光譜視覺化腳本JMP SE 們大家好 -
在我作為化學家的前半生中，我使用光譜數據來追蹤反應進度。在某些情況下，這是深入了解反應動力學和機制的唯一方法。
我們常常會想像這些反應沿著 z 軸堆疊起來，類似於這些影像：
這些圖是沿著 Z 軸（通常是時間）堆疊的每個光譜的 Y x X 圖。我認為這是一個“偽”z 軸，因為光譜實際上只是沿著 X 和 Y 軸彼此偏移，以創建看起來像 z 軸的東西。
這些圖表在 JMP 中創建並不簡單，所附腳本是我第一次嘗試建立一個介面來建立這些類型的圖表。使用此介面，您可以創建一些獨特的視覺化效果。
這可以朝很多方向發展，但還遠遠沒有完成。我在這裡發布了腳本以獲取 SE 小組的一些反饋。我計劃在時間允許的情況下繼續致力於此，以建立一些附加功能，但目前它足以產生一些很酷的圖表。如果您有正在處理光譜資料的客戶，他們可能會發現這很有幫助。如果有足夠的興趣，我可以完成它並將其放在社區中。
如果您決定嘗試一下，請記住以下幾點：
- 如果您使用基線校正，使最高和最低 x 值處的 y 值相似，則視覺效果看起來最佳
- 如果光譜超過 100 個，漸層著色方案有時會導致錯誤
- 最好使用滑桿來調整軸設置，但如果您使用抓取工具手動更改軸，請單擊“記住圖形設置”，以便在進行其他調整時軸不會彈回
- 資料可以採用堆疊函數、列函數或行函數（如 FDE）進行格式化。此腳本使用列函數格式，並會自動將格式從其他格式變更為該格式。
以下是使用橄欖油資料集的不同可能性的一些圖像和動畫 GIF 來展示如何使用該介面。謝謝參觀！
回覆：光譜視覺化腳本這將是一個很棒的插件！
回覆：光譜視覺化腳本@SamGardner是的，這是一個非常好的視覺化！我真的很喜歡這個視圖，因為你可以沿著 Y 軸獲得漸變，而我正在製作的「切片」則無法做到這一點。
導航變數分配、確保數字標籤以及重新格式化為堆疊格式有時可能很棘手。由於此腳本處理不同的資料格式，因此最好包含一種從任何標準光譜資料格式取得該圖並將所有資料重塑放在背景的方法。
回覆：光譜視覺化腳本很酷的想法和視覺化工具。
您也可以使用曲面圖將其視覺化。要求 ID 列為數字。
回覆：光譜視覺化腳本@本_英厄姆
如果您在開啟資料點時嘗試進行調整，有時會變慢，但如果您查看折線圖或面積圖，則速度相當快。
該腳本將所有原始資料提取到矩陣中，並直接根據這些資料建立圖形框。它不會更新數據表，所以我認為這有助於提高速度。每次進行調整時，它只會刪除圖形框並重建它。
回覆：光譜視覺化腳本嗨@scott_allen ，
剛剛玩了一下，真的很棒，我讓它可以處理我的 SL HPLC 工作（附後）中不同波長的另一個樣本數據集，我也有一些 LC-MS 數據，可以查看一下。只是一些想法：
- 如果您有超過 100 個光譜，那麼最好能夠選擇光譜上的範圍
- 按 z 軸值過濾也很有用（即過濾掉不感興趣的波長或質量值）
-類似地，查看圖表上表示的 x 軸值並能夠反轉 x 軸將很有用（在下面的範例中，您可以看到前面的值「阻擋」了後面的細節，作為附加透明度之上的選項）
- 我認為在此旁邊提供熱圖以將結果顯示為 2D 平面非常有用 - 這通常與 3D 圖結合使用。例如，下面的圖將顯示為...
乾杯，
本
回覆：光譜視覺化腳本這確實很有用@scott_allen ，我在開發 HPLC 方法期間曾經使用過很多 3D 峰值圖。 JMP 處理大量光譜資料的能力如何？我從過去就知道，當我嘗試製作熱圖時，它在標準筆記型電腦上遇到了困難
乾杯，
本
回覆：光譜視覺化腳本嗨斯科特，
這確實很鼓舞人心。有人問我 JMP 是否可以繪製等高線圖的 3D 疊加，如附件所示。透過設定偏移量，現在這似乎是可能的。
