框架下是相互契合的。所以我有一个模型。这些是平均系数。再说一次,我只做了 10 个。我会把预测公式保存到数据表中。 |
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我会尽量保持屏幕整洁。 |
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这就是我的公式;应用程序为您完成了所有平均计算,因此您不必自己动手。 |
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这是公式。你可能不知道一个小技巧,这个公式比较复杂,尤其是当你想把它部署到其他数据表时。在公式编辑器中,有一个非常简洁的函数,叫做“简化”。 |
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你看,它简化了方程,使其更容易部署到其他数据集。好的,这就是该方法的一个例子。 |
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我现在要做的是展示发生了什么 |
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当我们完成整个过程时。这是一张数据表。在这里你会注意到DSD和CCD数据库结合在一起。 |
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我使用了行状态变量来消除或排除DSD数据,因为我想专注于模型在验证数据上的表现。同样,这些模型仅适用于DSD。 |
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这是我的第 41 个词 |
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模型。这是经过数千次迭代后,用模型平均法得到的增广全二次函数。为了比较,我重复了相同的过程 |
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对于小得多的21项全二次模型。那么我们的预测结果如何呢?让我给你们展示几张实际值与预测值的对比图。 |
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所以请记住,我必须强调,这是一次真正的验证测试。CCD 是单独进行的。使用了不同批次的原材料,包括一批新的大肠杆菌菌株。 |
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有些发酵罐不同,操作人员也完全不同。所以,对于生物技术领域的各位来说,这几乎是你们能遇到的最艰难的预测工作了。 |
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因此,再次,该模型适合 DSD,左侧是 41 项模型,即增强模型,预测误差的总体标准差约为 67。 |
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在右侧,我再次使用了有助于提高性能的模型平均,我只拟合了 21 项全二次模型,您可以看到预测误差约为 70。 |
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事实上,如果不使用模型平均,很多人不会使用完全二次型的有用二次模型,所以性能会明显下降。好的。 |
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那么我有了模型。我该怎么处理它呢?我们的目标通常是优化和特性描述。那么,让我打开一个分析器。我会帮你完成这件事。 |
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我要去分析器和图表菜单。我要用我最好的模型。那就是使用 Predictum 插件的模型。顺便说一句,如果你对这个插件感兴趣,甚至 |
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正在进行 Beta 测试,请联系 Predictum,发送电子邮件至 Wayne@predictum.com,我相信他会非常乐意与您沟通。所以我要…… |
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进入模型,然后利用可取性, |
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我只是想找到能最大限度提高产量的设置。顺便说一句, |
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这比他们历史上的产量有了很大的改进,它为我们提供了我们应该看到的设置, |
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性能的提高,顺便说一句,这些有点不直观,但在复杂系统中通常都是这种情况。 |
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事情永远不会像你想象的那么直观。此外,还有一些非常重要的事情,尤其是在CMC途径进行后期开发时。 |
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也就是说,他们希望你评估输入的重要性,哪些输入是重要的。 |
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评估变量重要性。同样,我不会深入讨论所有技术细节。 |
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所以,它告诉你,就响应变化而言,进料速率是迄今为止最重要的。这对人们来说不一定直观。其次是溶解氧百分比。 |
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那么,这告诉你什么?嗯,它告诉你,第一,你最好控制好这些变量,否则你很可能 |
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变化很大。现在,在这个特定情况下,我没有关键的质量属性。没有可用的。 |
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因此,我们拥有一个对业务至关重要的属性,那就是质粒DNA的生产。但我们在JMP中还可以做更多的事情来全面表征设计空间。我所做的只是优化,但这并不是表征。所以,Profiler中还有另一个很棒的工具。好的。 |
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它被称为模拟器。但它并没有得到应有的广泛使用。所以我所做的就是为输入定义了分布。 |
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也就是说,我预计输入会发生变化。这就像FDA想知道的那样。当输入变化很大时,你的工艺性能会怎样?没有完美控制的工艺,尤其是在扩大规模之后。 |
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顺便说一下,我想到这些更复杂的模型,这些增强的完全二次模型, |
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根据经验,我可以告诉你,它们比完全二次模型的扩展性更好。这也是拟合这些更复杂模型的另一个原因。 |
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模拟器里有个很棒的工具叫“模拟实验”。它的作用就是进行我们所说的空间填充设计。它会将点分布到整个设计区域。所以我假设我想进行 256 次运行。 |
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它会进行5000次模拟,计算每个点的平均标准差和总体缺陷。对的。 |
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所以这实际上进行得相当快。我只是向你们展示一下输出结果。再说一次,我已经完成了。 |
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因此,为了节省时间,我将打开另一个数据表。 |
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最小化另一个。 |
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这就是模拟研究的结果。 |
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我不会讲到所有细节,但我根据主要内容拟合了一个模型,根据标准差拟合了一个模型,并且根据总体缺陷率拟合了一个模型。 |
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有些领域的缺陷率较低,有些领域则相对较高,这就是我们所说的高斯过程模型,通常用于模拟数据。那么,我们该如何处理这些呢? |
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模型和这些模拟结果如何?嗯,再次强调,特性描述很重要。我先简单介绍一下。 |
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这是三维散点图,我们关注的是进料速率和溶解氧百分比,因为它们非常重要。图中的点按缺陷率加权;更大 |
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球体越大,缺陷率也就越高。所以,如果你环顾四周,你会发现有些区域我们绝对不想操作。 |
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因此,我们正在描述我们的设计空间,并寻找更安全的操作区域。当然,我可以这样做 |
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只需选择一些其他变量,无论如何,它只会显示你真正想要避开的其他区域。我们可以用它做更多,但我认为这说明了问题所在。我们还可以 |
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继续并再次使用分析器,我将重新进行优化。 |
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但我要换个方法。这样我就能最大化平均pDNA了。 |
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我想要采取双重应对措施,并尽量降低总体缺陷率。 |
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因此,我将继续使用可取性。 |
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这需要几分钟。我们正在优化这些非常复杂的模型。 |
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请注意,它出现并说 |
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高进料速率、高溶解氧、 |
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接近中性pH值和诱导。顺便说一下,诱导,如果你想知道诱导OD 600是多少,那是微生物质量的量度 |
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一旦达到一定质量(没人知道具体是多少,所以我们才做这个实验),物质的温度就会升高。这实际上 |
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迫使大肠杆菌开始释放质粒DNA或质粒,而它们天生就具备这种能力。所以我们称之为诱导温度。好的。请注意设置, |
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虽然我们保证了较低的缺陷率,但整体优化响应并没有那么高。但请记住,我们还将采用一个更不容易产生缺陷的流程。 |
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好的,那么现在, |
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我就快速跳到结尾吧。 |
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幻灯片。所有内容都在这些幻灯片里。它们都已上传 |
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到 |
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JMP 社区。最后是一份执行摘要,我们主要向大家展示的是流程和产品开发 |
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使用CMC途径(其中一部分是质量源于设计)需要一种整体或综合的方法。这其中需要大量的系统思维。 |
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流程设计和开发本质上是一个预测问题,而这正是机器学习和深度学习的领域。它并非你所想的那样;它并非建筑行业的常规业务。 |
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统计学中的模型,尤其是预测模型。我们已经向你展示了分数加权引导自动验证和模型平均 |
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可以生成非常有效和准确的预测模型。我还要再次强调,康奈尔和蒙哥马利这些更复杂的增强模型实际上非常重要。 |
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它们确实扩展性更好,而且能提供更好的特性。谢谢大家,我的演讲就此结束。 |