Prédiction par PLS de données spectrales (données métaboliques) surveillées par Raman dans un bioréacteurJe suis tombé sur un court article ci-joint relatif à la prédiction de données spectrales en temps réel obtenues à partir d'un dispositif Raman dans un bioréacteur à l'aide de PLS (Partial Least Squares). J'ai également joint les données brutes qui peuvent être utilisées à cette fin. Ces données brutes proviennent d'un utilisateur potentiel de Thermofisher Scientific Korea.
Est-il possible de prédire des données spectrales comme celles-ci dans JMP ? Je rencontre souvent des chercheurs de l'USP dans le domaine biopharmaceutique qui montrent un vif intérêt pour l'utilisation des données Raman. Ces données et cet article en sont un excellent exemple.
J'ai tagué Chris ( @ Chris_Kirchberg ) et Ben ( @Ben_BarrIngh @Bingh94 ), qui peuvent avoir des informations précieuses à ce sujet.
Ré: Prédiction à l'aide de PLS de données spectrales (données sur les métabolites) surveillées par Raman dans un bioréacteurSalut @HyeWonJung ,
Je vais jeter un œil au PDF ci-joint pour en savoir un peu plus à ce sujet, mais cela ressemble initialement à une prédiction en temps réel ? Ainsi, lorsque la sonde mesure des valeurs, elle fait une prédiction de ce que sera le point suivant ? Cela ressemble à des données de type prévision/série chronologique avec un modèle qui se met à jour au fur et à mesure qu'il obtient de nouvelles données.
J'aurai probablement plus de questions/réponses une fois que j'aurai lu le PDF
Ré: Prédiction à l'aide de PLS de données spectrales (données sur les métabolites) surveillées par Raman dans un bioréacteurBonjour @HyeWonJung J'ai jeté un œil rapide mais il semble que les données soient incomplètes. Par exemple, le document montre des graphiques avec des valeurs sur l'axe des x à partir de 2022, mais les horodatages du tableau rama results.jmp sont tous de 2023. De plus, il semble que nous n'ayons pas les données « hors ligne ».
D'où avez-vous obtenu les données ? Y en a-t-il d'autres disponibles ? Existe-t-il un code montrant comment ils ont adapté leurs modèles PLS et calculé les statistiques de prédiction ? Quels X et Y ont-ils utilisés ?
Nous pouvons très probablement reproduire ce qu’ils ont fait et probablement améliorer les résultats de prédiction en utilisant des méthodes plus modernes que PLS, mais nous devons repartir du même endroit qu’eux.
Ré: Prédiction à l'aide de PLS de données spectrales (données sur les métabolites) surveillées par Raman dans un bioréacteurS'agit-il de données publiques ? Si c'est le cas, nous pouvons les utiliser et devons en indiquer la source. S'il s'agit de données clients qui ne sont pas publiques, nous devons les supprimer immédiatement et ne pouvons malheureusement pas les utiliser. Et comme Russ l'a mentionné, nous aurions besoin des données hors ligne pour construire un modèle prédictif utilisant la vérité fondamentale (les étiquettes). Après avoir lu l'article, il semble que le modèle ait été construit à des fins d'étalonnage afin qu'il puisse afficher correctement les valeurs. Les données du tableau de données ressemblent à des valeurs prédites en unités du métabolite. Nous aurions également besoin des spectres d'origine pour construire le modèle prédictif.
Ré: Prédiction à l'aide de PLS de données spectrales (données sur les métabolites) surveillées par Raman dans un bioréacteur@russ_wolfinger @Chris_Kirchberg Je m'excuse de ne pas avoir été clair dans ma question précédente. Les données et l'article auquel je fais référence ne sont pas liés. Les données sont privées et m'ont été fournies par un client potentiel de Thermofisher Scientific Korea. (Comme Chris me l'a conseillé, j'ai supprimé les données.)
Le client potentiel m'a envoyé des données Raman en temps réel et m'a demandé comment elles pouvaient être utilisées dans JMP. Il n'a pas précisé exactement comment il souhaitait utiliser ces données.
J'ai obtenu le PDF par l'intermédiaire d'un canal personnel pour trouver des moyens d'utiliser les données Raman. Après avoir examiné les documents, j'ai deviné ce qu'ils pourraient rechercher.
Quoi qu’il en soit, je demanderai spécifiquement au client ce qu’il souhaite réaliser et ce qu’il attend de ces données.
Ré: Prédiction à l'aide de PLS de données spectrales (données sur les métabolites) surveillées par Raman dans un bioréacteur@russ_wolfinger @Chris_Kirchberg Il (mon client potentiel) a les données, mais il ne sait pas vraiment comment les utiliser efficacement. C'est quelqu'un qui est loin de l'analyse de données. J'ai donc recherché des cas d'utilisation pratiques avec Raman au format PDF pour lui montrer des cas pratiques lors d'une réunion de prévente. Cependant, je pense qu'il serait préférable de demander spécifiquement au client ce qu'il souhaite réaliser. Et... Si vous avez de bonnes idées liées à l'utilisation des données Raman, n'hésitez pas à les partager.
Ré: Prédiction à l'aide de PLS de données spectrales (données sur les métabolites) surveillées par Raman dans un bioréacteur@HyeWonJung Merci beaucoup pour cette précision, cela a du sens maintenant ! J'ai été séduit par le problème de modélisation prédictive tel que décrit dans le titre et dans le document Thermo-Fisher et j'aimerais mettre la main sur ces données. Pour vos données clients, il semble qu'un bien meilleur point de départ serait une approche plus exploratoire et de découverte de modèles.
JMP est très fort ici avec de nombreuses possibilités : Multivariate, Explore Outliers, Functional Data Explorer, Control Chart Builder.
Si la discussion évolue vers la modélisation prédictive, nous devrons définir des entrées (X) et des sorties (Y) raisonnables. Cela ouvre un tout nouvel ensemble de possibilités et nous restons tout aussi puissants, et disposons même d'approches intelligentes comme la conversion de données par lots en images.
Ré: Prédiction à l'aide de PLS de données spectrales (données sur les métabolites) surveillées par Raman dans un bioréacteurJe discuterai des détails avec le client et si je rencontre des difficultés, je vous contacterai pour obtenir de l'aide. Merci !
