Gibt es gute Beispiele für den Export von DoE-Designs für Liquid Handler?Hallo zusammen,
Ich habe einen Kunden, der einen Liquid Handler verwendet, um DoE-Tests mit kleinem Volumen/hohem Durchsatz durchzuführen. Er hat häufig Probleme, das Design auf den Roboter zu übertragen, da beim Übertragen des Designs manuelle Fehler/Irrtümer auftreten. Ich war neugierig, ob jemand Kunden begegnet ist, die JMP verwendet haben, um den Prozess der Designübernahme, des Verstehens der „Master Mixes“ (Stammlösungen) und der Abgabeprotokolle für den Roboter zu automatisieren. Ich weiß, dass Synthace einige dieser Funktionen bietet, bin aber neugierig, wie schwierig es für einen „durchschnittlichen“ Benutzer wäre, dies mit Dingen wie Workflow Builder und grundlegendem JSL zu erreichen.
Prost,
Ben
Betreff: Gibt es gute Beispiele für den Export von DoE-Designs für Liquid Handler?Hallo Ben,
Ich vermute, dass dies mit Workflow Builder sehr gut machbar wäre, vorausgesetzt, die richtigen Informationen sind verfügbar und die Benutzer haben ein Verständnis dafür, wie die Daten organisiert werden müssen, um die richtige Designstruktur bereitzustellen (bei Wellplatten denke ich an Split/Strip-Plots). Es wäre schön zu sehen, welche Art von Informationen diese Liquid Handler bereitstellen und welche typischen Designs die Kunden verwenden.
Don
Betreff: Gibt es gute Beispiele für den Export von DoE-Designs für Liquid Handler?Christian und ich haben vor einiger Zeit über dieselbe Anwendung diskutiert. @christianstopp , ich glaube, der Kunde war SPT Labtech. Wissen Sie noch, wie sie dieses Problem gelöst haben?
Betreff: Gibt es gute Beispiele für den Export von DoE-Designs für Liquid Handler?Hallo @Ben_Ingham ,
Vor Jahren, bevor Synthace verfügbar war. David McClymont von Synbicite/London DNA Foundry hat das gemacht. Ich weiß nicht, ob diese Organisationen noch existieren oder ob diese Arbeit fortgeführt wird.
Dave wechselte zu einer anderen Firma und es sieht so aus, als wäre er jetzt bei Revvity. Ich gehe davon aus, dass er immer noch JMP verwendet. Er war in der Vergangenheit immer sehr umgänglich.
Dave ließ es so klingen, als wäre es eine Menge Arbeit, JMP-DOE-Anweisungen in Roboteranweisungen umzuwandeln, aber vielleicht ist es jetzt einfacher. Ich weiß, dass er Glück hatte, ziemlich viel Zeit dafür aufbringen zu können – ein durchschnittlicher Industriewissenschaftler hätte wahrscheinlich viele andere Prioritäten.
Ich bin nicht sicher, wie Workflow Builder helfen könnte. Dafür scheint es ein bisschen zu spezialisiert zu sein.
Hoffe das hilft,
Phil
Betreff: Gibt es gute Beispiele für den Export von DoE-Designs für Liquid Handler?@nick_shelton & @Ben_Ingham :
Ganz schön viel Erinnerung, Nick! Ben, es ist jetzt schon eine Weile her, aber ich habe mit ein paar Kunden darüber gesprochen und mit einem JMP-Partner über solche Tools für kleine bis mittelgroße Unternehmen, die das Tool ohne die Kosten suchen.
Ich habe einige Inhalte angehängt, die ich nach einer Kundendemo als Prototyp erstellt habe. Das ist lange her und ich musste sie wieder hervorkramen. Einige Anweisungen sind in der JSL-Datei enthalten, darunter Werte, die im Dialogfeld verwendet werden sollen, und unten noch ein bisschen mehr. Das war alles vor WFB, also ist es jetzt wahrscheinlich einfacher zu erreichen.
Aus meiner damaligen Notiz:
- SampleData.jmp – das experimentelle Design (einschließlich einiger zusätzlicher Spalten), allerdings als .jmp-Datentabelle
- Liquid Handler Design Conversion.jsl – eine Skriptdatei mit dem JSL-Code
- ForLiquidHandler.csv – die Ausgabedatei nach der Konvertierung
Der Workflow des Skripts:
- Erstellt ein Dialogfeld, in das der Benutzer Parameterwerte eingeben kann, z. B. die Größe der Mikrotiterplatte des Designs, die Stammkonzentrationen und das Endvolumen.
- Führt die notwendigen Berechnungen durch, um die entsprechenden Volumina der einzelnen
- Transponiert die neuen Volumenspalten in das für den Liquid Handler erforderliche „Well Plate“-Format und exportiert eine CSV-Ausgabedatei.
Ich hoffe, dass dies einen Überblick über die unkomplizierte Verwendung von JSL gibt (JSL war für mich damals ein völliger Neuling, daher sollte es nicht zu komplex sein) und ein Beispiel bietet.
