Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitorizados por Raman en un biorreactorEncontré un breve artículo adjunto relacionado con la predicción de datos espectrales en tiempo real obtenidos de un dispositivo Raman dentro de un biorreactor mediante PLS (mínimos cuadrados parciales). También adjunté los datos sin procesar que se pueden utilizar para este propósito. Estos datos sin procesar son de un usuario potencial en Thermofisher Scientific Korea.
¿Es posible predecir datos espectrales como estos en JMP? A menudo me encuentro con investigadores de la USP en el sector biofarmacéutico que muestran un gran interés en el uso de datos Raman, y estos datos y este artículo son un gran ejemplo de ello.
He etiquetado a Chris ( @Chris_Kirchberg ) y Ben ( @Ben_BarrIngh @Bingh94 ), quienes pueden tener información valiosa sobre esto.
Re: Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitoreados por Raman en un biorreactorHola @HyeWonJung ,
Echaré un vistazo al PDF adjunto para obtener más información sobre esto, pero inicialmente parece una predicción en tiempo real. Entonces, mientras la sonda mide valores, hace una predicción de cuál será el siguiente punto. Eso suena como una previsión/datos de series temporales con un modelo que se actualiza a medida que obtiene nuevos datos.
Probablemente tendré más preguntas/respuestas una vez que lea el PDF.
Re: Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitoreados por Raman en un biorreactorHola @HyeWonJung. Eché un vistazo rápido, pero parece que los datos pueden estar incompletos. Por ejemplo, el artículo muestra gráficos con valores del eje x de 2022, pero las marcas de tiempo de la tabla de resultados de rama.jmp son todas de 2023. Además, parece que no tenemos los datos "sin conexión".
¿De dónde sacaron los datos? ¿Hay más disponibles? ¿Hay algún código que muestre cómo ajustaron sus modelos PLS y calcularon las estadísticas de predicción? ¿Qué X e Y utilizaron?
Es muy probable que podamos reproducir lo que ellos hicieron y probablemente mejorar los resultados de las predicciones utilizando métodos más modernos que PLS, pero debemos comenzar desde el mismo lugar donde ellos comenzaron.
Re: Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitoreados por Raman en un biorreactor¿Son estos datos públicos? Si lo son, podemos utilizarlos y debemos indicar su fuente. Si son datos de clientes que no son públicos, debemos eliminarlos inmediatamente y, lamentablemente, no podemos utilizarlos. Y, como ha mencionado Russ, necesitaríamos los datos fuera de línea para crear un modelo predictivo utilizando la información de base (las etiquetas). Después de leer el artículo, parece que el modelo se creó con fines de calibración para que pueda mostrar los valores correctamente. Los datos de la tabla de datos parecen valores predichos en unidades del metabolito. También necesitaríamos los espectros originales para crear el modelo predictivo.
Re: Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitoreados por Raman en un biorreactor@russ_wolfinger @Chris_Kirchberg Me disculpo por no haber sido claro en mi pregunta anterior. Los datos y el artículo al que hice referencia no están relacionados. Los datos son privados y me los proporcionó un cliente potencial de Thermofisher Scientific Korea. (Como Chris me aconsejó, he eliminado los datos).
El cliente potencial me envió datos Raman en tiempo real y me preguntó cómo se podían utilizar en JMP. No especificó exactamente cómo querían utilizar estos datos.
Obtuve el PDF a través de un canal personal para buscar formas de utilizar los datos de Raman. Después de revisar los materiales, supuse qué podrían estar buscando.
De todos modos, le preguntaré al cliente específicamente qué quiere lograr y qué espera de estos datos.
Re: Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitoreados por Raman en un biorreactor@russ_wolfinger @Chris_Kirchberg Él (mi cliente potencial) tiene los datos, pero no sabe realmente cómo utilizarlos de manera efectiva. Es alguien que no tiene conocimientos de análisis de datos. Por eso busqué en un PDF casos prácticos de uso con Raman para mostrarle casos prácticos en una reunión de preventa. Sin embargo, creo que sería mejor preguntarle al cliente específicamente qué quiere lograr. Y... si tienes alguna buena idea relacionada con el uso de datos Raman, no dudes en compartirla.
Re: Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitoreados por Raman en un biorreactor@HyeWonJung Muchas gracias por la aclaración. ¡Ahora tiene sentido! Me atrajo el problema de modelado predictivo del título y del artículo de Thermo-Fisher y me encantaría tener acceso a esos datos. En el caso de los datos de sus clientes, parece que un mejor punto de partida sería un enfoque más exploratorio y de descubrimiento de patrones.
JMP es muy potente en este aspecto y ofrece numerosas posibilidades: Multivariante, Explorar valores atípicos, Explorador de datos funcionales, Generador de gráficos de control.
Si la conversación evoluciona hacia el modelado predictivo, tendríamos que establecer entradas (X) y salidas (Y) razonables. Esto abre un conjunto completamente nuevo de posibilidades y seguimos siendo igual de poderosos, e incluso tenemos enfoques inteligentes como la conversión de datos por lotes en imágenes.
Re: Predicción mediante PLS de datos espectrales (datos de metabolitos) monitoreados por Raman en un biorreactorHablaré de los detalles con el cliente y, si encuentro alguna dificultad, me pondré en contacto contigo para pedirte ayuda. ¡Gracias!
